Journal Article A simple and rapid method for the preparation of plant genomic DNA for PCR analysis Get access K. Edwards, K. Edwards Plant Biotechnology Section, ICI Seeds, Jealott's Hill Research StationBracknell, Berks, UK Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar C. Johnstone, C. Johnstone Plant Biotechnology Section, ICI Seeds, Jealott's Hill Research StationBracknell, Berks, UK Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar C. Thompson C. Thompson Plant Biotechnology Section, ICI Seeds, Jealott's Hill Research StationBracknell, Berks, UK Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Nucleic Acids Research, Volume 19, Issue 6, 25 March 1991, Page 1349, https://doi.org/10.1093/nar/19.6.1349 Published: 25 March 1991 Article history Accepted: 02 January 1991 Published: 25 March 1991

High-density single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping arrays are a powerful tool for studying genomic patterns of diversity, inferring ancestral relationships between individuals in populations and studying marker-trait associations in mapping experiments. We developed a genotyping array including about 90,000 gene-associated SNPs and used it to characterize genetic variation in allohexaploid and allotetraploid wheat populations. The array includes a significant fraction of common genome-wide distributed SNPs that are represented in populations of diverse geographical origin. We used density-based spatial clustering algorithms to enable high-throughput genotype calling in complex data sets obtained for polyploid wheat. We show that these model-free clustering algorithms provide accurate genotype calling in the presence of multiple clusters including clusters with low signal intensity resulting from significant sequence divergence at the target SNP site or gene deletions. Assays that detect low-intensity clusters can provide insight into the distribution of presence-absence variation (PAV) in wheat populations. A total of 46 977 SNPs from the wheat 90K array were genetically mapped using a combination of eight mapping populations. The developed array and cluster identification algorithms provide an opportunity to infer detailed haplotype structure in polyploid wheat and will serve as an invaluable resource for diversity studies and investigating the genetic basis of trait variation in wheat.

The relative organization of genes and repetitive DNAs in complex eukaryotic genomes is not well understood. Diagnostic sequencing indicated that a 280-kilobase region containing the maize Adh1 -F and u22 genes is composed primarily of retrotransposons inserted within each other. Ten retroelement families were discovered, with reiteration frequencies ranging from 10 to 30,000 copies per haploid genome. These retrotransposons accounted for more than 60 percent of the Adh1 -F region and at least 50 percent of the nuclear DNA of maize. These elements were largely intact and are dispersed throughout the gene-containing regions of the maize genome.

The rate at which nonsynonymous single nucleotide polymorphisms (nsSNPs) are being identified in the human genome is increasing dramatically owing to advances in whole-genome/whole-exome sequencing technologies. Automated methods capable of accurately and reliably distinguishing between pathogenic and functionally neutral nsSNPs are therefore assuming ever-increasing importance. Here, we describe the Functional Analysis Through Hidden Markov Models (FATHMM) software and server: a species-independent method with optional species-specific weightings for the prediction of the functional effects of protein missense variants. Using a model weighted for human mutations, we obtained performance accuracies that outperformed traditional prediction methods (i.e., SIFT, PolyPhen, and PANTHER) on two separate benchmarks. Furthermore, in one benchmark, we achieve performance accuracies that outperform current state-of-the-art prediction methods (i.e., SNPs&GO and MutPred). We demonstrate that FATHMM can be efficiently applied to high-throughput/large-scale human and nonhuman genome sequencing projects with the added benefit of phenotypic outcome associations. To illustrate this, we evaluated nsSNPs in wheat (Triticum spp.) to identify some of the important genetic variants responsible for the phenotypic differences introduced by intense selection during domestication. A Web-based implementation of FATHMM, including a high-throughput batch facility and a downloadable standalone package, is available at http://fathmm.biocompute.org.uk.

Bread wheat (Triticum aestivum) is a globally important crop, accounting for 20 per cent of the calories consumed by humans. Major efforts are underway worldwide to increase wheat production by extending genetic diversity and analysing key traits, and genomic resources can accelerate progress. But so far the very large size and polyploid complexity of the bread wheat genome have been substantial barriers to genome analysis. Here we report the sequencing of its large, 17-gigabase-pair, hexaploid genome using 454 pyrosequencing, and comparison of this with the sequences of diploid ancestral and progenitor genomes. We identified between 94,000 and 96,000 genes, and assigned two-thirds to the three component genomes (A, B and D) of hexaploid wheat. High-resolution synteny maps identified many small disruptions to conserved gene order. We show that the hexaploid genome is highly dynamic, with significant loss of gene family members on polyploidization and domestication, and an abundance of gene fragments. Several classes of genes involved in energy harvesting, metabolism and growth are among expanded gene families that could be associated with crop productivity. Our analyses, coupled with the identification of extensive genetic variation, provide a resource for accelerating gene discovery and improving this major crop. Sequencing of the hexaploid bread wheat genome shows that it is highly dynamic, with significant loss of gene family members on polyploidization and domestication, and an abundance of gene fragments. Two groups in this issue report the compilation and analysis of the genome sequences of major cereal crops — bread wheat and barley — providing important resources for future crop improvement. Bread wheat accounts for one-fifth of the calories consumed by humankind. It has a very large and complex hexaploid genome of 17 Gigabases. Michael Bevan and colleagues have analysed the genome using 454 pyrosequencing and compared it with diploid ancestral and progenitor genomes. The authors discovered significant loss of gene family members upon polyploidization and domestication, and expansion of gene classes that may be associated with crop productivity. Barley is one of the earliest domesticated plant crops. Although diploid, it has a very large genome of 5.1 Gigabases. Nils Stein and colleagues describe a physical map anchored to a high-resolution genetic map, on top of which they have overlaid a deep whole-genome shotgun assembly, cDNA and RNA-seq data to provide the first in-depth genome-wide survey of the barley genome.

Abstract A total of 568 new simple sequence repeat (SSR)-based markers for barley have been developed from a combination of database sequences and small insert genomic libraries enriched for a range of short simple sequence repeats. Analysis of the SSRs on 16 barley cultivars revealed variable levels of informativeness but no obvious correlation was found with SSR repeat length, motif type, or map position. Of the 568 SSRs developed, 242 were genetically mapped, 216 with 37 previously published SSRs in a single doubled-haploid population derived from the F1 of an interspecific cross between the cultivar Lina and Hordeum spontaneum Canada Park and 26 SSRs in two other mapping populations. A total of 27 SSRs amplified multiple loci. Centromeric clustering of markers was observed in the main mapping population; however, the clustering severity was reduced in intraspecific crosses, supporting the notion that the observed marker distribution was largely a genetical effect. The mapped SSRs provide a framework for rapidly assigning chromosomal designations and polarity in future mapping programs in barley and a convenient alternative to RFLP for aligning information derived from different populations. A list of the 242 primer pairs that amplify mapped SSRs from total barley genomic DNA is presented.

BioTechniquesVol. 20, No. 5 BenchmarksOpen AccessMicrosatellite Libraries Enriched for Several Microsatellite Sequences in PlantsK.J. Edwards, J.H.A. Barker, A. Daly, C. Jones & A. KarpK.J. Edwards*Address correspondence to Keith J. Edwards, IACR-Long Ashton Research Station, Department of Agricultural Sciences, University of Bristol, Long Ashton, Bristol BS18 9AF, UK. Internet: E-mail Address: keith.edwards@bbsrc.ac.ukUniversity of Bristol, Bristol, England, UKSearch for more papers by this author, J.H.A. BarkerUniversity of Bristol, Bristol, England, UKSearch for more papers by this author, A. DalyUniversity of Bristol, Bristol, England, UKSearch for more papers by this author, C. JonesUniversity of Bristol, Bristol, England, UKSearch for more papers by this author & A. KarpUniversity of Bristol, Bristol, England, UKSearch for more papers by this authorPublished Online:2 Aug 2018https://doi.org/10.2144/96205bm04AboutSectionsPDF/EPUB ToolsAdd to favoritesDownload CitationsTrack Citations ShareShare onFacebookTwitterLinkedInRedditEmail "Microsatellite Libraries Enriched for Several Microsatellite Sequences in Plants." , 20(5), pp. 758–760FiguresReferencesRelatedDetailsCited ByConcepts and applications of bioinformatics for sustainable agricultureDevelopment of genome-wide simple sequence repeat markers in Codonopsis lanceolata using next-generation sequencing11 October 2021 | Horticulture, Environment, and Biotechnology, Vol. 62, No. 6Characterization of microsatellite loci for three species of Tomoplagia (Diptera: Tephritidae) and absence of cross-species amplification27 October 2020 | Applied Entomology and Zoology, Vol. 56, No. 1Morphological and microsatellite markers assessment of rice genetic diversity for phosphorus starvation tolerance breeding20 April 2020 | Cereal Research Communications, Vol. 48, No. 3Development of novel g-SSR markers in guava (Psidium guajava L.) cv. Allahabad Safeda and their application in genetic diversity, population structure and cross species transferability studies17 August 2020 | PLOS ONE, Vol. 15, No. 8Development of the new microsatellite multiplex PCR panel and genetic variation of farmed snakeskin gourami, Trichopodus pectoralis7 December 2019 | Aquaculture International, Vol. 28, No. 2Natural Selection Towards Wild-Type in Composite Cross Populations of Winter Wheat25 February 2020 | Frontiers in Plant Science, Vol. 10Molecular Marker Resources and Their Application22 February 2020Electric eels galore: microsatellite markers for population studies1 January 2020 | Neotropical Ichthyology, Vol. 18, No. 4The utility of NBS-profiling for characterization of yellow rust resistance in an F6 durum wheat population25 October 2019 | Journal of Genetics, Vol. 98, No. 4Analysis on Microsatellite Loci of Daphnia similoides sinensis and Rapid Development of Primer Based on Transcriptome Sequencing1 July 2019 | Russian Journal of Genetics, Vol. 55, No. 6Development of EST-SSR markers derived from transcriptome of Saccharina japonica and their application in genetic diversity analysis4 December 2017 | Journal of Applied Phycology, Vol. 30, No. 3Structure and genetic variation among populations of Euschistus heros from different geographic regions in Brazil14 March 2018 | Entomologia Experimentalis et Applicata, Vol. 166, No. 3Simple Sequence Repeat18 September 2018Distribution Characteristics of Repeat Sequences in the Genome of the Yeast Recombinant Han0458 Obtained by Low-Energy Ion Beam ImplantationAdvances in Microbiology, Vol. 07, No. 03Novel polymorphic EST-based microsatellite markers characterized in lettuce (Lactuca sativa)30 December 2017 | Biologia, Vol. 72, No. 11Nineteen novel microsatellites in Chinese lake gudgeon Sarcocheilichthys sinensis Bleeker, 197121 November 2016 | Journal of Applied Ichthyology, Vol. 33, No. 1Molecular Marker Technology for Genetic Improvement of Underutilised Crops18 October 2017Characterization of perfect microsatellite based on genome-wide and chromosome level in Rhesus monkey (Macaca mulatta)Gene, Vol. 592, No. 2Characterization of newly developed expressed sequence tag-derived microsatellite markers revealed low genetic diversity within and low connectivity between European Saccharina latissima populations11 March 2016 | Journal of Applied Phycology, Vol. 28, No. 5Transcriptome analysis, microsatellite marker information, and orthologous analysis of Capsicum annuum varietiesJournal of Plant Biotechnology, Vol. 43, No. 3Development of genomic simple sequence repeats (g-SSR) markers in Tinospora cordifolia and their application in diversity analysesPlant Gene, Vol. 5Status and Opportunities of Molecular Breeding Approaches for Genetic Improvement of Tea2 February 2016Role of Microsatellite Markers in Molecular Population Genetics of Fruit Flies with Emphasis on the Bactrocera dorsalis Invasion of Africa3 December 2016SSR marker development, genetic diversity and population structure analysis of Bambara groundnut [Vigna subterranea (L.) Verdc.] landraces26 February 2015 | Genetic Resources and Crop Evolution, Vol. 62, No. 8Genomic Tools for Improvement26 October 2015Construction of a Genetic Linkage Map and Identification of QTLs for Seed Weight and Seed Size Traits in Lentil (Lens culinaris Medik.)5 October 2015 | PLOS ONE, Vol. 10, No. 10Genome-Wide Mining, Characterization and Development of Microsatellite Markers in Gossypium Species1 June 2015 | Scientific Reports, Vol. 5, No. 1Genetic Map Construction and Quantitative Trait Locus (QTL) Detection of Six Economic Traits Using an F2 Population of the Hybrid from Saccharina longissima and Saccharina japonica26 May 2015 | PLOS ONE, Vol. 10, No. 5Genotypic variations of ten Indian cultivars of Colocasia esculenta var. antiquorom Schott. evident by chromosomal and RAPD markers9 March 2015 | Caryologia, Vol. 68, No. 1Bioinformatics: Identification of Markers from Next-Generation Sequence Data3 October 2014In silico mining, characterization and cross-species transferability of EST-SSR markers for European hazelnut (Corylus avellana L.)20 January 2015 | Molecular Breeding, Vol. 35, No. 1Development, characterization and cross-species transferability of genomic SSR markers in berseem (Trifolium alexandrinum L.), an important multi-cut annual forage legume20 January 2015 | Molecular Breeding, Vol. 35, No. 1Development of Genic and Genomic SSR Markers of Robusta Coffee (Coffea canephora Pierre Ex A. Froehner)2 December 2014 | PLoS ONE, Vol. 9, No. 12A microsatellite genetic linkage map of black rockfish (Sebastes schlegeli)22 October 2014 | Journal of Ocean University of China, Vol. 13, No. 6Novel polymorphic microsatellite markers for the helophytic plant species Hanguana malayana (Jack) Merr. (Commelinales: Hanguanaceae)17 March 2012 | Journal of Genetics, Vol. 93, No. S1Analysis of in situ diversity and population structure in Ethiopian cultivated Sorghum bicolor (L.) landraces using phenotypic traits and SSR markers30 April 2014 | SpringerPlus, Vol. 3, No. 1High levels of gene flow and genetic diversity in Irish populations of Salix capreaL. inferred from chloroplast and nuclear SSR markers7 August 2014 | BMC Plant Biology, Vol. 14, No. 1De Novo Assembly and Characterization of the Fruit Transcriptome of Chinese Jujube (Ziziphus jujuba Mill.) Using 454 Pyrosequencing and the Development of Novel Tri-Nucleotide SSR Markers3 September 2014 | PLoS ONE, Vol. 9, No. 9Characterization of nineteen microsatellite markers and development of multiplex PCRs for the wedge clam Donax trunculus (Mollusca: Bivalvia)23 May 2014 | Molecular Biology Reports, Vol. 41, No. 8Development of Microsatellite-Enriched Libraries19 December 2013What is the Conservation Value of a Plant in a Botanic Garden? Using Indicators to Improve Management of Ex Situ Collections15 August 2013 | The Botanical Review, Vol. 79, No. 4Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci from Clathrina aurea (Porifera, Calcarea)13 July 2013 | Marine Biodiversity, Vol. 43, No. 4Isolation and characterization of microsatellite loci for the analysis of genetic diversity in Whitmania pigraBiochemical Systematics and Ecology, Vol. 51Development and characterization of microsatellite markers for Morus spp. and assessment of their transferability to other closely related species1 December 2013 | BMC Plant Biology, Vol. 13, No. 1Assessing the Genetic Diversity of Chrysanthemum Cultivars with MicrosatellitesJournal of the American Society for Horticultural Science, Vol. 138, No. 6Isolation and characterization of 25 novel polymorphic microsatellite markers from grass carp (Ctenopharyngodon idella)24 March 2013 | Conservation Genetics Resources, Vol. 5, No. 3Development and utilization of novel SSRs in foxtail millet [ Setaria italica (L.) P. Beauv.]28 May 2013 | Plant Breeding, Vol. 132, No. 4Stripe rust resistance genes in the UK winter wheat cultivar Claire28 March 2013 | Theoretical and Applied Genetics, Vol. 126, No. 6Development of polymorphic microsatellite markers of the common toad, Duttaphrynus melanostictus useful for genetic studies4 January 2013 | Conservation Genetics Resources, Vol. 5, No. 2Cycad biodiversity in the Bahamas Archipelago and conservation genetics of the threatened Zamia lucayana (Zamiaceae)16 April 2013 | Oryx, Vol. 47, No. 2Characterization of Microsatellite Loci in Tilia platyphyllos (Malvaceae) and Cross-Amplification in Related SpeciesApplications in Plant Sciences, Vol. 1, No. 4Polymorphic microsatellite loci for population genetics of the hard shelled mussel, Mytilus coruscus19 August 2012 | Conservation Genetics Resources, Vol. 5, No. 1A microsatellite genetic linkage map of half smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis)Marine Genomics, Vol. 9Development and multiplex PCR amplification of microsatellite markers in the commercial clam Venerupis rhomboides (Mollusca: Bivalvia)20 October 2012 | Molecular Biology Reports, Vol. 40, No. 2Bioinformatics Tools to Assist Breeding for Climate Change3 May 2013Sequence Based DNA Markers and Genotyping for Cereal Genomics and Breeding30 May 2013SSR-Patchwork: An Optimized Protocol to Obtain a Rapid and Inexpensive SSR Library Using First-Generation Sequencing TechnologyApplications in Plant Sciences, Vol. 1, No. 1Characterization of nine microsatellite loci in the European polecat Mustela putorius12 May 2012 | Conservation Genetics Resources, Vol. 4, No. 4Isolation of microsatellite primers for Melampyrum sylvaticum (Orobanchaceae), an endangered plant in the United Kingdom1 November 2012 | American Journal of Botany, Vol. 99, No. 11Zamia (Cycadales: Zamiaceae) on Puerto Rico: Asymmetric genetic differentiation and the hypothesis of multiple introductions1 November 2012 | American Journal of Botany, Vol. 99, No. 11Development and characterization of polymorphic microsatellite markers of Fejervarya syhadrensis useful for genetic studies21 April 2012 | Conservation Genetics Resources, Vol. 4, No. 3Sequence-based marker development in wheat: Advances and applications to breedingBiotechnology Advances, Vol. 30, No. 5Nuclear microsatellites for Pinus pinea (Pinaceae), a genetically depauperate tree, and their transferability to P. halepensis1 September 2012 | American Journal of Botany, Vol. 99, No. 9Isolation and Characterization of 46 Novel Polymorphic EST-Simple Sequence Repeats (SSR) Markers in Two Sinipercine Fishes (Siniperca) and Cross-Species Amplification30 July 2012 | International Journal of Molecular Sciences, Vol. 13, No. 8Isolation of Microsatellite Markers and Analysis of Genetic Diversity Among East Atlantic Populations of the Sword Razor Shell Ensis siliqua: A Tool for Population Management17 December 2011 | Biochemical Genetics, Vol. 50, No. 5-6Isolation and characterization of microsatellites in the lichen Buellia frigida (Physciaceae), an Antarctic endemic1 April 2012 | American Journal of Botany, Vol. 99, No. 4Sequence-based novel genomic microsatellite markers for robust genotyping purposes in foxtail millet [Setaria italica (L.) P. Beauv.]13 October 2011 | Plant Cell Reports, Vol. 31, No. 2Development and use of novel SSR markers for molecular genetic diversity in Italian millet (Setaria italica L.)31 January 2012 | Genes & Genomics, Vol. 34, No. 1Molecular genetic diversity of Punica granatum L. (pomegranate) as revealed by microsatellite DNA markers (SSR)Gene, Vol. 493, No. 1Recombinant microsatellite amplification: a rapid method for developing simple sequence repeat markers22 October 2010 | Molecular Breeding, Vol. 29, No. 1Bioinformatics tools and databases for analysis of next-generation sequence data19 December 2011 | Briefings in Functional Genomics, Vol. 11, No. 1Research Note Characterization of nine microsatellite loci for the tree species Parapiptadenia rigida1 January 2012 | Genetics and Molecular Research, Vol. 11, No. 3Loss of genetic variation of Phalacronotus bleekeri (Günther, 1864) in the hatchery stocks revealed by newly developed microsatellitesAquaculture, Vol. 321, No. 3-4Growth, physiological and molecular traits in Salicaceae trees investigated for phytoremediation of heavy metals and organics2 November 2011 | Tree Physiology, Vol. 31, No. 12Development and characterization of microsatellite markers from tropical forage Stylosanthes species and analysis of genetic variability and cross-species transferabilityGenome, Vol. 54, No. 12Advancing the STMS genomic resources for defining new locations on the intraspecific genetic linkage map of chickpea (Cicer arietinum L.)17 February 2011 | BMC Genomics, Vol. 12, No. 1Genome structure of cotton revealed by a genome-wide SSR genetic map constructed from a BC1 population between gossypium hirsutum and G. barbadense9 January 2011 | BMC Genomics, Vol. 12, No. 1Isolation and characterization of microsatellite markers for the Litoria ewingii complex and their use in conservation and hybridization studies9 April 2011 | Conservation Genetics Resources, Vol. 3, No. 4New polymorphic microsatellite markers in the greater false vampire bat Megaderma lyra (Chiroptera: Megadermatidae)13 May 2011 | Conservation Genetics Resources, Vol. 3, No. 4Development and characterization of EST-SSR markers in the freshwater pearl mussel (Hyriopsis Cumingii)26 May 2011 | Conservation Genetics Resources, Vol. 3, No. 4The Genetic Mosaic of Iris Series Hexagonae in Florida: Inferences on the Holocene History of the Louisiana Irises and Anthropogenic Effects on Their DistributionInternational Journal of Plant Sciences, Vol. 172, No. 8Single-Strand Conformational Polymorphism of EST-SSRs: A Potential Tool for Diversity Analysis and Varietal Identification in Sugarcane25 September 2010 | Plant Molecular Biology Reporter, Vol. 29, No. 3Development of SSR and gene-targeted markers for construction of a framework linkage map of Catharanthus roseus1 August 2011 | Annals of Botany, Vol. 108, No. 2Development of microsatellite markers for a diving duck, the common pochard (Aythya ferina)22 February 2011 | Conservation Genetics Resources, Vol. 3, No. 3Microsatellite loci for the endangered growling grass frog (Litoria raniformis), with cross amplification in other Australian frog species4 March 2011 | Conservation Genetics Resources, Vol. 3, No. 3Development of 127 Novel Microsatellite Markers for the Pacific Abalone, Haliotis discus hannai1 June 2011 | Journal of the World Aquaculture Society, Vol. 42, No. 3Development of 30 Novel Polymorphic Expressed Sequence Tags (EST)-Derived Microsatellite Markers for the Miiuy Croaker, Miichthys miiuy15 June 2011 | International Journal of Molecular Sciences, Vol. 12, No. 6Isolation and characterization of eleven polymorphic microsatellite loci in Aegiphila sellowiana and their transferabilityBiologia plantarum, Vol. 55, No. 2Development of a multiplex PCR assay for fine‐scale population genetic analysis of the Komodo monitor Varanus komodoensis based on 18 polymorphic microsatellite loci6 February 2011 | Molecular Ecology Resources, Vol. 11, No. 3DNA Polymorphisms at Bermudagrass Microsatellite Loci and Their Use in Genotype Fingerprinting1 May 2011 | Crop Science, Vol. 51, No. 3Identification, Inheritance, and Variation of Microsatellite Markers in the Black Scallop Mimachlamys varia26 November 2010 | Biochemical Genetics, Vol. 49, No. 3-4Development, mapping and transferability of Fragaria EST-SSRs within the Rosodae supertribe1 April 2011 | Plant Breeding, Vol. 130, No. 2Isolation and multiplex genotyping of polymorphic microsatellite DNA markers in the snakehead murrel, Channa striata1 April 2011 | Genetics and Molecular Biology, Vol. 34, No. 2A genetic linkage map of the Japanese eel (Anguilla japonica) based on AFLP and microsatellite markersAquaculture, Vol. 310, No. 3-4Isolation of novel microsatellites using FIASCO by dual probe enrichment from Jatropha curcas L. and study on genetic equilibrium and diversity of Indian population revealed by isolated microsatellites11 March 2010 | Molecular Biology Reports, Vol. 37, No. 8Polymorphic microsatellite markers in the Neotropical forest tree Minquartia guianensis Aubl. (Olacaceae)9 April 2010 | Conservation Genetics Resources, Vol. 2, No. 1Significant differences in outcrossing rate, self-incompatibility, and inbreeding depression between two widely hybridizing species of Geum21 October 2010 | Biological Journal of the Linnean Society, Vol. 101, No. 4Isolation via enrichment and characterization of ten polymorphic microsatellite loci in the cuttlefish, Sepiella maindroni de Rochebruns24 February 2011 | Acta Oceanologica Sinica, Vol. 29, No. 6Development and characterization of SSR markers for pomegranate (Punica granatum L.) using an enriched library12 February 2010 | Conservation Genetics Resources, Vol. 2, No. S1Characterization of 13 polymorphic microsatellite loci in the European pine marten Martes martes24 July 2010 | Conservation Genetics Resources, Vol. 2, No. S1Novel microsatellites for multiplex PCRs in the Humpback grouper, Cromileptes altivelis (Valenciennes, 1828), and applications for broodstock managementAquaculture, Vol. 306, No. 1-4Isolation and characterization of 21 novel microsatellite markers from spotted halibut (Verasper variegatus)22 July 2009 | Aquaculture Research, Vol. 41, No. 6Genetic Linkage Maps6 October 2010Isolation and characterization of microsatellite markers in the queen scallop Aequipecten opercularis and their application to a population genetic study28 April 2010 | Aquatic Living Resources, Vol. 23, No. 2Novel SSR Markers for Polymorphism Detection in Pigeonpea ( Cajanus spp.)Plant Breeding, Vol. 129, No. 2Development of expressed sequence tag-derived microsatellite markers for Saccharina (Laminaria) japonica19 May 2009 | Journal of Applied Phycology, Vol. 22, No. 1Characterisation and inheritance of nuclear microsatellite loci for use in population studies of the allotetraploid Salix alba–Salix fragilis complex15 October 2009 | Tree Genetics & Genomes, Vol. 6, No. 2EST-SSR marker-based assay for the genetic purity assessment of safflower hybrids7 July 2009 | Euphytica, Vol. 170, No. 3Genetic Analysis of Porphyra yezoensis Using Microsatellite Markers3 June 2009 | Plant Molecular Biology Reporter, Vol. 27, No. 4Development of twelve polymorphic microsatellite markers in the edible cockle Cerastoderma edule (Bivalvia: Cardiidae)30 May 2009 | Conservation Genetics Resources, Vol. 1, No. 1Eighteen SSR-primers for tetraploid Adansonia digitata and its relatives29 August 2009 | Conservation Genetics Resources, Vol. 1, No. 1Characterization of polymorphic microsatellite loci in the ant Crematogaster scutellaris19 September 2009 | Conservation Genetics Resources, Vol. 1, No. 1Genetic relatedness and cultivar identification in a valuable garden species, Hesperantha coccinea ( Schizostylis coccinea)7 May 2009 | Plant Genetic Resources, Vol. 7, No. 03STAMP: Extensions to the STADEN sequence analysis package for high throughput interactive microsatellite marker design30 January 2009 | BMC Bioinformatics, Vol. 10, No. 1Microsatellite markers of water buffalo, Bubalus bubalis - development, characterisation and linkage disequilibrium studies21 October 2009 | BMC Genetics, Vol. 10, No. 1Identification and Characterization of Microsatellite Markers Useful for Genetic Analysis of Black Spruce (Picea mariana (Mill.) Populations19 October 2017 | Silvae Genetica, Vol. 58, No. 1-6Novel microsatellite markers suitable for genetic studies in the white button mushroom Agaricus bisporus12 May 2009 | Applied Microbiology and Biotechnology, Vol. 84, No. 6Isolation and characterization of twenty novel microsatellite markers for half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis)28 January 2009 | Conservation Genetics, Vol. 10, No. 5Isolation and characteristics of eight novel polymorphic microsatellite loci from the genome of garlic (Allium sativum L.)Scientia Horticulturae, Vol. 122, No. 3Development of microsatellite markers for common bean ( Phaseolus vulgaris L.) based on screening of non-enriched, small-insert genomic librariesGenome, Vol. 52, No. 9Development of 81 new polymorphic EST-derived microsatellite markers for the olive flounder, Paralichthys olivaceus21 October 2008 | Conservation Genetics, Vol. 10, No. 4EST-SSR markers derived from an elite barley cultivar ( Hordeum vulgare L. ‘Morex’): polymorphism and genetic marker potentialGenome, Vol. 52, No. 8Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci for the dace complex: Leuciscus leuciscus (Teleostei: Cyprinidae)Molecular Ecology Resources, Vol. 9, No. 4Development and optimization of sequence-tagged microsatellite site markers to detect genetic diversity within Colletotrichum capsici, a causal agent of chilli pepper anthracnose diseaseMolecular Ecology Resources, Vol. 9, No. 4Identification and cross-species amplification of EST derived SSR markers in different bamboo species4 July 2008 | Conservation Genetics, Vol. 10, No. 3Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci in the green leafhopper Empoasca vitis Goethe (Homoptera)Molecular Ecology Resources, Vol. 9, No. 3Isolation and characterization of polymorphic nuclear microsatellite loci in Pinus cembra L.Molecular Ecology Resources, Vol. 9, No. 3Isolation and characterization of microsatellites in the harlequin ladybird, Harmonia axyridis (Coleoptera, Coccinellidae), and cross-species amplification within the family CoccinellidaeMolecular Ecology Resources, Vol. 9, No. 3Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci in the freshwater fishes Telestes souffia and Telestes muticellus (Teleostei: Cyprinidae)Molecular Ecology Resources, Vol. 9, No. 3Evaluation of the genetic variability of homoeologous group 3 SSRS in bread wheat25 April 2009 | Cytology and Genetics, Vol. 43, No. 2Microsatellite markers for the endemic New Zealand long-tailed bat (Chalinolobus tuberculatus)31 January 2009 | Molecular Ecology Resources, Vol. 9, No. 2Development and evaluation of microsatellite markers in Phoenix dactylifera L. and their transferability to other Phoenix speciesBiologia plantarum, Vol. 53, No. 1Development and genetic mapping of SSR markers in foxtail millet [Setaria italica (L.) P. Beauv.]13 January 2009 | Theoretical and Applied Genetics, Vol. 118, No. 4Characterization of new polymorphic functional markers for sugarcaneGenome, Vol. 52, No. 2A Toolbox for Triticeae Genomics30 April 2009Molecular Marker Discovery and Genetic Map Visualisation5 August 2009Mining for SNPs and SSRs Using SNPServer, dbSNP and SSR Taxonomy Tree28 February 2009New Technologies for Ultra-High Throughput Genotyping in Plants3 February 2009Isolation of Microsatellites from Catharanthus roseus (L.) G. Don Using Enriched Libraries31 March 2009Informative genomic microsatellite markers for efficient genotyping applications in sugarcane23 October 2008 | Theoretical and Applied Genetics, Vol. 118, No. 2Development of EST-SSR Markers for the Study of Population Structure in Lettuce (Lactuca sativa L.)15 September 2008 | Journal of Heredity, Vol. 100, No. 2New polymorphic microsatellite loci for the Greek smooth newt, Lissotriton vulgaris graecus , and their utility in the nominotypical subspeciesMolecular Ecology Resources, Vol. 9, No. 1Eight polymorphic microsatellite markers for Rhinanthus minorMolecular Ecology Resources, Vol. 9, No. 1Development of polymorphic microsatellite markers for the human botfly, Dermatobia hominis (Diptera: Oestridae)Molecular Ecology Resources, Vol. 9, No. 1Physico-Chemical and Molecular Markers for Resistance to Insect Pests21 January 2010Characterization of AT-rich microsatellites in common bean (Phaseolus vulgaris L.)11 September 2008 | Theoretical and Applied Genetics, Vol. 118, No. 1Isolation and characterization of polymorphic nuclear microsatellite loci in Taxus baccata L.24 February 2008 | Conservation Genetics, Vol. 9, No. 6Isolation and characterization of novel microsatellite markers and their application for diversity assessment in cultivated groundnut (Arachis hypogaea)15 May 2008 | BMC Plant Biology, Vol. 8, No. 1Genome-wide identification of microsatellites in white clover (Trifolium repens L.) using FIASCO and phpSSRMiner16 July 2008 | Plant Methods, Vol. 4, No. 1Primer Note: A New Set of Highly Polymorphic Nuclear Microsatellite Markers for Nothofagus nervosa and Related South American Species14 October 2017 | Silvae Genetica, Vol. 57, No. 1-6Eleven polymorphic microsatellite markers for Oedaleus decorus (Orthoptera, Acrididae), an endangered grasshopper in Central EuropeMolecular Ecology Resources, Vol. 8, No. 6Isolation and characterization of polymorphic microsatellite markers from the velvet tree, Miconia calvescens DC. (Melastomataceae)Molecular Ecology Resources, Vol. 8, No. 5Microsatellite loci isolated from the tropical tree Hymenaea courbaril L. (Fabaceae)Molecular Ecology Resources, Vol. 8, No. 5Development and characterization of ten novel microsatellite markers from olive ridley sea turtle (Lepidochelys olivacea)11 October 2007 | Conservation Genetics, Vol. 9, No. 4Development and characterization of simple sequence repeats for flowering dogwood (Cornus florida L.)18 December 2007 | Tree Genetics & Genomes, Vol. 4, No. 3Development of highly polymorphic tetranucleotide microsatellite markers in Austrocedrus chilensis28 June 2008 | Molecular Ecology Resources, Vol. 8, No. 4Microsatellite markers for the drought-resistant earthworm Hormogaster elisae28 June 2008 | Molecular Ecology Resources, Vol. 8, No. 4Development and characterization of eight polymorphic microsatellite loci from Pistacia lentiscus L. (Anacardiaceae)28 June 2008 | Molecular Ecology Resources, Vol. 8, No. 4Isolation and characterization of microsatellites in Rattus rattus28 June 2008 | Molecular Ecology Resources, Vol. 8, No. 4Microsatellites for the genus Cucurbita and an SSR-based genetic linkage map of Cucurbita pepo L.1 April 2008 | Theoretical and Applied Genetics, Vol. 117, No. 1Characterization of 95 novel microsatellite markers for Zhikong scallop Chlamys farreri using FIASCO-colony hybridization and EST database miningFisheries Science, Vol. 74, No. 3The development of a genetic linkage map of blackcurrant (Ribes nigrum L.) and the identification of regions associated with key fruit quality and agronomic traits12 April 2007 | Euphytica, Vol. 161, No. 1-2Isolation and characterization of microsatellite markers for Cedrela odorata L. (Meliaceae), a high value neotropical tree16 May 2007 | Conservation Genetics, Vol. 9, No. 2A Genetic Study of a Salix Germplasm Resource Reveals New Insights into Relationships Among Subgenera, Sections and Species8 April 2008 | BioEnergy Research, Vol. 1, No. 1Expressed sequence tag-derived microsatellite markers for the zhikong scallop (Chlamys farreri) and their utility in two other scallop speciesAquaculture Research, Vol. 39, No. 5Genotyping elite genotypes within the Australian lentil breeding program with lentil-specific sequenced tagged microsatellite site (STMS) markersAustralian Journal of Agricultural Research, Vol. 59, No. 3Characterization of polymorphic microsatellite markers for the blowfly Chrysomya albiceps (Diptera: Calliphoridae)Molecular Ecology Resources, Vol. 8, No. 1SAT, a flexible and optimized Web application for SSR marker development29 November 2007 | BMC Bioinformatics, Vol. 8, No. 1DNA methods for identification of Chinese medicinal materials5 September 2007 | Chinese Medicine, Vol. 2, No. 1Genetic Structure and Gene Flow among South Florida Populations of Iris hexagona Walt. (Iridaceae) Assessed with 19 Microsatellite DNA LociInternational Journal of Plant Sciences, Vol. 168, No. 9Isolation and characterization of 150 novel microsatellite markers for Zhikong scallop (Chlamys farreri)Molecular Ecology Notes, Vol. 7, No. 6Development and characterization of novel microsatellite markers for the common earthworm (Lumbricus terrestris L

In hexaploid bread wheat ( Triticum aestivum L. em. Thell), ten members of the IWMMN ( International Wheat Microsatellites Mapping Network) collaborated in extending the microsatellite (SSR = simple sequence repeat) genetic map. Among a much larger number of microsatellite primer pairs developed as a part of the WMC ( Wheat Microsatellite Consortium), 58 out of 176 primer pairs tested were found to be polymorphic between the parents of the ITMI ( International Triticeae Mapping Initiative) mapping population W7984 x Opata 85 (ITMI pop). This population was used earlier for the construction of RFLP ( Restriction Fragment Length Polymorphism) maps in bread wheat (ITMI map). Using the ITMI pop and a framework map (having 266 anchor markers) prepared for this purpose, a total of 66 microsatellite loci were mapped, which were distributed on 20 of the 21 chromosomes (no marker on chromosome 6D). These 66 mapped microsatellite (SSR) loci add to the existing 384 microsatellite loci earlier mapped in bread wheat.

Summary In wheat, a lack of genetic diversity between breeding lines has been recognized as a significant block to future yield increases. Species belonging to bread wheat's secondary and tertiary gene pools harbour a much greater level of genetic variability, and are an important source of genes to broaden its genetic base. Introgression of novel genes from progenitors and related species has been widely employed to improve the agronomic characteristics of hexaploid wheat, but this approach has been hampered by a lack of markers that can be used to track introduced chromosome segments. Here, we describe the identification of a large number of single nucleotide polymorphisms that can be used to genotype hexaploid wheat and to identify and track introgressions from a variety of sources. We have validated these markers using an ultra‐high‐density Axiom ® genotyping array to characterize a range of diploid, tetraploid and hexaploid wheat accessions and wheat relatives. To facilitate the use of these, both the markers and the associated sequence and genotype information have been made available through an interactive web site.