Danielle Posthuma and colleagues perform a large meta-analysis for intelligence and determine genetic overlap with several neuropsychiatric and metabolic traits. They find 15 new significant loci and implicate 40 new genes, most of which are predominantly expressed in the brain. Intelligence is associated with important economic and health-related life outcomes1. Despite intelligence having substantial heritability2 (0.54) and a confirmed polygenic nature, initial genetic studies were mostly underpowered3,4,5. Here we report a meta-analysis for intelligence of 78,308 individuals. We identify 336 associated SNPs (METAL P < 5 × 10−8) in 18 genomic loci, of which 15 are new. Around half of the SNPs are located inside a gene, implicating 22 genes, of which 11 are new findings. Gene-based analyses identified an additional 30 genes (MAGMA P < 2.73 × 10−6), of which all but one had not been implicated previously. We show that the identified genes are predominantly expressed in brain tissue, and pathway analysis indicates the involvement of genes regulating cell development (MAGMA competitive P = 3.5 × 10−6). Despite the well-known difference in twin-based heritability2 for intelligence in childhood (0.45) and adulthood (0.80), we show substantial genetic correlation (rg = 0.89, LD score regression P = 5.4 × 10−29). These findings provide new insight into the genetic architecture of intelligence.

Bipolar disorder is a highly heritable psychiatric disorder that features episodes of mania and depression. We performed the largest genome-wide association study to date, including 20,352 cases and 31,358 controls of European descent, with follow-up analysis of 822 sentinel variants at loci with P<1x10-4 in an independent sample of 9,412 cases and 137,760 controls. In the combined analysis, 30 loci reached genome-wide significant evidence for association, of which 20 were novel. These significant loci contain genes encoding ion channels and neurotransmitter transporters (CACNA1C, GRIN2A, SCN2A, SLC4A1), synaptic components (RIMS1, ANK3), immune and energy metabolism components. Bipolar disorder type I (depressive and manic episodes; ~73% of our cases) is strongly genetically correlated with schizophrenia whereas bipolar disorder type II (depressive and hypomanic episodes; ~17% of our cases) is more strongly correlated with major depressive disorder. These findings address key clinical questions and provide potential new biological mechanisms for bipolar disorder.

Childhood maltreatment is highly prevalent and serves as a risk factor for mental and physical disorders. Self-reported childhood maltreatment appears heritable, but the specific genetic influences on this phenotype are largely unknown. The aims of this study were to 1) identify genetic variation associated with reported childhood maltreatment, 2) calculate the relevant SNP−based heritability estimates, and 3) quantify the genetic overlap of reported childhood maltreatment with mental and physical health−related phenotypes. Genome-wide association analysis for childhood maltreatment was undertaken, using a discovery sample from the UK Biobank (UKBB) (n=124,000) and a replication sample from the Psychiatric Genomics Consortium−posttraumatic stress disorder working group (PGC−PTSD) (n=26,290). Heritability estimations for childhood maltreatment and genetic correlations with mental/physical health traits were calculated using linkage disequilibrium score regression (LDSR). Two genome−wide significant loci associated with childhood maltreatment, located on chromosomes 3p13 (rs142346759, beta=0.015, p=4.35x10−8, FOXP1) and 7q31.1 (rs10262462, beta=−0.016, p=3.24x10−8, FOXP2), were identified in the discovery dataset but were not replicated in the PGC-PTSD sample. SNP-based heritability for childhood maltreatment was estimated to be ~6%. Childhood maltreatment was most significantly genetically correlated with depressive symptoms (rg=0.70, p=4.65x10−40). This is the first large-scale genetic study to identify specific variants associated with self−reported childhood maltreatment. FOXP genes could influence traits such as depression and thereby be relevant to childhood maltreatment. Alternatively, these variants may be associated with a greater likelihood of reporting maltreatment. A clearer understanding of the genetic relationships of childhood maltreatment, including particular abuse subtypes, with various psychiatric disorders, may ultimately be useful in in developing targeted treatment and prevention strategies.