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James McCarthy
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AusTraits – a curated plant trait database for the Australian flora

Daniel Falster et al.Jan 7, 2021
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Abstract We introduce the AusTraits database - a compilation of measurements of plant traits for taxa in the Australian flora (hereafter AusTraits). AusTraits synthesises data on 375 traits across 29230 taxa from field campaigns, published literature, taxonomic monographs, and individual taxa descriptions. Traits vary in scope from physiological measures of performance (e.g. photosynthetic gas exchange, water-use efficiency) to morphological parameters (e.g. leaf area, seed mass, plant height) which link to aspects of ecological variation. AusTraits contains curated and harmonised individual-, species- and genus-level observations coupled to, where available, contextual information on site properties. This data descriptor provides information on version 2.1.0 of AusTraits which contains data for 937243 trait-by-taxa combinations. We envision AusTraits as an ongoing collaborative initiative for easily archiving and sharing trait data to increase our collective understanding of the Australian flora.
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Disturbance‐mediated community characteristics and anthropogenic pressure intensify understorey plant invasions in natural forests

Peter Bellingham et al.Jul 8, 2024
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Abstract Although disturbance is considered a major driver of plant invasions across many systems, our understanding of the mechanisms by which disturbance mediates understorey invasions in natural forests is limited. We used a national natural forest inventory dataset spanning New Zealand's wide climatic and soil fertility gradients to disentangle disturbance‐mediated community characteristics driving abundance, species richness and functional composition of understorey plant invasions. Disturbance‐mediated declines in canopy tree abundance and increases in soil fertility and pH increased non‐native plant richness and cover relative to co‐occurring native plant assemblages. Cover of non‐native species also increased with proximity to anthropogenic land cover. Non‐native plant assemblages had higher community‐weighted mean (CWM) values for specific leaf area (SLA) but lower CWM values for height and woodiness relative to native assemblages irrespective of disturbance. However, greater nearby anthropogenic land cover drove increased woodiness in non‐native assemblages but decreased woodiness in co‐occurring native assemblages. Synthesis : Our study provides the first national‐scale evidence that canopy disturbance effects on soil properties increase both richness and abundance of non‐native plants in natural forest understories. We also revealed functional trait differences between native and non‐native assemblages (SLA in particular), which could alter fundamental forest ecosystem processes like litter decomposition and nutrient cycling. Finally, landscape‐scale anthropogenic impacts may exacerbate forest invasions by increasing non‐native abundance and favouring woody invaders, which may achieve dominance in future forest communities over the longer‐term.
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Integrative analysis of large scale transcriptome data draws a comprehensive functional landscape ofPhaeodactylum tricornutumgenome and evolutionary origin of diatoms

Achal Rastogi et al.Aug 14, 2017
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Abstract Diatoms are one of the most successful and ecologically important groups of eukaryotic phytoplankton in the modern ocean. Deciphering their genomes is a key step towards better understanding of their biological innovations, evolutionary origins, and ecological underpinnings. Here, we have used 90 RNA-Seq datasets from different growth conditions combined with published expressed sequence tags and protein sequences from multiple taxa to explore the genome of the model diatom Phaeodactylum tricornutum, and introduce 1,489 novel genes. The new annotation additionally permitted the discovery for the first time of extensive alternative splicing (AS) in diatoms, including intron retention and exon skipping which increases the diversity of transcripts to regulate gene expression in response to nutrient limitations. In addition, we have used up-to-date reference sequence libraries to dissect the taxonomic origins of diatom genomes. We show that the P. tricornutum genome is replete in lineage-specific genes, with up to 47% of the gene models present only possessing orthologues in other stramenopile groups. Finally, we have performed a comprehensive de novo annotation of repetitive elements showing novel classes of TEs such as SINE, MITE, LINE and TRIM/LARD. This work provides a solid foundation for future studies of diatom gene function, evolution and ecology.
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Ecological succession shapes size–density scaling relationships of trees and soil invertebrates

Poppy Romera et al.Aug 9, 2024
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Abstract The widely observed negative scaling relationship between organism size and abundance is predicted to have a universal −0.75 scaling exponent across all life forms. However, factors influencing frequently observed deviations from this exponent, such as ecosystem succession and organism traits, remain poorly understood. We explore the dependence of size–density scaling on ecosystem succession and organism traits by analysing size–density relationships in trees and soil invertebrates across 183 temperate forest plots comprising urban secondary forests, urban old‐growth forests and non‐urban natural forests. Exponents of scaling relationships in urban tree and invertebrate communities progressively steepened with increasing restored (planted) forest stand age as small organisms increased in abundance. In contrast, non‐urban tree scaling relationships flattened during succession with exponents veering away from −0.75, whereas urban tree and invertebrate communities converged towards this prediction in later successional stages. Our results shed light on how the body size structure of tree and soil invertebrate communities spanning multiple trophic levels shift over successional time as the relative abundances of large versus small‐bodied organisms increase. This study emphasises the fundamental influence of organismal traits and ecosystem succession on scaling relationships of organism body size and abundance. Read the free Plain Language Summary for this article on the Journal blog.
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Areas of global importance for terrestrial biodiversity, carbon, and water

Martin Jung et al.Apr 16, 2020
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To meet the ambitious objectives of biodiversity and climate conventions, countries and the international community require clarity on how these objectives can be operationalized spatially, and multiple targets be pursued concurrently. To support governments and political conventions, spatial guidance is needed to identify which areas should be managed for conservation to generate the greatest synergies between biodiversity and nature's contribution to people (NCP). Here we present results from a joint optimization that maximizes improvements in species conservation status, carbon retention and water provisioning and rank terrestrial conservation priorities globally. We found that, selecting the top-ranked 30% (respectively 50%) of areas would conserve 62.4% (86.8%) of the estimated total carbon stock and 67.8% (90.7%) of all clean water provisioning, in addition to improving the conservation status for 69.7% (83.8%) of all species considered. If priority was given to biodiversity only, managing 30% of optimally located land area for conservation may be sufficient to improve the conservation status of 86.3% of plant and vertebrate species on Earth. Our results provide a global baseline on where land could be managed for conservation. We discuss how such a spatial prioritisation framework can support the implementation of the biodiversity and climate conventions.### Competing Interest StatementThe authors have declared no competing interest.