There is increasing evidence that genome-wide association (GWA) studies represent a powerful approach to the identification of genes involved in common human diseases. We describe a joint GWA study (using the Affymetrix GeneChip 500K Mapping Array Set) undertaken in the British population, which has examined ∼2,000 individuals for each of 7 major diseases and a shared set of ∼3,000 controls. Case-control comparisons identified 24 independent association signals at P < 5 × 10-7: 1 in bipolar disorder, 1 in coronary artery disease, 9 in Crohn’s disease, 3 in rheumatoid arthritis, 7 in type 1 diabetes and 3 in type 2 diabetes. On the basis of prior findings and replication studies thus-far completed, almost all of these signals reflect genuine susceptibility effects. We observed association at many previously identified loci, and found compelling evidence that some loci confer risk for more than one of the diseases studied. Across all diseases, we identified a large number of further signals (including 58 loci with single-point P values between 10-5 and 5 × 10-7) likely to yield additional susceptibility loci. The importance of appropriately large samples was confirmed by the modest effect sizes observed at most loci identified. This study thus represents a thorough validation of the GWA approach. It has also demonstrated that careful use of a shared control group represents a safe and effective approach to GWA analyses of multiple disease phenotypes; has generated a genome-wide genotype database for future studies of common diseases in the British population; and shown that, provided individuals with non-European ancestry are excluded, the extent of population stratification in the British population is generally modest. Our findings offer new avenues for exploring the pathophysiology of these important disorders. We anticipate that our data, results and software, which will be widely available to other investigators, will provide a powerful resource for human genetics research. With the advent of many more markers in the human genome, it has become possible to search for genes associated with human disease without having to narrow down candidate regions of the genome first. In a ground-breaking publication, the Wellcome Trust Case Control Consortium reports an exciting genome-wide association study of some 17,000 individuals for seven common familial diseases. The analysis confirms previously identified loci and provides strong evidence for many novel disease susceptibility genes. An exciting genome-wide association study in the British population for seven common diseases. This analysis confirms previously identified loci and provides strong evidence for many novel disease susceptibility loci.

chemical findings stable.The packed cell volume was 0 27.With hypertonic peritoneal dialysis his weight decreased by 1 6 kg, but blood pressure remained raised at 230/130 mm Hg, and the next day he suffered two generalised seizures.Packed cell volume was 0-35.Phenytoin was started.He was discharged on 17 December, normotensive with no neurological sequelae, and taking no antihypertensive medication.Phenytoin was subsequently withdrawn.He had a cadaveric renal transplant in 1987 and remained well with a blood pressure of 130/80 mm Hg.

Summary

Background

 Data for trends in prevalence of asthma, allergic rhinoconjunctivitis, and eczema over time are scarce. We repeated the International Study of Asthma and Allergies in Childhood (ISAAC) at least 5 years after Phase One, to examine changes in the prevalence of symptoms of these disorders. 

Methods

 For the ISAAC Phase Three study, between 2002 and 2003, we did a cross-sectional questionnaire survey of 193 404 children aged 6–7 years from 66 centres in 37 countries, and 304 679 children aged 13–14 years from 106 centres in 56 countries, chosen from a random sample of schools in a defined geographical area. 

Findings

 Phase Three was completed a mean of 7 years after Phase One. Most centres showed a change in prevalence of 1 or more SE for at least one disorder, with increases being twice as common as decreases, and increases being more common in the 6–7 year age-group than in the 13–14 year age-group, and at most levels of mean prevalence. An exception was asthma symptoms in the older age-group, in which decreases were more common at high prevalence. For both age-groups, more centres showed increases in all three disorders more often than showing decreases, but most centres had mixed changes. 

Interpretation

 The rise in prevalence of symptoms in many centres is concerning, but the absence of increases in prevalence of asthma symptoms for centres with existing high prevalence in the older age-group is reassuring. The divergent trends in prevalence of symptoms of allergic diseases form the basis for further research into the causes of such disorders.

We have genotyped 14,436 nonsynonymous SNPs (nsSNPs) and 897 major histocompatibility complex (MHC) tag SNPs from 1,000 independent cases of ankylosing spondylitis (AS), autoimmune thyroid disease (AITD), multiple sclerosis (MS) and breast cancer (BC). Comparing these data against a common control dataset derived from 1,500 randomly selected healthy British individuals, we report initial association and independent replication in a North American sample of two new loci related to ankylosing spondylitis, ARTS1 and IL23R, and confirmation of the previously reported association of AITD with TSHR and FCRL3. These findings, enabled in part by increased statistical power resulting from the expansion of the control reference group to include individuals from the other disease groups, highlight notable new possibilities for autoimmune regulation and suggest that IL23R may be a common susceptibility factor for the major 'seronegative' diseases.

To identify common variants influencing body mass index (BMI), we analyzed genome-wide association data from 16,876 individuals of European descent. After previously reported variants in FTO, the strongest association signal (rs17782313, P = 2.9 × 10−6) mapped 188 kb downstream of MC4R (melanocortin-4 receptor), mutations of which are the leading cause of monogenic severe childhood-onset obesity. We confirmed the BMI association in 60,352 adults (per-allele effect = 0.05 Z-score units; P = 2.8 × 10−15) and 5,988 children aged 7–11 (0.13 Z-score units; P = 1.5 × 10−8). In case-control analyses (n = 10,583), the odds for severe childhood obesity reached 1.30 (P = 8.0 × 10−11). Furthermore, we observed overtransmission of the risk allele to obese offspring in 660 families (P (pedigree disequilibrium test average; PDT-avg) = 2.4 × 10−4). The SNP location and patterns of phenotypic associations are consistent with effects mediated through altered MC4R function. Our findings establish that common variants near MC4R influence fat mass, weight and obesity risk at the population level and reinforce the need for large-scale data integration to identify variants influencing continuous biomedical traits.

A genome-wide association scan in individuals with Crohn's disease by the Wellcome Trust Case Control Consortium detected strong association at four novel loci. We tested 37 SNPs from these and other loci for association in an independent case-control sample. We obtained replication for the autophagy-inducing IRGM gene on chromosome 5q33.1 (replication P = 6.6 × 10−4, combined P = 2.1 × 10−10) and for nine other loci, including NKX2-3, PTPN2 and gene deserts on chromosomes 1q and 5p13.

Abstract

 Objective: To test the hypothesis that minor chronic insults such as smoking, chronic bronchitis, and two persistent bacterial infections may be associated with increases in C reactive protein concentration within the normal range and that variations in the C reactive protein concentration in turn may be associated with levels of cardiovascular risk factors and chronic coronary heart disease. Design: Population based cross sectional study. Setting: General practices in Merton, Sutton, and Wandsworth. Subjects: A random sample of 388 men aged 50-69 years from general practice registers. 612 men were invited to attend and 413 attended, of whom 25 non-white men were excluded. The first 303 of the remaining 388 men had full risk factor profiles determined. Interventions: Measurements of serum C reactive protein concentrations by in house enzyme linked immunosorbent assay (ELISA); other determinations by standard methods. Coronary heart disease was sought by the Rose angina questionnaire and Minnesota coded electrocardiograms. Main outcome measures: Serum C reactive protein concentrations, cardiovascular risk factor levels, and the presence of coronary heart disease. Results: Increasing age, smoking, symptoms of chronic bronchitis, Helicobacter pylori and Chlamydia pneumoniae infections, and body mass index were all associated with raised concentrations of C reactive protein. C Reactive protein concentration was associated with raised serum fibrinogen, sialic acid, total cholesterol, triglyceride, glucose, and apolipoprotein B values. C Reactive protein concentration was negatively associated with high density lipoprotein cholesterol concentration. There was a weaker positive relation with low density lipoprotein cholesterol concentration and no relation with apolipoprotein A I value. C Reactive protein concentration was also strongly associated with coronary heart disease. Conclusion: The body9s response to inflammation may play an important part in influencing the progression of atherosclerosis. The association of C reactive protein concentration with coronary heart disease needs testing in prospective studies. 

Key messages

 Factors that determine levels of inflammatory mediators in the normal general population have not been explored, nor has their relation to cardio- vascular risk factors Among 50-69 year old men many environmental and lifestyle risk factors for cardiovascular disease are associated with raised serum concentrations of C reactive protein Circulating concentrations of lipids, glucose, and clotting factors are also associated with serum C reactive protein concentrations The body9s response to inflammation may influence the development of atherosclerosis

Philip De Jager and colleagues report results of a large genome-wide association and replication study for multiple sclerosis. The work uncovers three new susceptibility loci for MS, including common and rare variants at TNFRSF1A and common variants at IRF8 and CD6. We report the results of a meta-analysis of genome-wide association scans for multiple sclerosis (MS) susceptibility that includes 2,624 subjects with MS and 7,220 control subjects. Replication in an independent set of 2,215 subjects with MS and 2,116 control subjects validates new MS susceptibility loci at TNFRSF1A (combined P = 1.59 × 10−11), IRF8 (P = 3.73 × 10−9) and CD6 (P = 3.79 × 10−9). TNFRSF1A harbors two independent susceptibility alleles: rs1800693 is a common variant with modest effect (odds ratio = 1.2), whereas rs4149584 is a nonsynonymous coding polymorphism of low frequency but with stronger effect (allele frequency = 0.02; odds ratio = 1.6). We also report that the susceptibility allele near IRF8, which encodes a transcription factor known to function in type I interferon signaling, is associated with higher mRNA expression of interferon-response pathway genes in subjects with MS.

Our genome-wide association study of celiac disease previously identified risk variants in the IL2–IL21 region. To identify additional risk variants, we genotyped 1,020 of the most strongly associated non-HLA markers in an additional 1,643 cases and 3,406 controls. Through joint analysis including the genome-wide association study data (767 cases, 1,422 controls), we identified seven previously unknown risk regions (P < 5 × 10−7). Six regions harbor genes controlling immune responses, including CCR3, IL12A, IL18RAP, RGS1, SH2B3 (nsSNP rs3184504) and TAGAP. Whole-blood IL18RAP mRNA expression correlated with IL18RAP genotype. Type 1 diabetes and celiac disease share HLA-DQ, IL2–IL21, CCR3 and SH2B3 risk regions. Thus, this extensive genome-wide association follow-up study has identified additional celiac disease risk variants in relevant biological pathways.

BACKGROUND--There is evidence suggesting that early life experience may influence adult risk of coronary heart disease (CHD). Chronic bacterial infections have been associated with CHD. OBJECTIVE--To determine whether Helicobacter pylori, a childhood acquired chronic bacterial infection, is associated with an increased risk of coronary heart disease in later life. DESIGN--Case-control study controlling for potential confounding variables with an opportunistically recruited control group. SUBJECTS--111 consecutive cases with documented CHD were recruited from a cardiology clinic and 74 controls from a general practice health screening clinic. All were white men aged 45-65. METHODS--Serum was analysed for the presence of H pylori specific IgG antibodies by ELISA (98% sensitive and 94% specific for the presence of infection). RESULTS--59% of the cases and 39% of the controls were seropositive for H pylori (odds ratio 2.28, chi 2 7.35, p = 0.007). After adjustment by multiple logistic regression for age, cardiovascular risk factors, and current social class, the effect of H pylori was little altered (odds ratio 2.15, p = 0.03). Further adjustment for various features of the childhood environment known to be risk factors for H pylori infection only slightly weakened the association (odds ratio 1.9). H pylori seropositivity was not related to the level of risk factors in the control population. CONCLUSION--In this pilot study the association of adult coronary heart disease with H pylori seropositivity suggests that the early childhood environment may be important in determining the risk of CHD in adult life. The association needs confirmation in other better designed studies. If H pylori itself is responsible for the association, then this is of great potential importance as the infection is treatable.