MW
Marius Wernig
Author with expertise in Induction and Differentiation of Pluripotent Stem Cells
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
49
(73% Open Access)
Cited by:
37,623
h-index:
68
/
i10-index:
120
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Genome-wide maps of chromatin state in pluripotent and lineage-committed cells

Tarjei Mikkelsen et al.Jul 1, 2007
We report the application of single-molecule-based sequencing technology for high-throughput profiling of histone modifications in mammalian cells. By obtaining over four billion bases of sequence from chromatin immunoprecipitated DNA, we generated genome-wide chromatin-state maps of mouse embryonic stem cells, neural progenitor cells and embryonic fibroblasts. We find that lysine 4 and lysine 27 trimethylation effectively discriminates genes that are expressed, poised for expression, or stably repressed, and therefore reflect cell state and lineage potential. Lysine 36 trimethylation marks primary coding and non-coding transcripts, facilitating gene annotation. Trimethylation of lysine 9 and lysine 20 is detected at satellite, telomeric and active long-terminal repeats, and can spread into proximal unique sequences. Lysine 4 and lysine 9 trimethylation marks imprinting control regions. Finally, we show that chromatin state can be read in an allele-specific manner by using single nucleotide polymorphisms. This study provides a framework for the application of comprehensive chromatin profiling towards characterization of diverse mammalian cell populations. Although they contain the same set of genes, different cell types in a multicellular organism maintain very different behaviours. These cell states are thought to be related to chromatin state — that is, modifications to histones and other proteins that package the genome. Single-molecule sequencing technology has now been used to construct chromatin-state maps for mouse embryonic stem cells and two other more developmentally advanced cell types, revealing the genome-wide distribution of important chromatin modifications. The study provides pointers for the use of chromatin profiling on mammalian cell populations, including those of abnormal cells, such as cancer. Single-molecule-based sequencing technology is applied to generate genome-wide maps of chromatin modifications in mammalian cells. Histone marks can discriminate genes that are active, poised for activation, or stably repressed and therefore reflect cell state and developmental potential.
0
Citation3,965
0
Save
0

Direct conversion of fibroblasts to functional neurons by defined factors

Thomas Vierbuchen et al.Jan 27, 2010
Cellular differentiation and lineage commitment are considered to be robust and irreversible processes during development. Recent work has shown that mouse and human fibroblasts can be reprogrammed to a pluripotent state with a combination of four transcription factors. This raised the question of whether transcription factors could directly induce other defined somatic cell fates, and not only an undifferentiated state. We hypothesized that combinatorial expression of neural-lineage-specific transcription factors could directly convert fibroblasts into neurons. Starting from a pool of nineteen candidate genes, we identified a combination of only three factors, Ascl1, Brn2 (also called Pou3f2) and Myt1l, that suffice to rapidly and efficiently convert mouse embryonic and postnatal fibroblasts into functional neurons in vitro. These induced neuronal (iN) cells express multiple neuron-specific proteins, generate action potentials and form functional synapses. Generation of iN cells from non-neural lineages could have important implications for studies of neural development, neurological disease modelling and regenerative medicine. The discovery that differentiated cells such as fibroblasts can be reprogrammed to pluripotency, producing iPS (induced pluripotent stem) cells, has generated much interest because of their potential therapeutic uses. Now Vierbuchen et al. show that mature differentiated cells can be directed, using a cocktail of transcription factors distinct from those used for generating iPS cells, to form functional neurons in vitro, without having to revert the fibroblasts to an embryonic state. Just three factors, Ascl1, Brn2 (Pou3f2) and Myt1l, suffice to convert mouse embryonic and postnatal fibroblasts into functional neurons. Mouse and human fibroblasts can be reprogrammed to a pluripotent state with a combination of four transcription factors. Here, mature differentiated cells are directed, via a combination of a few transcription factors (distinct from those described for generating iPS cells), to form functional neurons in vitro, without having to revert the fibroblasts to an embryonic state.
0
Citation2,850
0
Save
0

Genome-scale DNA methylation maps of pluripotent and differentiated cells

Alexander Meissner et al.Jul 3, 2008
DNA methylation is essential for normal development and has been implicated in many pathologies including cancer. Our knowledge about the genome-wide distribution of DNA methylation, how it changes during cellular differentiation and how it relates to histone methylation and other chromatin modifications in mammals remains limited. Here we report the generation and analysis of genome-scale DNA methylation profiles at nucleotide resolution in mammalian cells. Using high-throughput reduced representation bisulphite sequencing and single-molecule-based sequencing, we generated DNA methylation maps covering most CpG islands, and a representative sampling of conserved non-coding elements, transposons and other genomic features, for mouse embryonic stem cells, embryonic-stem-cell-derived and primary neural cells, and eight other primary tissues. Several key findings emerge from the data. First, DNA methylation patterns are better correlated with histone methylation patterns than with the underlying genome sequence context. Second, methylation of CpGs are dynamic epigenetic marks that undergo extensive changes during cellular differentiation, particularly in regulatory regions outside of core promoters. Third, analysis of embryonic-stem-cell-derived and primary cells reveals that 'weak' CpG islands associated with a specific set of developmentally regulated genes undergo aberrant hypermethylation during extended proliferation in vitro, in a pattern reminiscent of that reported in some primary tumours. More generally, the results establish reduced representation bisulphite sequencing as a powerful technology for epigenetic profiling of cell populations relevant to developmental biology, cancer and regenerative medicine.
0
Citation2,415
0
Save
0

Dissecting direct reprogramming through integrative genomic analysis

Tarjei Mikkelsen et al.May 28, 2008
Somatic cells can be reprogrammed to a pluripotent state through the ectopic expression of defined transcription factors. Understanding the mechanism and kinetics of this transformation may shed light on the nature of developmental potency and suggest strategies with improved efficiency or safety. Here we report an integrative genomic analysis of reprogramming of mouse fibroblasts and B lymphocytes. Lineage-committed cells show a complex response to the ectopic expression involving induction of genes downstream of individual reprogramming factors. Fully reprogrammed cells show gene expression and epigenetic states that are highly similar to embryonic stem cells. In contrast, stable partially reprogrammed cell lines show reactivation of a distinctive subset of stem-cell-related genes, incomplete repression of lineage-specifying transcription factors, and DNA hypermethylation at pluripotency-related loci. These observations suggest that some cells may become trapped in partially reprogrammed states owing to incomplete repression of transcription factors, and that DNA de-methylation is an inefficient step in the transition to pluripotency. We demonstrate that RNA inhibition of transcription factors can facilitate reprogramming, and that treatment with DNA methyltransferase inhibitors can improve the overall efficiency of the reprogramming process. The ability to persuade fully differentiated (somatic) human cells into a pluripotent stem cell state reliably would be a great advance in regenerative medicine. Recent work in human and mouse cells showed that such reprogramming is possible, but current routes to iPS (induced pluripotent stem) cells are inefficient and the mechanisms involved are poorly understood. Now a genomic analysis of the reprogramming of murine fibroblasts and B lymphocytes, together with an analysis of the chromatin state and DNA methylation, throws light on the obstacles that prevent most cells from reprogramming. It seems that some cells become trapped in partially reprogrammed states due to incomplete repression of transcription factors, that transient RNA inhibition of transcription factors can aid reprogramming, and that treatment with DNA methyltransferase inhibitors can improve the efficiency of the reprogramming process. A genomic analysis of the reprogramming of murine fibroblasts and B lymphocytes was performed. It is shown that fully reprogrammed cells display gene expression and epigenetic states that are highly similar to embryonic stem cells. But in stable partially reprogrammed cell lines, there is reactivation of a distinct subset of stem cell-related genes and incomplete repression of lineage-specifying transcription factors.
0
Citation1,456
0
Save
Load More