Abstract The path of ribosomes on mRNAs can be impeded by various obstacles. One such example is halting of ribosome movement by microRNAs, though the exact mechanism and physiological role remain unclear. Here, we find that ribosome stalling caused by the Argonaute-microRNA-SGS3 complex regulates the production of secondary small interfering RNAs (siRNAs) in plants. We show that the double-stranded RNA-binding protein SGS3 directly interacts with the 3′ end of the microRNA in an Argonaute protein, resulting in ribosome stalling. Importantly, microRNA-mediated ribosome stalling positively correlates with efficient production of secondary siRNAs from target mRNAs. Our results illustrate a role for paused ribosomes in regulation of small RNA function that may have broad biological implications across the plant kingdom.

SUMMARY Investigation of plant-bacteria interactions requires quantification of in planta bacterial titers by means of colony counting assays. However, colony counting assays are cumbersome and time-consuming, and are unable to detect spatial patterns of bacterial colonization in plants. Here, to overcome these shortcomings, we devised a broadly applicable genetic engineering tool for bioluminescence-based quantitative and spatial detection of bacteria in plants. We developed plasmid vectors that have broad host ranges and enable Tn 7 transposon-mediated integration of the luxCDABE luciferase operon into a specific genomic location ubiquitously found across bacterial phyla. These vectors allowed for generation of bioluminescent transformants of various plant pathogenic bacteria belonging to the genera Pseudomonas, Rhizobium ( Agrobacterium ), and Ralstonia . The bioluminescent transformant of Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000 ( Pto -lux) was as virulent in Arabidopsis thaliana as its parental strain. Direct luminescence measurements of Pto -lux-inoculated plant tissues reported bacterial titers in A. thaliana, Solanum lycopersicum, Nicotiana benthamiana , and Marchantia polymorpha as accurately as conventional colony counting assays. We further showed the utility of our vectors for converting the previously generated Pto derivatives to isogenic bioluminescent strains. Importantly, quantitative bioluminescence assays using these Pto -lux strains accurately reported the effects of plant immunity and bacterial effectors on bacterial growth with a dynamic range of 4 orders of magnitude. Moreover, macroscopic bioluminescence imaging illuminated spatial colonization patterns of the Pto -lux in/on inoculated plant tissues. Taken together, our vectors offer untapped opportunities for developing bioluminescence-based quantitative and spatial analysis of bacterial growth in a variety of plant-bacteria interactions. SIGNIFICANCE STATEMENT We developed broad-host-range plasmid vectors that integrate the luciferase operon, luxCDABE , into a specific genomic location ubiquitously found across bacterial phyla. Using these vectors, we established a high-throughput method for bioluminescence-based quantitative assays of in planta bacterial growth with a dynamic range of 4 orders of magnitude and visualized spatiotemporal patterns of bacterial colonization in/on inoculated plant tissues.

Summary Plant nucleotide-binding leucine-rich repeat receptors (NLRs) initiate immune responses and the hypersensitive response by recognizing pathogen effectors. Xa1 encodes an NLR with an N-terminal BED domain, and recognizes transcription activator-like (TAL) effectors of Xanthomonas oryzae pv. oryzae ( Xoo ). The molecular mechanisms controlling the recognition of TAL effectors by Xa1 and the subsequent induction of immunity remain poorly understood. Xa1 interacts in the nucleus with two TAL effectors via the BED domain. We identified the AP2/ERF-type transcription factor OsERF101/OsRAP2.6 as an interactor with Xa1, and found that it also interacts with the TAL effectors. Overexpression of OsERF101 exhibited an enhanced resistance to an incompatible Xoo strain only in the presence of Xa1, indicating that OsERF101 functions as a positive regulator of Xa1-mediated immunity. Unexpectedly, oserf101 mutants also showed enhanced Xa1-dependent resistance, but in a different manner from the overexpressing plants. This result revealed an additional Xa1-mediated immune pathway that is negatively regulated by OsERF101. Furthermore, OsERF101 directly interacted with the TAL effectors. Our results show that OsERF101 regulates the recognition of TAL effectors and the Xa1-mediated activation of the immune response. These data provide new insights into the molecular mechanism of NLR-mediated immunity in plants.

Summary Chitin is a well-known elicitor of disease resistance whose recognition by plants is crucial to perceive fungal infections. Chitin can induce both a local immune response and a systemic disease resistance when provided as a supplement in soils. Unlike local immune responses, how chitin-induced systemic disease resistance is deployed has not been studied in detail. In this study, we evaluated systemic disease resistance against the fungal pathogen Bipolaris oryzae by performing a transcriptome analysis and monitoring cell-wall composition in rice plants grown in chitin-supplemented soils. We also examined the local immune response to chitin by measuring the production of reactive oxygen species in leaves. Chitins induced both local immune response and systemic disease resistance with differing requirements for the receptors OsCERK1 and OsCEBiP. Transcriptome analysis suggested that a perturbation in cell-wall biogenesis is involved in the induction of systemic disease resistance, an idea which was supported by the induction of disease resistance by treatment with a cellulose biosynthesis inhibitor and alterations of cell-wall composition. These findings suggest that chitin-induced systemic disease resistance in rice is caused by a perturbation of cell-wall biogenesis in leaves through long-distance signalling after recognition of chitins by OsCERK1 and OsCEBiP.

Abstract Despite the plant health-promoting effects of plant microbiota, these assemblages also comprise potentially detrimental microbes. How plant immunity controls its microbiota to promote plant health under these conditions remains largely unknown. We found that commensal bacteria isolated from healthy Arabidopsis plants trigger diverse patterns of reactive oxygen species (ROS) production via the NADPH oxidase RBOHD that selectively inhibited specific commensals, notably Xanthomonas L148. Through random mutagenesis, we found that L148 gspE , encoding a type II secretion system (T2SS) component, is required for the damaging effects of Xanthomonas L148 on rbohD mutant plants. In planta bacterial transcriptomics revealed that RBOHD suppresses most T2SS gene expression including gspE . L148 colonization protected plants against a bacterial pathogen, when gspE was inhibited by ROS or mutation. Thus, a negative feedback loop between Arabidopsis ROS and the bacterial T2SS tames a potentially detrimental leaf commensal and turns it into a microbe beneficial to the host.

ABSTRACT Abiotic and biotic environments influence a myriad of plant-related processes, including growth, development, and the establishment and maintenance of interaction(s) with microbes. As a driver of this signaling between plants and microbes, the role of plant hormones in both surveillance and signaling has emerged as a point of intersection between plant-abiotic and -biotic responses. In the current study, we elucidate a role for NON-RACE-SPECIFIC DISEASE RESISTANCE1 (NDR1) by exploiting effector-triggered immunity (ETI) to define the regulation of plant host immunity in response to both pathogen infection and elevated temperature. We generated time-series RNA sequencing data of WT Col-0, a NDR1 overexpression line, as well as ndr1 and ics1-2 mutant plants under elevated temperature. Not surprisingly, the NDR1-overexpression line showed genotype-specific gene expression changes related to defense response and immune system function. Interestingly, overexpression of NDR1 revealed a role for NDR1 in immune system function; specifically, we describe a mechanism that intersects with Pseudomonas syringae , type-III effector translocation, R-protein signaling complex stabilization, and sustained levels of SA at elevated temperature during ETI. The results described herein support a role for NDR1 in maintaining cell signaling during simultaneous exposure to elevated temperature and avirulent pathogen stressors. One-sentence summary NDR1 is required for Pst -AvrRpt2 triggered ETI at elevated temperature.

Abstract Recognition of microbial molecules triggers energy-intensive defence systems. Although successful defence should therefore depend on energy availability, whether and, if so, how cellular metabolic information is molecularly input into defence remains unclear. We show that sugar, especially glucose-6-phosphate (G6P), plays a key role in regulating the types and amplitudes of defence outputs in Arabidopsis thaliana . Under sugar-sufficient conditions, protein and phosphorylation levels of calcium-dependent protein kinase 5 (CPK5) are elevated by induced expression and G6P-mediated suppression of protein phosphatases, priming defence responses. Furthermore, recognition of bacterial flagellin activates sugar transporters, leading to increased cellular G6P, which elicits CPK5-independent signalling promoting synthesis of the phytohormone salicylic acid (SA) involved in anti-bacterial defence. In contrast, while perception of fungal chitin does not promote sugar influx or SA accumulation, chitin-induced synthesis of the anti-fungal compound camalexin requires basal sugar influx activity. These results suggest that, by monitoring G6P levels, plants determine defence priming levels and execute appropriate outputs against bacterial and fungal pathogens. Together, our findings provide a comprehensive view of the roles of sugar in plant defence.

Abstract The quantification of stomatal pore size has long been a fundamental approach to understand the physiological response of plants in the context of environmental adaptation. Automation of such methodologies not only alleviates human labor and bias, but also realizes new experimental research methods through massive analysis. Here, we present an image analysis pipeline that automatically quantifies stomatal aperture of Arabidopsis thaliana leaves from brightfield microscopy images containing mesophyll tissue as noisy backgrounds. By combining a YOLOX-based stomatal detection submodule and a U-Net-based pore segmentation submodule, we achieved 0.875 mAP 50 (mean average precision; stomata detection performance) and 0.745 IoU (intersection of union; pore segmentation performance) against images of leaf discs taken with a brightfield microscope. Moreover, we designed a portable imaging device that allows easy acquisition of stomatal images from detached/undetached intact leaves on-site. We further combined this device with fine-tuned models of the pipeline we generated here and recapitulated manual measurement of stomatal responses against pathogen inoculation. Utilization of our hardware and pipeline for automated stomatal aperture measurements is expected to accelerate research on stomatal biology of model dicots.

Summary The morphotype of arbuscular mycorrhizal (AM) roots is distinct mostly depending on AM host species: Arum , Paris , and Intermediate types. We previously reported that gibberellin (GA) promotes the establishment of Paris -type AM symbiosis in Eustoma grandiflorum despite its negative effects on Arum -type AM symbiosis in model plants. However, the molecular mechanisms underlying the differential effects of GA on different morphotypes, including Intermediate-type AM symbiosis, remain elusive. Comparative transcriptomics revealed that several symbiosis-related genes were transcriptionally promoted upon AM fungal colonization in Lotus japonicus ( Arum -type), Daucus carota (Intermediate-type), and E. grandiflorum ( Paris -type). Interestingly, upon GA treatment, the fungal colonization levels and expression of symbiosis-related genes were suppressed in L. japonicus and D. carota but were promoted in E. grandiflorum . Exogenous GA transcriptionally inhibited the biosynthetic process of a host-derived signal molecule involved in AM symbiosis, strigolactone, in L. japonicus and E. grandiflorum . Additionally, disaccharides mainly metabolized in AM roots would be different between L. japonicus and D. carota / E. grandiflorum . This study uncovered the conserved transcriptional responses during mycorrhization and diverse responses to GA in AM roots with distinct morphotypes among phylogenetically distant host plants.