AM
Andrew Magis
Author with expertise in Diversity and Function of Gut Microbiome
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
16
(81% Open Access)
Cited by:
2,860
h-index:
33
/
i10-index:
57
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Multiple early factors anticipate post-acute COVID-19 sequelae

Yapeng Su et al.Jan 25, 2022
Post-acute sequelae of COVID-19 (PASC) represent an emerging global crisis. However, quantifiable risk factors for PASC and their biological associations are poorly resolved. We executed a deep multi-omic, longitudinal investigation of 309 COVID-19 patients from initial diagnosis to convalescence (2-3 months later), integrated with clinical data and patient-reported symptoms. We resolved four PASC-anticipating risk factors at the time of initial COVID-19 diagnosis: type 2 diabetes, SARS-CoV-2 RNAemia, Epstein-Barr virus viremia, and specific auto-antibodies. In patients with gastrointestinal PASC, SARS-CoV-2-specific and CMV-specific CD8+ T cells exhibited unique dynamics during recovery from COVID-19. Analysis of symptom-associated immunological signatures revealed coordinated immunity polarization into four endotypes, exhibiting divergent acute severity and PASC. We find that immunological associations between PASC factors diminish over time, leading to distinct convalescent immune states. Detectability of most PASC factors at COVID-19 diagnosis emphasizes the importance of early disease measurements for understanding emergent chronic conditions and suggests PASC treatment strategies.
0
Citation797
0
Save
0

Blood metabolome predicts gut microbiome α-diversity in humans

Tomasz Wilmanski et al.Sep 2, 2019
Depleted gut microbiome α-diversity is associated with several human diseases, but the extent to which this is reflected in the host molecular phenotype is poorly understood. We attempted to predict gut microbiome α-diversity from ~1,000 blood analytes (laboratory tests, proteomics and metabolomics) in a cohort enrolled in a consumer wellness program (N = 399). Although 77 standard clinical laboratory tests and 263 plasma proteins could not accurately predict gut α-diversity, we found that 45% of the variance in α-diversity was explained by a subset of 40 plasma metabolites (13 of the 40 of microbial origin). The prediction capacity of these 40 metabolites was confirmed in a separate validation cohort (N = 540) and across disease states, showing that our findings are robust. Several of the metabolite biomarkers that are reported here are linked with cardiovascular disease, diabetes and kidney function. Associations between host metabolites and gut microbiome α-diversity were modified in those with extreme obesity (body mass index ≥ 35), suggesting metabolic perturbation. The ability of the blood metabolome to predict gut microbiome α-diversity could pave the way to the development of clinical tests for monitoring gut microbial health. Multiomics reveals that almost half of gut microbiome diversity in humans can be explained by 40 blood metabolites.
0
Citation253
0
Save
52

Genome-microbiome interplay provides insight into the determinants of the human blood metabolome

Christian Diener et al.Feb 6, 2022
Abstract Variation in the blood metabolome is intimately related to human health. Prior work has shown that host genetics and gut microbiome composition, combined, explain sizable, but orthogonal, components of the overall variance in blood metabolomic profiles. However, few details are known about the interplay between genetics and the microbiome in explaining variation on a metabolite-by-metabolite level. Here, we performed analyses of variance for each of the 945 blood metabolites that were robustly detected across a cohort of 2,049 individuals, while controlling for a number of relevant covariates, like sex, age, and genetic ancestry. Over 60% of the detected blood metabolites were significantly associated with either host genetics or the gut microbiome, with more than half of these associations driven solely by the microbiome and around 30% under hybrid genetic-microbiome control. The variances explained by genetics and the microbiome for each metabolite were indeed largely additive, although subtle, but significant, non-additivity was detected. We found that interaction effects, where a metabolitemicrobe association was specific to a particular genetic background, were quite common, albeit with modest effect sizes. The outputs of our integrated genetic-microbiome regression models provide novel biological insights into the processes governing the composition of the blood metabolome. For example, we found that unconjugated secondary bile acids were solely associated with the microbiome, while their conjugated forms were under strong host genetic control. Overall, our results reveal which components of the blood metabolome are under strong genetic control, which are more dependent on gut microbiome composition, and which are dependent upon both. This knowledge will help to guide targeted interventions designed to alter the composition of the blood metabolome.
52
Citation2
0
Save
0

Aberrant bowel movement frequencies coincide with increased microbe-derived blood metabolites associated with reduced organ function

James Johnson et al.Jul 1, 2024
Bowel movement frequency (BMF) directly impacts the gut microbiota and is linked to diseases like chronic kidney disease or dementia. In particular, prior work has shown that constipation is associated with an ecosystem-wide switch from fiber fermentation and short-chain fatty acid production to more detrimental protein fermentation and toxin production. Here, we analyze multi-omic data from generally healthy adults to see how BMF affects their molecular phenotypes, in a pre-disease context. Results show differential abundances of gut microbial genera, blood metabolites, and variation in lifestyle factors across BMF categories. These differences relate to inflammation, heart health, liver function, and kidney function. Causal mediation analysis indicates that the association between lower BMF and reduced kidney function is partially mediated by the microbially derived toxin 3-indoxyl sulfate (3-IS). This result, in a generally healthy context, suggests that the accumulation of microbiota-derived toxins associated with abnormal BMF precede organ damage and may be drivers of chronic, aging-related diseases.
Load More