JC
Jingliang Cheng
Author with expertise in Analysis of Brain Functional Connectivity Networks
Achievements
This user has not unlocked any achievements yet.
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(29% Open Access)
Cited by:
2
h-index:
12
/
i10-index:
12
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Biologically interpretable multi-task deep learning pipeline predicts molecular alterations, grade, and prognosis in glioma patients

Xuewei Wu et al.Aug 16, 2024
Deep learning models have been developed for various predictions in glioma; yet, they were constrained by manual segmentation, task-specific design, or a lack of biological interpretation. Herein, we aimed to develop an end-to-end multi-task deep learning (MDL) pipeline that can simultaneously predict molecular alterations and histological grade (auxiliary tasks), as well as prognosis (primary task) in gliomas. Further, we aimed to provide the biological mechanisms underlying the model's predictions. We collected multiscale data including baseline MRI images from 2776 glioma patients across two private (FAHZU and HPPH, n = 1931) and three public datasets (TCGA, n = 213; UCSF, n = 410; and EGD, n = 222). We trained and internally validated the MDL model using our private datasets, and externally validated it using the three public datasets. We used the model-predicted deep prognosis score (DPS) to stratify patients into low-DPS and high-DPS subtypes. Additionally, a radio-multiomics analysis was conducted to elucidate the biological basis of the DPS. In the external validation cohorts, the MDL model achieved average areas under the curve of 0.892–0.903, 0.710–0.894, and 0.850–0.879 for predicting IDH mutation status, 1p/19q co-deletion status, and tumor grade, respectively. Moreover, the MDL model yielded a C-index of 0.723 in the TCGA and 0.671 in the UCSF for the prediction of overall survival. The DPS exhibits significant correlations with activated oncogenic pathways, immune infiltration patterns, specific protein expression, DNA methylation, tumor mutation burden, and tumor-stroma ratio. Accordingly, our work presents an accurate and biologically meaningful tool for predicting molecular subtypes, tumor grade, and survival outcomes in gliomas, which provides personalized clinical decision-making in a global and non-invasive manner.
0
Citation1
0
Save
0

Integrative molecular and structural neuroimaging analyses of the interaction between depression and age of onset: A multimodal magnetic resonance imaging study

Huiting Yang et al.Aug 1, 2024
Depression is a neurodevelopmental disorder that exhibits progressive gray matter volume (GMV) atrophy. Research indicates that brain development is influential in depression-induced GMV alterations. However, the interaction between depression and age of onset is not well understood by the underlying molecular and neuropathological mechanisms. Thus, 152 first-episode depression individuals and matched 130 healthy controls (HCs) were recruited to undergo T1-weighted high-resolution magnetic resonance imaging for this study. By two-way ANOVA, age and diagnosis were used as factors when analyzing the interaction of GMV in the participants. Then, spatial correlations between neurotransmitter maps and factor-related volume maps are established. Results illustrate a pronounced antagonistic interaction between depression and age of onset in the right insula, superior temporal gyrus, anterior cingulate gyrus, and orbitofrontal gyrus. Depression-caused reductions in GMV are mainly distributed in thalamic-limbic-cortical regions, regardless of age. For the main effect of age, adults exhibit brain atrophy in frontal, cerebellum, parietal, and temporal lobe structures. Cross-modal correlations showed that GMV changes in the interactive regions were linked with the serotonergic system and dopaminergic systems. Summarily, our results reveal the interaction between depression and age of onset in neurobiological mechanisms, which provide hints for future treatment of different ages of depression.
0

Functional connectome through the human life span

Lianglong Sun et al.Jan 1, 2023
The functional connectome of the human brain represents the fundamental network architecture of neural activity, but its normative growth trajectory over the life course remains unknown. Here, we aggregate the largest, quality-controlled multimodal neuroimaging dataset across 119 global sites, including 33,809 task-free fMRI and structural MRI scans of 32,328 individuals aged from 32 postmenstrual weeks to 80 years old. The lifespan growth charts of the connectome are quantified at the whole cortex, system, and regional levels using generalized additive models for location, scale, and shape. We find critical inflection points in the nonlinear growth trajectories of the whole-brain functional connectome, notably peaking in the fourth decade of life. After establishing the first fine-grained, lifespan-spanning suite of system-level brain atlases, we generate person-specific parcellation maps and further elucidate distinct timelines of maturation for functional segregation within various subsystems. We identify a spatiotemporal gradient axis that governs the life-course growth of regional connectivity, transitioning from primary sensory cortices to higher-order association regions. Using the connectome-based normative model, we demonstrate substantial individual heterogeneities at the network level in patients with autism spectrum disorder and patients with major depressive disorder, respectively. Our findings shed light on the functional connectome9s life-course evolution, serving as normative references for understanding network growth principles of the human brain and assessing individual variations of patients with neuropsychiatric conditions.