Abstract Cysteine-focused chemical proteomic platforms have accelerated the clinical development of covalent inhibitors of a wide-range of targets in cancer. However, how different oncogenic contexts influence cysteine targeting remains unknown. To address this question, we have developed DrugMap , an atlas of cysteine ligandability compiled across 416 cancer cell lines. We unexpectedly find that cysteine ligandability varies across cancer cell lines, and we attribute this to differences in cellular redox states, protein conformational changes, and genetic mutations. Leveraging these findings, we identify actionable cysteines in NFκB1 and SOX10 and develop corresponding covalent ligands that block the activity of these transcription factors. We demonstrate that the NFκB1 probe blocks DNA binding, whereas the SOX10 ligand increases SOX10-SOX10 interactions and disrupts melanoma transcriptional signaling. Our findings reveal heterogeneity in cysteine ligandability across cancers, pinpoint cell-intrinsic features driving cysteine targeting, and illustrate the use of covalent probes to disrupt oncogenic transcription factor activity.

Immune checkpoint inhibitors (ICIs) are widely used anti-cancer therapies that can cause morbid and potentially fatal immune-related adverse events (irAEs). ICI-related myocarditis (irMyocarditis) is uncommon but has the highest mortality of any irAE. The pathogenesis of irMyocarditis and its relationship to anti-tumor immunity remain poorly understood. We sought to define immune responses in heart, tumor, and blood during irMyocarditis and identify biomarkers of clinical severity by leveraging single-cell (sc)RNA-seq coupled with T cell receptor (TCR) sequencing, microscopy, and proteomics analysis of 28 irMyocarditis patients and 23 controls. Our analysis of 284,360 cells from heart and blood specimens identified cytotoxic T cells, inflammatory macrophages, conventional dendritic cells (cDCs), and fibroblasts enriched in irMyocarditis heart tissue. Additionally, potentially targetable, pro-inflammatory transcriptional programs were upregulated across multiple cell types. TCR clones enriched in heart and paired tumor tissue were largely non-overlapping, suggesting distinct T cell responses within these tissues. We also identify the presence of cardiac-expanded TCRs in a circulating, cycling CD8 T cell population as a novel peripheral biomarker of fatality. Collectively, these findings highlight critical biology driving irMyocarditis and putative biomarkers for therapeutic intervention.

A central problem in cancer immunotherapy with immune checkpoint blockade (ICB) is the development of resistance, which affects 50% of patients with metastatic melanoma 1,2 . T cell exhaustion, resulting from chronic antigen exposure in the tumour microenvironment, is a major driver of ICB resistance 3 . Here, we show that CD38, an ecto-enzyme involved in nicotinamide adenine dinucleotide (NAD + ) catabolism, is highly expressed in exhausted CD8 + T cells in melanoma and is associated with ICB resistance. Tumour-derived CD38 hi CD8 + T cells are dysfunctional, characterised by impaired proliferative capacity, effector function, and dysregulated mitochondrial bioenergetics. Genetic and pharmacological blockade of CD38 in murine and patient-derived organotypic tumour models (MDOTS/PDOTS) enhanced tumour immunity and overcame ICB resistance. Mechanistically, disrupting CD38 activity in T cells restored cellular NAD + pools, improved mitochondrial function, increased proliferation, augmented effector function, and restored ICB sensitivity. Taken together, these data demonstrate a role for the CD38-NAD + axis in promoting T cell exhaustion and ICB resistance, and establish the efficacy of CD38 directed therapeutic strategies to overcome ICB resistance using clinically relevant, patient-derived 3D tumour models.

Abstract Most patients treated with immune checkpoint blockade (ICB) do not have durable treatment responses, stressing a critical need to identify early non-invasive biomarkers of response. Circulating biomarkers provide easy access for serial monitoring and can provide insight on the mechanisms of response to ICB. We performed plasma proteomics (2943 proteins) on 250 metastatic melanoma patients before and on ICB treatment and performed analysis to identify response- and time point-associated peripheral protein biomarkers. We next generated patient- matched peripheral blood lymphocyte (PBL) surface proteomic data to measure the proportions of immune cell subsets in circulation. We further obtained 13 tumor samples that were processed for single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq). We fit linear mixed effects (LME) models to predict plasma protein abundances, using the sample time point, response status and interaction term between time point and response as covariates. We identified 397 proteins with a significant time point, response, or interaction effect. For proteins upregulated post-ICB, gene ontology analysis suggested these proteins were associated with inflammatory pathways involving the activation of effector immune functions. LME models fitted on the circulating immune cell proportions and parallel analysis of immune-related plasma proteins supported that post-ICB samples may be defined by increased immune activity, including T cell infiltration. Moreover, expression of genes corresponding to these post-ICB proteins in the tumor scRNA-seq data tended to be favored by immune subsets, namely those involved in immune cell recruitment and tumor reactivity, such as CXCL10+ macrophages and CXCL13+ T cells, respectively. On the other hand, expression of genes corresponding to plasma proteins upregulated in non-responders in the TME tended to be favored by suppressive myeloid subsets such as SPP1+ macrophages as well as malignant cells, suggesting the potential of immunosuppressive and pro-tumor biological processes to be involved in ICB resistance. Inference of cell-cell interactions in the TME further showed the involvement of these non-responder genes in potentially immunosuppressive and pro-tumor processes, including the PTPRC-MRC1 axis, involved in myeloid cell plasticity, the IGF1/2-IGF1R axis, involved in growth and survival of normal and neoplastic cells, and the GAS6-TYRO3 axis, associated with carcinogenetic mechanisms in multiple malignancies. We further identified a correlation between IL13 protein abundance in circulation and GAS6 expression in the tumor, suggesting that IL13 may reach the tumor from circulation to turn on the STAT6 pathway in receiving cells and upregulate GAS6 in turn to participate in this interaction with TYRO3. Together, these data represent one of the deepest peripheral biomarker studies using paired samples in melanoma patients treated with anti-PD1 therapy, and begin to elucidate the complex interplay between tumors and the systemic immune response within the host. Citation Format: Samuel J. Wright, Izabella Zamora, Milan Parikh, Deepika Yeramosu, Lynn Bi, Sarah Kang, Marijana Rucevic, Moshe Sade-Feldman, Baolin Liu, Ngan Nguyen, Jamey Guess, Alexis Schneider, David Lieb, Elliot Woods, William Michaud, Aleigha R. Lawless, Tatyana Sharova, Gyulnara Kasumova, Michelle S. Kim, Ryan J. Park, Russell W. Jenkins, Samuel J. Klempner, Ryan J. Sullivan, Keith T. Flaherty, Nir Hacohen, Genevieve M. Boland, Arnav Mehta. Plasma proteomic biomarkers reveal biological insights about the tumor microenvironment in melanoma patients after PD1 blockade [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference: Liquid Biopsy: From Discovery to Clinical Implementation; 2024 Nov 13-16; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2024;30(21_Suppl):Abstract nr PR018.