MH
Maximilian Haeussler
Author with expertise in Comprehensive Integration of Single-Cell Transcriptomic Data
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
42
(74% Open Access)
Cited by:
11,854
h-index:
50
/
i10-index:
74
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Evaluation of off-target and on-target scoring algorithms and integration into the guide RNA selection tool CRISPOR

Maximilian Haeussler et al.Jul 5, 2016
Abstract Background The success of the CRISPR/Cas9 genome editing technique depends on the choice of the guide RNA sequence, which is facilitated by various websites. Despite the importance and popularity of these algorithms, it is unclear to which extent their predictions are in agreement with actual measurements. Results We conduct the first independent evaluation of CRISPR/Cas9 predictions. To this end, we collect data from eight SpCas9 off-target studies and compare them with the sites predicted by popular algorithms. We identify problems in one implementation but found that sequence-based off-target predictions are very reliable, identifying most off-targets with mutation rates superior to 0.1 %, while the number of false positives can be largely reduced with a cutoff on the off-target score. We also evaluate on-target efficiency prediction algorithms against available datasets. The correlation between the predictions and the guide activity varied considerably, especially for zebrafish. Together with novel data from our labs, we find that the optimal on-target efficiency prediction model strongly depends on whether the guide RNA is expressed from a U6 promoter or transcribed in vitro. We further demonstrate that the best predictions can significantly reduce the time spent on guide screening. Conclusions To make these guidelines easily accessible to anyone planning a CRISPR genome editing experiment, we built a new website ( http://crispor.org ) that predicts off-targets and helps select and clone efficient guide sequences for more than 120 genomes using different Cas9 proteins and the eight efficiency scoring systems evaluated here.
0
Citation1,494
0
Save
0

The UCSC Genome Browser database: 2014 update

Donna Karolchik et al.Nov 21, 2013
The University of California Santa Cruz (UCSC) Genome Browser (http://genome.ucsc.edu) offers online public access to a growing database of genomic sequence and annotations for a large collection of organisms, primarily vertebrates, with an emphasis on the human and mouse genomes. The Browser’s web-based tools provide an integrated environment for visualizing, comparing, analysing and sharing both publicly available and user-generated genomic data sets. As of September 2013, the database contained genomic sequence and a basic set of annotation ‘tracks’ for ∼90 organisms. Significant new annotations include a 60-species multiple alignment conservation track on the mouse, updated UCSC Genes tracks for human and mouse, and several new sets of variation and ENCODE data. New software tools include a Variant Annotation Integrator that returns predicted functional effects of a set of variants uploaded as a custom track, an extension to UCSC Genes that displays haplotype alleles for protein-coding genes and an expansion of data hubs that includes the capability to display remotely hosted user-provided assembly sequence in addition to annotation data. To improve European access, we have added a Genome Browser mirror (http://genome-euro.ucsc.edu) hosted at Bielefeld University in Germany.
0
Citation673
0
Save
0

Cell stress in cortical organoids impairs molecular subtype specification

Aparna Bhaduri et al.Jan 29, 2020
Cortical organoids are self-organizing three-dimensional cultures that model features of the developing human cerebral cortex1,2. However, the fidelity of organoid models remains unclear3–5. Here we analyse the transcriptomes of individual primary human cortical cells from different developmental periods and cortical areas. We find that cortical development is characterized by progenitor maturation trajectories, the emergence of diverse cell subtypes and areal specification of newborn neurons. By contrast, organoids contain broad cell classes, but do not recapitulate distinct cellular subtype identities and appropriate progenitor maturation. Although the molecular signatures of cortical areas emerge in organoid neurons, they are not spatially segregated. Organoids also ectopically activate cellular stress pathways, which impairs cell-type specification. However, organoid stress and subtype defects are alleviated by transplantation into the mouse cortex. Together, these datasets and analytical tools provide a framework for evaluating and improving the accuracy of cortical organoids as models of human brain development. Single-cell RNA sequencing clarifies the development and specification of neurons in the human cortex and shows that cell stress impairs this process in cortical organoids.
0
Citation451
0
Save
Load More