Highly pathogenic avian influenza (HPAI) H5N1 clade 2.3.4.4b virus has caused the death of millions of domestic birds and thousands of wild birds in the U.S. since January, 20221–4 Throughout this outbreak, spillovers to mammals have been frequently documented5–12. We report spillover of HPAI H5N1 virus in dairy cattle herds across several states in the U.S. The affected cows displayed clinical signs encompassing decreased feed intake, altered fecal consistency, respiratory distress, and decreased milk production with abnormal milk. Infectious virus and viral RNA were consistently detected in milk from affected cows. Viral distribution in tissues via immunohistochemistry and in situ hybridization revealed a distinct tropism of the virus for the epithelial cells lining the alveoli of the mammary gland in cows. Whole viral genome sequences recovered from dairy cows, birds, domestic cats, and a raccoon from affected farms indicated multidirectional interspecies transmissions. Epidemiologic and genomic data revealed efficient cow-to-cow transmission after apparently healthy cows from an affected farm were transported to a premise in a different state. These results demonstrate the transmission of HPAI H5N1 clade 2.3.4.4b virus at a non-traditional interface underscoring the ability of the virus to cross species barriers.

We describe the first cases of natural SARS-CoV-2 infection detected in animals in the United States. In March 2020, four tigers and three lions at the Bronx Zoo developed mild respiratory signs. SARS-CoV-2 RNA was detected by rRT-PCR in respiratory secretions and/or feces from all seven affected animals; viral RNA and/or antibodies were detected in their keepers. SARS-CoV-2 was isolated from respiratory secretions or feces from three affected animals; hybridization co-localized viral RNA with cellular damage. Whole genome sequence and haplotype network analyses showed tigers and lions were infected with two different SARS-CoV-2 strains, suggesting independent viral introductions. The source of SARS-CoV-2 infection in the lions is unknown. Epidemiological data and genetic similarities between keeper and tiger viruses indicate human to animal transmission.

Infections with the highly pathogenic avian influenza (HPAI) H5N1 clade 2.3.4.4b virus have resulted in the death of millions of domestic birds and thousands of wild birds in the U.S. since January, 2022. Throughout this outbreak, spillovers of the virus to mammals have been frequently documented. Here, we report the detection of HPAI H5N1 virus in dairy cattle herds across several states in the U.S. The affected cows displayed clinical signs encompassing decreased feed intake, altered fecal consistency, respiratory distress, and decreased milk production with abnormal milk. Infectious virus and RNA were consistently detected in milk collected from affected cows. Viral staining in tissues revealed a distinct tropism of the virus for the epithelial cells lining the alveoli of the mammary gland in cows. Analysis of whole genome sequences obtained from dairy cows, birds, domestic cats, and a racoon from affected farms indicated multidirectional interspecies transmissions. Epidemiologic and genomic data revealed efficient cow-to-cow transmission after healthy cows from an affected farm were transported to a premise in a different state. These results demonstrate the transmission of HPAI H5N1 clade 2.3.4.4b virus at a non-traditional interface and to a new and highly relevant livestock species, underscoring the ability of the virus to cross species barriers.