We performed an integrated genomic, transcriptomic and proteomic characterization of 373 endometrial carcinomas using array- and sequencing-based technologies. Uterine serous tumours and ∼25% of high-grade endometrioid tumours had extensive copy number alterations, few DNA methylation changes, low oestrogen receptor/progesterone receptor levels, and frequent TP53 mutations. Most endometrioid tumours had few copy number alterations or TP53 mutations, but frequent mutations in PTEN, CTNNB1, PIK3CA, ARID1A and KRAS and novel mutations in the SWI/SNF chromatin remodelling complex gene ARID5B. A subset of endometrioid tumours that we identified had a markedly increased transversion mutation frequency and newly identified hotspot mutations in POLE. Our results classified endometrial cancers into four categories: POLE ultramutated, microsatellite instability hypermutated, copy-number low, and copy-number high. Uterine serous carcinomas share genomic features with ovarian serous and basal-like breast carcinomas. We demonstrated that the genomic features of endometrial carcinomas permit a reclassification that may affect post-surgical adjuvant treatment for women with aggressive tumours. An integrative genomic analysis of several hundred endometrial carcinomas shows that a minority of tumour samples carry copy number alterations or TP53 mutations and many contain key cancer-related gene mutations, such as those involved in canonical pathways and chromatin remodelling; a reclassification of endometrial tumours into four distinct types is proposed, which may have an effect on patient treatment regimes. This paper from The Cancer Genome Atlas Research Network presents an in-depth genome-wide analysis of endometrial (uterine) carcinomas from more than 350 patients. Based on a series of genomic features including newly identified hotspot mutations in the DNA polymerase gene POLE, and novel mutations in the ARID5B DNA-binding protein, the authors propose a reclassification of endometrial tumours into four distinct types. This might have clinical relevance for post-surgical adjuvant treatment of women with aggressive tumours.

Urothelial carcinoma of the bladder is a common malignancy that causes approximately 150,000 deaths per year worldwide. So far, no molecularly targeted agents have been approved for treatment of the disease. As part of The Cancer Genome Atlas project, we report here an integrated analysis of 131 urothelial carcinomas to provide a comprehensive landscape of molecular alterations. There were statistically significant recurrent mutations in 32 genes, including multiple genes involved in cell-cycle regulation, chromatin regulation, and kinase signalling pathways, as well as 9 genes not previously reported as significantly mutated in any cancer. RNA sequencing revealed four expression subtypes, two of which (papillary-like and basal/squamous-like) were also evident in microRNA sequencing and protein data. Whole-genome and RNA sequencing identified recurrent in-frame activating FGFR3–TACC3 fusions and expression or integration of several viruses (including HPV16) that are associated with gene inactivation. Our analyses identified potential therapeutic targets in 69% of the tumours, including 42% with targets in the phosphatidylinositol-3-OH kinase/AKT/mTOR pathway and 45% with targets (including ERBB2) in the RTK/MAPK pathway. Chromatin regulatory genes were more frequently mutated in urothelial carcinoma than in any other common cancer studied so far, indicating the future possibility of targeted therapy for chromatin abnormalities. This paper reports integrative molecular analyses of urothelial bladder carcinoma at the DNA, RNA, and protein levels performed as part of The Cancer Genome Atlas project; recurrent mutations were found in 32 genes, including those involved in cell-cycle regulation, chromatin regulation and kinase signalling pathways; chromatin regulatory genes were more frequently mutated in urothelial carcinoma than in any other common cancer studied so far. This study of 131 high-grade muscle-invasive urothelial bladder carcinomas, part of The Cancer Genome Atlas (TCGA) project, reports recurrent mutations in 32 genes, including those involved in cell-cycle regulation, chromatin regulation and kinase signalling pathways. Chromatin regulatory genes were more frequently mutated in urothelial carcinoma than in any common cancer studied to date. Recurrent in-frame activating FGFR3–TACC3 fusions and expression or integration of viruses associated with gene inactivation are also identified. Importantly, potential therapeutic targets are identified in 69% of the tumours.

Precise diagnosis of small-round-cell tumors is often a challenge to the pathologist and the clinical oncologist. In Ewing's sarcomas and related peripheral primitive neuroectodermal tumors, a t(11;22) translocation or a (21,22) rearrangement is associated with hybrid transcripts of the EWS gene with the FLI1 or ERG gene. To investigate the diagnostic implication of this observation, we searched for these hybrid transcripts in tumors from patients with clinical and radiologic features of Ewing's sarcoma or peripheral primitive neuroectodermal tumors.Samples of RNA from 114 tumors were reverse transcribed and subjected to the polymerase chain reaction with primers designed to amplify the relevant chimeric transcripts. All amplified products were sequenced.In-frame hybrid transcripts were observed in 89 cases. A hybrid transcript was found in 83 of 87 cases (95 percent) of Ewing's sarcoma or peripheral primitive neuroectodermal tumors. Samples of RNA from all of 12 tumors that had been proved to be other than Ewing's sarcoma or neuroectodermal tumors had no hybrid transcript. However, 6 of 15 undifferentiated tumors whose type was ambiguous (nonsecreting, poorly differentiated neuroblastoma or undifferentiated sarcoma) contained a hybrid transcript, suggesting that they might have to be reclassified.A subgroup of small-round-cell tumors identified as belonging to the Ewing family of tumors can be defined according to a specific molecular genetic lesion that is detectable by a rapid, reliable, and efficient method. This approach can be applied to small specimens obtained by fine-needle biopsies.

PURPOSE: Alveolar rhabdomyosarcoma (ARMS) is an aggressive soft tissue malignancy of children and adolescents. Most ARMS patients express PAX3-FKHR or PAX7-FKHR gene fusions resulting from t(2;13) or t(1;13) translocations, respectively. We wished to confirm the diagnostic specificity of gene fusion detection in a large cohort of RMS patients and to evaluate whether these alterations influence clinical outcome in ARMS. PATIENTS AND METHODS: We determined PAX3-FKHR or PAX7-FKHR fusion status in 171 childhood rhabdomyosarcoma (RMS) patients entered onto the Intergroup Rhabdomyosarcoma Study IV, including 78 ARMS patients, using established reverse transcriptase polymerase chain reaction assays. All patients received central pathologic review and were treated using uniform protocols, allowing for meaningful outcome analysis. We examined the relationship between gene fusion status and clinical outcome in the ARMS cohort. RESULTS: PAX3-FKHR and PAX7-FKHR fusion transcripts were detected in 55% and 22% of ARMS patients, respectively; 23% were fusion-negative. All other RMS patients lacked transcripts, confirming the specificity of these alterations for ARMS. Fusion status was not associated with outcome differences in patients with locoregional ARMS. However, in patients presenting with metastatic disease, there was a striking difference in outcome between PAX7-FKHR and PAX3-FKHR patient groups (estimated 4-year overall survival rate of 75% for PAX7-FKHR v 8% for PAX3-FKHR; P = .0015). Multivariate analysis demonstrated a significantly increased risk of failure (P = .025) and death (P = .019) in patients with metastatic disease if their tumors expressed PAX3-FKHR. Among metastatic ARMS, bone marrow involvement was significantly higher in PAX3-FKHR–positive patients. CONCLUSION: Not only are PAX-FKHR fusion transcripts specific for ARMS, but expression of PAX3-FKHR and PAX7-FKHR identifies a very high-risk subgroup and a favorable outcome subgroup, respectively, among patients presenting with metastatic ARMS.

The minfi package is widely used for analyzing Illumina DNA methylation array data. Here we describe modifications to the minfi package required to support the HumanMethylationEPIC ('EPIC') array from Illumina. We discuss methods for the joint analysis and normalization of data from the HumanMethylation450 ('450k') and EPIC platforms. We introduce the single-sample Noob ( ssNoob ) method, a normalization procedure suitable for incremental preprocessing of individual methylation arrays and conclude that this method should be used when integrating data from multiple generations of Infinium methylation arrays. We show how to use reference 450k datasets to estimate cell type composition of samples on EPIC arrays. The cumulative effect of these updates is to ensure that minfi provides the tools to best integrate existing and forthcoming Illumina methylation array data.The minfi package version 1.19.12 or higher is available for all platforms from the Bioconductor project.khansen@jhsph.edu.Supplementary data are available at Bioinformatics online.

Arul Chinnaiyan and colleagues report that the long noncoding RNA SChLAP1 is overexpressed in a subset of prostate cancers and predicts poor outcome. Mechanistically, they show that SChLAP1 promotes invasiveness and metastasis and antagonizes the functions of the SWI/SNF chromatin-remodeling complex. Prostate cancers remain indolent in the majority of individuals but behave aggressively in a minority1,2. The molecular basis for this clinical heterogeneity remains incompletely understood3,4,5. Here we characterize a long noncoding RNA termed SChLAP1 (second chromosome locus associated with prostate-1; also called LINC00913) that is overexpressed in a subset of prostate cancers. SChLAP1 levels independently predict poor outcomes, including metastasis and prostate cancer–specific mortality. In vitro and in vivo gain-of-function and loss-of-function experiments indicate that SChLAP1 is critical for cancer cell invasiveness and metastasis. Mechanistically, SChLAP1 antagonizes the genome-wide localization and regulatory functions of the SWI/SNF chromatin-modifying complex. These results suggest that SChLAP1 contributes to the development of lethal cancer at least in part by antagonizing the tumor-suppressive functions of the SWI/SNF complex.

Purpose Clinicopathologic features and biochemical recurrence are sensitive, but not specific, predictors of metastatic disease and lethal prostate cancer. We hypothesize that a genomic expression signature detected in the primary tumor represents true biological potential of aggressive disease and provides improved prediction of early prostate cancer metastasis. Methods A nested case-control design was used to select 639 patients from the Mayo Clinic tumor registry who underwent radical prostatectomy between 1987 and 2001. A genomic classifier (GC) was developed by modeling differential RNA expression using 1.4 million feature high-density expression arrays of men enriched for rising PSA after prostatectomy, including 213 who experienced early clinical metastasis after biochemical recurrence. A training set was used to develop a random forest classifier of 22 markers to predict for cases - men with early clinical metastasis after rising PSA. Performance of GC was compared to prognostic factors such as Gleason score and previous gene expression signatures in a withheld validation set. Results Expression profiles were generated from 545 unique patient samples, with median follow-up of 16.9 years. GC achieved an area under the receiver operating characteristic curve of 0.75 (0.67–0.83) in validation, outperforming clinical variables and gene signatures. GC was the only significant prognostic factor in multivariable analyses. Within Gleason score groups, cases with high GC scores experienced earlier death from prostate cancer and reduced overall survival. The markers in the classifier were found to be associated with a number of key biological processes in prostate cancer metastatic disease progression. Conclusion A genomic classifier was developed and validated in a large patient cohort enriched with prostate cancer metastasis patients and a rising PSA that went on to experience metastatic disease. This early metastasis prediction model based on genomic expression in the primary tumor may be useful for identification of aggressive prostate cancer.

Abstract The development of effective, systemic therapies for metastatic cancer is highly desired. We show here that the systemic delivery of sequence-specific small interfering RNA (siRNA) against the EWS-FLI1 gene product by a targeted, nonviral delivery system dramatically inhibits tumor growth in a murine model of metastatic Ewing's sarcoma. The nonviral delivery system uses a cyclodextrin-containing polycation to bind and protect siRNA and transferrin as a targeting ligand for delivery to transferrin receptor–expressing tumor cells. Removal of the targeting ligand or the use of a control siRNA sequence eliminates the antitumor effects. Additionally, no abnormalities in interleukin-12 and IFN-α, liver and kidney function tests, complete blood counts, or pathology of major organs are observed from long-term, low-pressure, low-volume tail-vein administrations. These data provide strong evidence for the safety and efficacy of this targeted, nonviral siRNA delivery system.

CancerVolume 76, Issue 6 p. 1073-1085 Original ArticleFree Access Classification of rhabdomyosarcomas and related sarcomas. Pathologic aspects and proposal for a new classification-an intergroup rhabdomyosarcoma study William A. Newton Jr. M.D., Corresponding Author William A. Newton Jr. M.D. Children's Cancer Group, Arcadia, California Intergroup Rhabdomyosarcoma Pathology Center, Columbus, OhioIRS Pathology Center, Children's Hospital, Columbus, OH 43205===Search for more papers by this authorEdmund A. Gehan Ph.D., Edmund A. Gehan Ph.D. Pediatric Intergroup Statistical Center, Washington, DCSearch for more papers by this authorBruce L Webber M.D., Bruce L Webber M.D. Pediatric Oncology Group, Chicago, IllinoisSearch for more papers by this authorHenry B. Marsden M.D., Henry B. Marsden M.D. International Socxiety for pediatric OncologySearch for more papers by this authorA. J. M. van Unnik M.D., A. J. M. van Unnik M.D. International Socxiety for pediatric OncologySearch for more papers by this authorAla B. Hamoudi M.D., Ala B. Hamoudi M.D. Children's Cancer Group, Arcadia, California Intergroup Rhabdomyosarcoma Pathology Center, Columbus, OhioSearch for more papers by this authorMaria C. Tsokos M.D., Maria C. Tsokos M.D. National Cancer Institute, Bethesda, MarylandSearch for more papers by this authorHiroyuki Shimada M.D., Hiroyuki Shimada M.D. Children's Cancer Group, Arcadia, CaliforniaSearch for more papers by this authorDieter Harms M.D., Dieter Harms M.D. German-Italian Cooperative Soft Tissue Sarcomas Study, Columbus, OhioSearch for more papers by this authorDietmar Schmidt M.D., Dietmar Schmidt M.D. German-Italian Cooperative Soft Tissue Sarcomas Study, Columbus, OhioSearch for more papers by this authorVito Ninfo M.D., Vito Ninfo M.D. German-Italian Cooperative Soft Tissue Sarcomas Study, Columbus, OhioSearch for more papers by this authorAndrea O. Cavazzana M.D., Andrea O. Cavazzana M.D. German-Italian Cooperative Soft Tissue Sarcomas Study, Columbus, OhioSearch for more papers by this authorFrank Gonzalez-Crussi M.D., Frank Gonzalez-Crussi M.D. Pediatric Oncology Group, Chicago, IllinoisSearch for more papers by this authorDavid M. Parham M.D., David M. Parham M.D. Pediatric Oncology Group, Chicago, IllinoisSearch for more papers by this authorHerbert M. Reiman M.D., Herbert M. Reiman M.D. Children's Cancer Group, Arcadia, CaliforniaSearch for more papers by this authorLina Asmar Ph.D., Lina Asmar Ph.D. Pediatric Intergroup Statistical Center, Washington, DCSearch for more papers by this authorMohan S. Beltangady Ph.D., Mohan S. Beltangady Ph.D. Pediatric Intergroup Statistical Center, Washington, DCSearch for more papers by this authorNancy E. Sachs M.S., Nancy E. Sachs M.S. Children's Cancer Group, Arcadia, California Intergroup Rhabdomyosarcoma Pathology Center, Columbus, OhioSearch for more papers by this authorTimothy J. Triche M.D., Ph.D., Timothy J. Triche M.D., Ph.D. Children's Cancer Group, Arcadia, CaliforniaSearch for more papers by this authorHarold M. Maurer M.D., Harold M. Maurer M.D. Pediatric Oncology Group, Chicago, IllinoisSearch for more papers by this author William A. Newton Jr. M.D., Corresponding Author William A. Newton Jr. M.D. Children's Cancer Group, Arcadia, California Intergroup Rhabdomyosarcoma Pathology Center, Columbus, OhioIRS Pathology Center, Children's Hospital, Columbus, OH 43205===Search for more papers by this authorEdmund A. Gehan Ph.D., Edmund A. Gehan Ph.D. Pediatric Intergroup Statistical Center, Washington, DCSearch for more papers by this authorBruce L Webber M.D., Bruce L Webber M.D. Pediatric Oncology Group, Chicago, IllinoisSearch for more papers by this authorHenry B. Marsden M.D., Henry B. Marsden M.D. International Socxiety for pediatric OncologySearch for more papers by this authorA. J. M. van Unnik M.D., A. J. M. van Unnik M.D. International Socxiety for pediatric OncologySearch for more papers by this authorAla B. Hamoudi M.D., Ala B. Hamoudi M.D. Children's Cancer Group, Arcadia, California Intergroup Rhabdomyosarcoma Pathology Center, Columbus, OhioSearch for more papers by this authorMaria C. Tsokos M.D., Maria C. Tsokos M.D. National Cancer Institute, Bethesda, MarylandSearch for more papers by this authorHiroyuki Shimada M.D., Hiroyuki Shimada M.D. Children's Cancer Group, Arcadia, CaliforniaSearch for more papers by this authorDieter Harms M.D., Dieter Harms M.D. German-Italian Cooperative Soft Tissue Sarcomas Study, Columbus, OhioSearch for more papers by this authorDietmar Schmidt M.D., Dietmar Schmidt M.D. German-Italian Cooperative Soft Tissue Sarcomas Study, Columbus, OhioSearch for more papers by this authorVito Ninfo M.D., Vito Ninfo M.D. German-Italian Cooperative Soft Tissue Sarcomas Study, Columbus, OhioSearch for more papers by this authorAndrea O. Cavazzana M.D., Andrea O. Cavazzana M.D. German-Italian Cooperative Soft Tissue Sarcomas Study, Columbus, OhioSearch for more papers by this authorFrank Gonzalez-Crussi M.D., Frank Gonzalez-Crussi M.D. Pediatric Oncology Group, Chicago, IllinoisSearch for more papers by this authorDavid M. Parham M.D., David M. Parham M.D. Pediatric Oncology Group, Chicago, IllinoisSearch for more papers by this authorHerbert M. Reiman M.D., Herbert M. Reiman M.D. Children's Cancer Group, Arcadia, CaliforniaSearch for more papers by this authorLina Asmar Ph.D., Lina Asmar Ph.D. Pediatric Intergroup Statistical Center, Washington, DCSearch for more papers by this authorMohan S. Beltangady Ph.D., Mohan S. Beltangady Ph.D. Pediatric Intergroup Statistical Center, Washington, DCSearch for more papers by this authorNancy E. Sachs M.S., Nancy E. Sachs M.S. Children's Cancer Group, Arcadia, California Intergroup Rhabdomyosarcoma Pathology Center, Columbus, OhioSearch for more papers by this authorTimothy J. Triche M.D., Ph.D., Timothy J. Triche M.D., Ph.D. Children's Cancer Group, Arcadia, CaliforniaSearch for more papers by this authorHarold M. Maurer M.D., Harold M. Maurer M.D. Pediatric Oncology Group, Chicago, IllinoisSearch for more papers by this author First published: 15 September 1995 https://doi.org/10.1002/1097-0142(19950915)76:6<1073::AID-CNCR2820760624>3.0.CO;2-LCitations: 405AboutPDF ToolsRequest permissionExport citationAdd to favoritesTrack citation ShareShare Give accessShare full text accessShare full-text accessPlease review our Terms and Conditions of Use and check box below to share full-text version of article.I have read and accept the Wiley Online Library Terms and Conditions of UseShareable LinkUse the link below to share a full-text version of this article with your friends and colleagues. Learn more.Copy URL Share a linkShare onFacebookTwitterLinked InRedditWechat Abstract Background. There is a need to develop a single prognostically significant classification of rhabdomyosarcomas (RMS) and other related tumors of children, adolescents, and young adults which would be a current guide for their diagnosis, allow valid comparison of outcomes between protocols carried out anywhere in the world, and should enhance recognition of prognostic subsets. Method. Sixteen pathologists from eight pathology groups, representing six countries and several cooperative groups, classified by four histopathologic classification schemes 800 representative tumors of the 999 eligible cases treated on Intergroup Rhabdomyosarcoma Study II. Each tumor was classified according to each of the four systems by each of the pathologists. In addition, two independent subsamples of 200 of the 800 patients were reviewed according to the new system, so that 343 distinct patients were reviewed once, and 57 of these twice. Results. A study of the survival rates of all subtypes in the sample of 800 patients led to the formation of a new system. This was tested on two independent subsets of 200 of the original cases and found to be reproducible and predictive of outcome by univariate analysis. A multivariate analysis of the 343 patients classified according to the new system indicated that a survival model including pathologic classification and known prognostic factors of primary site, clinical group, and tumor size was significantly better at predicting survival than a model with only the known prognostic factors. Conclusion. This new classification, termed International Classification of Rhabdomyosarcoma (ICR) by the authors, was reproducible and predictive of outcome among patients with differing histologies treated uniformly on the Intergroup Rhabdomyosarcoma II protocols. We believe it should be utilized by all pathologists and cooperative groups to classify rhabdomyosarcomas in order to provide comparability among and within multi-institutional studies. Cancer 1995;76:1073-85. Citing Literature Volume76, Issue615 September 1995Pages 1073-1085 ReferencesRelatedInformation