Christian Fuchsberger, Gonçalo Abecasis and colleagues describe a new web-based imputation service that enables rapid imputation of large numbers of samples and allows convenient access to large reference panels of sequenced individuals. Their state space reduction provides a computationally efficient solution for genotype imputation with no loss in imputation accuracy. Genotype imputation is a key component of genetic association studies, where it increases power, facilitates meta-analysis, and aids interpretation of signals. Genotype imputation is computationally demanding and, with current tools, typically requires access to a high-performance computing cluster and to a reference panel of sequenced genomes. Here we describe improvements to imputation machinery that reduce computational requirements by more than an order of magnitude with no loss of accuracy in comparison to standard imputation tools. We also describe a new web-based service for imputation that facilitates access to new reference panels and greatly improves user experience and productivity.

Jonathan Marchini, Gonçalo Abecasis, Richard Durbin and colleagues describe the construction of a reference panel of human haplotypes from whole-genome sequencing data. They are able to use this to accurately impute genotypes at low minor allele frequency and present remote server resources for use by the community. We describe a reference panel of 64,976 human haplotypes at 39,235,157 SNPs constructed using whole-genome sequence data from 20 studies of predominantly European ancestry. Using this resource leads to accurate genotype imputation at minor allele frequencies as low as 0.1% and a large increase in the number of SNPs tested in association studies, and it can help to discover and refine causal loci. We describe remote server resources that allow researchers to carry out imputation and phasing consistently and efficiently.

Objective

 To develop a clinical classification system for age-related macular degeneration (AMD). 

Design

 Evidence-based investigation, using a modified Delphi process. 

Participants

 Twenty-six AMD experts, 1 neuro-ophthalmologist, 2 committee chairmen, and 1 methodologist. 

Methods

 Each committee member completed an online assessment of statements summarizing current AMD classification criteria, indicating agreement or disagreement with each statement on a 9-step scale. The group met, reviewed the survey results, discussed the important components of a clinical classification system, and defined new data analyses needed to refine a classification system. After the meeting, additional data analyses from large studies were provided to the committee to provide risk estimates related to the presence of various AMD lesions. 

Main Outcome Measures

 Delphi review of the 9-item set of statements resulting from the meeting. 

Results

 Consensus was achieved in generating a basic clinical classification system based on fundus lesions assessed within 2 disc diameters of the fovea in persons older than 55 years. The committee agreed that a single term, age-related macular degeneration, should be used for the disease. Persons with no visible drusen or pigmentary abnormalities should be considered to have no signs of AMD. Persons with small drusen (<63 μm), also termed drupelets, should be considered to have normal aging changes with no clinically relevant increased risk of late AMD developing. Persons with medium drusen (≥63–<125 μm), but without pigmentary abnormalities thought to be related to AMD, should be considered to have early AMD. Persons with large drusen or with pigmentary abnormalities associated with at least medium drusen should be considered to have intermediate AMD. Persons with lesions associated with neovascular AMD or geographic atrophy should be considered to have late AMD. Five-year risks of progressing to late AMD are estimated to increase approximately 100 fold, ranging from a 0.5% 5-year risk for normal aging changes to a 50% risk for the highest intermediate AMD risk group. 

Conclusions

 The proposed basic clinical classification scale seems to be of value in predicting the risk of late AMD. Incorporating consistent nomenclature into the practice patterns of all eye care providers may improve communication and patient care. 

Financial Disclosure(s)

 The author(s) have no proprietary or commercial interest in any materials discussed in this article.

A GE-RELATED MACULAR DEGENeration (AMD), the leading cause of blindness in the developed world, accounts for more than 50% of all blindness in the United States. 1 In 2004, it was estimated that 8 million individuals had intermediate AMD, defined as bilateral drusen, and approximately 2 million had advanced AMD, either neovascular AMD or geographic atrophy. 2 Although intraocular drugs that inhibit vascular endothelial growth factor are currently available for treatment of neovascular AMD, 3 no effective therapies are proven for atrophic AMD.Without more effective ways of slowing progression, the number of persons with advanced AMD is expected to double over the next 20 years, resulting in increasing socioeconomic burden. 2 The Age-Related Eye Disease Study (AREDS) demonstrated that daily oral supplementation with antioxidant vitamins and minerals reduced the risk of developing advanced AMD by 25% at 5 years. 4Animal studies 5-7 and epidemiologic studies provide a rationale for examining the potential effects of other nutrients on the development of advanced AMD.Observational studies suggest that higher dietary intake of lutein ϩ zeaxanthin, omega-3 longchain polyunsaturated fatty acids (docosahexaenoic acid [DHA] and eicosapentaenoic acid [EPA]), or both are associated with a decreased risk of de-

Gonçalo Abecasis and colleagues report a large-scale meta-analysis of genome-wide association studies for age-related macular degeneration (AMD), including over 17,100 advanced cases and 60,000 controls. They identify seven loci newly associated with AMD and report pathway analysis that shows enrichment in the complement system and atherosclerosis signaling. Age-related macular degeneration (AMD) is a common cause of blindness in older individuals. To accelerate the understanding of AMD biology and help design new therapies, we executed a collaborative genome-wide association study, including >17,100 advanced AMD cases and >60,000 controls of European and Asian ancestry. We identified 19 loci associated at P < 5 × 10−8. These loci show enrichment for genes involved in the regulation of complement activity, lipid metabolism, extracellular matrix remodeling and angiogenesis. Our results include seven loci with associations reaching P < 5 × 10−8 for the first time, near the genes COL8A1-FILIP1L, IER3-DDR1, SLC16A8, TGFBR1, RAD51B, ADAMTS9 and B3GALTL. A genetic risk score combining SNP genotypes from all loci showed similar ability to distinguish cases and controls in all samples examined. Our findings provide new directions for biological, genetic and therapeutic studies of AMD.

To evaluate the relationship between serum lipid levels, retinal hard exudate, and visual acuity in patients with diabetic retinopathy.Observational data from the Early Treatment Diabetic Retinopathy Study.Of the 3711 patients enrolled in the Early Treatment Diabetic Retinopathy Study, the first 2709 enrolled had serum lipid levels measured.Baseline fasting serum lipid levels, best-corrected visual acuity, and assessment of retinal thickening and hard exudate from stereoscopic macular photographs.Patients with elevated total serum cholesterol levels or serum low-density lipoprotein cholesterol levels at baseline were twice as likely to have retinal hard exudates as patients with normal levels. These patients were also at higher risk of developing hard exudate during the course of the study. The risk of losing visual acuity was associated with the extent of hard exudate even after adjusting for the extent of macular edema.These data demonstrate that elevated serum lipid levels are associated with an increased risk of retinal hard exudate in persons with diabetic retinopathy. Although retinal hard exudate usually accompanies diabetic macular edema, increasing amounts of exudate appear to be independently associated with an increased risk of visual impairment. Lowering elevated serum lipid levels has been shown to decrease the risk of cardiovascular morbidity. The observational data from the Early Treatment Diabetic Retinopathy Study suggest that lipid lowering may also decrease the risk of hard exudate formation and associated vision loss in patients with diabetic retinopathy. Preservation of vision may be an additional motivating factor for lowering serum lipid levels in persons with diabetic retinopathy and elevated serum lipid levels.

Many sight-threatening diseases have two critical phases, vessel loss followed by hypoxia-driven destructive neovascularization. These diseases include retinopathy of prematurity and diabetic retinopathy, leading causes of blindness in childhood and middle age affecting over 4 million people in the United States. We studied the influence of ω-3- and ω-6-polyunsaturated fatty acids (PUFAs) on vascular loss, vascular regrowth after injury, and hypoxia-induced pathological neovascularization in a mouse model of oxygen-induced retinopathy1. We show that increasing ω-3-PUFA tissue levels by dietary or genetic means decreased the avascular area of the retina by increasing vessel regrowth after injury, thereby reducing the hypoxic stimulus for neovascularization. The bioactive ω-3-PUFA-derived mediators neuroprotectinD1, resolvinD1 and resolvinE1 also potently protected against neovascularization. The protective effect of ω-3-PUFAs and their bioactive metabolites was mediated, in part, through suppression of tumor necrosis factor-α. This inflammatory cytokine was found in a subset of microglia that was closely associated with retinal vessels. These findings indicate that increasing the sources of ω-3-PUFA or their bioactive products reduces pathological angiogenesis. Western diets are often deficient in ω-3-PUFA, and premature infants lack the important transfer from the mother to the infant of ω-3-PUFA that normally occurs in the third trimester of pregnancy2. Supplementing ω-3-PUFA intake may be of benefit in preventing retinopathy.

Purpose To develop consensus terminology and criteria for defining atrophy based on OCT findings in the setting of age-related macular degeneration (AMD). Design Consensus meeting. Participants Panel of retina specialists, image reading center experts, retinal histologists, and optics engineers. Methods As part of the Classification of Atrophy Meetings (CAM) program, an international group of experts surveyed the existing literature, performed a masked analysis of longitudinal multimodal imaging for a series of eyes with AMD, and reviewed the results of this analysis to define areas of agreement and disagreement. Through consensus discussions at 3 meetings over 12 months, a classification system based on OCT was proposed for atrophy secondary to AMD. Specific criteria were defined to establish the presence of atrophy. Main Outcome Measures A consensus classification system for atrophy and OCT-based criteria to identify atrophy. Results OCT was proposed as the reference standard or base imaging method to diagnose and stage atrophy. Other methods, including fundus autofluorescence, near-infrared reflectance, and color imaging, provided complementary and confirmatory information. Recognizing that photoreceptor atrophy can occur without retinal pigment epithelium (RPE) atrophy and that atrophy can undergo an evolution of different stages, 4 terms and histologic candidates were proposed: complete RPE and outer retinal atrophy (cRORA), incomplete RPE and outer retinal atrophy, complete outer retinal atrophy, and incomplete outer retinal atrophy. Specific OCT criteria to diagnose cRORA were proposed: (1) a region of hypertransmission of at least 250 μm in diameter, (2) a zone of attenuation or disruption of the RPE of at least 250 μm in diameter, (3) evidence of overlying photoreceptor degeneration, and (4) absence of scrolled RPE or other signs of an RPE tear. Conclusions A classification system and criteria for OCT-defined atrophy in the setting of AMD has been proposed based on an international consensus. This classification is a more complete representation of changes that occur in AMD than can be detected using color fundus photography alone. Longitudinal information is required to validate the implied risk of vision loss associated with these terms. This system will enable such future studies to be undertaken using consistent definitions. To develop consensus terminology and criteria for defining atrophy based on OCT findings in the setting of age-related macular degeneration (AMD). Consensus meeting. Panel of retina specialists, image reading center experts, retinal histologists, and optics engineers. As part of the Classification of Atrophy Meetings (CAM) program, an international group of experts surveyed the existing literature, performed a masked analysis of longitudinal multimodal imaging for a series of eyes with AMD, and reviewed the results of this analysis to define areas of agreement and disagreement. Through consensus discussions at 3 meetings over 12 months, a classification system based on OCT was proposed for atrophy secondary to AMD. Specific criteria were defined to establish the presence of atrophy. A consensus classification system for atrophy and OCT-based criteria to identify atrophy. OCT was proposed as the reference standard or base imaging method to diagnose and stage atrophy. Other methods, including fundus autofluorescence, near-infrared reflectance, and color imaging, provided complementary and confirmatory information. Recognizing that photoreceptor atrophy can occur without retinal pigment epithelium (RPE) atrophy and that atrophy can undergo an evolution of different stages, 4 terms and histologic candidates were proposed: complete RPE and outer retinal atrophy (cRORA), incomplete RPE and outer retinal atrophy, complete outer retinal atrophy, and incomplete outer retinal atrophy. Specific OCT criteria to diagnose cRORA were proposed: (1) a region of hypertransmission of at least 250 μm in diameter, (2) a zone of attenuation or disruption of the RPE of at least 250 μm in diameter, (3) evidence of overlying photoreceptor degeneration, and (4) absence of scrolled RPE or other signs of an RPE tear. A classification system and criteria for OCT-defined atrophy in the setting of AMD has been proposed based on an international consensus. This classification is a more complete representation of changes that occur in AMD than can be detected using color fundus photography alone. Longitudinal information is required to validate the implied risk of vision loss associated with these terms. This system will enable such future studies to be undertaken using consistent definitions.

Purpose

 To establish a process to evaluate and standardize a state-of-the-art nomenclature for reporting neovascular age-related macular degeneration (AMD) data. 

Design

 Consensus meeting. 

Participants

 An international panel of retina specialists, imaging and image reading center experts, and ocular pathologists. 

Methods

 During several meetings organized under the auspices of the Macula Society, an international study group discussed and codified a set nomenclature framework for classifying the subtypes of neovascular AMD and associated lesion components. 

Main Outcome Measures

 A consensus classification of neovascular AMD. 

Results

 The study group created a standardized working definition of AMD. The components of neovascular AMD were defined and subclassified. Disease consequences of macular neovascularization were delineated. 

Conclusions

 The framework of a consensus nomenclature system, a definition of AMD, and a delineation of the subtypes of neovascular AMD were developed. Establishing a uniform set of definitions will facilitate comparison of diverse patient groups and different studies. The framework presented is modified and updated readily, processes that are anticipated to occur on a periodic basis. The study group suggests that the consensus standards outlined in this article be used in future reported studies of neovascular AMD and clinical practice.

We executed a genome-wide association scan for age-related macular degeneration (AMD) in 2,157 cases and 1,150 controls. Our results validate AMD susceptibility loci near CFH ( P < 10 −75 ), ARMS2 ( P < 10 −59 ), C2/CFB ( P < 10 −20 ), C3 ( P < 10 −9 ), and CFI ( P < 10 −6 ). We compared our top findings with the Tufts/Massachusetts General Hospital genome-wide association study of advanced AMD (821 cases, 1,709 controls) and genotyped 30 promising markers in additional individuals (up to 7,749 cases and 4,625 controls). With these data, we identified a susceptibility locus near TIMP3 (overall P = 1.1 × 10 −11 ), a metalloproteinase involved in degradation of the extracellular matrix and previously implicated in early-onset maculopathy. In addition, our data revealed strong association signals with alleles at two loci ( LIPC , P = 1.3 × 10 −7 ; CETP , P = 7.4 × 10 −7 ) that were previously associated with high-density lipoprotein cholesterol (HDL-c) levels in blood. Consistent with the hypothesis that HDL metabolism is associated with AMD pathogenesis, we also observed association with AMD of HDL-c—associated alleles near LPL ( P = 3.0 × 10 −3 ) and ABCA1 ( P = 5.6 × 10 −4 ). Multilocus analysis including all susceptibility loci showed that 329 of 331 individuals (99%) with the highest-risk genotypes were cases, and 85% of these had advanced AMD. Our studies extend the catalog of AMD associated loci, help identify individuals at high risk of disease, and provide clues about underlying cellular pathways that should eventually lead to new therapies.