MS
Michael Sweeting
Author with expertise in Genomic Studies and Association Analyses
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
13
(69% Open Access)
Cited by:
4,789
h-index:
54
/
i10-index:
103
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

What to add to nothing? Use and avoidance of continuity corrections in meta‐analysis of sparse data

Michael Sweeting et al.Apr 6, 2004
To compare the performance of different meta-analysis methods for pooling odds ratios when applied to sparse event data with emphasis on the use of continuity corrections.Meta-analysis of side effects from RCTs or risk factors for rare diseases in epidemiological studies frequently requires the synthesis of data with sparse event rates. Combining such data can be problematic when zero events exist in one or both arms of a study as continuity corrections are often needed, but, these can influence results and conclusions.A simulation study was undertaken comparing several meta-analysis methods for combining odds ratios (using various classical and Bayesian methods of estimation) on sparse event data. Where required, the routine use of a constant and two alternative continuity corrections; one based on a function of the reciprocal of the opposite group arm size; and the other an empirical estimate of the pooled effect size from the remaining studies in the meta-analysis, were also compared. A number of meta-analysis scenarios were simulated and replicated 1000 times, varying the ratio of the study arm sizes.Mantel-Haenszel summary estimates using the alternative continuity correction factors gave the least biased results for all group size imbalances. Logistic regression was virtually unbiased for all scenarios and gave good coverage properties. The Peto method provided unbiased results for balanced treatment groups but bias increased with the ratio of the study arm sizes. The Bayesian fixed effect model provided good coverage for all group size imbalances. The two alternative continuity corrections outperformed the constant correction factor in nearly all situations. The inverse variance method performed consistently badly, irrespective of the continuity correction used.Many routinely used summary methods provide widely ranging estimates when applied to sparse data with high imbalance between the size of the studies' arms. A sensitivity analysis using several methods and continuity correction factors is advocated for routine practice.
0

Endovascular versus open repair of abdominal aortic aneurysm in 15-years' follow-up of the UK endovascular aneurysm repair trial 1 (EVAR trial 1): a randomised controlled trial

Rajesh Patel et al.Oct 16, 2016
Short-term survival benefits of endovascular aneurysm repair (EVAR) versus open repair of intact abdominal aortic aneurysms have been shown in randomised trials, but this early survival benefit is lost after a few years. We investigated whether EVAR had a long-term survival benefit compared with open repair.We used data from the EVAR randomised controlled trial (EVAR trial 1), which enrolled 1252 patients from 37 centres in the UK between Sept 1, 1999, and Aug 31, 2004. Patients had to be aged 60 years or older, have aneurysms of at least 5·5 cm in diameter, and deemed suitable and fit for either EVAR or open repair. Eligible patients were randomly assigned (1:1) using computer-generated sequences of randomly permuted blocks stratified by centre to receive either EVAR (n=626) or open repair (n=626). Patients and treating clinicians were aware of group assignments, no masking was used. The primary analysis compared total and aneurysm-related deaths in groups until mid-2015 in the intention-to-treat population. This trial is registered at ISRCTN (ISRCTN55703451).We recruited 1252 patients between Sept 1, 1999, and Aug 31, 2004. 25 patients (four for mortality outcome) were lost to follow-up by June 30, 2015. Over a mean of 12·7 years (SD 1·5; maximum 15·8 years) of follow-up, we recorded 9·3 deaths per 100 person-years in the EVAR group and 8·9 deaths per 100 person-years in the open-repair group (adjusted hazard ratio [HR] 1·11, 95% CI 0·97-1·27, p=0·14). At 0-6 months after randomisation, patients in the EVAR group had a lower mortality (adjusted HR 0·61, 95% CI 0·37-1·02 for total mortality; and 0·47, 0·23-0·93 for aneurysm-related mortality, p=0·031), but beyond 8 years of follow-up open-repair had a significantly lower mortality (adjusted HR 1·25, 95% CI 1·00-1·56, p=0·048 for total mortality; and 5·82, 1·64-20·65, p=0·0064 for aneurysm-related mortality). The increased aneurysm-related mortality in the EVAR group after 8 years was mainly attributable to secondary aneurysm sac rupture (13 deaths [7%] in EVAR vs two [1%] in open repair), with increased cancer mortality also observed in the EVAR group.EVAR has an early survival benefit but an inferior late survival compared with open repair, which needs to be addressed by lifelong surveillance of EVAR and re-intervention if necessary.UK National Institute for Health Research, Camelia Botnar Arterial Research Foundation.
0

Genomic Risk Prediction of Coronary Artery Disease in 480,000 Adults

Michael Weedon et al.Oct 1, 2018
Coronary artery disease (CAD) has substantial heritability and a polygenic architecture. However, the potential of genomic risk scores to help predict CAD outcomes has not been evaluated comprehensively, because available studies have involved limited genomic scope and limited sample sizes. This study sought to construct a genomic risk score for CAD and to estimate its potential as a screening tool for primary prevention. Using a meta-analytic approach to combine large-scale, genome-wide, and targeted genetic association data, we developed a new genomic risk score for CAD (metaGRS) consisting of 1.7 million genetic variants. We externally tested metaGRS, both by itself and in combination with available data on conventional risk factors, in 22,242 CAD cases and 460,387 noncases from the UK Biobank. The hazard ratio (HR) for CAD was 1.71 (95% confidence interval [CI]: 1.68 to 1.73) per SD increase in metaGRS, an association larger than any other externally tested genetic risk score previously published. The metaGRS stratified individuals into significantly different life course trajectories of CAD risk, with those in the top 20% of metaGRS distribution having an HR of 4.17 (95% CI: 3.97 to 4.38) compared with those in the bottom 20%. The corresponding HR was 2.83 (95% CI: 2.61 to 3.07) among individuals on lipid-lowering or antihypertensive medications. The metaGRS had a higher C-index (C = 0.623; 95% CI: 0.615 to 0.631) for incident CAD than any of 6 conventional factors (smoking, diabetes, hypertension, body mass index, self-reported high cholesterol, and family history). For men in the top 20% of metaGRS with >2 conventional factors, 10% cumulative risk of CAD was reached by 48 years of age. The genomic score developed and evaluated here substantially advances the concept of using genomic information to stratify individuals with different trajectories of CAD risk and highlights the potential for genomic screening in early life to complement conventional risk prediction.
0
Citation649
0
Save
0

Association analyses based on false discovery rate implicate new loci for coronary artery disease

Christopher Nelson et al.Jul 17, 2017
Hugh Watkins and colleagues meta-analyze data from the UK Biobank along with recent genome-wide association studies for coronary artery disease. They identify 13 new loci that were genome-wide significant and 243 loci at a 5% false discovery rate. Genome-wide association studies (GWAS) in coronary artery disease (CAD) had identified 66 loci at 'genome-wide significance' (P < 5 × 10−8) at the time of this analysis, but a much larger number of putative loci at a false discovery rate (FDR) of 5% (refs. 1,2,3,4). Here we leverage an interim release of UK Biobank (UKBB) data to evaluate the validity of the FDR approach. We tested a CAD phenotype inclusive of angina (SOFT; ncases = 10,801) as well as a stricter definition without angina (HARD; ncases = 6,482) and selected cases with the former phenotype to conduct a meta-analysis using the two most recent CAD GWAS2,3. This approach identified 13 new loci at genome-wide significance, 12 of which were on our previous list of loci meeting the 5% FDR threshold2, thus providing strong support that the remaining loci identified by FDR represent genuine signals. The 304 independent variants associated at 5% FDR in this study explain 21.2% of CAD heritability and identify 243 loci that implicate pathways in blood vessel morphogenesis as well as lipid metabolism, nitric oxide signaling and inflammation.
0
Citation625
0
Save
0

Risk thresholds for alcohol consumption: combined analysis of individual-participant data for 599 912 current drinkers in 83 prospective studies

TH Lam et al.Apr 1, 2018
BackgroundLow-risk limits recommended for alcohol consumption vary substantially across different national guidelines. To define thresholds associated with lowest risk for all-cause mortality and cardiovascular disease, we studied individual-participant data from 599 912 current drinkers without previous cardiovascular disease.MethodsWe did a combined analysis of individual-participant data from three large-scale data sources in 19 high-income countries (the Emerging Risk Factors Collaboration, EPIC-CVD, and the UK Biobank). We characterised dose–response associations and calculated hazard ratios (HRs) per 100 g per week of alcohol (12·5 units per week) across 83 prospective studies, adjusting at least for study or centre, age, sex, smoking, and diabetes. To be eligible for the analysis, participants had to have information recorded about their alcohol consumption amount and status (ie, non-drinker vs current drinker), plus age, sex, history of diabetes and smoking status, at least 1 year of follow-up after baseline, and no baseline history of cardiovascular disease. The main analyses focused on current drinkers, whose baseline alcohol consumption was categorised into eight predefined groups according to the amount in grams consumed per week. We assessed alcohol consumption in relation to all-cause mortality, total cardiovascular disease, and several cardiovascular disease subtypes. We corrected HRs for estimated long-term variability in alcohol consumption using 152 640 serial alcohol assessments obtained some years apart (median interval 5·6 years [5th–95th percentile 1·04–13·5]) from 71 011 participants from 37 studies.FindingsIn the 599 912 current drinkers included in the analysis, we recorded 40 310 deaths and 39 018 incident cardiovascular disease events during 5·4 million person-years of follow-up. For all-cause mortality, we recorded a positive and curvilinear association with the level of alcohol consumption, with the minimum mortality risk around or below 100 g per week. Alcohol consumption was roughly linearly associated with a higher risk of stroke (HR per 100 g per week higher consumption 1·14, 95% CI, 1·10–1·17), coronary disease excluding myocardial infarction (1·06, 1·00–1·11), heart failure (1·09, 1·03–1·15), fatal hypertensive disease (1·24, 1·15–1·33); and fatal aortic aneurysm (1·15, 1·03–1·28). By contrast, increased alcohol consumption was log-linearly associated with a lower risk of myocardial infarction (HR 0·94, 0·91–0·97). In comparison to those who reported drinking >0–≤100 g per week, those who reported drinking >100–≤200 g per week, >200–≤350 g per week, or >350 g per week had lower life expectancy at age 40 years of approximately 6 months, 1–2 years, or 4–5 years, respectively.InterpretationIn current drinkers of alcohol in high-income countries, the threshold for lowest risk of all-cause mortality was about 100 g/week. For cardiovascular disease subtypes other than myocardial infarction, there were no clear risk thresholds below which lower alcohol consumption stopped being associated with lower disease risk. These data support limits for alcohol consumption that are lower than those recommended in most current guidelines.FundingUK Medical Research Council, British Heart Foundation, National Institute for Health Research, European Union Framework 7, and European Research Council.
0

Cardiovascular Risk Factors Associated With Venous Thromboembolism

John Gregson et al.Jan 16, 2019

Importance

 It is uncertain to what extent established cardiovascular risk factors are associated with venous thromboembolism (VTE). 

Objective

 To estimate the associations of major cardiovascular risk factors with VTE, ie, deep vein thrombosis and pulmonary embolism. 

Design, Setting, and Participants

 This study included individual participant data mostly from essentially population-based cohort studies from the Emerging Risk Factors Collaboration (ERFC; 731 728 participants; 75 cohorts; years of baseline surveys, February 1960 to June 2008; latest date of follow-up, December 2015) and the UK Biobank (421 537 participants; years of baseline surveys, March 2006 to September 2010; latest date of follow-up, February 2016). Participants without cardiovascular disease at baseline were included. Data were analyzed from June 2017 to September 2018. 

Exposures

 A panel of several established cardiovascular risk factors. 

Main Outcomes and Measures

 Hazard ratios (HRs) per 1-SD higher usual risk factor levels (or presence/absence). Incident fatal outcomes in ERFC (VTE, 1041; coronary heart disease [CHD], 25 131) and incident fatal/nonfatal outcomes in UK Biobank (VTE, 2321; CHD, 3385). Hazard ratios were adjusted for age, sex, smoking status, diabetes, and body mass index (BMI). 

Results

 Of the 731 728 participants from the ERFC, 403 396 (55.1%) were female, and the mean (SD) age at the time of the survey was 51.9 (9.0) years; of the 421 537 participants from the UK Biobank, 233 699 (55.4%) were female, and the mean (SD) age at the time of the survey was 56.4 (8.1) years. Risk factors for VTE included older age (ERFC: HR per decade, 2.67; 95% CI, 2.45-2.91; UK Biobank: HR, 1.81; 95% CI, 1.71-1.92), current smoking (ERFC: HR, 1.38; 95% CI, 1.20-1.58; UK Biobank: HR, 1.23; 95% CI, 1.08-1.40), and BMI (ERFC: HR per 1-SD higher BMI, 1.43; 95% CI, 1.35-1.50; UK Biobank: HR, 1.37; 95% CI, 1.32-1.41). For these factors, there were similar HRs for pulmonary embolism and deep vein thrombosis in UK Biobank (except adiposity was more strongly associated with pulmonary embolism) and similar HRs for unprovoked vs provoked VTE. Apart from adiposity, these risk factors were less strongly associated with VTE than CHD. There were inconsistent associations of VTEs with diabetes and blood pressure across ERFC and UK Biobank, and there was limited ability to study lipid and inflammation markers. 

Conclusions and Relevance

 Older age, smoking, and adiposity were consistently associated with higher VTE risk.
1

Cluster randomised controlled trial of screening for atrial fibrillation in people aged 70 years and over to reduce stroke: protocol for the pilot study for the SAFER trial

Kate Williams et al.Sep 1, 2022
Introduction Atrial fibrillation (AF) is a common arrhythmia associated with 30% of strokes, as well as other cardiovascular disease, dementia and death. AF meets many criteria for screening, but there is limited evidence that AF screening reduces stroke. Consequently, no countries recommend national screening programmes for AF. The Screening for Atrial Fibrillation with ECG to Reduce stroke (SAFER) trial aims to determine whether screening for AF is effective at reducing risk of stroke. The aim of the pilot study is to assess feasibility of the main trial and inform implementation of screening and trial procedures. Methods and analysis SAFER is planned to be a pragmatic randomised controlled trial (RCT) of over 100 000 participants aged 70 years and over, not on long-term anticoagulation therapy at baseline, with an average follow-up of 5 years. Participants are asked to record four traces every day for 3 weeks on a hand-held single-lead ECG device. Cardiologists remotely confirm episodes of AF identified by the device algorithm, and general practitioners follow-up with anticoagulation as appropriate. The pilot study is a cluster RCT in 36 UK general practices, randomised 2:1 control to intervention, recruiting approximately 12 600 participants. Pilot study outcomes include AF detection rate, anticoagulation uptake and other parameters to incorporate into sample size calculations for the main trial. Questionnaires sent to a sample of participants will assess impact of screening on psychological health. Process evaluation and qualitative studies will underpin implementation of screening during the main trial. An economic evaluation using the pilot data will confirm whether it is plausible that screening might be cost-effective. Ethics and dissemination The London—Central Research Ethics Committee (19/LO/1597) and Confidentiality Advisory Group (19/CAG/0226) provided ethical approval. Dissemination will be via publications, patient-friendly summaries, reports and engagement with the UK National Screening Committee. Trial registration number ISRCTN72104369 .
0

2330 Community frailty hotline service: an innovative hospital avoidance model for frailer older people in mid and South Essex health

Deepak Aggarwal et al.Aug 1, 2024
Abstract Introduction Frailty Hotline Service (FHS) was set up initially in January 2021 to provide 24/7 advice and guidance to care home medical staff within the Mid & South Essex Health and Care Partnership footprint as a part of covid response. This was expanded to support GPs, Urgent Care Response Team (UCRT), community hospitals, hospices etc and later established as Community Frailty Hotline Service (FHS) with an aim for hospital avoidance and provide support to frailer older patients in their own places. Later, a Frailty Virtual Ward (FVW) was established to complement FHS within the MSE HCP. Methods FHS was led by 5 secondary care consultant geriatricians with direct access to telephone, 7 days service operating from 9 am till 10 pm weekdays and 9 am till 10 pm weekends in 1:5 rota. Unified online portal ‘Netcalls’ was used to directly call consultants. Documentation completed on dedicated Frailty Consultant Hotline Tab on SystmOne to be visible to all care providers. Data-collection automated via Netcall and SystmOne from March 2023 till January 2024. Results Average number of call was 487/month, 2098 advices given over 11 months. Referral mostly done by UCRT 1511 (72%) followed by GP 193 (9.19%). Hospital admission avoided in 7 days and 30 days where the advice given in 82.9% and 73.6% cases, respectively. Total bed days saved was 13,920 Cost saving was over six million. Frailty score completed in 2982 cases. FVW referral done in 853 cases (40.6%). Feedback from FVW and UCRT, 95% found FHS was useful. Conclusion Our innovative model of FHS with direct access to geriatrician showed a safe and efficient model to support frailer older patients in the community with appropriate signposting to FVW and other community services as an alternative to acute hospital emergency admission and treat the right patient in the right place.
Load More