Background: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)-infected pneumonia emerged in Wuhan, China in December 2019.In this retrospective multicenter study, we investigated the clinical course and outcomes of novel coronavirus disease 2019 (COVID-19) from early cases in Republic of Korea.Methods: All of the cases confirmed by real time polymerase chain reaction were enrolled from the 1st to the 28th patient nationwide.Clinical data were collected and analyzed for changes in clinical severity including laboratory, radiological, and virologic dynamics during the progression of illness.Results: The median age was 40 years (range, 20-73 years) and 15 (53.6%) patients were male.The most common symptoms were cough (28.6%) and sore throat (28.6%), followed by fever (25.0%).Diarrhea was not common (10.7%).Two patients had no symptoms.Initial chest X-ray (CXR) showed infiltration in 46.4% of the patients, but computed tomography scan confirmed pneumonia in 88.9% (16/18) of the patients.Six patients (21.4%) required

Novel coronavirus (SARS-CoV-2) is found to cause a large outbreak started from Wuhan since December 2019 in China and SARS-CoV-2 infections have been reported with epidemiological linkage to China in 25 countries until now.We isolated SARS-CoV-2 from the oropharyngeal sample obtained from the patient with the first laboratory-confirmed SARS-CoV-2 infection in Korea.Cytopathic effects of SARS-CoV-2 in the Vero cell cultures were confluent 3 days after the first blind passage of the sample.Coronavirus was confirmed with spherical particle having a fringe reminiscent of crown on transmission electron microscopy.Phylogenetic analyses of whole genome sequences showed that it clustered with other SARS-CoV-2 reported from Wuhan.

ABSTRACT Acquired somatic mutations in hematopoietic stem and progenitor cells (clonal hematopoiesis or CH) are associated with advanced age, increased risk of cardiovascular and malignant diseases, and decreased overall survival. 1–4 These adverse sequelae may be mediated by altered inflammatory profiles observed in patients with CH. 2,5,6 A pro-inflammatory immunologic profile is also associated with worse outcomes of certain infections, including SARS-CoV-2 and its associated disease Covid-19. 7,8 Whether CH predisposes to severe Covid-19 or other infections is unknown. Among 515 individuals with Covid-19 from Memorial Sloan Kettering (MSK) and the Korean Clonal Hematopoiesis (KoCH) consortia, we found that CH was associated with severe Covid-19 outcomes (OR=1.9, 95%=1.2-2.9, p=0.01). We further explored the relationship between CH and risk of other infections in 14,211 solid tumor patients at MSK. CH was significantly associated with risk of Clostridium Difficile (HR=2.0, 95% CI: 1.2-3.3, p=6×10 −3 ) and Streptococcus/Enterococcus infections (HR=1.5, 95% CI=1.1-2.1, p=5×10 −3 ). These findings suggest a relationship between CH and risk of severe infections that warrants further investigation.

Abstract In six of seven severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) patients, V H clonotypes, encoded by either immunoglobin heavy variable (IGHV)3-53 or IGHV3-66 and immunoglobin heavy joining (IGHJ)6, were identified in IgG 1 , IgA 1 , and IgA 2 subtypes, with minimal mutations, and could be paired with diverse light chains, resulting in binding to the SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD). Because most human antibodies against the RBD neutralized the virus by inhibiting host cell entry, we selected one of these clonotypes and demonstrated that it could potently inhibit viral replication. Interestingly, these V H clonotypes pre-existed in six of 10 healthy individuals, predominantly as IgM isotypes, which could explain the expeditious and stereotypic development of these clonotypes among SARS-CoV-2 patients.

Abstract Identifying additional risk factors for COVID-19 severity in numerous previously healthy patients without canonical clinical risk factors remains challenging. In this study, we investigate whether clonal hematopoiesis of indeterminate potential (CHIP), a common aging-related process that predisposes various inflammatory responses, may exert COVID-19 severity. We examine the clinical impact of CHIP in 143 laboratory-confirmed COVID-19 patients. Both stratified analyses and logistic regression including the interaction between canonical risk factors and CHIP show that CHIP is an independent risk factor for severe COVID-19, especially in previously healthy patients. Analyses of 60,310 single-cell immune transcriptome profiles identify distinct immunological signatures for CHIP (+) severe COVID-19 patients, particularly in classical monocytes, with a marked increase in pro-inflammatory cytokine responses and potent IFN-γ mediated hyperinflammation signature. We further demonstrate that the enhanced expression of CHIP (+) specific IFN-γ response genes is attributed to the CHIP mutation-dependent epigenetic reprogramming of poised or bivalent cis -regulatory elements. Our results highlight a unique immunopathogenic mechanism of CHIP in the progression of severe COVID-19, which could be extended to elucidate how CHIP contributes to a variety of human infectious diseases.

The immune escape of Omicron variants significantly subsides by the third dose of an mRNA vaccine. However, it is unclear how Omicron variant-neutralizing antibodies develop under repeated vaccination. We analyzed blood samples from 41 BNT162b2 vaccinees following the course of three injections and analyzed their B-cell receptor (BCR) repertoires at six time points in total. The concomitant reactivity to both ancestral and Omicron receptor-binding domain (RBD) was achieved by a limited number of BCR clonotypes depending on the accumulation of somatic hypermutation (SHM) after the third dose. Our findings suggest that SHM accumulation in the BCR space to broaden its specificity for unseen antigens is a counter protective mechanism against virus variant immune escape.