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Mihai Netea
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Complex Immune Dysregulation in COVID-19 Patients with Severe Respiratory Failure

Evangelos Giamarellos‐Bourboulis et al.Apr 21, 2020
Proper management of COVID-19 mandates better understanding of disease pathogenesis. The sudden clinical deterioration 7–8 days after initial symptom onset suggests that severe respiratory failure (SRF) in COVID-19 is driven by a unique pattern of immune dysfunction. We studied immune responses of 54 COVID-19 patients, 28 of whom had SRF. All patients with SRF displayed either macrophage activation syndrome (MAS) or very low human leukocyte antigen D related (HLA-DR) expression accompanied by profound depletion of CD4 lymphocytes, CD19 lymphocytes, and natural killer (NK) cells. Tumor necrosis factor-α (TNF-α) and interleukin-6 (IL-6) production by circulating monocytes was sustained, a pattern distinct from bacterial sepsis or influenza. SARS-CoV-2 patient plasma inhibited HLA-DR expression, and this was partially restored by the IL-6 blocker Tocilizumab; off-label Tocilizumab treatment of patients was accompanied by increase in circulating lymphocytes. Thus, the unique pattern of immune dysregulation in severe COVID-19 is characterized by IL-6-mediated low HLA-DR expression and lymphopenia, associated with sustained cytokine production and hyper-inflammation.
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Bacille Calmette-Guérin induces NOD2-dependent nonspecific protection from reinfection via epigenetic reprogramming of monocytes

Johanneke Kleinnijenhuis et al.Sep 17, 2012
Adaptive features of innate immunity, recently described as "trained immunity," have been documented in plants, invertebrate animals, and mice, but not yet in humans. Here we show that bacille Calmette-Guérin (BCG) vaccination in healthy volunteers led not only to a four- to sevenfold increase in the production of IFN-γ, but also to a twofold enhanced release of monocyte-derived cytokines, such as TNF and IL-1β, in response to unrelated bacterial and fungal pathogens. The enhanced function of circulating monocytes persisted for at least 3 mo after vaccination and was accompanied by increased expression of activation markers such as CD11b and Toll-like receptor 4. These training effects were induced through the NOD2 receptor and mediated by increased histone 3 lysine 4 trimethylation. In experimental studies, BCG vaccination induced T- and B-lymphocyte-independent protection of severe combined immunodeficiency SCID mice from disseminated candidiasis (100% survival in BCG-vaccinated mice vs. 30% in control mice). In conclusion, BCG induces trained immunity and nonspecific protection from infections through epigenetic reprogramming of innate immune cells.
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Causal relationships among the gut microbiome, short-chain fatty acids and metabolic diseases

Serena Sanna et al.Feb 18, 2019
Microbiome-wide association studies on large population cohorts have highlighted associations between the gut microbiome and complex traits, including type 2 diabetes (T2D) and obesity1. However, the causal relationships remain largely unresolved. We leveraged information from 952 normoglycemic individuals for whom genome-wide genotyping, gut metagenomic sequence and fecal short-chain fatty acid (SCFA) levels were available2, then combined this information with genome-wide-association summary statistics for 17 metabolic and anthropometric traits. Using bidirectional Mendelian randomization (MR) analyses to assess causality3, we found that the host-genetic-driven increase in gut production of the SCFA butyrate was associated with improved insulin response after an oral glucose-tolerance test (P = 9.8 × 10−5), whereas abnormalities in the production or absorption of another SCFA, propionate, were causally related to an increased risk of T2D (P = 0.004). These data provide evidence of a causal effect of the gut microbiome on metabolic traits and support the use of MR as a means to elucidate causal relationships from microbiome-wide association findings. Mendelian randomization analyses using genotyping data, gut metagenomic sequence and fecal short-chain-fatty-acid levels from 952 individuals combined with GWAS data show evidence of a causal effect of the gut microbiome on metabolic traits.
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Linking the Human Gut Microbiome to Inflammatory Cytokine Production Capacity

Melanie Schirmer et al.Nov 1, 2016

Summary

 Gut microbial dysbioses are linked to aberrant immune responses, which are often accompanied by abnormal production of inflammatory cytokines. As part of the Human Functional Genomics Project (HFGP), we investigate how differences in composition and function of gut microbial communities may contribute to inter-individual variation in cytokine responses to microbial stimulations in healthy humans. We observe microbiome-cytokine interaction patterns that are stimulus specific, cytokine specific, and cytokine and stimulus specific. Validation of two predicted host-microbial interactions reveal that TNFα and IFNγ production are associated with specific microbial metabolic pathways: palmitoleic acid metabolism and tryptophan degradation to tryptophol. Besides providing a resource of predicted microbially derived mediators that influence immune phenotypes in response to common microorganisms, these data can help to define principles for understanding disease susceptibility. The three HFGP studies presented in this issue lay the groundwork for further studies aimed at understanding the interplay between microbial, genetic, and environmental factors in the regulation of the immune response in humans. 

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