Only four mutations in H5N1 HA are required to enable ferret-to-ferret transmission of a reassortant virus containing the H5 HA and the remaining seven gene segments from a human pandemic H1N1 influenza virus. Whether avian H5N1 viruses can gain the ability to transmit between humans was uncertain. The viral haemagglutinin protein (HA) mediates virus binding to host-specific cellular receptors, but previous studies have shown that alterations in HA that enable binding to human-type receptors are not sufficient to enable respiratory droplet transmission of H5N1 viruses in ferrets, the best animal model for human-to-human transmission. Imai et al. show that only four mutations in H5N1 HA are required to enable ferret-to-ferret transmission of a reassortant virus containing H5 HA, with the remaining genes from human pandemic H1N1 influenza virus. It is probable that further adaptations in other avian virus genes would be required to mediate transmission of wholly avian H5N1 in mammals, but human H1N1 and H5N1 viruses are genetically compatible and the emergence of H5-HA-containing viruses might be expected to cause a pandemic because humans lack immunity to H5 viruses. Knowledge of the mutations involved in adapting H5 HA to mammalian transmission could help with surveillance and monitoring of H5N1 viruses adapting towards pandemic potential. Highly pathogenic avian H5N1 influenza A viruses occasionally infect humans, but currently do not transmit efficiently among humans. The viral haemagglutinin (HA) protein is a known host-range determinant as it mediates virus binding to host-specific cellular receptors1,2,3. Here we assess the molecular changes in HA that would allow a virus possessing subtype H5 HA to be transmissible among mammals. We identified a reassortant H5 HA/H1N1 virus—comprising H5 HA (from an H5N1 virus) with four mutations and the remaining seven gene segments from a 2009 pandemic H1N1 virus—that was capable of droplet transmission in a ferret model. The transmissible H5 reassortant virus preferentially recognized human-type receptors, replicated efficiently in ferrets, caused lung lesions and weight loss, but was not highly pathogenic and did not cause mortality. These results indicate that H5 HA can convert to an HA that supports efficient viral transmission in mammals; however, we do not know whether the four mutations in the H5 HA identified here would render a wholly avian H5N1 virus transmissible. The genetic origin of the remaining seven viral gene segments may also critically contribute to transmissibility in mammals. Nevertheless, as H5N1 viruses continue to evolve and infect humans, receptor-binding variants of H5N1 viruses with pandemic potential, including avian–human reassortant viruses as tested here, may emerge. Our findings emphasize the need to prepare for potential pandemics caused by influenza viruses possessing H5 HA, and will help individuals conducting surveillance in regions with circulating H5N1 viruses to recognize key residues that predict the pandemic potential of isolates, which will inform the development, production and distribution of effective countermeasures.

Analysis of a series of clinical isolates of the swine-origin H1N1 influenza virus reveals that in mammalian models (mice, ferrets and macaques) the current pandemic virus is associated with more severe disease than a seasonal H1N1 strain. The viruses can also infect pigs but do not cause clinical signs. All antivirus drugs tested, including Tamiflu, were effective in cell culture against the new virus, lending support to the use of these compounds as a first line of defence against the pandemic. On 11 June 2009 the World Health Organization declared that the infections caused by a new strain of influenza A virus closely related to swine viruses had reached pandemic levels. Here, one of the first US isolates of the new swine-origin H1N1 influenza virus (S-OIV) is characterized, as well as several other S-OIV isolates, both in vitro and in vivo. Influenza A viruses cause recurrent outbreaks at local or global scale with potentially severe consequences for human health and the global economy. Recently, a new strain of influenza A virus was detected that causes disease in and transmits among humans, probably owing to little or no pre-existing immunity to the new strain. On 11 June 2009 the World Health Organization declared that the infections caused by the new strain had reached pandemic proportion. Characterized as an influenza A virus of the H1N1 subtype, the genomic segments of the new strain were most closely related to swine viruses1. Most human infections with swine-origin H1N1 influenza viruses (S-OIVs) seem to be mild; however, a substantial number of hospitalized individuals do not have underlying health issues, attesting to the pathogenic potential of S-OIVs. To achieve a better assessment of the risk posed by the new virus, we characterized one of the first US S-OIV isolates, A/California/04/09 (H1N1; hereafter referred to as CA04), as well as several other S-OIV isolates, in vitro and in vivo. In mice and ferrets, CA04 and other S-OIV isolates tested replicate more efficiently than a currently circulating human H1N1 virus. In addition, CA04 replicates efficiently in non-human primates, causes more severe pathological lesions in the lungs of infected mice, ferrets and non-human primates than a currently circulating human H1N1 virus, and transmits among ferrets. In specific-pathogen-free miniature pigs, CA04 replicates without clinical symptoms. The assessment of human sera from different age groups suggests that infection with human H1N1 viruses antigenically closely related to viruses circulating in 1918 confers neutralizing antibody activity to CA04. Finally, we show that CA04 is sensitive to approved and experimental antiviral drugs, suggesting that these compounds could function as a first line of defence against the recently declared S-OIV pandemic.

Summary The complete nucleotide sequences of the DNA of three hepatitis B virus (HBV) genomes of subtype adw, cloned from plasma samples of asymptomatic carriers living in the mainland and Okinawa Prefecture of Japan and Indonesia were determined. All three comprised 3215 bp and differed in sequence by only 3.9 to 5.6%. When these isolates were compared with the reported sequences of two HBV genomes of the same subtype derived from American carriers, however, the differences were greater (8.3 to 9.3%) to an extent comparable with the nucleotide divergence between an HBV genome of subtype adw and that of a heterotypic subtype, such as adr, ayw or ayr. A total of 18 HBV genomes of various subtypes, including the three described here, 10 reported previously and five unpublished ones, were classified into four groups based on an inter-group divergence in nucleotide sequence of 8% or greater: group A (two adw genomes), group B (four adw), group C (three adw, four adr and one ayr) and group D (four ayw). Thus, the nine genomes of HBV subtype adw were distributed into three groups with considerably different sequences. These results indicate that the four major antigenically defined subtypes of envelope polypeptide do not reflect true genotypic variation of HBV. The fact that d to y, as well as w to r, subtypic change can be induced by an A → G point mutation at nucleotides 365 and 479 in the S gene, respectively, supports this view.

Significance Since SARS-CoV-2 emerged in China, it has spread rapidly around the world. Effective vaccines and therapeutics for SARS-CoV-2−induced disease (coronavirus disease 2019;COVID-19) are urgently needed. We found that SARS-CoV-2 isolates replicate efficiently in the lungs of Syrian hamsters and cause severe pathological lesions in the lungs of these animals similar to commonly reported imaging features of COVID-19 patients with pneumonia. SARS-CoV-2−infected hamsters mounted neutralizing antibody responses and were protected against rechallenge with SARS-CoV-2. Moreover, passive transfer of convalescent serum to naïve hamsters inhibited virus replication in their lungs. Syrian hamsters are a useful small animal model for the evaluation of vaccines, immunotherapies, and antiviral drugs.

Abstract The recent emergence of B.1.1.529, the Omicron variant 1,2 , has raised concerns of escape from protection by vaccines and therapeutic antibodies. A key test for potential countermeasures against B.1.1.529 is their activity in preclinical rodent models of respiratory tract disease. Here, using the collaborative network of the SARS-CoV-2 Assessment of Viral Evolution (SAVE) programme of the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), we evaluated the ability of several B.1.1.529 isolates to cause infection and disease in immunocompetent and human ACE2 (hACE2)-expressing mice and hamsters. Despite modelling data indicating that B.1.1.529 spike can bind more avidly to mouse ACE2 (refs. 3,4 ), we observed less infection by B.1.1.529 in 129, C57BL/6, BALB/c and K18-hACE2 transgenic mice than by previous SARS-CoV-2 variants, with limited weight loss and lower viral burden in the upper and lower respiratory tracts. In wild-type and hACE2 transgenic hamsters, lung infection, clinical disease and pathology with B.1.1.529 were also milder than with historical isolates or other SARS-CoV-2 variants of concern. Overall, experiments from the SAVE/NIAID network with several B.1.1.529 isolates demonstrate attenuated lung disease in rodents, which parallels preliminary human clinical data.

During the current coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, a variety of mutations have accumulated in the viral genome of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and, at the time of writing, four variants of concern are considered to be potentially hazardous to human society1. The recently emerged B.1.617.2/Delta variant of concern is closely associated with the COVID-19 surge that occurred in India in the spring of 2021 (ref. 2). However, the virological properties of B.1.617.2/Delta remain unclear. Here we show that the B.1.617.2/Delta variant is highly fusogenic and notably more pathogenic than prototypic SARS-CoV-2 in infected hamsters. The P681R mutation in the spike protein, which is highly conserved in this lineage, facilitates cleavage of the spike protein and enhances viral fusogenicity. Moreover, we demonstrate that the P681R-bearing virus exhibits higher pathogenicity compared with its parental virus. Our data suggest that the P681R mutation is a hallmark of the virological phenotype of the B.1.617.2/Delta variant and is associated with enhanced pathogenicity.

Ebolavirus (EBOV) is an enveloped, single-stranded, negative-sense RNA virus that causes severe hemorrhagic fever with mortality rates of up to 90% in humans and nonhuman primates. Previous studies suggest roles for clathrin- or caveolae-mediated endocytosis in EBOV entry; however, ebolavirus virions are long, filamentous particles that are larger than the plasma membrane invaginations that characterize clathrin- or caveolae-mediated endocytosis. The mechanism of EBOV entry remains, therefore, poorly understood. To better understand Ebolavirus entry, we carried out internalization studies with fluorescently labeled, biologically contained Ebolavirus and Ebolavirus-like particles (Ebola VLPs), both of which resemble authentic Ebolavirus in their morphology. We examined the mechanism of Ebolavirus internalization by real-time analysis of these fluorescently labeled Ebolavirus particles and found that their internalization was independent of clathrin- or caveolae-mediated endocytosis, but that they co-localized with sorting nexin (SNX) 5, a marker of macropinocytosis-specific endosomes (macropinosomes). Moreover, the internalization of Ebolavirus virions accelerated the uptake of a macropinocytosis-specific cargo, was associated with plasma membrane ruffling, and was dependent on cellular GTPases and kinases involved in macropinocytosis. A pseudotyped vesicular stomatitis virus possessing the Ebolavirus glycoprotein (GP) also co-localized with SNX5 and its internalization and infectivity were affected by macropinocytosis inhibitors. Taken together, our data suggest that Ebolavirus is internalized into cells by stimulating macropinocytosis in a GP-dependent manner. These findings provide new insights into the lifecycle of Ebolavirus and may aid in the development of therapeutics for Ebolavirus infection.

Here, biological attributes of two early human isolates of the newly emerged H7N9 influenza viruses are characterized: the potential of these viruses to infect and/or transmit within various animal models is discussed, as is their relative sensitivity to neuraminidase inhibitors and experimental polymerase inhibitors compared to an H1N1 pandemic strain. By 20 July 2013, there had been 134 laboratory-confirmed human cases of infection with avian influenza A H7N9 virus infection, including 43 deaths. Yoshihiro Kawaoka and colleagues characterize the biology of two recent isolates of the virus. They provide a wealth of data from infections in mice, pigs, macaques and ferrets. H7N9 virus is shown to be less sensitive to neuraminidase inhibitors than pandemic H1N1 virus, but equally susceptible to an experimental polymerase inhibitor. Terrence Tumpey and colleagues determine the capacity of two clinical H7N9 isolates to cause disease and transmit between mammals. They show that the virus can replicate in human airway cells and in the respiratory tract of ferrets to a higher level than can seasonal H3N2 virus, and show higher lethality in mice than genetically related H7N9 and H9N2 viruses. In transmission studies, the H7N9 virus showed limited transmission in ferrets by respiratory droplets. Ron Fouchier and colleagues investigate the transmissibility of H7N9 virus between ferrets. They show that airborne transmission can occur, but inefficiently. They also show that on passage in ferrets, virus variants that have higher avian receptor binding, higher pH of fusion and lower thermostability are selected, and they suggest that these characteristics may result in reduced transmissibility. Avian influenza A viruses rarely infect humans; however, when human infection and subsequent human-to-human transmission occurs, worldwide outbreaks (pandemics) can result. The recent sporadic infections of humans in China with a previously unrecognized avian influenza A virus of the H7N9 subtype (A(H7N9)) have caused concern owing to the appreciable case fatality rate associated with these infections (more than 25%), potential instances of human-to-human transmission1, and the lack of pre-existing immunity among humans to viruses of this subtype. Here we characterize two early human A(H7N9) isolates, A/Anhui/1/2013 (H7N9) and A/Shanghai/1/2013 (H7N9); hereafter referred to as Anhui/1 and Shanghai/1, respectively. In mice, Anhui/1 and Shanghai/1 were more pathogenic than a control avian H7N9 virus (A/duck/Gunma/466/2011 (H7N9); Dk/GM466) and a representative pandemic 2009 H1N1 virus (A/California/4/2009 (H1N1pdm09); CA04). Anhui/1, Shanghai/1 and Dk/GM466 replicated well in the nasal turbinates of ferrets. In nonhuman primates, Anhui/1 and Dk/GM466 replicated efficiently in the upper and lower respiratory tracts, whereas the replicative ability of conventional human influenza viruses is typically restricted to the upper respiratory tract of infected primates. By contrast, Anhui/1 did not replicate well in miniature pigs after intranasal inoculation. Critically, Anhui/1 transmitted through respiratory droplets in one of three pairs of ferrets. Glycan arrays showed that Anhui/1, Shanghai/1 and A/Hangzhou/1/2013 (H7N9) (a third human A(H7N9) virus tested in this assay) bind to human virus-type receptors, a property that may be critical for virus transmissibility in ferrets. Anhui/1 was found to be less sensitive in mice to neuraminidase inhibitors than a pandemic H1N1 2009 virus, although both viruses were equally susceptible to an experimental antiviral polymerase inhibitor. The robust replicative ability in mice, ferrets and nonhuman primates and the limited transmissibility in ferrets of Anhui/1 suggest that A(H7N9) viruses have pandemic potential.

Airborne simulation experiments showed that cotton masks, surgical masks, and N95 masks provide some protection from the transmission of infective SARS-CoV-2 droplets/aerosols; however, medical masks (surgical masks and even N95 masks) could not completely block the transmission of virus droplets/aerosols even when sealed.

Two amino acids (lysine at position 627 or asparagine at position 701) in the polymerase subunit PB2 protein are considered critical for the adaptation of avian influenza A viruses to mammals. However, the recently emerged pandemic H1N1 viruses lack these amino acids. Here, we report that a basic amino acid at position 591 of PB2 can compensate for the lack of lysine at position 627 and confers efficient viral replication to pandemic H1N1 viruses in mammals. Moreover, a basic amino acid at position 591 of PB2 substantially increased the lethality of an avian H5N1 virus in mice. We also present the X-ray crystallographic structure of the C-terminus of a pandemic H1N1 virus PB2 protein. Arginine at position 591 fills the cleft found in H5N1 PB2 proteins in this area, resulting in differences in surface shape and charge for H1N1 PB2 proteins. These differences may affect the protein's interaction with viral and/or cellular factors, and hence its ability to support virus replication in mammals.