Abstract The molecular substrate of resting-state functional connectivity (rs-FC) remains poorly understood. We aimed to elucidate interactions of dopamine D2 receptor (D2R) and serotonin transporter (SERT) availabilities in main dopaminergic and serotonergic projection areas with the default-mode network (DMN) and two other resting-state networks (RSNs), the salience (SN) and sensorimotor networks (SMN). We performed simultaneous PET/fMRI scans in rats using [ 11 C]raclopride and [ 11 C]DASB to image D2R and SERT distributions, showing for the first time direct relationships between rs-FC and molecular properties of the rodent brain. We found negative associations between CPu D2R availability and all RSNs investigated. Strikingly, medial prefrontal SERT correlated both positively with anterior DMN rs-FC and negatively with rs-FC between the other networks, underlining serotonin’s intricate role in this region. By further elucidating the link between molecular brain properties and its network-level function, our data support future diagnostic and therapeutic strategies. Teaser Simultaneous PET/fMRI indicates direct associations between monoaminergic neurotransmission and brain functional networks.

Abstract Receptors, transporters and ion channels are important targets for therapy development in neurological diseases including Alzheimeŕs disease, Parkinsońs disease, epilepsy, schizophrenia and major depression. Several receptors and ion channels identified by next generation sequencing may be involved in disease initiation and progression but their mechanistic role in pathogenesis is often poorly understood. Gene editing and in vivo imaging approaches will help to identify the molecular and functional role of these targets and the consequence of their regional dysfunction on whole brain level. Here, we combine CRISPR/Cas9 gene-editing with in vivo positron emission tomography (PET) and functional magnetic resonance imaging (fMRI) to investigate the direct link between genes, molecules, and the brain connectome. The extensive knowledge of the Slc18a2 gene encoding the vesicular monoamine transporter (VMAT2), involved in the storage and release of dopamine, makes it an excellent target for studying the gene networks relationships while structurally preserving neuronal integrity and function. We edited the Slc18a2 in the substantia nigra pars compacta of adult rats and used in vivo molecular imaging besides behavioral, histological, and biochemical assessments to characterize the CRISPR/Cas9-mediated VMAT2 knockdown. Simultaneous PET/fMRI was performed to investigate molecular and functional brain alterations. We found that stage-specific adaptations of brain functional connectivity follow the selective impairment of presynaptic dopamine storage and release. Our study reveals that recruiting different brain networks is an early response to the dopaminergic dysfunction preceding neuronal cell loss. Our combinatorial approach is a novel tool to investigate the impact of specific genes on brain molecular and functional dynamics which will help to develop tailored therapies for normalizing brain function. The method can easily be transferred to higher-order species allowing for a direct comparison of the molecular imaging findings.

Abstract Psychedelic compounds have attracted increasing interest in recent years due to their therapeutic potential for psychiatric disorders. Methylenedioxymethamphetamine (MDMA) is currently being investigated in clinical trials to treat post-traumatic stress disorder. To understand the acute effects of psychedelic drugs in vivo , functional MR imaging (fMRI) has been widely used in recent years. Notably, fMRI studies have shown that MDMA leads to inhibition of brain activity, challenging earlier hypotheses indicating mainly excitatory effects. However, interpretation of hemodynamic changes induced by psychedelics is challenging because of the potent vascular effects associated with this class of substances. Therefore, this study aimed to investigate the acute effects of MDMA using simultaneous positron emission tomography (PET)/fMRI in rats. For this purpose, hemodynamic changes measured by BOLD-fMRI were related to alterations in glucose utilization and serotonin transporter (SERT) occupancy, investigated using [ 18 F]FDG functional PET (fPET) and [ 11 C]DASB PET. We demonstrate that MDMA induces global hemodynamic decreases accompanied by localized metabolic increases. Elevated metabolism was found primarily in limbic projection areas involved in emotion processing. Concurrent BOLD-fMRI decreases, also found in extracerebral areas, indicate that the BOLD-fMRI reductions observed in the brain are of vascular, non-neuronal origin. We further show that higher SERT occupancy strongly correlates with regional BOLD-fMRI reductions. Therefore, increased serotonin levels induced by SERT blockage may cause a neurovascular uncoupling. Correct understanding of the in vivo mechanism of MDMA not only supports ongoing research but also warrants a reassessment of previous studies on neuronal effects of psychedelics relying on neurovascular coupling.

Abstract During healthy brain aging, different brain regions show anatomical or functional declines at different rates, and some regions may show compensatory increases in functional activity. However, few studies have explored interregional influences of brain activity during the aging process. We proposed a causality analysis framework combining high dimensionality independent component analysis (ICA), Granger causality, and LASSO (least absolute shrinkage and selection operator) regression on longitudinal brain metabolic activity data measured by Fludeoxyglucose positron emission tomography (FDG-PET). We analyzed FDG-PET images from healthy old subjects, who were scanned for at least five sessions with an averaged intersession interval of about one year. The longitudinal data were concatenated across subjects to form a time series, and the first order autoregressive model was used to measure interregional causality among the independent sources of metabolic activity identified using ICA. Several independent sources with reduced metabolic activity in aging, including the anterior temporal lobe and orbital frontal cortex, demonstrated causal influences over many widespread brain regions. On the other hand, the influenced regions were more distributed, and had smaller age related declines or even relatively increased metabolic activity. The current data demonstrated interregional spreads of aging on metabolic activity at the scale of a year, and have identified key brain regions in the aging process that have strong influences over other regions.

Abstract Task-free functional connectivity in animal models provides an experimental framework to examine connectivity phenomena under controlled conditions and allows comparison with invasive or terminal procedures. To date, animal acquisitions are performed with varying protocols and analyses that hamper result comparison and integration. We introduce StandardRat , a consensus rat functional MRI acquisition protocol tested across 20 centers. To develop this protocol with optimized acquisition and processing parameters, we initially aggregated 65 functional imaging datasets acquired in rats from 46 centers. We developed a reproducible pipeline for the analysis of rat data acquired with diverse protocols and determined experimental and processing parameters associated with a more robust functional connectivity detection. We show that the standardized protocol enhances biologically plausible functional connectivity patterns, relative to pre-existing acquisitions. The protocol and processing pipeline described here are openly shared with the neuroimaging community to promote interoperability and cooperation towards tackling the most important challenges in neuroscience.

The dopaminergic system is a central component of the brain9s neurobiological framework, governing motor control, reward responses, and playing an essential role in various brain disorders such as Parkinson9s disease and schizophrenia. Within this complex network, the nigrostriatal pathway represents a critical circuit for dopamine transmission from the substantia nigra to the striatum, a connection that is vital to understanding many of the disease-related dysfunctions. However, stand-alone functional magnetic resonance imaging (fMRI) is unable to study the intricate interplay between brain activation and its molecular underpinnings. In our study, the simultaneous use of [18F]FDG functional positron emission tomography (fPET)/BOLD-fMRI provided a new insight that allowed us to demonstrate an active suppression of the nigrostriatal activity during optogenetic stimulation via presynaptic autoinhibition. Our in vivo observation emphasizes that the observed BOLD signal depression during neuronal stimulation does not correlate with neuronal inactivity, but results from an active suppression of neuronal firing as shown by the high [18F]FDG signal increase. This result not only illustrates the potential of simultaneous fPET/fMRI to understand the molecular mechanisms of brain function but also provides a new perspective on how neurotransmitters such as dopamine influence hemodynamic responses in the brain.

Abstract Pharmacological approaches to induce N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR) hypofunction have been intensively used to understand the aetiology and pathophysiology of schizophrenia. Yet, the precise cellular and molecular mechanisms that relate to brain network dysfunction remain largely unknown. Here, we used a set of complementary approaches to assess the functional network abnormalities present in mice that underwent a 7-day subchronic phencyclidine (PCP 10mg/kg, subcutaneously, once daily) treatment. Our data revealed that pharmacological intervention with PCP affected cognitive performance and auditory evoked gamma oscillations in the prefrontal cortex (PFC) mimicking endophenotypes of some schizophrenia patients. We further assessed PFC cellular function and identified altered neuronal intrinsic membrane properties, reduced parvalbumin (PV) immunostaining and diminished inhibition onto L5 PFC pyramidal cells. A decrease in the strength of optogenetically-evoked glutamatergic current at the ventral hippocampus (HPC) to PFC synapse was also demonstrated, along with a weaker shunt of excitatory transmission by local PFC interneurons. On a macrocircuit level, functional ultrasound measurements indicated compromised functional connectivity within several brain regions particularly involving PFC and frontostriatal circuits. Herein, we reproduced a panel of schizophrenia endophenotypes induced by subchronic PCP application in mice. We further recapitulated electrophysiological signatures associated with schizophrenia and provided an anatomical reference to critical elements in the brain circuitry. Together, our findings contribute to a better understanding of the physiological underpinnings of deficits induced by subchronic NMDAR antagonist regimes and provide a test system for characterization of pharmacological compounds. Highlights Subchronic PCP treatment alters cognitive performance and evoked gamma synchronization in the prefrontal cortex. Subchronic PCP reduces number of parvalbumin-positive boutons and inhibitory synaptic transmission onto pyramidal neurons in layer 5/6 of the prelimbic cortex. Subchronic PCP reduces the strength of ventral hippocampal inputs to the medial prefrontal cortex. Frontostriatal circuits show robust dysconnectivity after subchronic PCP treatment. Abstract