Abstract Task-free functional connectivity in animal models provides an experimental framework to examine connectivity phenomena under controlled conditions and allows comparison with invasive or terminal procedures. To date, animal acquisitions are performed with varying protocols and analyses that hamper result comparison and integration. We introduce StandardRat , a consensus rat functional MRI acquisition protocol tested across 20 centers. To develop this protocol with optimized acquisition and processing parameters, we initially aggregated 65 functional imaging datasets acquired in rats from 46 centers. We developed a reproducible pipeline for the analysis of rat data acquired with diverse protocols and determined experimental and processing parameters associated with a more robust functional connectivity detection. We show that the standardized protocol enhances biologically plausible functional connectivity patterns, relative to pre-existing acquisitions. The protocol and processing pipeline described here are openly shared with the neuroimaging community to promote interoperability and cooperation towards tackling the most important challenges in neuroscience.

Motivation: We address the need for standardization and collaboration in rat sensory-evoked fMRI by providing evidence-based recommendations and open-access datasets, fostering community growth. Goal(s): We aim to assess inter- and intra-datasets variability, focusing on image acquisition and experimental protocols, and to optimize analysis by comparing hemodynamic response functions and denoising methods. Approach: We collected 17 rat datasets from 10 centers, applied standardized preprocessing, and analyzed the sensory-evoked responses at individual and groups levels. Project code is openly available. Results: Our study revealed significant diversity in rat attributes, anesthesia protocols, and imaging acquisition parameters across datasets. We are currently optimizing analyses to strengthen protocol robustness. Impact: We present evidence for the substantial heterogeneity intra- and inter-datasets of rat sensory-evoked fMRI. We will provide guidelines to enhance reproducibility, facilitate cross-laboratory comparisons, collaborations in neuroimaging research, and encourage more robust findings with potential translational applications.