ABSTRACT Objective Prediction of disease progression is challenging in multiple sclerosis (MS) as the sequence of lesion development and retention of inflammation within a subset of chronic lesions is heterogeneous among patients. We investigated the sequence of lesion-related regional structural disconnectivity across the spectrum of disability and cognitive impairment in MS. Methods In a full cohort of 482 patients, the Expanded Disability Status Scale was used to classify patients into (i) no or mild vs (ii) moderate or severe disability groups. In 363 out of 482 patients, Quantitative Susceptibility Mapping was used to identify paramagnetic rim lesions (PRL), which are maintained by a rim of iron-laden innate immune cells. In 171 out of 482 patients, Brief International Cognitive Assessment was used to identify subjects with cognitive impairment. Network Modification Tool was used to estimate the regional structural disconnectivity due to MS lesions. Discriminative event-based modeling was applied to investigate the sequence of regional structural disconnectivity due to all representative lesions across the spectrum of disability and cognitive impairment. Results Structural disconnection in the ventral attention and subcortical networks was an early biomarker of moderate or severe disability. The earliest biomarkers of disability progression were structural disconnections due to PRL in the motor-related regions. Subcortical structural disconnection was an early biomarker of cognitive impairment. Interpretation MS lesion-related structural disconnections in the subcortex is an early biomarker for both disability and cognitive impairment in MS. PRL-related structural disconnection in the motor cortex may identify the patients at risk for moderate or severe disability in MS.