The sequence of the mouse genome is a key informational tool for understanding the contents of the human genome and a key experimental tool for biomedical research. Here, we report the results of an international collaboration to produce a high-quality draft sequence of the mouse genome. We also present an initial comparative analysis of the mouse and human genomes, describing some of the insights that can be gleaned from the two sequences. We discuss topics including the analysis of the evolutionary forces shaping the size, structure and sequence of the genomes; the conservation of large-scale synteny across most of the genomes; the much lower extent of sequence orthology covering less than half of the genomes; the proportions of the genomes under selection; the number of protein-coding genes; the expansion of gene families related to reproduction and immunity; the evolution of proteins; and the identification of intraspecies polymorphism.

An approach for genome analysis based on sequencing and assembly of unselected pieces of DNA from the whole chromosome has been applied to obtain the complete nucleotide sequence (1,830,137 base pairs) of the genome from the bacterium Haemophilus influenzae Rd. This approach eliminates the need for initial mapping efforts and is therefore applicable to the vast array of microbial species for which genome maps are unavailable. The H. influenzae Rd genome sequence (Genome Sequence DataBase accession number L42023) represents the only complete genome sequence from a free-living organism.

The Gene Ontology (GO) project (http://www. geneontology.org/) provides structured, controlled vocabularies and classifications that cover several domains of molecular and cellular biology and are freely available for community use in the annotation of genes, gene products and sequences. Many model organism databases and genome annotation groups use the GO and contribute their annotation sets to the GO resource. The GO database integrates the vocabularies and contributed annotations and provides full access to this information in several formats. Members of the GO Consortium continually work collectively, involving outside experts as needed, to expand and update the GO vocabularies. The GO Web resource also provides access to extensive documentation about the GO project and links to applications that use GO data for functional analyses.

CladisticsVolume 10, Issue 3 p. 315-319 Free Access TESTING SIGNIFICANCE OF INCONGRUENCE James S. Farris, James S. Farris Naturhistoriska riksmuseet, Molekylärystematiska laboratoriet, Box 50007, S-104 05, Stockholm, Sweden Department of Entomology, American Museum of Natural History, Central Park West at 79th St., New York, New York 10024, U.S.A.Search for more papers by this authorMari Källersjö, Mari Källersjö Naturhistoriska riksmuseet, Molekylärystematiska laboratoriet, Box 50007, S-104 05, Stockholm, SwedenSearch for more papers by this authorArnold G. Kluge, Arnold G. Kluge Department of Reptiles and Amphibians, Museum of Zoology, The University of Michigan, Ann Arbor, Michigan 48109, U.S.A.Search for more papers by this authorCarol Bult, Carol Bult Institute of Genomic Research, 932 Clopper Rd., Gaithersburg, Maryland 20878, U.S.A.Search for more papers by this author James S. Farris, James S. Farris Naturhistoriska riksmuseet, Molekylärystematiska laboratoriet, Box 50007, S-104 05, Stockholm, Sweden Department of Entomology, American Museum of Natural History, Central Park West at 79th St., New York, New York 10024, U.S.A.Search for more papers by this authorMari Källersjö, Mari Källersjö Naturhistoriska riksmuseet, Molekylärystematiska laboratoriet, Box 50007, S-104 05, Stockholm, SwedenSearch for more papers by this authorArnold G. Kluge, Arnold G. Kluge Department of Reptiles and Amphibians, Museum of Zoology, The University of Michigan, Ann Arbor, Michigan 48109, U.S.A.Search for more papers by this authorCarol Bult, Carol Bult Institute of Genomic Research, 932 Clopper Rd., Gaithersburg, Maryland 20878, U.S.A.Search for more papers by this author First published: September 1994 https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1994.tb00181.xCitations: 2,887AboutPDF ToolsRequest permissionExport citationAdd to favoritesTrack citation ShareShare Give accessShare full text accessShare full-text accessPlease review our Terms and Conditions of Use and check box below to share full-text version of article.I have read and accept the Wiley Online Library Terms and Conditions of UseShareable LinkUse the link below to share a full-text version of this article with your friends and colleagues. Learn more.Copy URL Share a linkShare onFacebookTwitterLinkedInRedditWechat REFERENCES Bremer, K. 1988. The limits of amino-acid sequence data in angiosperm phylogenetic reconstruction. Evolution, 42: 795– 803. Bremer, B. and L. Struwe. 1992. Phylogeny of the Rubiaceae and the Loganiaceae: congruence or conflict between morphological and molecular data Amer. Jour. Bot., 79: 1171– 1184. Bruneau, A. and E. E. Dickson. 1995. Congruence of chloroplast DNA restriction site characters with morphological and isozyme data in Solatium sect. Lasiocarpa. Can. Jour. Bot. (in press). Farris, J. S., M. Kallersjo, A. G. Kluge and C. Bult. 1994. Permutations. Cladistics, 10: 65– 76. Kluge, A. G. 1989. A concern for evidence and a phylogenetic hypothesis of relationships among Epicrates (Boidae, Serpentes). Syst. Zool., 38: 7– 25. Kallersjo, M., J. S. Farris, A. G. Kluge and C. Bult. 1992. Skewness and permutation. Cladistics, 8: 275– 287. Lindgren, B. W. 1962. Statistical Theory. MacMillan, New York . Mickevich, M. F. and J. S. Farris. 1981. The implications of congruence in Menidia. Syst. Zool., 30: 351– 370. Miyamoto, M. 1985. Consensus cladograms and general classifications. Cladistics, 1: 186– 189. Schuh, R. T. and J. S. Farris. 1981. Methods for investigating taxonomic congruence and their application to the Leptopodomorpha. Syst. Zool., 30: 331– 351. Smith, J. F. and K. J. Sytsma. 1994. Molecules and morphology: congruence of data in Columnea (Gesneriaceae). Plant Syst. Evol. (in press). Swofford, D. L. 1991. When are phylogeny estimates from molecular and morphological data incongruent? In M. M. Miyamoto and J. Cracraft, (eds), Phylogenetic Analysis of DNA Sequences. Oxford Univ. Press, New York , pp. 295– 333. Tehler, A. 1994. Cladistic analysis in ascomycete systematics: Theory and practice. In D. L. Hawksworth, (ed.), Ascomycete Systematics: Problems and Perspectives in the 90s. Plenum, New York , pp. 185– 197. Tehler, A. 1995a. Arthionales phylogeny as indicated by morphological and rDNA sequence data. Cryptogamic Botany (in press). Tehler, A. 1995b. Morphological data, molecular data, and total evidence in phylogenetic analysis. Can. Jour. Bot. (in press). Citing Literature Volume10, Issue3September 1994Pages 315-319 ReferencesRelatedInformation

The complete nucleotide sequence (580,070 base pairs) of the Mycoplasma genitalium genome, the smallest known genome of any free-living organism, has been determined by whole-genome random sequencing and assembly. A total of only 470 predicted coding regions were identified that include genes required for DNA replication, transcription and translation, DNA repair, cellular transport, and energy metabolism. Comparison of this genome to that of Haemophilus influenzae suggests that differences in genome content are reflected as profound differences in physiology and metabolic capacity between these two organisms.

The complete 1.66-megabase pair genome sequence of an autotrophic archaeon, Methanococcus jannaschii, and its 58- and 16-kilobase pair extrachromosomal elements have been determined by whole-genome random sequencing. A total of 1738 predicted protein-coding genes were identified; however, only a minority of these (38 percent) could be assigned a putative cellular role with high confidence. Although the majority of genes related to energy production, cell division, and metabolism in M. jannaschii are most similar to those found in Bacteria, most of the genes involved in transcription, translation, and replication in M. jannaschii are more similar to those found in Eukaryotes.

Only a small proportion of the mouse genome is transcribed into mature messenger RNA transcripts. There is an international collaborative effort to identify all full-length mRNA transcripts from the mouse, and to ensure that each is represented in a physical collection of clones. Here we report the manual annotation of 60,770 full-length mouse complementary DNA sequences. These are clustered into 33,409 ‘transcriptional units’, contributing 90.1% of a newly established mouse transcriptome database. Of these transcriptional units, 4,258 are new protein-coding and 11,665 are new non-coding messages, indicating that non-coding RNA is a major component of the transcriptome. 41% of all transcriptional units showed evidence of alternative splicing. In protein-coding transcripts, 79% of splice variations altered the protein product. Whole-transcriptome analyses resulted in the identification of 2,431 sense–antisense pairs. The present work, completely supported by physical clones, provides the most comprehensive survey of a mammalian transcriptome so far, and is a valuable resource for functional genomics.

The RIKEN Mouse Gene Encyclopaedia Project, a systematic approach to determining the full coding potential of the mouse genome, involves collection and sequencing of full-length complementary DNAs and physical mapping of the corresponding genes to the mouse genome. We organized an international functional annotation meeting (FANTOM) to annotate the first 21,076 cDNAs to be analysed in this project. Here we describe the first RIKEN clone collection, which is one of the largest described for any organism. Analysis of these cDNAs extends known gene families and identifies new ones.

The Mouse Genome Database (MGD; http://www.informatics.jax.org) is the community model organism genetic and genome resource for the laboratory mouse. MGD is the authoritative source for biological reference data sets related to mouse genes, gene functions, phenotypes, and mouse models of human disease. MGD is the primary outlet for official gene, allele and mouse strain nomenclature based on the guidelines set by the International Committee on Standardized Nomenclature for Mice. In this report we describe significant enhancements to MGD, including two new graphical user interfaces: (i) the Multi Genome Viewer for exploring the genomes of multiple mouse strains and (ii) the Phenotype-Gene Expression matrix which was developed in collaboration with the Gene Expression Database (GXD) and allows researchers to compare gene expression and phenotype annotations for mouse genes. Other recent improvements include enhanced efficiency of our literature curation processes and the incorporation of Transcriptional Start Site (TSS) annotations from RIKEN's FANTOM 5 initiative.