SL
S.S. Lau
Author with expertise in RNA Sequencing Data Analysis
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
8
(100% Open Access)
Cited by:
0
h-index:
29
/
i10-index:
53
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Chromosomal-level genome assembly of golden birdwingTroides aeacus(Felder & Felder, 1860)

Jerome Hui et al.Jan 15, 2024
Abstract Troides aeacus , the golden birdwing (Lepidoptera, Papilionidae) is a large swallowtail butterfly widely distributed in Asia. Despite its occurrence, T. aeacus has been assigned as a major protective species in many places given the loss of their native habitats under urbanisation and anthropogenic activities. Nevertheless, the lack of its genomic resources hinders our understanding of their biology, diversity, as well as carrying out conservation measures based on genetic information or markers. Here, we report the first chromosomal-level genome assembly of T. aeacus using a combination of PacBio SMRT and Omni-C scaffolding technologies. The assembled genome (351 Mb) contains 98.94% of the sequences anchored to 30 pseudo-molecules. The genome assembly also has high sequence continuity with scaffold length N50 = 12.2 Mb. A total of 28,749 protein-coding genes were predicted, and high BUSCO score completeness (98.9% of BUSCO metazoa_odb10 genes) was also revealed. This high-quality genome offers a new and significant resource for understanding the swallowtail butterfly biology, as well as carrying out conservation measures of this ecologically important lepidopteran species.
0

Chromosomal-level genome assembly and single-nucleotide polymorphism sites of black-faced spoonbill Platalea minor

Jerome Hui et al.Apr 11, 2024
Abstract Platalea minor , the black-faced spoonbill (Threskiornithidae) is a wading bird that is confined to coastal areas in East Asia. Due to habitat destruction, it has been classified by The International Union for Conservation of Nature (IUCN) as globally endangered species. Nevertheless, the lack of its genomic resources hinders our understanding of their biology, diversity, as well as carrying out conservation measures based on genetic information or markers. Here, we report the first chromosomal-level genome assembly of P. minor using a combination of PacBio SMRT and Omni-C scaffolding technologies. The assembled genome (1.24 Gb) contains 95.33% of the sequences anchored to 31 pseudomolecules. The genome assembly also has high sequence continuity with scaffold length N50 = 53 Mb. A total of 18,780 protein-coding genes were predicted, and high BUSCO score completeness (93.7% of BUSCO metazoa_odb10 genes) was also revealed. A total of 6,155,417 bi-allelic SNPs were also revealed from 13 P. minor individuals, accounting for ∼5% of the genome. The resource generated in this study offers the new opportunity for studying the black-faced spoonbill, as well as carrying out conservation measures of this ecologically important spoonbill species.
0

Monitoring Fish Bacterial Pathogens of Wild Fish Species From the South China Sea by Applying Next‐Generation Sequencing on Gill Tissue

Shlomi Zrihan et al.Nov 22, 2024
ABSTRACT The classic epidemiological triangle model of host—environment—pathogen is recently being reshaped into a tetrahedron, with the growing understanding of the importance of the microbiome in this array. The gills, being a gateway into the fish body, bearing an important role in fish homeostasis, host a complex microbiome that reflects the ambient water, while also showing resemblance to gut microbiome. Next‐generation sequencing (NGS) and improvements in data analysis tools enable researchers to gather and analyse a lot more data than ever before, take a closer, more detailed look at microbiota, and gain a much better understanding of the biological processes at work in these complex relations. Here, 16S rRNA amplicons of bacterial DNA extracted from the gills of 36 asymptomatic specimens of three wild fish species from the South China Sea ( Nemipterus japonicus , Alepes djebaba, and Saurida tumbil ) were sequenced using NGS. Data analyses revealed the presence of 20 potentially pathogenic species, including several zoonotic agents. Gill microbiota exhibited host species‐specificity, and expressed a significant difference between demersal and pelagic‐amphidromous fish. It is suggested that this method be more widely implemented, in order to gain more insight on ocean ecosystems’ health status, as well as fish stocks of commercial importance.