Objective To assess the thrombotic risk associated with oral contraceptive use with a focus on dose of oestrogen and type of progestogen of oral contraceptives available in the Netherlands. Design Population based case-control study. Setting Six participating anticoagulation clinics in the Netherlands (Amersfoort, Amsterdam, The Hague, Leiden, Rotterdam, and Utrecht). Participants Premenopausal women <50 years old who were not pregnant, not within four weeks postpartum, and not using a hormone excreting intrauterine device or depot contraceptive. Analysis included 1524 patients and 1760 controls. Main outcome measures First objectively diagnosed episodes of deep venous thrombosis of the leg or pulmonary embolism. Odds ratios calculated by cross-tabulation with a 95% confidence interval according to Woolf’s method; adjusted odds ratios estimated by unconditional logistic regression, standard errors derived from the model. Results Currently available oral contraceptives increased the risk of venous thrombosis fivefold compared with non-use (odds ratio 5.0, 95% CI 4.2 to 5.8). The risk clearly differed by type of progestogen and dose of oestrogen. The use of oral contraceptives containing levonorgestrel was associated with an almost fourfold increased risk of venous thrombosis (odds ratio 3.6, 2.9 to 4.6) relative to non-users, whereas the risk of venous thrombosis compared with non-use was increased 5.6-fold for gestodene (5.6, 3.7 to 8.4), 7.3-fold for desogestrel (7.3, 5.3 to 10.0), 6.8-fold for cyproterone acetate (6.8, 4.7 to 10.0), and 6.3-fold for drospirenone (6.3, 2.9 to 13.7). The risk of venous thrombosis was positively associated with oestrogen dose. We confirmed a high risk of venous thrombosis during the first months of oral contraceptive use irrespective of the type of oral contraceptives. Conclusions Currently available oral contraceptives still have a major impact on thrombosis occurrence and many women do not use the safest brands with regard to risk of venous thrombosis.

Abstract Glycaemic traits are used to diagnose and monitor type 2 diabetes, and cardiometabolic health. To date, most genetic studies of glycaemic traits have focused on individuals of European ancestry. Here, we aggregated genome-wide association studies in up to 281,416 individuals without diabetes (30% non-European ancestry) with fasting glucose, 2h-glucose post-challenge, glycated haemoglobin, and fasting insulin data. Trans-ancestry and single-ancestry meta-analyses identified 242 loci (99 novel; P <5×10 -8 ), 80% with no significant evidence of between-ancestry heterogeneity. Analyses restricted to European ancestry individuals with equivalent sample size would have led to 24 fewer new loci. Compared to single-ancestry, equivalent sized trans-ancestry fine-mapping reduced the number of estimated variants in 99% credible sets by a median of 37.5%. Genomic feature, gene-expression and gene-set analyses revealed distinct biological signatures for each trait, highlighting different underlying biological pathways. Our results increase understanding of diabetes pathophysiology by use of trans-ancestry studies for improved power and resolution.

The aim of this study was to investigate the associations between sex hormone binding globulin (SHBG), visceral fat (VAT), liver fat content, and risk of type 2 diabetes. In the Netherlands Epidemiology of Obesity study 5690 women (53%) and men without pre-existing diabetes were included and followed for incident type 2 diabetes. SHBG concentrations were measured in all, VAT with MRI, and liver fat content with proton-MR spectroscopy in n=1822. We examined associations between SHBG and liver fat with linear regression and bidirectional Mendelian randomization analyses, and between SHBG and type 2 diabetes with Cox regression adjusted for confounding, and additionally for VAT and liver fat to examine mediation. The mean(SD) age was 56(6) years, BMI 30(4) kg/m2, median(IQR) SHBG was 47 (34,65) nmol/L in women and 34 (26,43) nmol/L in men, median(IQR) liver fat was 3.4(1.6,8.2)% in women and 6.0 (2.9,13.5)% in men. Compared with the highest SHBG quartile, liver fat was 2.9-fold (95%CI: 2.4,3.4) increased in women and 1.6-fold (95%CI: 1.3,1.8) in men, and the hazard ratio (95%CI) of type 2 diabetes was 4.9 (2.4,9.9) in women and 1.8 (1.1,2.9) in men. Genetically predicted SHBG was associated with liver fat content (women: SD (95%CI) -0.45(-0.55,-0.35), men: ln(95%CI) -0.25 (-0.34,-0.16)). VAT and liver fat together mediated 43% (women) and 60% (men) of the SHBG-type 2 diabetes association. To conclude, in a middle-aged population with overweight, the association between low SHBG and increased risk of type 2 diabetes was for a large part mediated by increased VAT and liver fat.

Abstract Background Factor V (FV) is a key molecular player in the coagulation cascade. FV plasma levels have been associated with several human diseases, including thrombosis, bleeding and diabetic complications. So far, two genes have been robustly found through genome wide association analyses to contribute in the inter-individual variability of plasma FV levels: structural F5 gene and PLXDC2. Methods We used the underestimated Brown-Forsythe methodology implemented in the Quicktest software to search for non-additive genetic effects that could contribute to the inter-individual variability of FV plasma activity. QUICKTEST was applied to 4 independent GWAS studies (LURIC, MARTHA, MEGA and RETROVE) totaling 4,505 participants of European ancestry with measured FV plasma levels. Results obtained in the 4 cohorts were meta-analyzed using a fixed-effect model. Additional analyses involved exploring haplotype and gene×gene interactions in downstream investigations. Results We observed a genome-wide significant signal at PSKH2 locus, on chr8q21.3 with lead variant rs75463553 with no evidence for heterogeneity across cohorts (p = 0.518). Although rs75463553 did not show association with mean FV levels (p = 0.49), it demonstrated a robust significant (p = 8.4 10 -9 ) association with the variance of FV plasma levels. Further analyses confirmed the reported association of PSKH2 with neutrophil biology and revealed that rs75463553 likely interact with two loci, GRIN2A and POM121L12 , known for their involvement in smoking biology. Conclusions This comprehensive approach identifies the role of PSKH2 as a novel molecular player in the genetic regulation of FV, shedding light on the contribution of neutrophils to FV biology.