JR
John Reilly
Author with expertise in Epidemiology and Management of Sepsis and Septic Shock
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
6
(83% Open Access)
Cited by:
1,132
h-index:
29
/
i10-index:
47
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Endovascular ultrasound renal denervation to treat hypertension (RADIANCE-HTN SOLO): a multicentre, international, single-blind, randomised, sham-controlled trial

Anthony Mathur et al.May 23, 2018
+64
F
R
A
Background Early studies suggest that radiofrequency-based renal denervation reduces blood pressure in patients with moderate hypertension. We investigated whether an alternative technology using endovascular ultrasound renal denervation reduces ambulatory blood pressure in patients with hypertension in the absence of antihypertensive medications. Methods RADIANCE-HTN SOLO was a multicentre, international, single-blind, randomised, sham-controlled trial done at 21 centres in the USA and 18 in Europe. Patients with combined systolic–diastolic hypertension aged 18–75 years were eligible if they had ambulatory blood pressure greater than or equal to 135/85 mm Hg and less than 170/105 mm Hg after a 4-week discontinuation of up to two antihypertensive medications and had suitable renal artery anatomy. Patients were randomised (1:1) to undergo renal denervation with the Paradise system (ReCor Medical, Palo Alto, CA, USA) or a sham procedure consisting of renal angiography only. The randomisation sequence was computer generated and stratified by centres with randomised blocks of four or six and permutation of treatments within each block. Patients and outcome assessors were blinded to randomisation. The primary effectiveness endpoint was the change in daytime ambulatory systolic blood pressure at 2 months in the intention-to-treat population. Patients were to remain off antihypertensive medications throughout the 2 months of follow-up unless specified blood pressure criteria were exceeded. Major adverse events included all-cause mortality, renal failure, an embolic event with end-organ damage, renal artery or other major vascular complications requiring intervention, or admission to hospital for hypertensive crisis within 30 days and new renal artery stenosis within 6 months. This study is registered with ClinicalTrials.gov, number NCT02649426. Findings Between March 28, 2016, and Dec 28, 2017, 803 patients were screened for eligibility and 146 were randomised to undergo renal denervation (n=74) or a sham procedure (n=72). The reduction in daytime ambulatory systolic blood pressure was greater with renal denervation (−8·5 mm Hg, SD 9·3) than with the sham procedure (−2·2 mm Hg, SD 10·0; baseline-adjusted difference between groups: −6·3 mm Hg, 95% CI −9·4 to −3·1, p=0·0001). No major adverse events were reported in either group. Interpretation Compared with a sham procedure, endovascular ultrasound renal denervation reduced ambulatory blood pressure at 2 months in patients with combined systolic–diastolic hypertension in the absence of medications. Funding ReCor Medical.
0

Consideration of a New Definition of Clinically Relevant Myocardial Infarction After Coronary Revascularization

Issam Moussa et al.Oct 1, 2013
+7
B
L
I
Numerous definitions have been proposed for the diagnosis of myocardial infarction (MI) after coronary revascularization. The universal definition for MI designates post procedural biomarker thresholds for defining percutaneous coronary intervention (PCI)-related MI (type 4a) and coronary artery bypass grafting (CABG)-related MI (type 5), which are of uncertain prognostic importance. In addition, for both the MI types, cTn is recommended as the biomarker of choice, the prognostic significance of which is less well validated than CK-MB. Widespread adoption of a MI definition not clearly linked to subsequent adverse events such as mortality or heart failure may have serious consequences for the appropriate assessment of devices and therapies, may affect clinical care pathways, and may result in misinterpretation of physician competence. Rather than using an MI definition sensitive for small degrees of myonecrosis (the occurrence of which, based on contemporary large-scale studies, are unlikely to have important clinical consequences), it is instead recommended that a threshold level of biomarker elevation which has been strongly linked to subsequent adverse events in clinical studies be used to define a "clinically relevant MI." The present document introduces a new definition for "clinically relevant MI" after coronary revascularization (PCI or CABG), which is applicable for use in clinical trials, patient care, and quality outcomes assessment.
1

A genome-wide association study of survival in patients with sepsis

Tamara Hernández-Beeftink et al.Nov 5, 2022
+30
J
B
T
Abstract Background Sepsis is a severe systemic inflammatory response to infections that is accompanied by organ dysfunction and has a high mortality rate in adult intensive care units. Most genetic studies have identified gene variants associated with development and outcomes of sepsis focusing on biological candidates. We conducted the first genome-wide association study (GWAS) of 28-day survival in adult patients with sepsis. Methods This study was conducted in two stages. The first stage was performed on 687 European sepsis patients from the GEN-SEP network and 7.5 million imputed variants. Association testing was conducted with Cox regression models, adjusting by sex, age, and the main principal components of genetic variation. A second stage focusing on the prioritized genetic variants was performed on 2,063 ICU sepsis patients (1362 European Americans and 701 African-Americans) from the MESSI study. A meta-analysis of results from the two stages was conducted and significance was established at p < 5.0 × 10 −8 . Whole-blood transcriptomic, functional annotations, and sensitivity analyses were evaluated on the identified genes and variants. Findings We identified three independent low-frequency variants associated with reduced 28-day sepsis survival, including a missense variant in SAMD9 (hazard ratio [95% confidence interval] = 1.64 [1.37–6.78], p = 4.92 × 10 −8 ). SAMD9 encodes a possible mediator of the inflammatory response to tissue injury. Interpretation We performed the first GWAS of 28-day sepsis survival and identified novel variants associated with reduced survival. Larger sample size studies are needed to better assess the genetic effects in sepsis survival and to validate the findings.
1
Citation9
0
Save
1

A Genome-Wide Association Study of Survival in Patients with Sepsis

Tamara Hernández-Beeftink et al.May 7, 2022
+30
J
B
T
Abstract Background Sepsis is a severe systemic inflammatory response to infections that is accompanied by organ dysfunction and has a high mortality rate in adult intensive care units (ICUs). Most genetic studies have identified gene variants associated with development and outcomes of sepsis focusing on biological candidates. We conducted the first genome-wide association study (GWAS) of 28-day survival in adult patients with sepsis. Methods This study was conducted in two stages. The first stage was performed on 687 European sepsis patients from the GEN-SEP network and 7.5 million imputed variants. Association testing was conducted with Cox regression models, adjusting by sex, age, and the main principal components of genetic variation. A second stage focusing on the prioritized genetic variants was performed on 2,063 ICU sepsis patients (1,362 European Americans and 701 African Americans) from the MESSI study. A meta-analysis of results from the two stages was conducted and significance was established at p <5.0×10 −8 . Whole-blood transcriptomic and functional annotations were evaluated on the identified genes and variants. Findings We identified three independent variants associated with reduced 28-day sepsis survival, including a missense variant in SAMD9 (hazard ratio [95% confidence interval]=1.64 [1.37-6.78], p =4.92×10 −8 ). SAMD9 encodes a mediator of the inflammatory response to tissue injury that is overexpressed in peripheral blood of non-surviving sepsis patients compared to those surviving ( p =2.18×10 −3 ). Interpretation We performed the first GWAS of 28-day sepsis survival and identified novel variants associated with reduced survival. Our findings could allow the identification of novel targets for sepsis treatment and patient risk stratification. Research in context Evidence before this study Sepsis is defined as a life-threatening clinical syndrome of physiological, pathological, and biochemical abnormalities caused by a dysregulated host response to an infection, and with long-term physical, psychological, and cognitive disabilities. Many genetic studies have focused on identifying genetic risk factors associated with sepsis development and severity, but only four genome-wide association studies (GWAS) have been published to date. Three of them focused on sepsis mortality. The first study identified that common genetic variation in the FER gene associated with a reduced risk of death. The second study found variants associated with an increased risk of death in VPS13A , which is key in autophagic degradation. In the last study, variants of the CISH gene, involved in cytokine regulation, were associated with the risk of death. Nevertheless, there is a lack of GWAS focused on sepsis survival, which takes into account the probability estimates of death for each patient over time. Added value of this study To the best of our knowledge, we provide the results of the first GWAS of 28-day sepsis survival conducted to date. In this two-staged study, we identified three novel loci associated with reduced 28-day survival among sepsis patients. We identified one missense variant in SAMD9 , which encodes a critical regulator in the inflammatory response and apoptosis. A significant upregulation of SAMD9 gene expression in whole blood was observed among non-surviving sepsis patients compared to those surviving. Associations were also found for one intergenic variant to SLC5A12\FIBIN and an intergenic variant to two non-coding RNAs (LINC00378\MIR3169). Implications of all the available evidence The identification of effective prognostic genetic markers in sepsis is a promising instrument for clinical practice. This study identified three novel genetic factors of fatal outcomes, all having interesting and important biological plausibly that could serve as novel targets for sepsis treatment. This knowledge is important to propose effective sepsis treatments and will be central in the development of personalized medicine approaches.
1
Citation2
0
Save
0

Cytometry Masked Autoencoder: An Accurate and Interpretable Automated Immunophenotyper

Jae‐Sik Kim et al.Feb 14, 2024
+38
B
M
J
Abstract High-throughput single-cell cytometry data are crucial for understanding involvement of immune system in diseases and responses to treatment. Traditional methods for annotating cytometry data, specifically manual gating and clustering, face challenges in scalability, robustness, and accuracy. In this study, we propose a cytometry masked autoencoder (cyMAE), which offers an automated solution for immunophenotyping tasks including cell type annotation. The cyMAE model is designed to uphold user-defined cell type definitions, thereby facilitating easier interpretation and cross-study comparisons. The cyMAE model operates on a pre-train and fine-tune approach. In the pre-training phase, cyMAE employs Masked Cytometry Modelling (MCM) to learn relationships between protein markers in immune cells solely based on protein expression, without relying on prior information such as cell identity and cell type-specific marker proteins. Subsequently, the pre-trained cyMAE is fine-tuned on multiple specialized tasks via task-specific supervised learning. The pre-trained cyMAE addresses the shortcomings of manual gating and clustering methods by providing accurate and interpretable predictions. Through validation across multiple cohorts, we demonstrate that cyMAE effectively identifies co-occurrence patterns of bound labeled antibodies, delivers accurate and interpretable cellular immunophenotyping, and improves the prediction of subject metadata status. Specifically, we evaluated cyMAE for cell type annotation and imputation at the cellular-level and SARS-CoV-2 infection prediction, secondary immune response prediction against COVID-19, and prediction of the infection stage in COVID-19 progression at the subject-level. The introduction of cyMAE marks a significant step forward in immunology research, particularly in large-scale and high-throughput human immune profiling. This approach offers new possibilities for predicting and interpreting cellular-level and subject-level phenotypes in both health and disease.
1

Genome-Wide Association Study Implicates a Vascular Endothelial Grown Factor Receptor in Sepsis-Induced Acute Respiratory Distress Syndrome

Beatriz Guillén‐Guío et al.May 1, 2019
+26
T
J
B