N6-methyladenosine (m6A) is enriched in 3'untranslated region (3'UTR) and near stop codon of mature polyadenylated mRNAs in mammalian systems and has regulatory roles in eukaryotic mRNA transcriptome switch. Significantly, the mechanism for this modification preference remains unknown, however. Herein we report a characterization of the full m6A methyltransferase complex in HeLa cells identifying METTL3/METTL14/WTAP/VIRMA/HAKAI/ZC3H13 as the key components, and we show that VIRMA mediates preferential mRNA methylation in 3'UTR and near stop codon. Biochemical studies reveal that VIRMA recruits the catalytic core components METTL3/METTL14/WTAP to guide region-selective methylations. Around 60% of VIRMA mRNA immunoprecipitation targets manifest strong m6A enrichment in 3'UTR. Depletions of VIRMA and METTL3 induce 3'UTR lengthening of several hundred mRNAs with over 50% targets in common. VIRMA associates with polyadenylation cleavage factors CPSF5 and CPSF6 in an RNA-dependent manner. Depletion of CPSF5 leads to significant shortening of 3'UTR of over 2800 mRNAs, 84% of which are modified with m6A and have increased m6A peak density in 3'UTR and near stop codon after CPSF5 knockdown. Together, our studies provide insights into m6A deposition specificity in 3'UTR and its correlation with alternative polyadenylation.

Summary

 The triglycerides in chylomicrons are hydrolyzed by lipoprotein lipase (LpL) along the luminal surface of the capillaries. However, the endothelial cell molecule that facilitates chylomicron processing by LpL has not yet been defined. Here, we show that glycosylphosphatidylinositol-anchored high-density lipoprotein-binding protein 1 (GPIHBP1) plays a critical role in the lipolytic processing of chylomicrons. Gpihbp1-deficient mice exhibit a striking accumulation of chylomicrons in the plasma, even on a low-fat diet, resulting in milky plasma and plasma triglyceride levels as high as 5000 mg/dl. Normally, Gpihbp1 is expressed highly in heart and adipose tissue, the same tissues that express high levels of LpL. In these tissues, GPIHBP1 is located on the luminal face of the capillary endothelium. Expression of GPIHBP1 in cultured cells confers the ability to bind both LpL and chylomicrons. These studies strongly suggest that GPIHBP1 is an important platform for the LpL-mediated processing of chylomicrons in capillaries.

Background: Much uncertainty exists about the role of dietary glycemic index and glycemic load in the development of type 2 diabetes mellitus, especially in populations that traditionally subsist on a diet high in carbohydrates. Methods:We observed a cohort of 64 227 Chinese women with no history of diabetes or other chronic disease at baseline for 4.6 years.In-person interviews were conducted to collect data on dietary habits, physical activity, and other relevant information using a validated questionnaire.Incident diabetes cases were identified via in-person follow-up.Associations between dietary carbohydrate intake, glycemic index, and glycemic load and diabetes incidence were evaluated using multivariable Cox proportional hazards models. Results:We identified 1608 incident cases of type 2 diabetes mellitus in 297 755 person-years of follow-up.Di-etary carbohydrate intake and consumption of rice were positively associated with risk of developing type 2 diabetes mellitus.The multivariable-adjusted estimates of relative risk comparing the highest vs the lowest quintiles of intake were 1.28 (95% confidence interval, 1.09-1.50)for carbohydrates and 1.78 (95% confidence interval, 1.48-2.15)for rice.The relative risk for increasing quintiles of intake was 1.00, 1.04, 1.02, 1.09, and 1.21 (95% confidence interval, 1.03-1.43)for dietary glycemic index and 1.00, 1.06, 0.97, 1.23, and 1.34 (95% confidence interval, 1.13-1.58)for dietary glycemic load. Conclusion:High intake of foods with a high glycemic index and glycemic load, especially rice, the main carbohydrate-contributing food in this population, may increase the risk of type 2 diabetes mellitus in Chinese women.

Context

Soy foods are rich in isoflavones, a major group of phytoestrogens that have been hypothesized to reduce the risk of breast cancer. However, the estrogen-like effect of isoflavones and the potential interaction between isoflavones and tamoxifen have led to concern about soy food consumption among breast cancer patients.

Objective

To evaluate the association of soy food intake after diagnosis of breast cancer with total mortality and cancer recurrence.

Design, Setting, and Participants

The Shanghai Breast Cancer Survival Study, a large, population-based cohort study of 5042 female breast cancer survivors in China. Women aged 20 to 75 years with diagnoses between March 2002 and April 2006 were recruited and followed up through June 2009. Information on cancer diagnosis and treatment, lifestyle exposures after cancer diagnosis, and disease progression was collected at approximately 6 months after cancer diagnosis and was reassessed at 3 follow-up interviews conducted at 18, 36, and 60 months after diagnosis. Annual record linkage with the Shanghai Vital Statistics Registry database was carried out to obtain survival information for participants who were lost to follow-up. Medical charts were reviewed to verify disease and treatment information.

Main Outcome Measures

Total mortality and breast cancer recurrence or breast cancer–related deaths. Cox regression analysis was carried out with adjustment for known clinical predictors and other lifestyle factors. Soy food intake was treated as a time-dependent variable.

Results

During the median follow-up of 3.9 years (range, 0.5-6.2 years), 444 deaths and 534 recurrences or breast cancer–related deaths were documented in 5033 surgically treated breast cancer patients. Soy food intake, as measured by either soy protein or soy isoflavone intake, was inversely associated with mortality and recurrence. The hazard ratio associated with the highest quartile of soy protein intake was 0.71 (95% confidence interval [CI], 0.54-0.92) for total mortality and 0.68 (95% CI, 0.54-0.87) for recurrence compared with the lowest quartile of intake. The multivariate-adjusted 4-year mortality rates were 10.3% and 7.4%, and the 4-year recurrence rates were 11.2% and 8.0%, respectively, for women in the lowest and highest quartiles of soy protein intake. The inverse association was evident among women with either estrogen receptor–positive or –negative breast cancer and was present in both users and nonusers of tamoxifen.

Conclusion

Among women with breast cancer, soy food consumption was significantly associated with decreased risk of death and recurrence.

It has been postulated that a diet high in legumes may be beneficial for the prevention of type 2 diabetes mellitus (type 2 DM). However, data linking type 2 DM risk and legume intake are limited. The objective of the study was to examine the association between legume and soy food consumption and self-reported type 2 DM. The study was conducted in a population-based prospective cohort of middle-aged Chinese women. We followed 64 227 women with no history of type 2 DM, cancer, or cardiovascular disease at study recruitment for an average of 4.6 y. Participants completed in-person interviews that collected information on diabetes risk factors, including dietary intake and physical activity in adulthood. Anthropometric measurements were taken. Dietary intake was assessed with a validated food-frequency questionnaire at the baseline survey and at the first follow-up survey administered 2–3 y after study recruitment. We observed an inverse association between quintiles of total legume intake and 3 mutually exclusive legume groups (peanuts, soybeans, and other legumes) and type 2 DM incidence. The multivariate-adjusted relative risk of type 2 DM for the upper quintile compared with the lower quintile was 0.62 (95% CI: 0.51, 0.74) for total legumes and 0.53 (95% CI: 0.45, 0.62) for soybeans. The association between soy products (other than soy milk) and soy protein consumption (protein derived from soy beans and their products) with type 2 DM was not significant. Consumption of legumes, soybeans in particular, was inversely associated with the risk type 2 DM.

Smoking is an established risk factor for pancreatic cancer; however, detailed examination of the association of smoking intensity, smoking duration, and cumulative smoking dose with pancreatic cancer is limited. The authors analyzed pooled data from the international Pancreatic Cancer Cohort Consortium nested case-control study (1,481 cases, 1,539 controls). Odds ratios and 95% confidence intervals were calculated by using unconditional logistic regression. Smoking intensity effects were examined with an excess odds ratio model that was linear in pack-years and exponential in cigarettes smoked per day and its square. When compared with never smokers, current smokers had a significantly elevated risk (odds ratio (OR) = 1.77, 95% confidence interval (CI): 1.38, 2.26). Risk increased significantly with greater intensity (≥30 cigarettes/day: OR = 1.75, 95% CI: 1.27, 2.42), duration (≥50 years: OR = 2.13, 95% CI: 1.25, 3.62), and cumulative smoking dose (≥40 pack-years: OR = 1.78, 95% CI: 1.35, 2.34). Risk more than 15 years after smoking cessation was similar to that for never smokers. Estimates of excess odds ratio per pack-year declined with increasing intensity, suggesting greater risk for total exposure delivered at lower intensity for longer duration than for higher intensity for shorter duration. This finding and the decline in risk after smoking cessation suggest that smoking has a late-stage effect on pancreatic carcinogenesis.

Both short and long sleep are associated with an adverse lipid profile, likely through different biological pathways. To provide new insights in the biology of sleep-associated adverse lipid profile, we conducted multi-ancestry genome-wide sleep-SNP interaction analyses on three lipid traits (HDL-c, LDL-c and triglycerides). In the total study sample (discovery + replication) of 126,926 individuals from 5 different ancestry groups, when considering either long or short total sleep time interactions in joint analyses, we identified 49 novel lipid loci, and 10 additional novel lipid loci in a restricted sample of European-ancestry cohorts. In addition, we identified new gene-sleep interactions for known lipid loci such as LPL and PCSK9. The novel gene-sleep interactions had a modest explained variance in lipid levels: most notable, gene-short-sleep interactions explained 4.25% of the variance in triglyceride concentration. Collectively, these findings contribute to our understanding of the biological mechanisms involved in sleep-associated adverse lipid profiles.

Abstract We report the first direct sequencing methodologies for quantitative detection of 5mC and 5hmC at single-base resolution and single-cell level, termed scTAPS (for 5mC + 5hmC) and scCAPS+ (for 5hmC specifically). With ∼90% mapping efficiency, our methods accurately benchmark 5mC and 5hmC profiles in CD8+ T and mES cells, respectively. Notably, scCAPS+ revealed a global increase in 5hmC within the hippocampus of aging mice, both in neurons and in non-neurons.