Aim: To develop a web tool for survival analysis based on CpG methylation patterns. Materials & methods: We utilized methylome data from ‘The Cancer Genome Atlas’ and used the Cox proportional-hazards model to develop an interactive web interface for survival analysis. Results: MethSurv enables survival analysis for a CpG located in or around the proximity of a query gene. For further mining, cluster analysis for a query gene to associate methylation patterns with clinical characteristics and browsing of top biomarkers for each cancer type are provided. MethSurv includes 7358 methylomes from 25 different human cancers. Conclusion: The MethSurv tool is a valuable platform for the researchers without programming skills to perform the initial assessment of methylation-based cancer biomarkers.

DNA epigenetic modifications, such as methylation, are important regulators of tissue differentiation, contributing to processes of both development and cancer. Profiling the tissue-specific DNA methylome patterns will provide novel insights into normal and pathogenic mechanisms, as well as help in future epigenetic therapies. In this study, 17 somatic tissues from four autopsied humans were subjected to functional genome analysis using the Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip, covering 486 428 CpG sites. Only 2% of the CpGs analyzed are hypermethylated in all 17 tissue specimens; these permanently methylated CpG sites are located predominantly in gene-body regions. In contrast, 15% of the CpGs are hypomethylated in all specimens and are primarily located in regions proximal to transcription start sites. A vast number of tissue-specific differentially methylated regions are identified and considered likely mediators of tissue-specific gene regulatory mechanisms since the hypomethylated regions are closely related to known functions of the corresponding tissue. Finally, a clear inverse correlation is observed between promoter methylation within CpG islands and gene expression data obtained from publicly available databases. This genome-wide methylation profiling study identified tissue-specific differentially methylated regions in 17 human somatic tissues. Many of the genes corresponding to these differentially methylated regions contribute to tissue-specific functions. Future studies may use these data as a reference to identify markers of perturbed differentiation and disease-related pathogenic mechanisms.

Abstract Current therapeutics of endometriosis are limited to hormonal action on endometriotic lesions to disrupt their growth. Based on the recent findings of the high utilization of glycolysis over oxidative metabolism (Warburg-like effect) in endometriotic lesions, a new strategy of nonhormonal management by addressing cellular metabolism has been proposed. However, it remains unclear which cell types are metabolically altered and contribute to endometriotic lesion growth for targeting them with metabolic drugs. Using single-cell RNA-sequencing, we investigated the activity of twelve metabolic pathways and genes involved in steroidogenesis in paired samples of eutopic endometrium (EuE) and peritoneal lesions (ectopic endometrium, EcE) from women with confirmed endometriosis. We detected nine major cell clusters in both EuE and EcE. The metabolic pathways were differentially regulated in perivascular, stromal and to a lesser extent in endothelial cell clusters, with the highest changes in AMP-activated protein kinase signaling, Hypoxia-Inducible Factor-1 signaling, glutathione metabolism, oxidative phosphorylation, and glycolysis/gluconeogenesis. We identified a transcriptomic co-activation of glycolysis and oxidative metabolism in perivascular and stromal cells of EcE compared with EuE, suggesting that metabolic reprogramming may play a critical role in maintaining cell growth and survival of endometriotic lesions. Additionally, progesterone receptor was significantly downregulated in perivascular and endothelial cells of EcE. The expression of estrogen receptor 1 was significantly reduced in perivascular, stromal and endothelial cells of EcE. In parallel, perivascular cells exhibited a high expression of estrogen receptor 2 and HSD17B8 gene that encodes for protein converting estrone (E1) to estradiol (E2), while in endothelial cells HSD17B2 gene coding for enzyme converting E2 to E1 was downregulated. Overall, our results identified different expression patterns of energy metabolic pathways and steroidogenesis-related genes in perivascular, stromal, and endothelial cells in EcE compared with EuE. Perivascular cells, known to contribute to the restoration of endometrial stroma and angiogenesis, can be a potential target for non-hormonal treatment of endometriosis.

Abstract The choice of targeted therapies for treatment of glioblastoma patients is currently limited, and most glioblastoma patients die from the disease recurrence. Thus, systematic studies in simplified model systems are required to pinpoint the choice of targets for further exploration in clinical settings. Here, we report screening of 5 compounds targeting epigenetic writers or erasers and 6 compounds targeting cell cycle-regulating protein kinases against 3 glioblastoma cell lines following incubation under normoxic or hypoxic conditions. The viability assay indicated that PRMT5 inhibitor onametostat was endowed with high potency under both normoxic and hypoxic conditions in both MGMT-positive and MGMT-negative cell lines. In U-251 MG and U-87 MG cells, onametostat also affected the spheroid formation at concentrations lower than the currently used chemotherapeutic drug lomustine. Furthermore, in T98-G cell line, treatment with onametostat led to dramatic changes in the transcriptome profile by inducing the cell cycle arrest, suppressing RNA splicing, and down-regulating several major glioblastoma cell survival pathways. In this way, we confirmed that inhibition of epigenetic targets might represent a viable strategy for glioblastoma treatment even in the case of decreased chemo- and radiation sensitivity, although further studies in clinically more relevant models are required.

Abstract Stanniocalcin (STC) 1 and 2 serve as anti-hyperglycemic polypeptide hormones with critical roles in regulating calcium and phosphate homeostasis. They additionally function as paracrine and/or autocrine factors involved in numerous physiological processes, including female reproduction. STC1 and STC2 contribute to the pathophysiology of several diseases, including female infertility- and pregnancy-associated conditions, and even tumorigenesis of reproductive organs. This comprehensive review highlights the dynamic expression patterns and potential dysregulation of STC1 and STC2, restricted to female fertility, and infertility- and pregnancy-associated diseases and conditions, such as endometriosis, polycystic ovary syndrome (PCOS), abnormal uterine bleeding, uterine polyps, and pregnancy complications, like impaired decidualization, preeclampsia, and preterm labor. Furthermore, the review elucidates the role of dysregulated STC in the progression of cancers of the reproductive system, including endometrial, cervical, and ovarian cancers. Additionally, the review evaluates the expression patterns and prognostic significance of STC in gynecological cancers by utilizing existing public datasets from the Cancer Genome Atlas (TCGA), to help decipher the multifaceted roles of these pleiotropic hormones in disease progression. Understanding the intricate mechanisms by which STC proteins influence all these reviewed conditions could lead to the development of targeted diagnostic and therapeutic strategies in the context of female reproductive health and oncology.