Abstract The human brain is often considered to be the most cognitively capable among mammalian brains and to be much larger than expected for a mammal of our body size. Although the number of neurons is generally assumed to be a determinant of computational power, and despite the widespread quotes that the human brain contains 100 billion neurons and ten times more glial cells, the absolute number of neurons and glial cells in the human brain remains unknown. Here we determine these numbers by using the isotropic fractionator and compare them with the expected values for a human‐sized primate. We find that the adult male human brain contains on average 86.1 ± 8.1 billion NeuN‐positive cells (“neurons”) and 84.6 ± 9.8 billion NeuN‐negative (“nonneuronal”) cells. With only 19% of all neurons located in the cerebral cortex, greater cortical size (representing 82% of total brain mass) in humans compared with other primates does not reflect an increased relative number of cortical neurons. The ratios between glial cells and neurons in the human brain structures are similar to those found in other primates, and their numbers of cells match those expected for a primate of human proportions. These findings challenge the common view that humans stand out from other primates in their brain composition and indicate that, with regard to numbers of neuronal and nonneuronal cells, the human brain is an isometrically scaled‐up primate brain. J. Comp. Neurol. 513:532–541, 2009. © 2009 Wiley‐Liss, Inc.

Microglia are essential for CNS homeostasis and innate neuroimmune function, and play important roles in neurodegeneration and brain aging. Here we present gene expression profiles of purified microglia isolated at autopsy from the parietal cortex of 39 human subjects with intact cognition. Overall, genes expressed by human microglia were similar to those in mouse, including established microglial genes CX3CR1, P2RY12 and ITGAM (CD11B). However, a number of immune genes, not identified as part of the mouse microglial signature, were abundantly expressed in human microglia, including TLR, Fcγ and SIGLEC receptors, as well as TAL1 and IFI16, regulators of proliferation and cell cycle. Age-associated changes in human microglia were enriched for genes involved in cell adhesion, axonal guidance, cell surface receptor expression and actin (dis)assembly. Limited overlap was observed in microglial genes regulated during aging between mice and humans, indicating that human and mouse microglia age differently.

ABSTRACT Alzheimer’s disease (AD) is characterized by the selective vulnerability of specific neuronal populations, the molecular signatures of which are largely unknown. To identify and characterize selectively vulnerable neuronal populations, we used single-nucleus RNA sequencing to profile the caudal entorhinal cortex and the superior frontal gyrus – brain regions where neurofibrillary inclusions and neuronal loss occur early and late in AD, respectively – from postmortem brains spanning the progression of AD-type tau neurofibrillary pathology. We identified RORB as a marker of selectively vulnerable excitatory neurons in the entorhinal cortex, and subsequently validated their depletion and selective susceptibility to neurofibrillary inclusions during disease progression using quantitative neuropathological methods. We also discovered an astrocyte subpopulation, likely representing reactive astrocytes, characterized by decreased expression of genes involved in homeostatic functions. Our characterization of selectively vulnerable neurons in AD paves the way for future mechanistic studies of selective vulnerability and potential therapeutic strategies for enhancing neuronal resilience.

Abstract Individuals with Alzheimer’s Disease (AD) experience circadian rhythm disorder. The circadian rhythm is synchronized by a master clock, the suprachiasmatic nucleus (SCN), which is a tiny hypothalamic nucleus. Little is known about the molecular and pathological changes that occur in the SCN during AD progression. We examined postmortem brains of 12 controls without AD neuropathological changes (Braak stage 0) and 36 subjects at progressive Braak stages (I, II, and VI). To investigate potential AD-specific changes, we measured the neuronal counts of arginine vasopressin (AVP) and vasoactive intestinal peptide (VIP) positive neurons, along with the Braak stages in the SCN. We investigated in adjacent hypothalamic nuclei which are also composed of AVP+ neurons but show more resilience to AD: paraventricular nucleus (PVN) and supraoptic nucleus (SON). To understand the dysregulated proteins associated to AD progression, we performed in-situ proteomics, investigating 57 proteins, including commonly dysregulated in AD, using GeoMx Digital Spatial Profiling (DSP) in the three nuclei (total of 703 area of interests). Neurofibrillary tangles (NFTs) and tau fibrils were found selectively in SCN. We failed to detect NFTs in SON, only a mild dysregulation of p-tau at Braak VI in PVN and SON. Amyloid plaque was absent in the SCN and SON. Additionally, the SCN showed increased glial proteins already at Braak stage I, whereas the level of these proteins sustained in the other nuclei. The SCN is exclusively vulnerable to AD-tau pathology and show immune dysregulation even at Braak I but is protected against amyloid plaque. This finding revealed selectively in amnestic AD, showing more resilience in AD variant. This tau-related molecular dysregulation in the SCN contributes to circadian rhythm disturbances in AD, a phenomenon observed before the onset of cognitive disorder.

Background Sleep-wake dysfunction is an early and common event in Alzheimer’s disease (AD). The lateral hypothalamic area (LHA) regulates the sleep and wake cycle through wake-promoting orexinergic neurons (Orx N ) and sleep-promoting melanin-concentrating hormone or MCHergic neurons (MCH N ). These neurons share close anatomical proximity with functional reciprocity. This study investigated LHA Orx N and MCH N loss patterns in AD individuals. Understanding the degeneration pattern of these neurons will be instrumental in designing potential therapeutics to slow down the disease progression and remediate the sleep-wake dysfunction in AD. Methods Postmortem human brain tissue from donors with AD (across progressive stages) and controls were examined using unbiased stereology. Formalin-fixed, celloidin-embedded hypothalamic sections were stained with Orx-A/MCH, p-tau (CP13), and counterstained with gallocyanin. Orx or MCH-positive neurons with or without CP13 inclusions and gallocyanin-stained neurons were considered for stereology counting. Additionally, we extracted RNA from the LHA using conventional techniques. We used customized Neuropathology and Glia nCounter ® (Nanostring) panels to study gene expression. Wald statistical test was used to compare the groups, and the genes were considered differentially expressed when the p-value was <.05. Results We observed a progressive decline in Orx N alongside a relative preservation of MCH N . Orx N decreased by 58% (p=.03) by Braak stages (BB) 1-2 and further declined to 81% (p=.03) by BB 5-6. Conversely, MCH N demonstrated a non-statistical significant decline (27%, p=.1088) by BB 6. We observed a progressive increase in differentially expressed genes (DEGs), starting with glial profile changes in BB2. While Orx N loss was observed, Orx-related genes showed upregulation in BB 3-4 compared to BB 0-1. GO and KEGG terms related to neuroinflammatory pathways were mainly enriched. Conclusions To date, Orx N loss in the LHA represents the first neuronal population to die preceding the loss of LC neurons. Conversely, MCHN shows resilience to AD p-tau accumulation across Braak stages. The initial loss of Orx N correlates with specific neuroinflammation, glial profile changes, and overexpression of HCRT, possibly due to hyperexcitation following compensation mechanisms. Interventions preventing Orx N loss and inhibiting p-tau accumulation in the LHA could prevent neuronal loss in AD and, perhaps, the progression of the disease.