Terri Beaty and colleagues report a genome-wide association study of cleft lip with/without cleft palate. They identified variants near MAFB and ABCA4 associated with risk of this birth defect in case-parent trios of European and Asian ancestry. Case-parent trios were used in a genome-wide association study of cleft lip with and without cleft palate. SNPs near two genes not previously associated with cleft lip with and without cleft palate (MAFB, most significant SNP rs13041247, with odds ratio (OR) per minor allele = 0.704, 95% CI 0.635–0.778, P = 1.44 × 10−11; and ABCA4, most significant SNP rs560426, with OR = 1.432, 95% CI 1.292–1.587, P = 5.01 × 10−12) and two previously identified regions (at chromosome 8q24 and IRF6) attained genome-wide significance. Stratifying trios into European and Asian ancestry groups revealed differences in statistical significance, although estimated effect sizes remained similar. Replication studies from several populations showed confirming evidence, with families of European ancestry giving stronger evidence for markers in 8q24, whereas Asian families showed stronger evidence for association with MAFB and ABCA4. Expression studies support a role for MAFB in palatal development.

This chapter presents microbiological assay for serum, plasma, and red cell folate, using cryopreserved, microtiter plate method. In the 500-ml beaker a solution of 0.5% (w/v) sodium ascorbate is prepared by dissolving 2.5 g of sodium ascorbate in 500 ml of water. This solution is used for preparing the working standard and for all assay dilutions. The working standard is prepared in the following way—a universal tube containing stock standard solution is brought to room temperature and a 50-μl aliquot is taken and diluted to 100 ml with 0.5% (w/v) sodium ascorbate in a volumetric flask. This solution is mixed thoroughly, then 5 ml is taken and diluted to 100 ml with 0.5% (w/v) sodium ascorbate in a second volumetric flask to give a final working standard concentration of 500 ng/liter. Duplicate 50- μl aliquots of serum or plasma or duplicate 25- μl aliquots of whole-blood lysate are pipetted into labeled 4-ml polypropylene tubes. Using the adjustable repetitive sampling pipette the aliquots are diluted to a total of 1 ml with 0.5% (w/v) sodium ascorbate.

Abstract The epilepsies affect around 65 million people worldwide and have a substantial missing heritability component. We report a genome-wide mega-analysis involving 15,212 individuals with epilepsy and 29,677 controls, which reveals 16 genome-wide significant loci, of which 11 are novel. Using various prioritization criteria, we pinpoint the 21 most likely epilepsy genes at these loci, with the majority in genetic generalized epilepsies. These genes have diverse biological functions, including coding for ion-channel subunits, transcription factors and a vitamin-B6 metabolism enzyme. Converging evidence shows that the common variants associated with epilepsy play a role in epigenetic regulation of gene expression in the brain. The results show an enrichment for monogenic epilepsy genes as well as known targets of antiepileptic drugs. Using SNP-based heritability analyses we disentangle both the unique and overlapping genetic basis to seven different epilepsy subtypes. Together, these findings provide leads for epilepsy therapies based on underlying pathophysiology.

Summary of key recommendations The clinical picture is the most important factor in assessing the significance of test results assessing cobalamin status because there is no ‘gold standard’ test to define deficiency. Serum cobalamin currently remains the first‐line test, with additional second‐line plasma methylmalonic acid to help clarify uncertainties of underlying biochemical/functional deficiencies. Serum holotranscobalamin has the potential as a first‐line test, but an indeterminate ‘grey area’ may still exist. Plasma homocysteine may be helpful as a second‐line test, but is less specific than methylmalonic acid. The availability of these second‐line tests is currently limited. Definitive cut‐off points to define clinical and subclinical deficiency states are not possible, given the variety of methodologies used and technical issues, and local reference ranges should be established. In the presence of discordance between the test result and strong clinical features of deficiency, treatment should not be delayed to avoid neurological impairment. Treatment of cobalamin deficiency is recommended in line with the British National Formulary. Oral therapy may be suitable and acceptable provided appropriate doses are taken and compliance is not an issue. Serum folate offers equivalent diagnostic capability to red cell folate and is the first‐line test of choice to assess folate status.

Abstract The founder population of Newfoundland and Labrador (NL) is a unique genetic resource, in part due to geographic and cultural isolation, where historical records describe a migration of European settlers primarily from Ireland and England to NL in the 18th and 19th centuries. Whilst its historical isolation, and increase prevalence of certain monogenic disorders, have been appreciated, the fine-scale genetic structure and ancestry of the population has not been well described. Understanding the genetic background on which functional, disease causing, genetic variation resides on would aid informed genetic mapping efforts in the Province. Here, we leverage dense genome-wide SNP data on 1,807 NL individuals to reveal fine-scale genetic structure in NL that is clustered around coastal communities and correlated with Christian denomination. We show that the majority of NL European ancestry can be traced back to the south-east and south-west of Ireland and England, respectively. We date a substantial population size bottleneck approximately 10-15 generations ago in NL, associated with increased haplotype sharing and autozygosity. Our results elucidate novel insights into the population history of NL and demonstrate evidence of a population conducive to further genetic studies and biomarker discovery. Significance Statement Newfoundland and Labrador (NL) has been identified as a founder population, though evidence of its magnitude and subsequent isolation is unclear. Here, analysis of 1,807 NL individuals demonstrates population structure associated with geographical isolation in coastal communities and religious denomination (Catholic or Protestant Christian). Further, NL European ancestry primarily descends from settlers from south-east Ireland and south-west England. This history is associated with increased sharing of longer haplotypes in NL, and NL-specific drift in some communities more than others, providing strong evidence of a founder event occurring about 10-15 generations ago. This study elucidates the detailed population structure of NL and shows enrichment for otherwise low frequency functional variants due to genetic drift useful for potential future biomarker discovery studies.

Choline contributes to the biogenesis of methyl groups, neurotransmitters, and cell membranes. Our genome-wide association study (GWAS) of circulating choline in 2228 college students found that alleles in SLC25A48 (rs6596270) influence choline concentrations in men (p = 9.6 × 10−8), but not women. Previously, the subcellular location and function of SLC25A48 were unknown. Using super-resolution immunofluorescence microscopy, we localized SLC25A48 to the inner mitochondrial membrane. Our results suggest that SLC25A48 transports choline across the inner mitochondrial membrane.

ABSTRACT Background While subtle yet discrete clusters of genetic identity across Ireland and Britain have been identified, their demographic history is unclear. Methods Using genotype data from 6,574 individuals with associated regional Irish or British ancestry, we identified Irish-like and British-like genetic communities using network community detection. We segregated Identity-by-Descent (IBD) and Runs-of-Homozygosity (ROH) segments by length and approximated their corresponding time periods. Through this, we inferred the regional Irish and British demographic histories in these time periods by (1) estimating genetic relatedness between communities, (2) estimating changes in effective population sizes, (3) inferring recent migration rates across Ireland and Britain, and (4) estimating changing affinities to regional European populations. For a subset of the Irish communities, we determined the enrichment/depletion of surnames within the genetic communities. Results Through patterns of IBD-sharing and ROH, we find evidence of recent population bottlenecks in the Orcadian, Manx and Welsh communities. While the structure in Ireland is subtler, the communities share relatively more IBD segments that are shorter in length, and the genetic differences between the Irish communities are more subtle on average, when compared to the British communities. Regional effective population size trajectories indicate a similar demographic history throughout the island of Ireland. Further, we observe a stable migration corridor between north-east Ireland and south-west Scotland while there is a recent migration barrier between South-Eastern Ireland and Western Ireland. We observed an enrichment of Anglo-Norman and English surnames in the Wexford community while within the West Ulster-Argyll community, we saw an enrichment of Gallowglass and Scottish surnames. Conclusions Using well-annotated Irish and British reference genotypes, we observed temporal changes in genetic affinities within and between genetic communities in Ireland and Britain. In addition, using effective population size estimates and levels of haplotype-sharing, we detected varying degrees of genetic isolation in some Irish and British genetic communities across time. Using these new insights into the regional demographic history of Ireland and Britain across different time periods, we hope to understand the driving forces of rare allele frequencies and disease risk association within these populations.

Abstract Background Nutrition is recognized as playing an important role in the metabolic syndrome (MetS), but the dietary components involved are unclear. We aimed to investigate nutrition factors in relation to MetS and its progression in older adults over a follow-up period of 5.4 years. Methods Community-dwelling adults (≥ 60y) from the Trinity-Ulster-Department-of-Agriculture study, sampled at baseline (2008–12) and follow-up (2014–18; n 953), were classified as ‘with MetS’ by having three or more of: waist circumference (≥ 102 cm, males; ≥ 88 cm, females); HDL-cholesterol (< 1.0 mmol/L, males; < 1.3 mmol/L, females); triglycerides (≥ 1.7 mmol/L); blood pressure (systolic ≥ 130 and/or diastolic ≥ 85 mmHg); and hemoglobin A1c (≥ 39 mmol/mol). Results MetS was identified in 67% of participants, increasing to 74% at follow-up. Predictors at baseline for the development of metabolic syndrome (MetS) at follow-up were higher waist circumference (odds ratio [95%CI]; 1.06 [1.01–1.11]), but not BMI, and increased triglyceride concentrations (2.01 [1.29–3.16]). In dietary analysis (at follow-up), higher protein (g/kg bodyweight/day) and monounsaturated fatty acid (g/day) intakes were each associated with lower risk of MetS (0.06 [0.02–0.20] and 0.88 [0.78–1.00], respectively), whilst higher protein was also associated with lower abdominal obesity (0.10 [0.02–0.51]) and hypertension (0.22 [0.00–0.80]). Furthermore, participants with, compared to without, MetS consumed less high-quality protein foods ( P = 0.006) and more low-quality protein foods ( P < 0.001), as defined by the protein digestibility-corrected amino acid score. Conclusions Dietary interventions targeting protein quantity and quality may have specific benefits in preventing or delaying the progression of MetS in at-risk older people, but this requires investigation in the form of randomized trials.