DS
Davey Smith
Author with expertise in Coronavirus Disease 2019 Research
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
50
(86% Open Access)
Cited by:
17,546
h-index:
76
/
i10-index:
303
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Development and Use of Personalized Bacteriophage-Based Therapeutic Cocktails To Treat a Patient with a Disseminated Resistant Acinetobacter baumannii Infection

Robert Schooley et al.Aug 15, 2017
ABSTRACT Widespread antibiotic use in clinical medicine and the livestock industry has contributed to the global spread of multidrug-resistant (MDR) bacterial pathogens, including Acinetobacter baumannii . We report on a method used to produce a personalized bacteriophage-based therapeutic treatment for a 68-year-old diabetic patient with necrotizing pancreatitis complicated by an MDR A. baumannii infection. Despite multiple antibiotic courses and efforts at percutaneous drainage of a pancreatic pseudocyst, the patient deteriorated over a 4-month period. In the absence of effective antibiotics, two laboratories identified nine different bacteriophages with lytic activity for an A. baumannii isolate from the patient. Administration of these bacteriophages intravenously and percutaneously into the abscess cavities was associated with reversal of the patient's downward clinical trajectory, clearance of the A. baumannii infection, and a return to health. The outcome of this case suggests that the methods described here for the production of bacteriophage therapeutics could be applied to similar cases and that more concerted efforts to investigate the use of therapeutic bacteriophages for MDR bacterial infections are warranted.
0
Citation935
0
Save
2

Comparing Physician and Artificial Intelligence Chatbot Responses to Patient Questions Posted to a Public Social Media Forum

John Ayers et al.Apr 28, 2023
Importance The rapid expansion of virtual health care has caused a surge in patient messages concomitant with more work and burnout among health care professionals. Artificial intelligence (AI) assistants could potentially aid in creating answers to patient questions by drafting responses that could be reviewed by clinicians. Objective To evaluate the ability of an AI chatbot assistant (ChatGPT), released in November 2022, to provide quality and empathetic responses to patient questions. Design, Setting, and Participants In this cross-sectional study, a public and nonidentifiable database of questions from a public social media forum (Reddit’s r/AskDocs) was used to randomly draw 195 exchanges from October 2022 where a verified physician responded to a public question. Chatbot responses were generated by entering the original question into a fresh session (without prior questions having been asked in the session) on December 22 and 23, 2022. The original question along with anonymized and randomly ordered physician and chatbot responses were evaluated in triplicate by a team of licensed health care professionals. Evaluators chose “which response was better” and judged both “the quality of information provided” ( very poor , poor , acceptable , good , or very good ) and “the empathy or bedside manner provided” ( not empathetic , slightly empathetic , moderately empathetic , empathetic , and very empathetic ). Mean outcomes were ordered on a 1 to 5 scale and compared between chatbot and physicians. Results Of the 195 questions and responses, evaluators preferred chatbot responses to physician responses in 78.6% (95% CI, 75.0%-81.8%) of the 585 evaluations. Mean (IQR) physician responses were significantly shorter than chatbot responses (52 [17-62] words vs 211 [168-245] words; t = 25.4; P &amp;lt; .001). Chatbot responses were rated of significantly higher quality than physician responses ( t = 13.3; P &amp;lt; .001). The proportion of responses rated as good or very good quality (≥ 4), for instance, was higher for chatbot than physicians (chatbot: 78.5%, 95% CI, 72.3%-84.1%; physicians: 22.1%, 95% CI, 16.4%-28.2%;). This amounted to 3.6 times higher prevalence of good or very good quality responses for the chatbot. Chatbot responses were also rated significantly more empathetic than physician responses ( t = 18.9; P &amp;lt; .001). The proportion of responses rated empathetic or very empathetic (≥4) was higher for chatbot than for physicians (physicians: 4.6%, 95% CI, 2.1%-7.7%; chatbot: 45.1%, 95% CI, 38.5%-51.8%; physicians: 4.6%, 95% CI, 2.1%-7.7%). This amounted to 9.8 times higher prevalence of empathetic or very empathetic responses for the chatbot. Conclusions In this cross-sectional study, a chatbot generated quality and empathetic responses to patient questions posed in an online forum. Further exploration of this technology is warranted in clinical settings, such as using chatbot to draft responses that physicians could then edit. Randomized trials could assess further if using AI assistants might improve responses, lower clinician burnout, and improve patient outcomes.
0

Less Is More: An Adaptive Branch-Site Random Effects Model for Efficient Detection of Episodic Diversifying Selection

Davey Smith et al.Feb 19, 2015
Over the past two decades, comparative sequence analysis using codon-substitution models has been honed into a powerful and popular approach for detecting signatures of natural selection from molecular data. A substantial body of work has focused on developing a class of “branch-site” models which permit selective pressures on sequences, quantified by the ω ratio, to vary among both codon sites and individual branches in the phylogeny. We develop and present a method in this class, adaptive branch-site random effects likelihood (aBSREL), whose key innovation is variable parametric complexity chosen with an information theoretic criterion. By applying models of different complexity to different branches in the phylogeny, aBSREL delivers statistical performance matching or exceeding best-in-class existing approaches, while running an order of magnitude faster. Based on simulated data analysis, we offer guidelines for what extent and strength of diversifying positive selection can be detected reliably and suggest that there is a natural limit on the optimal parametric complexity for “branch-site” models. An aBSREL analysis of 8,893 Euteleostomes gene alignments demonstrates that over 80% of branches in typical gene phylogenies can be adequately modeled with a single ω ratio model, that is, current models are unnecessarily complicated. However, there are a relatively small number of key branches, whose identities are derived from the data using a model selection procedure, for which it is essential to accurately model evolutionary complexity.
0
Citation663
0
Save
0

Antiretroviral Drugs for Treatment and Prevention of HIV Infection in Adults

Huldrych Günthard et al.Jul 12, 2016

Importance

 New data and therapeutic options warrant updated recommendations for the use of antiretroviral drugs (ARVs) to treat or to prevent HIV infection in adults. 

Objective

 To provide updated recommendations for the use of antiretroviral therapy in adults (aged ≥18 years) with established HIV infection, including when to start treatment, initial regimens, and changing regimens, along with recommendations for using ARVs for preventing HIV among those at risk, including preexposure and postexposure prophylaxis. 

Evidence Review

 A panel of experts in HIV research and patient care convened by the International Antiviral Society–USA reviewed data published in peer-reviewed journals, presented by regulatory agencies, or presented as conference abstracts at peer-reviewed scientific conferences since the 2014 report, for new data or evidence that would change previous recommendations or their ratings. Comprehensive literature searches were conducted in the PubMed and EMBASE databases through April 2016. Recommendations were by consensus, and each recommendation was rated by strength and quality of the evidence. 

Findings

 Newer data support the widely accepted recommendation that antiretroviral therapy should be started in all individuals with HIV infection with detectable viremia regardless of CD4 cell count. Recommended optimal initial regimens for most patients are 2 nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTIs) plus an integrase strand transfer inhibitor (InSTI). Other effective regimens include nonnucleoside reverse transcriptase inhibitors or boosted protease inhibitors with 2 NRTIs. Recommendations for special populations and in the settings of opportunistic infections and concomitant conditions are provided. Reasons for switching therapy include convenience, tolerability, simplification, anticipation of potential new drug interactions, pregnancy or plans for pregnancy, elimination of food restrictions, virologic failure, or drug toxicities. Laboratory assessments are recommended before treatment, and monitoring during treatment is recommended to assess response, adverse effects, and adherence. Approaches are recommended to improve linkage to and retention in care are provided. Daily tenofovir disoproxil fumarate/emtricitabine is recommended for use as preexposure prophylaxis to prevent HIV infection in persons at high risk. When indicated, postexposure prophylaxis should be started as soon as possible after exposure. 

Conclusions and Relevance

 Antiretroviral agents remain the cornerstone of HIV treatment and prevention. All HIV-infected individuals with detectable plasma virus should receive treatment with recommended initial regimens consisting of an InSTI plus 2 NRTIs. Preexposure prophylaxis should be considered as part of an HIV prevention strategy for at-risk individuals. When used effectively, currently available ARVs can sustain HIV suppression and can prevent new HIV infection. With these treatment regimens, survival rates among HIV-infected adults who are retained in care can approach those of uninfected adults.
0
Paper
Citation595
0
Save
Load More