Abstract 5-Methylcytosine (m 5 C) is one of the major post-transcriptional modifications in mRNA and is highly involved in the pathogenesis of various diseases. However, the capacity of existing assays for accurately and comprehensively transcriptome-wide m 5 C mapping still needs improvement. Here, we develop a detection method named DRAM (deaminase and reader protein assisted RNA methylation analysis), in which deaminases (APOBEC1 and TadA-8e) are fused with m 5 C reader proteins (ALYREF and YBX1) to identify the m 5 C sites through deamination events neighboring the methylation sites. This antibody-free and bisulfite-free approach provides transcriptome-wide editing regions which are highly overlapped with the publicly available BS-seq datasets and allows for a more stable and comprehensive identification of the m 5 C loci. In addition, DRAM system even supports ultra-low input RNA (10ng) and monitor the dynamic accumulation of cellular m 5 C. We anticipate that the DRAM system could pave the way for uncovering further biological functions of m 5 C modifications.

ABSTRACT Vascular smooth muscle cells (vSMCs) are one of the essential cell types in blood vessel walls. A significant vSMC phenotype characteristic is that they collectively wrap around the outer layer of the healthy blood vessels with spindle-like morphology and help maintain the vascular tones and regulate the blood flow. Both physiological and biomedical research are impeded by the standard 2D cell culture approaches which do not create in vivo like microenvironment. Here, we systematically investigated the vSMCs culturing within 3D printed geometrical constraints and on printed microfilaments. Based on these models, we demonstrate a simple bioprinting approach for fast manufacturing vessel architectures with micro-grooved surfaces for vSMCs alignment. We validated that the vSMCs cultured on the printed vessel with microfilaments (VWMF) present a more physiologically relevant morphological phenotype and gene expression profile, and they are considerably more active in wound healing and ischemia than conventional planarly cultured vSMCs.