ABSTRACT Humans are considered the main host for Mycobacterium leprae , the aetiologic agent of leprosy, but spill-over to other mammals such as nine-banded armadillos and red squirrels occurs. Although naturally acquired leprosy has also been described in captive nonhuman primates, the exact origins of infection remain unclear. Here, we report on leprosy-like lesions in two wild populations of western chimpanzees ( Pan troglodytes verus ) in the Cantanhez National Park, Guinea-Bissau, and the Taï National Park, Côte d’Ivoire, West Africa. Longitudinal monitoring of both populations revealed the progression of disease symptoms compatible with advanced leprosy. Screening of faecal and necropsy samples confirmed the presence of M. leprae as the causative agent at each site and phylogenomic comparisons with other strains from humans and other animals show that the chimpanzee strains belong to different and rare genotypes (4N/O and 2F). The independent evolutionary origin of M. leprae in two geographically distant populations of wild chimpanzees, with no prolonged direct contact with humans, suggests multiple introductions of M. leprae from an unknown animal or environmental source.

Passive acoustic monitoring is a promising tool for monitoring at-risk populations of vocal species, yet extracting relevant information from large acoustic datasets can be time-consuming, creating a bottleneck at the point of analysis. We adapted an open-source framework for deep learning in bioacoustics to automatically detect Bornean white-bearded gibbon (Hylobates albibarbis) "great call" vocalisations in a long-term acoustic dataset from a rainforest location in Borneo. We describe the steps involved in developing this solution, such as collecting audio recordings, developing training and testing datasets, training neural-network models, and evaluating model performance. Our best model performed at a satisfactory level (F score = 0.87), identifying 98% of the highest-quality calls from 90 hours of manually-annotated audio recordings. We also found no significant difference in the distribution of great call detections over time between the manual annotations and the model's output, and greatly reduced analysis times when compared to a human observer. Future work should seek to apply our model to long-term acoustic datasets to understand spatiotemporal variations in H. albibarbis' calling activity. With additional information, such as detection probability over distance, we demonstrate how our model could be used to monitor gibbon population density and spatial distribution on an unprecedented scale.

Non-human great apes – chimpanzees, gorillas, bonobos, and orangutans – are threatened by agricultural expansion, particularly from rice, cacao, cassava, maize, and oil palm cultivation. Agriculture replaces and fragments great ape habitats, bringing them closer to humans and often resulting in conflict. Though the impact of agriculture on great apes is well-recognized, there is still a need for a more nuanced understanding of specific contexts and associated negative impacts on habitats and populations. Here we review these contexts and their implications for great apes. We estimate that within their African and South-East Asian ranges, there are about 100 people for each great ape. Given that most apes live outside strictly protected areas and the growing human population and increasing demand for resources in these landscapes, it will be challenging to balance the needs of both humans and great apes. Further habitat loss is expected, particularly in Africa, where compromises must be sought to re-direct agricultural expansion driven by subsistence farmers with small fields (generally <0.64 ha) away from remaining great ape habitats. To promote coexistence between humans and great apes, new approaches and financial models need to be implemented at local scales. Overall, optimized land use planning and effective implementation, along with strategic investments in agriculture and wildlife conservation, can improve the synergies between conservation and food production. Effective governance and conservation financing are crucial for optimal outcomes in both conservation and food security. Enforcing forest conservation laws, engaging in trade policy discussions, and integrating policies on trade, food security, improved agricultural techniques, and sustainable food systems are vital to prevent further decline in great ape populations. Saving great apes requires a thorough consideration of specific agricultural contexts.