ABSTRACT Bats are natural hosts of multiple viruses, many of which have clear zoonotic potential. The search for emerging viruses has been aided by the implementation of metagenomic tools, which have also enabled the detection of unprecedented viral diversity. Currently, this search is mainly focused on RNA viruses, which are largely over-represented in databases. To compensate for this research bias, we analyzed fecal samples from 189 Spanish bats belonging to 22 different species using viral metagenomics. This allowed us to identify 52 complete or near-complete viral genomes belonging to the families Adenoviridae , Circoviridae , Genomoviridae , Papillomaviridae , Parvoviridae, Polyomaviridae and Smacoviridae . Of these, 30 could constitute new species, doubling the number of viruses currently described in Europe. These findings open the door to a more thorough analysis of bat DNA viruses and their zoonotic potential. IMPORTANCE Metagenomics has become a fundamental tool to characterize the global virosphere, allowing us not only to understand the existing viral diversity and its ecological implications but also to identify new and emerging viruses. RNA viruses have a higher zoonotic potential, but this risk is also present for some DNA virus families. In our study, we analyzed the DNA fraction of fecal samples from 22 Spanish bat species, identifying 52 complete or near-complete genomes of different viral families with zoonotic potential. This doubles the number of genomes currently described in Europe. Metagenomic data often produce partial genomes that can be difficult to analyze. Our work, however, has characterized a large number of complete genomes, thus facilitating their taxonomic classification and enabling different analyses to be carried out to evaluate their zoonotic potential. For example, recombination studies are relevant since this phenomenon could play a major role in cross-species transmission.

Bats are natural hosts of multiple viruses, many of which have clear zoonotic potential. The search for emerging viruses has been aided by the implementation of metagenomic tools, which have also enabled the detection of unprecedented viral diversity. Currently, this search is mainly focused on RNA viruses, which are largely over-represented in databases. To compensate for this research bias, we analyzed fecal samples from 189 Spanish bats belonging to 22 different species using viral metagenomics. This allowed us to identify 50 complete or near-complete viral genomes belonging to the families Adenoviridae, Circoviridae, Genomoviridae, Papillomaviridae, Parvoviridae, Polyomaviridae and Smacoviridae. Of these, 28 could constitute new species, doubling the number of viruses currently described in Europe. These findings open the door to a more thorough analysis of bat DNA viruses and their zoonotic potential.

Emerging zoonotic diseases arise from cross-species transmission events between wild or domesticated animals and humans, with bats being one of the major reservoirs of zoonotic viruses. Viral metagenomics has led to the discovery of many viruses, but efforts have mainly been focused on some areas of the world and on certain viral families. We set out to describe full-length genomes of new picorna-like viruses by collecting feces from hundreds of bats captured in different regions of Spain. Viral sequences were obtained by high-throughput Illumina sequencing and analyzed phylogenetically to classify them in the context of known viruses. Linear discriminant analysis (LDA) was performed to infer likely hosts based on genome composition. We found five complete or nearly complete genomes belonging to the family Picornaviridae, including a new species of the subfamily Ensavirinae. LDA suggested that these were true vertebrate viruses, rather than viruses from the bat diet. Some of these viruses were related to picornaviruses previously found in other bat species from distant geographical regions. We also found a calhevirus genome that most likely belongs to a proposed new family within the order Picornavirales, and for which genome composition analysis suggested a plant host. Our findings describe new picorna-like viral species and variants circulating in the Iberian Peninsula, illustrate the wide geographical distribution and interspecies transmissibility of picornaviruses, and suggest new hosts for calheviruses.

Viromics studies are allowing us to understand not only the enormous diversity of the virosphere, but also the potential threat posed by the emerging viruses. Regarding the latter, the main concern lies in monitoring the presence of RNA viruses, but the zoonotic potential of some DNA viruses, on which we have focused in the present study, should also be highlighted. For this purpose, we analyzed 160 fecal samples from 14 species of small terrestrial mammals, 9 of them belonging to the order Rodentia. This allowed us to identify a total of 25 complete or near-complete genomes belonging to the families Papillomaviridae, Polyomaviridae, Adenoviridae, Circoviridae, and Genomoviridae, 18 of which could be considered new species or types. Our results provide a significant increase in the number of complete genomes of DNA viruses of European origin with zoonotic potential in databases, which are at present under-represented compared to RNA viruses. In addition, the characterization of whole genomes is of relevance for the further study of the evolutionary forces governing virus adaptation, such as recombination, which may play an important role in cross-species transmission.

Viromics studies are allowing us to understand not only the enormous diversity of the virosphere, but also the potential threat posed by emerging viruses. Regarding the latter, the main concern lies in monitoring the presence of RNA viruses, but the zoonotic potential of some DNA viruses, on which we have focused in the present study, should also be highlighted. For this purpose, we analysed 160 faecal samples from 14 species belonging to three orders of small terrestrial mammals (i.e. Rodentia, Lagomorpha and Eulypotyphla). This allowed us to identify a total of 25 complete or near-complete genomes belonging to the families Papillomaviridae, Polyomaviridae, Adenoviridae, Circoviridae and Genomoviridae, 18 of which could be considered new species or types. Our results provide a significant increase in the number of complete genomes of DNA viruses of European origin with zoonotic potential in databases, which are at present clearly under-represented compared to RNA viruses.