PT
Philipp Tschandl
Author with expertise in Melanoma
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
10
(90% Open Access)
Cited by:
4,104
h-index:
35
/
i10-index:
75
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

The HAM10000 dataset, a large collection of multi-source dermatoscopic images of common pigmented skin lesions

Philipp Tschandl et al.Aug 14, 2018
Training of neural networks for automated diagnosis of pigmented skin lesions is hampered by the small size and lack of diversity of available datasets of dermatoscopic images. We tackle this problem by releasing the HAM10000 ("Human Against Machine with 10000 training images") dataset. We collected dermatoscopic images from different populations acquired and stored by different modalities. Given this diversity we had to apply different acquisition and cleaning methods and developed semi-automatic workflows utilizing specifically trained neural networks. The final dataset consists of 10015 dermatoscopic images which are released as a training set for academic machine learning purposes and are publicly available through the ISIC archive. This benchmark dataset can be used for machine learning and for comparisons with human experts. Cases include a representative collection of all important diagnostic categories in the realm of pigmented lesions. More than 50% of lesions have been confirmed by pathology, while the ground truth for the rest of the cases was either follow-up, expert consensus, or confirmation by in-vivo confocal microscopy.
0
Citation2,389
0
Save
0

Human–computer collaboration for skin cancer recognition

Philipp Tschandl et al.Jun 22, 2020
The rapid increase in telemedicine coupled with recent advances in diagnostic artificial intelligence (AI) create the imperative to consider the opportunities and risks of inserting AI-based support into new paradigms of care. Here we build on recent achievements in the accuracy of image-based AI for skin cancer diagnosis to address the effects of varied representations of AI-based support across different levels of clinical expertise and multiple clinical workflows. We find that good quality AI-based support of clinical decision-making improves diagnostic accuracy over that of either AI or physicians alone, and that the least experienced clinicians gain the most from AI-based support. We further find that AI-based multiclass probabilities outperformed content-based image retrieval (CBIR) representations of AI in the mobile technology environment, and AI-based support had utility in simulations of second opinions and of telemedicine triage. In addition to demonstrating the potential benefits associated with good quality AI in the hands of non-expert clinicians, we find that faulty AI can mislead the entire spectrum of clinicians, including experts. Lastly, we show that insights derived from AI class-activation maps can inform improvements in human diagnosis. Together, our approach and findings offer a framework for future studies across the spectrum of image-based diagnostics to improve human–computer collaboration in clinical practice. A systematic evaluation of the value of AI-based decision support in skin tumor diagnosis demonstrates the superiority of human–computer collaboration over each individual approach and supports the potential of automated approaches in diagnostic medicine.
0
Citation509
0
Save
0

Comparison of the accuracy of human readers versus machine-learning algorithms for pigmented skin lesion classification: an open, web-based, international, diagnostic study

Philipp Tschandl et al.Jun 12, 2019
Whether machine-learning algorithms can diagnose all pigmented skin lesions as accurately as human experts is unclear. The aim of this study was to compare the diagnostic accuracy of state-of-the-art machine-learning algorithms with human readers for all clinically relevant types of benign and malignant pigmented skin lesions.For this open, web-based, international, diagnostic study, human readers were asked to diagnose dermatoscopic images selected randomly in 30-image batches from a test set of 1511 images. The diagnoses from human readers were compared with those of 139 algorithms created by 77 machine-learning labs, who participated in the International Skin Imaging Collaboration 2018 challenge and received a training set of 10 015 images in advance. The ground truth of each lesion fell into one of seven predefined disease categories: intraepithelial carcinoma including actinic keratoses and Bowen's disease; basal cell carcinoma; benign keratinocytic lesions including solar lentigo, seborrheic keratosis and lichen planus-like keratosis; dermatofibroma; melanoma; melanocytic nevus; and vascular lesions. The two main outcomes were the differences in the number of correct specific diagnoses per batch between all human readers and the top three algorithms, and between human experts and the top three algorithms.Between Aug 4, 2018, and Sept 30, 2018, 511 human readers from 63 countries had at least one attempt in the reader study. 283 (55·4%) of 511 human readers were board-certified dermatologists, 118 (23·1%) were dermatology residents, and 83 (16·2%) were general practitioners. When comparing all human readers with all machine-learning algorithms, the algorithms achieved a mean of 2·01 (95% CI 1·97 to 2·04; p<0·0001) more correct diagnoses (17·91 [SD 3·42] vs 19·92 [4·27]). 27 human experts with more than 10 years of experience achieved a mean of 18·78 (SD 3·15) correct answers, compared with 25·43 (1·95) correct answers for the top three machine algorithms (mean difference 6·65, 95% CI 6·06-7·25; p<0·0001). The difference between human experts and the top three algorithms was significantly lower for images in the test set that were collected from sources not included in the training set (human underperformance of 11·4%, 95% CI 9·9-12·9 vs 3·6%, 0·8-6·3; p<0·0001).State-of-the-art machine-learning classifiers outperformed human experts in the diagnosis of pigmented skin lesions and should have a more important role in clinical practice. However, a possible limitation of these algorithms is their decreased performance for out-of-distribution images, which should be addressed in future research.None.
0

A patient-centric dataset of images and metadata for identifying melanomas using clinical context

Veronica Rotemberg et al.Jan 28, 2021
Abstract Prior skin image datasets have not addressed patient-level information obtained from multiple skin lesions from the same patient. Though artificial intelligence classification algorithms have achieved expert-level performance in controlled studies examining single images, in practice dermatologists base their judgment holistically from multiple lesions on the same patient. The 2020 SIIM-ISIC Melanoma Classification challenge dataset described herein was constructed to address this discrepancy between prior challenges and clinical practice, providing for each image in the dataset an identifier allowing lesions from the same patient to be mapped to one another. This patient-level contextual information is frequently used by clinicians to diagnose melanoma and is especially useful in ruling out false positives in patients with many atypical nevi. The dataset represents 2,056 patients (20.8% with at least one melanoma, 79.2% with zero melanomas) from three continents with an average of 16 lesions per patient, consisting of 33,126 dermoscopic images and 584 (1.8%) histopathologically confirmed melanomas compared with benign melanoma mimickers.
0

Expert-Level Diagnosis of Nonpigmented Skin Cancer by Combined Convolutional Neural Networks

Philipp Tschandl et al.Nov 28, 2018
Convolutional neural networks (CNNs) achieve expert-level accuracy in the diagnosis of pigmented melanocytic lesions. However, the most common types of skin cancer are nonpigmented and nonmelanocytic, and are more difficult to diagnose.To compare the accuracy of a CNN-based classifier with that of physicians with different levels of experience.A CNN-based classification model was trained on 7895 dermoscopic and 5829 close-up images of lesions excised at a primary skin cancer clinic between January 1, 2008, and July 13, 2017, for a combined evaluation of both imaging methods. The combined CNN (cCNN) was tested on a set of 2072 unknown cases and compared with results from 95 human raters who were medical personnel, including 62 board-certified dermatologists, with different experience in dermoscopy.The proportions of correct specific diagnoses and the accuracy to differentiate between benign and malignant lesions measured as an area under the receiver operating characteristic curve served as main outcome measures.Among 95 human raters (51.6% female; mean age, 43.4 years; 95% CI, 41.0-45.7 years), the participants were divided into 3 groups (according to years of experience with dermoscopy): beginner raters (<3 years), intermediate raters (3-10 years), or expert raters (>10 years). The area under the receiver operating characteristic curve of the trained cCNN was higher than human ratings (0.742; 95% CI, 0.729-0.755 vs 0.695; 95% CI, 0.676-0.713; P < .001). The specificity was fixed at the mean level of human raters (51.3%), and therefore the sensitivity of the cCNN (80.5%; 95% CI, 79.0%-82.1%) was higher than that of human raters (77.6%; 95% CI, 74.7%-80.5%). The cCNN achieved a higher percentage of correct specific diagnoses compared with human raters (37.6%; 95% CI, 36.6%-38.4% vs 33.5%; 95% CI, 31.5%-35.6%; P = .001) but not compared with experts (37.3%; 95% CI, 35.7%-38.8% vs 40.0%; 95% CI, 37.0%-43.0%; P = .18).Neural networks are able to classify dermoscopic and close-up images of nonpigmented lesions as accurately as human experts in an experimental setting.
0

Stiffness-dependent LOX regulation via HIF-1 drives extracellular matrix modifications in psoriasis

Parvaneh Balsini et al.May 14, 2024
Abstract Psoriasis is a common chronic inflammatory skin disease characterized by a thickened epidermis with elongated rete ridges and massive inflammatory immune cell infiltration. It is currently unclear what impact mechanoregulatory aspects in the dermis may have on disease progression. Using multiphoton second harmonic generation microscopy we found that the extracellular matrix (ECM) was profoundly reorganized within the dermis in psoriasis compared to healthy skin. Collagen fibers were highly aligned and assembled into thick, long collagen bundles, whereas the overall fiber density was reduced in psoriasis. This was particularly pronounced within dermal papillae extending into the epidermis. Further, the enzyme LOX, a crucial posttranslational modifier of ECM molecules, was highly upregulated in the dermis of psoriasis patients. In vitro functional and knock-down experiments identified a novel link between HIF-1 stabilization and LOX protein regulation in mechanosensitive skin fibroblasts. LOX secretion and activity directly correlated with substrate stiffness, and was independent of hypoxia and IL-17. Finally, scRNA-seq analysis identified skin fibroblasts expressing high amounts of LOX and other ECM-relevant genes and confirmed elevated HIF-1 expression in psoriasis. Our findings suggest a potential yet undescribed mechanical aspect of psoriasis stemming from disordered ECM architecture in the papillary dermis, which could initiate a positive feedback loop in fibroblasts driven by mechanical forces. This mechanism may contribute to tissue stiffening and diminished skin elasticity in psoriasis, potentially exacerbating its pathogenesis.
0

Effect of patient‐contextual skin images in human‐ and artificial intelligence‐based diagnosis of melanoma: Results from the 2020 SIIMISIC melanoma classification challenge

Nicholas Kurtansky et al.Dec 8, 2024
Abstract Background While the high accuracy of reported AI tools for melanoma detection is promising, the lack of holistic consideration of the patient is often criticized. Along with medical history, a dermatologist would also consider intra‐patient nevi patterns, such that nevi that are different from others on a given patient are treated with suspicion. Objective To evaluate whether patient‐contextual lesion‐images improves diagnostic accuracy for melanoma in a dermoscopic image‐based AI competition and a human reader study. Methods An international online AI competition was held in 2020. The task was to classify dermoscopy images as melanoma or benign lesions. A multi‐source dataset of dermoscopy images grouped by patient were provided, and additional use of public datasets was permitted. Competitors were judged on area under the receiver operating characteristic (AUROC) on a private leaderboard. Concurrently, a human reader study was hosted using a subset of the test data. Participants gave their initial diagnosis of an index case (melanoma vs. benign) and were then presented with seven additional lesion‐images of that patient before giving a second prediction of the index case. Outcome measures were sensitivity and specificity. Results The top 50 of 3308 AI competition entries achieved AUROC scores ranging from 0.943 to 0.949. Few algorithms considered intra‐patient lesion patterns and instead most evaluated images independently. The median sensitivity and specificity of human readers before receiving contextual images were 60.0% and 86.7%, and after were 60.0% and 85.7%. Human and AI algorithm performance varied by image source. Conclusion This study provided an open‐source state‐of‐the‐art algorithm for melanoma detection that has been evaluated at multiple centres. Patient‐contextual images did not positively impact performance of AI algorithms or human readers. Providing seven contextual images and no total body image may have been insufficient to test the applicability of the intra‐patient lesion patterns.
0

Stiffness-dependent LOX regulation via HIF-1 drives extracellular matrix modifications in psoriasis

Parvaneh Balsini et al.Nov 1, 2024
Psoriasis is a common chronic inflammatory skin disease characterized by a thickened epidermis with elongated rete ridges and massive immune cell infiltration. It is currently unclear what impact mechanoregulatory aspects may have on disease progression. Using multiphoton second harmonic generation microscopy we found that the extracellular matrix (ECM) was profoundly reorganized within psoriatic dermis. Collagen fibers were highly aligned and assembled into thick, long collagen bundles, whereas the overall fiber density was reduced. This was particularly pronounced within dermal papillae extending into the epidermis. Further, the ECM-modifying enzyme LOX was highly upregulated in the dermis of psoriasis patients. In vitro experiments identified a novel link between HIF-1 stabilization and LOX protein regulation in mechanosensitive skin fibroblasts. LOX secretion and activity directly correlated with substrate stiffness, and was independent of hypoxia and IL-17. Finally, scRNA-seq analysis identified skin fibroblasts expressing high amounts of LOX and confirmed elevated HIF-1 expression in psoriasis. Our findings suggest a potential yet undescribed mechanical aspect of psoriasis. Deregulated mechanical forces hence may be involved in initiating or maintaining of a positive feedback loop in fibroblasts and contribute to tissue stiffening and diminished skin elasticity in psoriasis, potentially exacerbating disease pathogenesis.