EJ
Emily Johnson
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Characterization of light penetration through brain tissue, for optogenetic stimulation

Emily Johnson et al.Apr 8, 2021
Abstract The recent development of optogenetic tools, to manipulate neuronal activity using light, provides opportunities for novel brain-machine interface (BMI) control systems for treating neurological conditions. An issue of critical importance, therefore, is how well light penetrates through brain tissue. We took two different approaches to estimate light penetration through rodent brain tissue. The first employed so-called “nucleated patches” from cells expressing the light-activated membrane channel, channelrhodopsin (ChR2). By recording light-activated currents, we used these nucleated patches as extremely sensitive, microscopic, biological light-meters, to measure light penetration through 300-700µm thick slices of rodent neocortical tissue. The nucleated patch method indicates that the effective illumination drops off with increasing tissue thickness, corresponding to a space constant of 317µm (95% confidence interval between 248-441µm). We compared this with measurements taken from directly visualizing the illumination of brain tissue, orthogonal to the direction of the light. This yielded a contour map of reduced illumination with distance, which along the direction of light delivery, had a space constant, τ 453µm. This yields a lower extinction coefficient, µ e (the reciprocal of τ , ∼3mm -1 ) than previous estimates, implying better light penetration from LED sources than these earlier studies suggest.
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Using Network Analysis to Localize the Epileptogenic Zone from Invasive EEG Recordings in Intractable Focal Epilepsy

Li A et al.Jan 16, 2018
Treatment of medically intractable focal epilepsy (MIFE) by surgical resection of the epileptogenic zone (EZ) is often effective provided the EZ can be reliably identified. Even with the use of invasive recordings, the clinical differentiation between the EZ and normal brain areas can be quite challenging, mainly in patients without MRI detectable lesions. Consequently, despite relatively large brain regions being removed, surgical success rates barely reach 60-65%. Such variable and unfavorable outcomes associated with high morbidity rates are often caused by imprecise and/or inaccurate EZ localization. We developed a localization algorithm that uses network-based data analytics to process invasive EEG recordings. This network algorithm analyzes the centrality signatures of every contact electrode within the recording network and characterizes contacts into susceptible EZ based on the centrality trends over time. The algorithm was tested in a retrospective study that included 42 patients from four epilepsy centers. Our algorithm had higher agreement with EZ regions identified by clinicians for patients with successful surgical outcomes and less agreement for patients with failed outcomes. These findings suggest that network analytics and a network systems perspective of epilepsy may be useful in assisting clinicians in more accurately localizing the EZ.