Abstract Earth’s life may have originated as self-replicating RNA. Some of the simplest current RNA replicators are RNA viruses, defined by linear RNA genomes encoding an RNA-dependent RNA polymerase (RdRP), and subviral agents with single-stranded, circular RNA genomes, such as viroids encoding paired self-cleaving ribozymes. Amongst a massive expansion of candidate viroid and viroid-like elements, we report that fungal pathogens, ambiviruses, are viroid-like elements which undergo rolling circle replication and encode their own viral RdRP, thus they are a distinct hybrid infectious agent. These findings point to a deep evolutionary history between modern RNA viruses and sub-viral elements and offer new perspectives on the evolution of primordial infectious agents, and RNA life. One-Sentence Summary Novel infectious agents resembling self-cleaving viroid-like RNAs whilst encoding a viral RNA-dependent RNA polymerase.

Abstract Cassava is an important food security crop in tropical regions of the world. Cassava improvement by breeding is limited by its delayed and poor production of flowers, such that cassava flowering under field conditions indirectly lengthens the breeding cycle. By studying genotype and environment interaction under two Nigerian field conditions (Ubiaja and Ibadan) and three controlled temperature conditions (22°C/18°C, 28/24°C and 34/30°C (day/night)), we found that while early flowering genotypes flowered at similar times and rates under all growing conditions (unfavorable and favorable field and controlled-temperature environments), late flowering genotypes were environmentally sensitive such that they were substantially delayed in unfavorable environments. Flowering times of late genotypes approached the flowering time of early flowering genotypes under relatively cool Ubiaja field conditions and in growth chambers at 22°C, whereas warmer temperatures elicited a delaying effect. Analysis of field and controlled temperature transcriptomes in leaves revealed that conditions that promote early flowering in cassava have low expression of the flowering repressor gene TEMPRANILLO 1 (TEM1), before and after flowering, among others. Field transcriptomes showed that the balance between flower promoting and inhibitory signaling, appeared to correlate with flowering time across the environments and genotypes.