MA
Mary Akinyuwa
Author with expertise in Viral RNA Silencing and Plant Immunity
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
2
(100% Open Access)
Cited by:
6
h-index:
2
/
i10-index:
1
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
76

Extant hybrids of RNA viruses and viroid-like elements

Marco Forgia et al.Aug 21, 2022
+13
S
B
M
Abstract Earth’s life may have originated as self-replicating RNA. Some of the simplest current RNA replicators are RNA viruses, defined by linear RNA genomes encoding an RNA-dependent RNA polymerase (RdRP), and subviral agents with single-stranded, circular RNA genomes, such as viroids encoding paired self-cleaving ribozymes. Amongst a massive expansion of candidate viroid and viroid-like elements, we report that fungal pathogens, ambiviruses, are viroid-like elements which undergo rolling circle replication and encode their own viral RdRP, thus they are a distinct hybrid infectious agent. These findings point to a deep evolutionary history between modern RNA viruses and sub-viral elements and offer new perspectives on the evolution of primordial infectious agents, and RNA life. One-Sentence Summary Novel infectious agents resembling self-cleaving viroid-like RNAs whilst encoding a viral RNA-dependent RNA polymerase.
76
Citation6
0
Save
1

A chromosome-scale assembly for dAnjou pear

Alan Yocca et al.Aug 23, 2023
+32
Z
M
A
Abstract Cultivated pear consists of several Pyrus species with P. communis (European pear) representing a large fraction of worldwide production. As a relatively recently domesticated crop and perennial tree, pear can benefit from genome-assisted breeding. Additionally, comparative genomics within Rosaceae promises greater understanding of evolution within this economically important family. Here, we generate a fully-phased chromosome-scale genome assembly of P. communis cv. ‘d’Anjou’. Using PacBio HiFi and Dovetail Omni-C reads, the genome is resolved into the expected 17 chromosomes, with each haplotype totalling nearly 540 Megabases and a contig N50 of nearly 14 Mb. Both haplotypes are highly syntenic to each other, and to the Malus domestica ‘Honeycrisp’ apple genome. Nearly 45,000 genes were annotated in each haplotype, over 90% of which have direct RNA-seq expression evidence. We detect signatures of the known whole-genome duplication shared between apple and pear, and we estimate 57% of d’Anjou genes are retained in duplicate derived from this event. This genome highlights the value of generating phased diploid assemblies for recovering the full allelic complement in highly heterozygous crop species.