RP
Richard Prum
Author with expertise in Evolutionary Dynamics of Mammals and Their Ancestors
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
13
(69% Open Access)
Cited by:
8,159
h-index:
61
/
i10-index:
130
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Structural absorption by barbule microstructures of super black bird of paradise feathers

Dakota McCoy et al.Jan 9, 2018
R
T
T
D
Abstract Many studies have shown how pigments and internal nanostructures generate color in nature. External surface structures can also influence appearance, such as by causing multiple scattering of light (structural absorption) to produce a velvety, super black appearance. Here we show that feathers from five species of birds of paradise (Aves: Paradisaeidae) structurally absorb incident light to produce extremely low-reflectance, super black plumages. Directional reflectance of these feathers (0.05–0.31%) approaches that of man-made ultra-absorbent materials. SEM, nano-CT, and ray-tracing simulations show that super black feathers have titled arrays of highly modified barbules, which cause more multiple scattering, resulting in more structural absorption, than normal black feathers. Super black feathers have an extreme directional reflectance bias and appear darkest when viewed from the distal direction. We hypothesize that structurally absorbing, super black plumage evolved through sensory bias to enhance the perceived brilliance of adjacent color patches during courtship display.
0

A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing

Richard Prum et al.Jun 1, 2016
+4
A
J
R
Although reconstruction of the phylogeny of living birds has progressed tremendously in the last decade, the evolutionary history of Neoaves—a clade that encompasses nearly all living bird species—remains the greatest unresolved challenge in dinosaur systematics. Here we investigate avian phylogeny with an unprecedented scale of data: >390,000 bases of genomic sequence data from each of 198 species of living birds, representing all major avian lineages, and two crocodilian outgroups. Sequence data were collected using anchored hybrid enrichment, yielding 259 nuclear loci with an average length of 1,523 bases for a total data set of over 7.8 × 107 bases. Bayesian and maximum likelihood analyses yielded highly supported and nearly identical phylogenetic trees for all major avian lineages. Five major clades form successive sister groups to the rest of Neoaves: (1) a clade including nightjars, other caprimulgiforms, swifts, and hummingbirds; (2) a clade uniting cuckoos, bustards, and turacos with pigeons, mesites, and sandgrouse; (3) cranes and their relatives; (4) a comprehensive waterbird clade, including all diving, wading, and shorebirds; and (5) a comprehensive landbird clade with the enigmatic hoatzin (Opisthocomus hoazin) as the sister group to the rest. Neither of the two main, recently proposed Neoavian clades—Columbea and Passerea—were supported as monophyletic. The results of our divergence time analyses are congruent with the palaeontological record, supporting a major radiation of crown birds in the wake of the Cretaceous–Palaeogene (K–Pg) mass extinction.
0
Citation541
0
Save
0

Structure, function, and self-assembly of single network gyroid ( I 4 1 32) photonic crystals in butterfly wing scales

Vinodkumar Saranathan et al.Jun 14, 2010
+5
S
H
V
Complex three-dimensional biophotonic nanostructures produce the vivid structural colors of many butterfly wing scales, but their exact nanoscale organization is uncertain. We used small angle X-ray scattering (SAXS) on single scales to characterize the 3D photonic nanostructures of five butterfly species from two families (Papilionidae, Lycaenidae). We identify these chitin and air nanostructures as single network gyroid ( I 4 1 32) photonic crystals. We describe their optical function from SAXS data and photonic band-gap modeling. Butterflies apparently grow these gyroid nanostructures by exploiting the self-organizing physical dynamics of biological lipid-bilayer membranes. These butterfly photonic nanostructures initially develop within scale cells as a core-shell double gyroid ( Ia3d ), as seen in block-copolymer systems, with a pentacontinuous volume comprised of extracellular space, cell plasma membrane, cellular cytoplasm, smooth endoplasmic reticulum (SER) membrane, and intra-SER lumen. This double gyroid nanostructure is subsequently transformed into a single gyroid network through the deposition of chitin in the extracellular space and the degeneration of the rest of the cell. The butterflies develop the thermodynamically favored double gyroid precursors as a route to the optically more efficient single gyroid nanostructures. Current approaches to photonic crystal engineering also aim to produce single gyroid motifs. The biologically derived photonic nanostructures characterized here may offer a convenient template for producing optical devices based on biomimicry or direct dielectric infiltration.
0

Evolution of Avian Plumage Color in a Tetrahedral Color Space: A Phylogenetic Analysis of New World Buntings

Mary Stoddard et al.Apr 14, 2008
R
M
We use a tetrahedral color space to describe and analyze male plumage color variation and evolution in a clade of New World buntings--Cyanocompsa and Passerina (Aves: Cardinalidae). The Goldsmith color space models the relative stimulation of the four retinal cones, using the integrals of the product of plumage reflectance spectra and cone sensitivity functions. A color is represented as a vector defined by the relative stimulation of the four cone types--ultraviolet, blue, green, and red. Color vectors are plotted in a tetrahedral, or quaternary, plot with the achromatic point at the origin and the ultraviolet/violet channel along the Z-axis. Each color vector is specified by the spherical coordinates theta, phi, and r. Hue is given by the angles theta and phi. Chroma is given by the magnitude of r, the distance from the achromatic origin. Color vectors of all distinct patches in a plumage characterize the plumage color phenotype. We describe the variation in color space occupancy of male bunting plumages, using various measures of color contrast, hue contrast and diversity, and chroma. Comparative phylogenetic analyses using linear parsimony (in MacClade) and generalized least squares (GLS) models (in CONTINUOUS) with a molecular phylogeny of the group document that plumage color evolution in the clade has been very dynamic. The single best-fit GLS evolutionary model of plumage color variation over the entire clade is a directional change model with no phylogenetic correlation among species. However, phylogenetic innovations in feather color production mechanisms--derived pheomelanin and carotenoid expression in two lineages--created new opportunities to colonize novel areas of color space and fostered the explosive differentiation in plumage color. Comparison of the tetrahedral color space of Goldsmith with that of Endler and Mielke demonstrates that both provide essentially identical results. Evolution of avian ultraviolet/violet opsin sensitivity in relation to chromatic experience is discussed.
0
Citation412
0
Save
0

Biomimetic Isotropic Nanostructures for Structural Coloration

Jason Forster et al.Apr 22, 2010
+9
S
H
J
The self-assembly of films that mimic color-producing nanostructures in bird feathers is described. These structures are isotropic and have a characteristic length-scale comparable to the wavelength of visible light. Structural colors are produced when wavelength-independent scattering is suppressed by limiting the optical path length through geometry or absorption. Many species of birds have feathers that are brilliantly colored without the use of pigments. In these cases, light of specific wavelengths is selectively scattered from nanostructures with variations in index of refraction on length-scales of the order of visible light.1 This phenomenon is called structural color. The most striking examples of structural color in nature are iridescent colors created by scattering from periodic structures.2, 3 The colors produced by these structures change dramatically depending on the angle of observation. Nature also produces structural colors that have very little angle-dependence. These colors are the result of scattering from isotropic structures.4-6 In recent years, periodic biological structures have provided inspiration for groups trying to make photonic materials.7, 8 Much of this work has been motivated by producing a photonic bandgap.9-14 However, Nature’s alternative design, based on isotropic structures is just starting to be explored.15, 16 Hallam et al. have used biomimetic random structures to make ultrathin mineral coatings that are brilliant white. Takeoka et al. recently showed that a wide range of colors with very little angle-dependence can be produced by microgel dispersions. In this communication, we describe the self-assembly of biomimetic isotropic films which display structural color that is amenable to potential applications in coatings, cosmetics, and textiles. We find that isotropic structures with a characteristic length-scale comparable to the wavelength of visible light can produce structural color when wavelength-independent scattering is suppressed. We make two types of films that are structurally colored by exploiting the self-assembly of colloidal polymer nanoparticles. The first type of sample is a thin film on a glass coverslip produced by spin-casting an aqueous suspension of spheres (Figure 1a). While monodisperse dispersions form anisotropic polycrystalline films, as shown in the inset of Figure 1c, a mixture of two sizes of spheres ensures an isotropic structure as shown in Figure 1b.17 The blue-green film in Figure 1 is made from a bidisperse suspension of polystyrene (PS) spheres with mean diameters of 226 and 271 nm and a polydispersity of 2% in equal volume fractions. Effect of disorder and order on optical properties. a) Photograph of a film of 226 and 271 nm PS spheres spin-cast onto an 18 mm × 18 mm glass coverslip. Inset: Photograph of a dried sessile droplet. b) Side-view SEM image a similar film. The field of view is 8.8 μm wide. c) The top set of curves show the transmission spectra for the isotropic film pictured in (a). The bottom set of curves show the results of the same measurement performed with a crystalline sample, made by spin-casting 226 nm PS spheres. The data were taken with the sample normal to the optical path (solid line), at an angle of 30° (dashed red line), and at an angle of 80° (dotted blue line), represented schematically in the upper left hand corner. Inset: Side-view SEM image of a crystalline sample; the field of view is 5.3 μm wide. We image the structure of the film using scanning electron microscopy (SEM). The side-view SEM in Figure 1b is of a film comparable to the one in Figure 1a and shows that there is no long-range order; it also reveals a representative thickness of 2.3 ± 0.2 μm. The optical properties of isotropic and crystalline films are quite different, even for samples prepared with very similar particles. We compare the transmission spectra of isotropic and crystalline samples in Figure 1c. The isotropic film is the same as that pictured in Figure 1a; the crystalline film is composed solely of the 226 nm spheres. Both samples show a dip near 500 nm at normal incidence; however, when the angle of incidence is changed, the spectral position of the dip for the crystalline sample shifts and eventually disappears. In contrast, the position of the dip for the isotropic sample does not move. This illustrates the trade-off in optical performance between crystalline and isotropic structures: while the crystalline film has more pronounced features at some angles, the isotropic film performs consistently over a wide range of angles. To quantify the structure of the films, we performed small-angle X-ray scattering (SAXS) measurements on samples composed of spheres with mean diameters of 226 and 265 nm with 2% polydispersity, spin-cast on Kapton tape. A typical scattering pattern is shown in Figure 2a. The pattern is dominated by a ring of uniform intensity, indicating that there is a well-defined length-scale with no preferred direction—the structure is isotropic with short-range order. The azimuthal average of this pattern is shown in Figure 2b, along with the expected scattering intensity from simulations of jammed packings of bidisperse spheres with size and number ratios that match our experimental system. The position of the first peak in I(q) occurs at q0 = 0.03 nm−1 for both simulation and experiment. The full width at half maximum (FWHM) of the first peak, Δq, characterizes the range of spatial order ξ = 2π/Δq = 870 nm. In powder crystallography, ξ describes the crystal domain size; here, ξ is only a few particle diameters. Structure of isotropic films. a) SAXS pattern from an isotropic film; the field of view is 0.15 nm−1, and the gray values are logarithmic in intensity. b) The azimuthal average of the experimental (red dots) and numerical (blue dashed line) scattering pattern. The black line is optical reflectivity data taken at an angle of 10° (experiment geometry shown in Figure 4) converted to q-space using an effective refractive index of ne = 1.24. Isotropic films can produce structural color with little angle-dependence, but the film thickness critically affects its color, as seen in the inset of Figure 1a. Here, we cast a thick film by drying a sessile droplet of the same suspension used to make the thin films. In thick regions near the center, the film appears white. In thin sections near the edge, it appears blue-green. This thickness-dependence can be understood in the following way. The film preferentially scatters wavelengths corresponding to the peak in I(q). In a thin film, only these wavelengths will be scattered to the detector resulting in a structural color. In a thick film, all wavelengths are scattered multiple times and reach the detector. The sensitivity of the color to the film thickness requires well-controlled casting procedures which increase the cost and limit the coated area. Therefore, for many potential applications, it is necessary to eliminate the thickness-dependence. We address this by introducing broadband absorption to the bulk of the films. The absorption length plays a similar role as the thickness: it limits the path length of light through the film by absorbing photons that do not get scattered within a small distance from the surface. Thus, only wavelengths with the strongest scattering will escape the film before being absorbed. We make a series of thick films with different absorption lengths by drop-casting films with varying concentrations of carbon black. The photo in Figure 3a illustrates the effect of adding carbon black on the color of the material. From left to right, the concentration of carbon black, [CB], is increased. Intuitively, one might expect a mixture of black and white to make gray, but here they make blue-green over a range of [CB]. The plot in Figure 3b shows the normalized optical scattering spectra for these five samples. As [CB] is increased from 0.02 to 1.80 wt%, the contrast between scattered intensity at the peak and shorter wavelengths is increased, improving the color of the sample. When [CB] = 11.2 wt%, the scattered intensity is reduced by a factor of ten compared to the brightest sample (inset in Figure 3b), and the film appears dark gray. The reflectance peak is narrowest for [CB] = 1.80 wt% (Figure 3d), and indeed this sample has a distinct blue-green color. Table 1 lists the [CB] for each sample and the corresponding extinction length: the extinction length is extrapolated from measurements of aqueous suspensions of CB. Interestingly, the extinction length for sample 3 is 1.3 μm, which is comparable to the thickness of the thin film pictured in Figure 1a. Optimizing color by adding absorption. a) Photograph of five drop-cast films of 226 and 265 nm PS spheres containing carbon black. Sample numbers and [CB] in wt% appear above and below the samples, respectively. b) Normalized optical scattering spectra recorded at an angle of 20° (experimental geometry shown in Figure 4) for the five samples in (a). Inset: non-normalized scattering spectra for the same samples. c) SEM image of the interior region of sample 3; the field of view is 7.8 μm wide; a piece of CB is indicated with an arrow. d) The width of the spectra for each sample in (a) at I(λ)/I(λ0) = 0.90. The thick films with CB are not iridescent under omnidirectional illumination, but under directional illumination, the peak wavelength scattered does change slightly when the angle between illumination and detection is varied.18 Since the colors are the result of single scattering, the position of the scattering intensity maximum does not vary with respect to q, as demonstrated by the spectra in Figure 4. The red dots connected by a red line in Figure 4 represent the azimuthal average of the SAXS pattern for a sample with the same [CB] prepared on Kapton tape. The peaks from the optical and SAXS measurements match when ne = 1.29, implying that ϕ = 0.54 ± 0.05. The higher value of ϕ for the thick films relative to the thin films is most likely the result of the different quench-rates used to make the samples. In the spin-casting of thin films, the water evaporates within seconds, while water evaporates from the thick films over a few hours, allowing particle rearrangement, which leads to a higher ϕ. In the thick film, we find that ξ = 940 nm, only a few particle diameters. Color is the result of single scattering. Normalized reflectance spectra taken over a range of angles and converted to q-space for sample 2 in Figure 3 (black lines), and the azimuthal average of the SAXS pattern for a similar sample (red dots). The spectra have been vertically offset for clarity. Inset: position of the peak as a function of angle. Schematic: the source and sample are fixed and the detector is rotated. These isotropic films mimic the essential optical properties of bird feathers that have structural color from isotropic nano­structures. A photograph of an example of these feathers from the crown of Lepidothrix coronata is shown in Figure 5a, and a transmission electron microscopy (TEM) image of the color-producing structure is shown in Figure 5b. Normalized I(q) from both L. coronata and sample 2 from Figure 3 are plotted as a function of q/q0 in Figure 5c. The SAXS patterns reveal similar structures out to the third peak in I(q). Beyond that, the thick film has additional peaks that arise from the uniformity of the spheres used in the sample. We compare the performance of the feathers and films by plotting optical scattering spectra for both at 20° in Figure 5d. The scattered optical intensity peak for L. coronata is narrower than the film: the full-width at I(λ)/I(λ0) = 0.90 is 49 nm for the feather and 82 nm for the film. Similarly, L. coronata has a narrower first peak in I(q). L. coronata also displays less scattering at shorter wavelengths. This may be due to a significant difference in the two structures: the feathers have spheres of air in a high-index-of-refraction background whereas the films have spheres of a high index of refraction in a background of air. Comparison with feathers. a) Photograph of crown feathers from L. coronata; the field of view is 1 cm. b) TEM image of air spheres in beta-keratin from L. coronata; the field of view is 5.5 μm. c) Azimuthal averages from SAXS measurements of L. coronata (dashed line) and a thick film with the same [CB] as sample 2 in Figure 3 (solid line). Inset: SAXS pattern from L. coronata; the field of view is 0.14 nm−1 and the gray values are logarithmic in intensity. d) Comparison of optical scattering data taken at an angle of 20° (experimental geometry shown in Figure 4) from L. coronata and sample 2 from Figure 3. The line colors correspond to the apparent color of the feathers and the thick film. Non-iridescent structural color is realized when an isotropic structure has a peak in I(q) and wavelength-independent scattering is suppressed. Using a bidisperse mixture of spheres produces isotropic structures. Controlling film thickness or absorption length are effective at enhancing contrast in reflectance spectra. These films may have applications in coatings, cosmetics, and textiles. The basic optical properties of structurally colored feathers have been reproduced, but more work must be done before the biomimetic samples perform as well as their biological counterparts. Sphere Synthesis: Monodisperse PS spheres were synthesized using a surfactant-free polymerization technique.19 Particles were electrostatically stabilized by copolymerization with sodium 4-vinylbenzenesulfonate. After synthesis, particle suspensions were washed by centrifugation and resuspension at least three times with deionized (DI) water. After washing, all particle suspensions were adjusted to ϕ = 0.3. Particle sizes were determined by SEM image analysis using a Philips XL-30 ESEM with an accelerating voltage of 10 kV, after being coated with a thin layer of gold. Bidisperse Suspension Preparation: To prepare bidisperse suspensions, equal volumes of two monodisperse suspensions were mixed by pipetting approximately 20 times and vortexing for at least 30 s. Prior to spin-casting for thin films or water evaporation for thick films, the suspensions were sonicated for at least 20 min. Thin films were spin-cast onto glass coverslips cleaned with ethanol using a Headway Research, Inc. PWM32-PS-R790 spin-coater. Typical spin speeds were between 500 and 5000 rpm; the spin speed determined the final thickness of the film.20 Carbon Black Preparation: Cabot Vulcan XC72R GP-3919 carbon black was suspended in DI water at [CB] = 4.2 wt% with 1 wt% Pluronic F108 to stabilize the CB. Different volumes of the CB suspension were added to bidisperse suspensions of spheres to produce samples with different final [CB]s. Extinction Length Measurements: To estimate the extinction lengths quoted in Table 1, the transmission spectra of aqueous suspensions of CB were measured using an Ocean Optics USB 650 Red Tide spectrometer. Suspensions ranging from 8 × 10−5 to 2 × 10−2 wt% were used. Measurements were made with three different path lengths: 1, 0.04, and 0.03 cm. The extinction length for all path lengths was proportional to [CB]−1, allowing us to extrapolate the extinction length to the [CB] range used in our thick film samples. We use extinction instead of absorption because our measurement did not discriminate between absorbed and scattered light. SAXS Measurements of Films: SAXS measurements of biomimetic samples were carried out at beamline X9 at the NSLS, Brookhaven National Laboratory, using a Rayonix Mar 165 CCD detector. The X-ray energy was 7 keV (a wavelength of 1.771 Å) and the sample-to-detector distance was ∼5 m. The conversion from the detector image to reciprocal space was calibrated using the diffraction pattern from a standard silver behenate sample (q0 = 0.1076 Å−1). The first ring from silver behenate is out of the angular range covered by the detector at 7 keV; therefore the standard pattern was collected with the same scattering geometry but at an X-ray energy of 15.65 keV (0.792 Å). The finite beam size at the detector corresponds to FWHM q resolution of 0.00045 Å−1, which is ∼17% of the width of the fringe produced by the spheres (π/120 nm ≈ 0.0026 Å−1). Biomimetic samples for SAXS measurements were prepared on 0.0025 inch (1 inch = 2.54 cm) thick Kapton Tape, purchased from McMaster-Carr (catalog no. 7648A33). SAXS Measurements of Feathers: SAXS measurements of the feathers were carried out at beamline 8-ID-I at the APS, Argonne National Labs, as described by Dufresne et al. in Ref.4. Simulations: To simulate the structure of our samples, we created mechanically stable packings of bidisperse frictionless spheres in cubic cells with periodic boundary conditions using a simulation protocol in which we successively compress/decompress soft particles and then apply conjugate gradient energy minimization until the particle overlaps are less than 10−8 times the average particle diameter.21 The initial packing fraction ϕ0 and increment in ϕ were set to 0.2 and 10−4, respectively. We selected particle size and number ratios to match the experiments. From 50 independent initial configurations, we obtained an average packing fraction ϕJ = 0.63, which is relatively insensitive to the specific parameters of the packing-generation protocol. From the particle centers, we calculated the partial [Sll(q), Sss(q), and Sls(q)] and total structure factors , where l,s signify large or small particles, x is the number fraction of the indicated particle, and q is the wavevector. The partial structure factors and the theoretical form factors for each sphere size were used to calculate the total scattering intensity . Transmission Spectra: Optical transmission spectra were performed using a Hitachi U-2001 spectrophotometer. Optical reflection and scattering spectra were performed with a custom-built setup in Hui Cao’s laboratory described in detail by Noh et al.18 The authors would like to acknowledge seed funding from the Yale NSF MRSEC (DMR-0520495), a NSF CAREER grant to E.R.D. (CBET-0547294), and a NSF grant to H.C. (DMR-0808937). Research carried out in part at the National Synchrotron Light Source (NSLS), Brookhaven National Laboratory, which is supported by the U.S. Department of Energy. Research carried out in part at the Advanced Photon Source (APS) at Argonne National Labs with the help of Drs. Alec Sandy and Suresh Narayanan, and supported by the U.S. Department of Energy, Office of Science, Office of Basic Energy Sciences, under Contract No. DE-AC02-06CH11357.
1

Molecular early burst associated with the diversification of birds at the K–Pg boundary

Jacob Berv et al.Oct 22, 2022
+12
D
S
J
Abstract Complex patterns of genome and life-history evolution associated with the end-Cretaceous (K– Pg) mass extinction event limit our understanding of the early evolutionary history of crown group birds [1-9]. Here, we assess molecular heterogeneity across living birds using a technique enabling inferred sequence substitution models to transition across the history of a clade [10]. Our approach identifies distinct and contrasting regimes of molecular evolution across exons, introns, untranslated regions, and mitochondrial genomes. Up to fifteen shifts in the mode of avian molecular evolution map to rapidly diversifying clades near the Cretaceous-Palaeogene boundary, demonstrating a burst of genomic disparity early in the evolutionary history of crown birds [11-13]. Using simulation and machine learning techniques, we show that shifts in developmental mode [14] or adult body mass [4] best explain transitions in the mode of nucleotide substitution. These patterns are related, in turn, to macroevolutionary shifts in the allometric scaling relationship between basal metabolic rate and body mass [15, 16]. In agreement with theoretical predictions, this scaling relationship appears to have weakened across the end-Cretaceous transition. Overall, our study provides evidence that the Chicxulub bolide impact [17] triggered integrated patterns of evolution across avian genomes, physiology, and life history that structured the evolutionary potential of modern birds.
1
Citation7
0
Save
1

Evolution of Single Gyroid Photonic Crystals in Bird Feathers

Vinodkumar Saranathan et al.Aug 29, 2020
+2
S
A
V
Abstract Vivid, saturated structural colors are conspicuous and important features of many animals. A rich diversity of three-dimensional periodic photonic nanostructures is found in the chitinaceous exoskeletons of invertebrates. Three-dimensional photonic nanostructures have been described in bird feathers, but they are typically quasi-ordered. Here, we report bi-continuous single gyroid β-keratin and air photonic crystal networks in the feather barbs of blue-winged leafbirds (Chloropsis cochinchinensis sensu lato) , which have evolved from ancestral quasi-ordered channel-type nanostructures. Self-assembled avian photonic crystals may serve as inspiration for multi-functional applications, as they suggest efficient, alternative routes to single gyroid synthesis at optical length-scales, which has been experimentally elusive.
1

SOCIAL CONTEXT AND THE EVOLUTION OF DELAYED REPRODUCTION IN BIRDS

Liam Taylor et al.Aug 3, 2023
R
L
ABSTRACT Classic life history theory makes generalized predictions about phenotypic correlations across large clades. Modern comparative tests of these correlations account for the underlying structure of phylogenetic trees. Yet neither life history theory nor phylogenetic comparative methods automatically specify how biological mechanisms generate correlations. This problem is evident in comparative analyses of birds. Birds show a correlation between body size and age at first reproduction, but do not actually grow larger if they delay reproduction. Instead, field studies raise the hypothesis that social contexts—especially cooperative breeding, coloniality, and lekking—generate unique demands for behavioral development, which in turn result in delayed reproduction. Here, we support that hypothesis with a comparative dataset spanning 961 species in 155 avian families. Continuous (Ornstein-Uhlenbeck), discrete (hidden state Markov), and phylogenetic regression models revealed delayed reproduction in colonial birds, a weaker signal in cooperative birds, and the consistent evolution of sexual bimaturism in polygynous, lekking birds. These results show an association between diverse social contexts, sex-specific developmental demands, and life history evolution in birds. Considering this diversity, we discuss how even statistically powerful phylogenetic correlations—whether focused on mass, lifespan, or broad social categories—can ultimately fail to model the history of life history evolution.
0

Pervasive correlated evolution in gene expression shapes cell type transcriptomes

Cong Liang et al.Aug 17, 2016
+2
A
J
C
The evolution and diversification of cell types is a key means by which animal complexity evolves. Recently, hierarchical clustering and phylogenetic methods have been applied to RNA-seq data to infer cell type evolutionary history and homology. A major challenge for interpreting this data is that cell type transcriptomes may not evolve independently due to correlated changes in gene expression. This non-independence can arise for several reasons, such as when different tissues share common regulatory sequences for regulating genes expressed in multiple tissues, i.e. pleiotropic effects of mutations. We develop a model to estimate the level of correlated transcriptome evolution (LCE) and apply it to different datasets. The results reveal pervasive correlated transcriptome evolution among different cell and tissue types. In general, tissues related by morphology or developmental lineage exhibit higher LCE than more distantly related tissues. Analyzing new data collected from bird skin appendages suggests that LCE decreases with the phylogenetic age of tissues compared, with recently evolved tissues exhibiting the highest LCE. Furthermore, we show correlated evolution can alter patterns of hierarchical clustering, causing different tissue types from the same species to cluster together. Using a dataset with sufficient taxon sampling, we performed a gene-wise estimation of LCE, identifying genes that most strongly contribute to the correlated evolution signal. Removing genes with high LCE allows for accurate reconstruction of evolutionary relationships among tissue types. Our study provides a statistical method to measure and account for correlated gene expression evolution when interpreting comparative transcriptome data.
0

Genome and life-history evolution link bird diversification to the end-Cretaceous mass extinction

Jacob Berv et al.Jul 31, 2024
+12
D
S
J
Complex patterns of genome evolution associated with the end-Cretaceous [Cretaceous-Paleogene (K–Pg)] mass extinction limit our understanding of the early evolutionary history of modern birds. Here, we analyzed patterns of avian molecular evolution and identified distinct macroevolutionary regimes across exons, introns, untranslated regions, and mitochondrial genomes. Bird clades originating near the K–Pg boundary exhibited numerous shifts in the mode of molecular evolution, suggesting a burst of genomic heterogeneity at this point in Earth’s history. These inferred shifts in substitution patterns were closely related to evolutionary shifts in developmental mode, adult body mass, and patterns of metabolic scaling. Our results suggest that the end-Cretaceous mass extinction triggered integrated patterns of evolution across avian genomes, physiology, and life history near the dawn of the modern bird radiation.
Load More