Virus genomes reveal the establishment of Zika virus in Brazil and the Americas, and provide an appropriate timeframe for baseline (pre-Zika) microcephaly in different regions. Three papers in this issue present a wealth of new Zika virus (ZIKV) genome sequences and further insights into the genetic epidemiology of ZIKV. Nathan Grubaugh et al. provide 39 new ZIKV genome sequences from infected patients and Aedes aegypti mosquitoes in Florida. Phylogenetic analysis suggests that the virus has been introduced on multiple separate occasions, probably linked to travel from the Caribbean. They find a low probability of long-term persistence of ZIKV transmission chains within Florida, suggesting that the potential for future ZIKV outbreaks there will depend on transmission dynamics in the Americas. Nuno Faria et al. and Hayden Metsky et al. reconstruct the spread of ZIKV in Brazil and the Americas. Faria et al. provide 54 new ZIKV genomes, several sequenced in real time in a mobile genomics laboratory. They trace the spatial origins and spread of ZIKV in Brazil and the Americas and date the timing of the international spread of ZIKV from Brazil. They find that northeast Brazil had a crucial role in the establishment of the epidemic and the spread of the virus within Brazil and the Americas. Metsky et al. generate 110 ZIKV genomes from clinical and mosquito samples from ten regions. They also see rapid expansion of the epidemic within Brazil and multiple introductions to other geographic areas. In agreement with Faria et al., they find that ZIKV circulated unobserved for many months before transmission was detected. Metsky et al. additionally describe ZIKV evolution and discuss how the accumulation of mutations might affect the performance of diagnostic tests in the future. Transmission of Zika virus (ZIKV) in the Americas was first confirmed in May 2015 in northeast Brazil1. Brazil has had the highest number of reported ZIKV cases worldwide (more than 200,000 by 24 December 20162) and the most cases associated with microcephaly and other birth defects (2,366 confirmed by 31 December 20162). Since the initial detection of ZIKV in Brazil, more than 45 countries in the Americas have reported local ZIKV transmission, with 24 of these reporting severe ZIKV-associated disease3. However, the origin and epidemic history of ZIKV in Brazil and the Americas remain poorly understood, despite the value of this information for interpreting observed trends in reported microcephaly. Here we address this issue by generating 54 complete or partial ZIKV genomes, mostly from Brazil, and reporting data generated by a mobile genomics laboratory that travelled across northeast Brazil in 2016. One sequence represents the earliest confirmed ZIKV infection in Brazil. Analyses of viral genomes with ecological and epidemiological data yield an estimate that ZIKV was present in northeast Brazil by February 2014 and is likely to have disseminated from there, nationally and internationally, before the first detection of ZIKV in the Americas. Estimated dates for the international spread of ZIKV from Brazil indicate the duration of pre-detection cryptic transmission in recipient regions. The role of northeast Brazil in the establishment of ZIKV in the Americas is further supported by geographic analysis of ZIKV transmission potential and by estimates of the basic reproduction number of the virus.

Summary The SARS-CoV-2 epidemic in Brazil was dominated by two lineages designated as B.1.1.28 and B.1.1.33. Two SARS-CoV-2 variants harboring mutations at the receptor-binding domain of the Spike (S) protein, designated as lineages P.1 and P.2, evolved within lineage B.1.1.28 and are rapidly spreading in Brazil. Lineage P.1 is considered a Variant of Concern (VOC) because of the presence of multiple mutations in the S protein (including K417T, E484K, N501Y), while lineage P.2 only harbors mutation S:E484K and is considered a Variant of Interest (VOI). Here we report the identification of a new SARS-CoV-2 VOI within lineage B.1.1.33 that also harbors mutation S:E484K and was detected in Brazil between November 2020 and February 2021. This VOI displayed four non-synonymous lineage-defining mutations (NSP3:A1711V, NSP6:F36L, S:E484K, and NS7b:E33A) and was designated as lineage N.9. The VOI N.9 probably emerged in August 2020 and has spread across different Brazilian states from the Southeast, South, North and Northeast regions.

ABSTRACT The Northeast region of Brazil registered the second highest incidence proportion of chikungunya fever in 2019. In that year an outbreak consisting of patients presented with febrile disease associated with joint pain were reported by the public primary health care service in the city of Natal, Rio Grande do Norte state, in March 2019. At first, the aetiological agent of the disease was undetermined. Since much is still unknown about chikungunya virus (CHIKV) genomic diversity and evolutionary history in this northeasternmost state, we used a combination of portable whole genome sequencing, molecular clock, and epidemiological analyses that revealed the re-introduction of the CHIKV East-Central-South-African (ECSA) lineage into Rio Grande do Norte. We estimated CHIKV ECSA lineage was first introduced into Rio Grande do Norte in early June 2014, while the 2019 outbreak clade diverged around April 2018 during a period of increased chikungunya incidence in the Southeast region, which might have acted as a source of virus dispersion towards the Northeast region. Together, these results confirm the ECSA lineage continues to spread across the country through interregional importation events likely mediated by human mobility. HIGHLIGHTS CHIKV ECSA lineage introduction into Rio Grande do Norte state, Northeast Brazil, was estimated to early June 2014 At least two CHIKV importation events occurred in Rio Grande do Norte state, Brazil The 2019 chikungunya outbreak in Rio Grande do Norte was likely caused by a second event of CHIKV introduction imported from Rio de Janeiro state.

Zika virus (ZIKV) transmission in the Americas was first confirmed in May 2015 in Northeast Brazil1. Brazil has the highest number of reported ZIKV cases worldwide (>200,000 by 24 Dec 2016) as well as the greatest number of cases associated with microcephaly and other birth defects (2,366 confirmed cases by 31 Dec 2016). Following the initial detection of ZIKV in Brazil, 47 countries and territories in the Americas have reported local ZIKV transmission, with 24 of these reporting ZIKV-associated severe disease. Yet the origin and epidemic history of ZIKV in Brazil and the Americas remain poorly understood, despite the value of such information for interpreting past and future trends in reported microcephaly. To address this we generated 54 complete or partial ZIKV genomes, mostly from Brazil, and report data generated by the ZiBRA project - a mobile genomics lab that travelled across Northeast (NE) Brazil in 2016. One sequence represents the earliest confirmed ZIKV infection in Brazil. Joint analyses of viral genomes with ecological and epidemiological data estimate that ZIKV epidemic was present in NE Brazil by March 2014 and likely disseminated from there, both nationally and internationally, before the first detection of ZIKV in the Americas. Estimated dates of the international spread of ZIKV from Brazil indicate the duration of pre-detection cryptic transmission in recipient regions. NE Brazil's role in the establishment of ZIKV in the Americas is further supported by geographic analysis of ZIKV transmission potential and by estimates of the virus' basic reproduction number.

O objetivo deste estudo é avaliar a eficácia da saliva como amostra alternativa para a detecção do SARS-CoV-2 em profissionais de saúde e pacientes atendidos em um hospital universitário na cidade de João Pessoa, no estado da Paraíba, comparando os resultados com amostras coletadas por swab nasofaríngeo (SNF). O estudo recrutou 365 participantes adultos, assintomáticos para COVID-19. A reação em cadeia da polimerase em tempo real de transcrição reversa (RT-qPCR) foi realizada visando o gene E do SARS-CoV-2. Para as análises estatísticas, foi utilizado o software SPSS. A concordância entre os dois métodos foi avaliada com o teste Kappa. Das 365 amostras analisadas, 45 (12,3%) tiveram detecção em pelo menos um tipo de amostra. Em SNF e saliva, 21 amostras (46,7%) foram positivas, enquanto 14 amostras (31,1%) foram positivas apenas para SNF e 10 amostras (22,2%) foram positivas apenas em saliva. Usando amostras de SNF como padrão-ouro de referência, a sensibilidade e especificidade da saliva foram de 60% e 97%, respectivamente, enquanto os valores preditivos positivo e negativo foram de 68% e 96%, respectivamente. A acurácia foi de 93,0% e o coeficiente Kappa foi de 0,596, indicando uma concordância moderada. Embora o coeficiente Kappa tenha indicado uma concordância moderada nesse estudo, as amostras de saliva pura foram semelhantes às obtidas por SNF. A simplicidade da coleta, a escassez de EPI e a transmissibilidade do vírus favorecem a autocoleta da saliva como testes mais precisos, levando à redução do tempo de espera e à disponibilização mais rápida dos resultados.

As dermatofitoses são micoses que afetam as camadas externas da pele, cabelos e unhas. Nos últimos anos, tem havido um incentivo crescente à pesquisa com o objetivo de desenvolver produtos de origem natural como alternativas para o tratamento dessas infecções. Nesse contexto, o presente estudo teve como objetivo realizar um levantamento da literatura sobre a atividade antifúngica de compostos presentes em óleos essenciais e seus mecanismos de ação contra espécies de dermatófitos. A pesquisa foi conduzida nas bases de dados Bireme, PubMed, Scielo e Google Acadêmico, abrangendo publicações nacionais e internacionais no período de 2018 a 2024, utilizando os descritores "antifungal agent", "dermatophytosis" e "essential oils". O levantamento resultou em 68 publicações, das quais, após a leitura preliminar dos títulos e resumos e de acordo com os critérios estabelecidos, 9 artigos foram selecionados para a elaboração deste estudo. Os resultados indicam que os óleos essenciais de Melaleuca alternifolia, Thymus vulgaris, Agathosma betulina, Cinnamomum zeylanicum, Pelargonium graveolens e Schinus lentiscifolius apresentaram atividade antifúngica contra as principais espécies de dermatófitos, principalmente devido a compostos que atuam na ruptura da membrana celular fúngica. Portanto, a atividade antifúngica dos óleos essenciais é de grande importância para o desenvolvimento de fármacos contendo compostos efetivos capazes de inibir o crescimento fúngico de forma equivalente aos medicamentos sintéticos.