KK
Krys Kochut
Author with expertise in Natural Language Processing
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(75% Open Access)
Cited by:
1,303
h-index:
31
/
i10-index:
58
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Quality of service for workflows and web service processes

M. Cardoso et al.Apr 1, 2004
Workflow management systems (WfMSs) have been used to support various types of business processes for more than a decade now. In workflows or Web processes for e-commerce and Web service applications, suppliers and customers define a binding agreement or contract between the two parties, specifying quality of service (QoS) items such as products or services to be delivered, deadlines, quality of products, and cost of services. The management of QoS metrics directly impacts the success of organizations participating in e-commerce. Therefore, when services or products are created or managed using workflows or Web processes, the underlying workflow engine must accept the specifications and be able to estimate, monitor, and control the QoS rendered to customers. In this paper, we present a predictive QoS model that makes it possible to compute the quality of service for workflows automatically based on atomic task QoS attributes. We also present the implementation of our QoS model for the METEOR workflow system. We describe the components that have been changed or added, and discuss how they interact to enable the management of QoS.
16

Dark kinase annotation, mining and visualization using the Protein Kinase Ontology

Saber Soleymani et al.Mar 1, 2022
ABSTRACT The Protein Kinase Ontology (ProKinO) is an integrated knowledge graph that conceptualizes the complex relationships connecting protein kinase sequence, structure, function, and disease in a human and machine-readable format. Here we extend the scope of ProKinO as a discovery tool by including new classes and relationships capturing information on kinase ligand binding sites, expression patterns, and functional features, and demonstrate its application in uncovering new knowledge regarding understudied members of the protein kinase family. Specifically, through graph mining and aggregate SPARQL queries, we identify the p21-activated protein kinase 5 (PAK5) as one of the most frequently mutated dark kinase in human cancers with abnormal expression in multiple cancers, including an unappreciated role in acute myeloid leukemia. We identify recurrent oncogenic mutations in the PAK5 activation loop predicted to alter substrate binding and phosphorylation and identify common ligand/drug binding residues in PAK family kinases, highlighting the potential application of ProKinO in drug discovery. The updated ontology browser and a web component, ProtVista, which allows interactive mining of kinase sequence annotations in 3D structures and Alphafold models, provide a valuable resource for the signaling community. The updated ProKinO database is accessible at http://prokino.uga.edu/browser/ .
16
Citation5
0
Save