Background. Genetic influences on alcoholism risk are well-documented in men, but uncertain in women. We tested for gender differences in genetic influences on, and risk-factors for, DSM-III-R alcohol dependence (AD).Method. Diagnostic follow-up interviews were conducted in 1992–3 by telephone with twins from an Australian twin panel first surveyed in 1980–82 (N=5889 respondents). Data were analysed using logistic regression models.Results. Significantly higher twin pair concordances were observed in MZ compared to DZ same-sex twin pairs in women and men, even when data were weighted to adjust for over-representation of well-educated respondents, and for selective attrition. AD risk was increased in younger birth cohorts, in Catholic males or women reporting no religious affiliation, in those reporting a history of conduct disorder or major depression and in those with high Neuroticism, Social Non-conformity, Toughmindedness, Novelty-Seeking or (in women only) Extraversion scores; and decreased in ‘Other Protestants’, weekly church attenders, and university-educated males. Controlling for these variables, however, did not remove the significant association with having an alcoholic MZ co-twin, implying that much of the genetic influence on AD risk remained unexplained. No significant gender difference in the genetic variance in AD was found (64% heritability, 95% confidence interval 32–73%).Conclusions. Genetic risk-factors play as important a role in determining AD risk in women as in men. With the exception of certain sociocultural variables such as religious affiliation, the same personality, sociodemographic and axis I correlates of alcoholism risk are observed in women and men.

Nicotine dependence is one of the world's leading causes of preventable death. To discover genetic variants that influence risk for nicotine dependence, we targeted over 300 candidate genes and analyzed 3713 single nucleotide polymorphisms (SNPs) in 1050 cases and 879 controls. The Fagerström test for nicotine dependence (FTND) was used to assess dependence, in which cases were required to have an FTND of 4 or more. The control criterion was strict: control subjects must have smoked at least 100 cigarettes in their lifetimes and had an FTND of 0 during the heaviest period of smoking. After correcting for multiple testing by controlling the false discovery rate, several cholinergic nicotinic receptor genes dominated the top signals. The strongest association was from an SNP representing CHRNB3 , the β3 nicotinic receptor subunit gene ( P = 9.4 × 10 −5 ). Biologically, the most compelling evidence for a risk variant came from a non-synonymous SNP in the α5 nicotinic receptor subunit gene CHRNA5 ( P = 6.4 × 10 −4 ). This SNP exhibited evidence of a recessive mode of inheritance, resulting in individuals having a 2-fold increase in risk of developing nicotine dependence once exposed to cigarette smoking. Other genes among the top signals were KCNJ6 and GABRA4 . This study represents one of the most powerful and extensive studies of nicotine dependence to date and has found novel risk loci that require confirmation by replication studies.

Objective: A recent study provisionally identified numerous genetic variants as risk factors for the transition from smoking to the development of nicotine dependence, including an amino acid change in the α5 nicotinic cholinergic receptor ( CHRNA5 ). The purpose of this study was to replicate these findings in an independent data set and more thoroughly investigate the role of genetic variation in the cluster of physically linked nicotinic receptors, CHRNA5-CHRNA3-CHRNB4 , and the risk of smoking. Method: Individuals from 219 European American families (N=2,284) were genotyped across this gene cluster to test the genetic association with smoking. The frequency of the amino acid variant (rs16969968) was studied in 995 individuals from diverse ethnic populations. In vitro studies were performed to directly test whether the amino acid variant in the CHRNA5 influences receptor function. Results: A genetic variant marking an amino acid change showed association with the smoking phenotype (p=0.007). This variant is within a highly conserved region across nonhuman species, but its frequency varied across human populations (0% in African populations to 37% in European populations). Furthermore, functional studies demonstrated that the risk allele decreased response to a nicotine agonist. A second independent finding was seen at rs578776 (p=0.003), and the functional significance of this association remains unknown. Conclusions: This study confirms that at least two independent variants in this nicotinic receptor gene cluster contribute to the development of habitual smoking in some populations, and it underscores the importance of multiple genetic variants contributing to the development of common diseases in various populations.

Tobacco use is a leading contributor to disability and death worldwide, and genetic factors contribute in part to the development of nicotine dependence. To identify novel genes for which natural variation contributes to the development of nicotine dependence, we performed a comprehensive genome wide association study using nicotine dependent smokers as cases and non-dependent smokers as controls. To allow the efficient, rapid, and cost effective screen of the genome, the study was carried out using a two-stage design. In the first stage, genotyping of over 2.4 million single nucleotide polymorphisms (SNPs) was completed in case and control pools. In the second stage, we selected SNPs for individual genotyping based on the most significant allele frequency differences between cases and controls from the pooled results. Individual genotyping was performed in 1050 cases and 879 controls using 31 960 selected SNPs. The primary analysis, a logistic regression model with covariates of age, gender, genotype and gender by genotype interaction, identified 35 SNPs with P -values less than 10 −4 (minimum P -value 1.53 × 10 −6 ). Although none of the individual findings is statistically significant after correcting for multiple tests, additional statistical analyses support the existence of true findings in this group. Our study nominates several novel genes, such as Neurexin 1 ( NRXN1 ), in the development of nicotine dependence while also identifying a known candidate gene, the β3 nicotinic cholinergic receptor. This work anticipates the future directions of large-scale genome wide association studies with state-of-the-art methodological approaches and sharing of data with the scientific community.

Cathy Laurie and colleagues detect mosaicism for large chromosomal abnormalities in peripheral blood in a subset of healthy individuals. They show that the frequency of such events increases with age and is associated with elevated risk of developing a subsequent hematological cancer. We detected clonal mosaicism for large chromosomal anomalies (duplications, deletions and uniparental disomy) using SNP microarray data from over 50,000 subjects recruited for genome-wide association studies. This detection method requires a relatively high frequency of cells with the same abnormal karyotype (>5–10%; presumably of clonal origin) in the presence of normal cells. The frequency of detectable clonal mosaicism in peripheral blood is low (<0.5%) from birth until 50 years of age, after which it rapidly rises to 2–3% in the elderly. Many of the mosaic anomalies are characteristic of those found in hematological cancers and identify common deleted regions with genes previously associated with these cancers. Although only 3% of subjects with detectable clonal mosaicism had any record of hematological cancer before DNA sampling, those without a previous diagnosis have an estimated tenfold higher risk of a subsequent hematological cancer (95% confidence interval = 6–18).

Background

 Alcoholism and substance dependence frequently co-occur. Accordingly, we evaluated the familial transmission of alcohol, marijuana, and cocaine dependence and habitual smoking in the Collaborative Study on the Genetics of Alcoholism. 

Methods

 Subjects (n=1212) who met criteria for bothDSM-III-Ralcohol dependence and Feighner definite alcoholism and their siblings (n=2755) were recruited for study. A comparison sample was also recruited (probands, n=217; siblings, n=254). Subjects were interviewed with the Semi-Structured Assessment for the Genetics of Alcoholism. The familial aggregation of drug dependence and habitual smoking in siblings of alcohol-dependent and non–alcohol-dependent probands was measured by means of the Cox proportional hazards model. 

Results

 Rates of alcohol, marijuana, and cocaine dependence and habitual smoking were increased in siblings of alcohol-dependent probands compared with siblings of controls. For siblings of alcohol-dependent probands, 49.3% to 50.1% of brothers and 22.4% to 25.0% of sisters were alcohol dependent (lifetime diagnosis), but this elevated risk was not further increased by comorbid substance dependence in probands. Siblings of marijuana-dependent probands had an elevated risk of developing marijuana dependence (relative risk [RR], 1.78) and siblings of cocaine-dependent probands had an elevated risk of developing cocaine dependence (RR, 1.71). There was a similar finding for habitual smoking (RR, 1.77 in siblings of habitual-smoking probands). 

Conclusions

 Alcohol, marijuana, and cocaine dependence and habitual smoking are all familial, and there is evidence of both common and specific addictive factors transmitted in families. This specificity suggests independent causative factors in the development of each type of substance dependence.

Abstract Genome‐wide scans of nucleotide variation in human subjects are providing an increasing number of replicated associations with complex disease traits. Most of the variants detected have small effects and, collectively, they account for a small fraction of the total genetic variance. Very large sample sizes are required to identify and validate findings. In this situation, even small sources of systematic or random error can cause spurious results or obscure real effects. The need for careful attention to data quality has been appreciated for some time in this field, and a number of strategies for quality control and quality assurance (QC/QA) have been developed. Here we extend these methods and describe a system of QC/QA for genotypic data in genome‐wide association studies (GWAS). This system includes some new approaches that (1) combine analysis of allelic probe intensities and called genotypes to distinguish gender misidentification from sex chromosome aberrations, (2) detect autosomal chromosome aberrations that may affect genotype calling accuracy, (3) infer DNA sample quality from relatedness and allelic intensities, (4) use duplicate concordance to infer SNP quality, (5) detect genotyping artifacts from dependence of Hardy‐Weinberg equilibrium test P ‐values on allelic frequency, and (6) demonstrate sensitivity of principal components analysis to SNP selection. The methods are illustrated with examples from the “Gene Environment Association Studies” (GENEVA) program. The results suggest several recommendations for QC/QA in the design and execution of GWAS. Genet. Epidemiol . 34: 591–602, 2010. © 2010 Wiley‐Liss, Inc.

Excessive alcohol consumption is one of the leading causes of preventable death in the United States. Approximately 14% of those who use alcohol meet criteria during their lifetime for alcohol dependence, which is characterized by tolerance, withdrawal, inability to stop drinking, and continued drinking despite serious psychological or physiological problems. We explored genetic influences on alcohol dependence among 1,897 European-American and African-American subjects with alcohol dependence compared with 1,932 unrelated, alcohol-exposed, nondependent controls. Constitutional DNA of each subject was genotyped using the Illumina 1M beadchip. Fifteen SNPs yielded P < 10 −5 , but in two independent replication series, no SNP passed a replication threshold of P < 0.05. Candidate gene GABRA2 , which encodes the GABA receptor α2 subunit, was evaluated independently. Five SNPs at GABRA2 yielded nominal (uncorrected) P < 0.05, with odds ratios between 1.11 and 1.16. Further dissection of the alcoholism phenotype, to disentangle the influence of comorbid substance-use disorders, will be a next step in identifying genetic variants associated with alcohol dependence.

Although early mortality in severe psychiatric illness is linked to smoking and alcohol, to our knowledge, no studies have comprehensively characterized substance use behavior in severe psychotic illness. In particular, recent assessments of substance use in individuals with mental illness are based on population surveys that do not include individuals with severe psychotic illness.To compare substance use in individuals with severe psychotic illness with substance use in the general population.We assessed comorbidity between substance use and severe psychotic disorders in the Genomic Psychiatry Cohort. The Genomic Psychiatry Cohort is a clinically assessed, multiethnic sample consisting of 9142 individuals with the diagnosis of schizophrenia, bipolar disorder with psychotic features, or schizoaffective disorder, and 10,195 population control individuals.Smoking (smoked >100 cigarettes in a lifetime), heavy alcohol use (>4 drinks/day), heavy marijuana use (>21 times of marijuana use/year), and recreational drug use.Relative to the general population, individuals with severe psychotic disorders have increased risks for smoking (odds ratio, 4.6; 95% CI, 4.3-4.9), heavy alcohol use (odds ratio, 4.0; 95% CI, 3.6-4.4), heavy marijuana use (odds ratio, 3.5; 95% CI, 3.2-3.7), and recreational drug use (odds ratio, 4.6; 95% CI, 4.3-5.0). All races/ethnicities (African American, Asian, European American, and Hispanic) and both sexes have greatly elevated risks for smoking and alcohol, marijuana, and drug use. Of specific concern, recent public health efforts that have successfully decreased smoking among individuals younger than age 30 years appear to have been ineffective among individuals with severe psychotic illness (interaction effect between age and severe mental illness on smoking initiation, P = 4.5 × 105).In the largest assessment of substance use among individuals with severe psychotic illness to date, we found the odds of smoking and alcohol and other substance use to be dramatically higher than recent estimates of substance use in mild mental illness.

Abstract

Background

 This study examined gender and racial/ethnic differences in sexual debut. 

Study Design

 We analyzed 1999���2007 data from the Youth Risk Behavior Surveillance System (YRBSS), a cross-sectional, nationally representative survey of students in Grades 9���12 established by the Centers for Disease Control and Prevention. The Kaplan���Meier method was used to compute the probability of survival (not having become sexually active) at each year (age 12 through 17), and separate estimates were produced for each level of gender and racial/ethnic group. 

Results

 African-American males experienced sexual debut earlier than all other groups (all tests of significance at p<.001) and Asian males and females experienced sexual debut later than all groups (all tests of significance at p<.001). By their 17th birthday, the probability for sexual debut was less than 35% for Asians (females 28%, males 33%) and less than 60% for Caucasians (58% females, 53% males) and Hispanic females (59%). The probability for sexual debut by their 17th birthday was greatest for African Americans (74% females, 82% males) and Hispanic males (69%). 

Conclusions

 These results demonstrate a need for sexual education programs and policy to be sensitive to the roles of race and ethnicity in sexual debut.