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Taranpreet Kaur
Author with expertise in Regulation of RNA Processing and Function
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FUS Oncofusion Protein Condensates Recruit mSWI/SNF Chromatin Remodelers via Heterotypic Interactions Between Prion-like Domains

Richoo Davis et al.Apr 23, 2021
Abstract Fusion transcription factors generated by genomic translocations are common drivers of several types of cancers including sarcomas and leukemias. Oncofusions of the FET (FUS, EWSR1, and TAF15) family of proteins result from fusion of the prion-like domain (PLD) of FET proteins to the DNA-binding domain (DBD) of certain transcription regulators and are implicated in aberrant transcriptional programs through interactions with chromatin remodelers. Here, we show that FUS-DDIT3, a FET oncofusion protein, undergoes PLD-mediated phase separation into liquid-like condensates. Nuclear FUS-DDIT3 condensates can recruit essential components of the global transcriptional machinery such as the chromatin remodeler SWI/SNF. The recruitment of mammalian SWI/SNF is driven by heterotypic PLD-PLD interactions between FUS-DDIT3 and core subunits of SWI/SNF, such as the catalytic component BRG1. Further experiments with single-molecule correlative force-fluorescence microscopy support a model wherein the fusion protein forms condensates on DNA surface and enrich BRG1 to activate transcription by ectopic chromatin remodeling. Similar PLD-driven co-condensation of mSWI/SNF with transcription factors can be employed by other oncogenic fusion proteins with a generic PLD - DBD domain architecture for global transcriptional reprogramming.
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Molecular Crowding Tunes Material States of Ribonucleoprotein Condensates

Taranpreet Kaur et al.Dec 31, 2018
Ribonucleoprotein (RNP) granules are membraneless liquid condensates that dynamically form, dissolve, and mature into a gel-like state in response to changing cellular environment. RNP condensation is largely governed by the promiscuous attractive inter-chain interactions, mediated by low-complexity domains (LCDs). Using an archetypal disordered RNP, Fused in Sarcoma (FUS), here we study how molecular crowding impacts the RNP liquid condensation. We observe that the liquid-liquid coexistence boundary of FUS is lowered by polymer crowders, consistent with the excluded volume model. With increasing bulk crowder concentration, RNP partition increases and the diffusion rate decreases in the condensed phase. Furthermore, we show that RNP condensates undergo substantial hardening wherein protein-dense droplets transition from viscous fluid to a viscoelastic gel-like state in a crowder concentration-dependent manner. Utilizing two distinct LCDs that broadly represent the most commonly occurring sequence motifs driving RNP phase transition, we reveal that the impact of crowding is largely independent of LCD charge/sequence patterns. These results are consistent with a thermodynamic model of crowder-mediated depletion interaction where inter-RNP attraction is enhanced by molecular crowding. The depletion force is likely to play key roles in tuning the physical properties of RNP condensates within a crowded intracellular space.
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Interplay Between Short-range Attraction and Long-range Repulsion Controls Reentrant Liquid Condensation of Ribonucleoprotein-RNA Complexes

Ibraheem Alshareedah et al.Apr 6, 2019
In eukaryotic cells, ribonucleoproteins (RNPs) form mesoscale condensates by liquid-liquid phase separation that play essential roles in subcellular dynamic compartmentalization. The formation and dissolution of many RNP condensates are finely dependent on the RNA-to-RNP ratio, giving rise to a window-like phase separation behavior. This is commonly referred to as reentrant liquid condensation (RLC). Here, using RNP-inspired polypeptides with low-complexity RNA-binding sequences as well as the C-terminal disordered domain of the ribonucleoprotein FUS as model systems, we investigate the molecular driving forces underlying this non-monotonous phase transition. We show that an interplay between short-range cation-π attractions and long-range electrostatic forces governs the heterotypic RLC of RNP-RNA complexes. Short-range attractions, which can be encoded by both polypeptide chain primary sequence and nucleic acid base sequence, are activated by RNP-RNA condensate formation. After activation, the short-range forces regulate material properties of polypeptide-RNA condensates and subsequently oppose their reentrant dissolution. In the presence of excess RNA, a competition between short-range attraction and long-range electrostatic repulsion drives the formation of a colloid-like cluster phase. With increasing short-range attraction, the fluid dynamics of the cluster phase is arrested, leading to the formation of a colloidal gel. Our results reveal that phase behavior, supramolecular organization, and material states of RNP-RNA assemblies are controlled by a dynamic interplay between molecular interactions at different length scales.
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Investigation Of Coal Bottom Ash And Glass Powder In Concrete As Partial Replacement For Sand And Cement

Shabir Ali et al.Jun 4, 2024
The study involves varying replacement levels to understand their impact on concrete properties. To make concrete better for the environment and more efficient, we can mix in waste materials. This saves natural resources like river sand and keeps important land from getting polluted. Two examples of leftovers we can add to concrete are desolate glass powder and coal bottom ash. These accoutrements might else be thrown down, but using them in concrete is a smart way to cut down on waste and make construction more sustainable. Through quantitative analysis. the study attempts to ascertain the impacts on the concrete fusions' continuity, flexural strength, and compressive strength. Additionally, this study's main goal was to look at using them in concrete to substitute cement and sand with glass powder and coal bottom ash. In place of sand, concrete samples were made using 0%, 10%, 15%, 20%, 30%, and 40% coal bottom ash and 20% mass glass powder in place of regular Portland cement. They go through several laboratory testing, including as compressive, flexural, and workability tests. The results provide the optimal replacement fraction at which the likelihood of failure increases. Each test takes 28 days to complete and is carried out in compliance with the IS code.