Abstract We employed non-silica-based dipolar nanoparticle affinity bead technique to extract DNA from sedimentary rocks and successfully obtained aDNA from fossilized Lycoptera fishes from the Early Cretaceous in Beipiao, Liaoning Province, China. After library enrichment, high-throughput sequencing, nucleotide BLAST, and data filtering, 276 highly homologous ray-finned fish sequences were identified from 13,113 matched fragments. Molecular phylogenetic analysis showed that Lycoptera is closely related to Osteoglossiformes. At the same time, matching the 276 sequences to each Order of ray-finned fish showed that the fossil fish is closely related to Cypriniformes, but there are no genetic connections between fish groups geographically isolated from Eurasia. Gene exchange between these lineages has been blocked. In addition, analyzing the genetic connection between Lycoptera aDNA and modern genomes revealed unknown evolutionary relationships: The Cypriniformes genome has inherited many Lycoptera gene sequences. We propose the hypothesis that new transposase genes may arise through genome autonomous evolution mechanisms such as ‘progressive evolution’ and ‘overlapping coding region slippage replication recombination’. Evidence supporting this comes from observing the rapid expansion of gene families associated with transposons in aDNA.

This study employed nanoparticle affinity bead technology to isolate DNA from petroleum. The research identified 3,159,020 DNA sequences from petroleum extracts (pDNA), primarily from environmental DNA (eDNA). The study demonstrates how oil captures a vast array of eDNA through molecular exchanges with its surroundings, including the fragments from ancient periods (paeDNA) and more recent times (preDNA). An academically rigorous mega screening method was established to identify these fragments, revealing significant loss of the most original in situ DNA (oriDNA). Interestingly, the persistence of paeDNA provides valuable ecological and evolutionary insights that surpass traditional fossils. Petroleum, regarded as newly discovered fossils, reveals Earth hidden history by uncovering the ancient existence of marine species, ancestral birds, and unclassified species of ancient hominids. Additionally, the study sheds light on the tracks of locally extinct animals, including yaks, turkeys, and kiwi birds. Notably, these ancient DNA (aDNA) fragments do not exhibit signs of deamination, contradicting Paabo standards for ancient, in situ DNA authenticity. The study also highlights significant geological events, such as marine invasions during the Paleocene epoch. This work has the potential to revolutionize both petroleum geology and paleontology.