Abstract Megaherbivores are primary consumers who provide unique ecosystem services. Given their body size, they are disproportionately threatened in the Anthropocene. Asian elephants are the largest extant terrestrial megaherbivores native to Asia, with 60% of the population found in India. Despite their ecological and cultural importance, the management/conservation units, genetic history, diversity and threats remain understudied. We re-sequenced 31 whole genomes (between 11X - 32X) from all known elephant landscapes in India and identified five management/conservation units corresponding to elephants in northern India, central India and three in southern India. The genetic data reveal signatures of serial colonisation, and a dilution of diversity from north to south of India. The northern populations diverged from other populations more than 70,000 years ago, and have higher genetic diversity, with low inbreeding/high effective size (Pi = 0.0016±0.0001; F ROH> 1MB = 0.09±0.03). Two of three populations in southern India have low diversity and are inbred with much lower effective sizes than current populations sizes (Pi = 0.0014±0.00009 and 0.0015±0.0001; F ROH> 1MB = 0.25±0.09 and 0.17±0.02). Additionally, future generations are expected to be more inbred since pairs of extant elephants have large tracts of the genome that are already identical. Analyses of genetic load reveals purging of potentially high-effect deleterious alleles in the southern populations and potential dilution of all deleterious alleles from north to south in India. However, southern Indian elephants are highly homozygous for all the deleterious alleles that persist, despite dilution and purging. High homozygosity of deleterious alleles, coupled with low neutral genetic diversity make them high priority for conservation and management attention. Most surprisingly, our study suggests that patterns of genetic diversity and genetic load can correspond to geographic signatures of serial founding events even in large mobile endangered species.

The Indian subcontinent has experienced numerous paleogeological and paleoclimatic events during the Cenozoic which shaped the biotic assembly over time in the subcontinent. The role of these events in governing the biotic exchange between Southeast Asia and Indian subregion is underexplored. We aimed to uncover the effects the collision of the Indian and Asian plate, marine transgression in the Bengal basin as well as the paleoclimatic changes in the subcontinent and adjoining regions, on the dispersal of freshwater snail family Viviparidae from Southeast Asia (SEA) to Indian subregion. Extensive sampling was carried out throughout the Indian subcontinent to capture the current diversity of the targeted lineages. Three mitochondrial and two nuclear markers were sequenced from these samples and combined with published sequences to reconstruct a near complete global phylogeny of Viviparidae. Molecular dating and ancestral range estimation were undertaken to obtain the time frame for the dispersal events. Results from these analyses were contrasted with paleoclimate and paleogeology to better understand the biogeography of Indian viviparids. Results support at least two dispersal events into India from Southeast Asia. The earlier event is likely to have occurred during a warm and humid Eocene period before a permanent land connection was established between the two landmasses. While the more recent dispersal occurred post-suturing and overlapped with a time in late Tertiary to Quaternary when arid climate prevailed. However, we could not firmly establish how the marine transgressions influenced the dispersal events. Even though most biotic exchange between India and SEA are noted to be post-suturing, our results add to a growing body of work that suggests faunal exchange pre-suturing probably mediated by intermittent land connections.

The biota of the Indian subcontinent has assembled during various points of the history of its continental drift: some when it was still a part of Gondwanaland and subsequently dispersed out-of-India and some dispersed into-India after it collided with Asia. However, the relative contribution of these connection to the current biotic assembly of the subcontinent is still under-explored. We aimed to understand the relative importance of these various routes of biotic assembly in India through studying the historical biogeography of tropical Old World freshwater snail genus Pila. We reconstructed a near-complete phylogeny of Ampullariidae including all the described Pila species from India and published sequences of Ampullariids from all over the world from two mitochondrial and two nuclear markers. Thereafter molecular dating and ancestral area reconstruction analyses were carried out in order to ascertain the time frame and route of colonization of India. The results suggest that Pila dispersed into India as well as other parts of tropical Asia from Africa after both India and Africa collided with Eurasia. Furthermore, multiple dispersals have taken place between Southeast Asia and India. The findings consolidate the rapidly building evidence that much of the current assemblage of biota actually dispersed into-India after it collided with Asia.

Abstract The Indian subcontinent is extremely diverse in terms of its flora and fauna. However, there is a severe underestimation of the biotic diversity in invertebrate groups as well as a lack of understanding of the processes generating diversity in these groups. Here we aimed to jointly estimate the cryptic diversity of two freshwater snail species complexes – Pila globosa and Pila virens, and uncover the processes behind the speciation in these groups. We employed phylogenetic, morphometric, population genetic and niche modelling technique to address these questions. We found out that both species complexes consist of several genetically and ecologically distinct putative species. The speciation was primarily driven by allopatric isolation into different river basins. A combination of paleoclimatic and paleohydrological changes during the Miocene have shaped the speciation events. Local climatic adaptation also could have contributed towards some of the speciation events. The study sheds light on the complex interaction between the biology of the species and the environment that shape the diversification patterns in a group.

Abstract The history of a lineage is intertwined with the history of the landscape it resides in. Here we showcase how the geo-tectonic and climatic evolution in South Asia and surrounding landmasses have shaped the biogeographic history of Indoplanorbis exustus , a tropical Asian, freshwater, pulmonated snail. We amplified partial COI gene fragment from all over India and combined this with a larger dataset from South and Southeast Asia to carry out phylogenetic reconstruction, species delimitation analysis, and population genetic analyses. Two nuclear genes were also amplified from one individual per putative species to carry out divergence dating and ancestral area reconstruction analyses. The results suggest that Indoplanorbis dispersed out of Africa into India during Eocene. Furthermore, molecular data suggests Indoplanorbis is a species complex consisting of multiple putative species. The primary diversification took place in Northern Indian plains or the Northeast India. The speciation events appear to be primarily allopatric caused by a series of aridification events starting from late Miocene to early Pleistocene. None of the species seemed to have any underlying genetic structure suggestive of high vagility. All the species underwent population fluctuations during the Pleistocene likely driven by the Quaternary climatic fluctuations.