OBJECTIVE The number of people with metabolic syndrome is increasing worldwide, and changes in socioenvironmental factors contribute to this increase. Therefore, investigation of changes in metabolic syndrome and its components in South Korea, where rapid socioenvironmental changes have occurred in recent years, would be foundational in setting up an effective strategy for reducing this increasing trend. RESEARCH DESIGN AND METHODS We compared the prevalence and pattern of metabolic syndrome among participants in the Korean National Health and Nutrition Examination Surveys for 1998, 2001, 2005, and 2007. In each survey, stratified, multistage, probability–sampling designs and weighting adjustments were conducted to represent the entire Korean population. The revised National Cholesterol Education Program criteria were used as the definition of metabolic syndrome. All biochemical parameters were measured in a central laboratory. RESULTS A total of 6,907 (mean ± SE age 45.0 ± 0.2 years), 4,536 (45.5 ± 0.2), 5,373 (47.1 ± 0.2), and 2,890 (49.9 ± 0.3) Koreans over 20 years of age have participated in the studies in 1998, 2001, 2005, and 2007, respectively. The age-adjusted prevalence of metabolic syndrome increased significantly from 24.9% in 1998, 29.2% in 2001, and 30.4% in 2005 to 31.3% in 2007. Among the five components, the level of low HDL cholesterol increased the most, by 13.8% over the 10 years. Abdominal obesity and hypertriglyceridemia followed, with 8.7 and 4.9% increases, respectively. CONCLUSIONS Because dyslipidemia and abdominal obesity were major factors in increasing the prevalence of metabolic syndrome in Koreans for the past 10 years, lifestyle interventions should be conducted at the national level to reduce the burden and consequences of metabolic syndrome.

OBJECTIVE—The dysregulation of adipokines is closely associated with the pathogenesis of insulin resistance and type 2 diabetes. Retinol-binding protein-4 (RBP4), a new adipokine, was recently reported to provide a link between obesity and insulin resistance. Here, we examined the relation between plasma RBP4 concentrations and various metabolic parameters in humans. RESEARCH DESIGN AND METHODS—An enzyme-linked immunosorbent assay was developed to measure human RBP4 plasma concentrations, which were then compared with various parameters related to insulin resistance in subjects with normal glucose tolerance (NGT; n = 57), impaired glucose tolerance (IGT; n = 48), and type 2 diabetes (n = 49). RESULTS—Plasma RBP4 concentrations were higher in the IGT and type 2 diabetic groups than in the NGT group (median 18.9 [range 11.2–45.8], 20.9 [9.9–48.5], and 18.1 μg/ml [9.3–30.5], respectively). However, no difference was found between plasma RBP4 concentrations in the IGT and type 2 diabetic groups. Plasma RBP4 concentrations were found to be associated with sex, waist circumference, fasting plasma glucose, and insulin resistance. Of these, sex and fasting plasma glucose levels were found to be independent determinants of plasma RBP4 concentration. CONCLUSIONS—Plasma RBP4 concentrations were found to be elevated in subjects with IGT or type 2 diabetes and to be related to various clinical parameters known to be associated with insulin resistance.

SCRAMBLED (SCM), a leucine-rich repeat receptor-like kinase in Arabidopsis (Arabidopsis thaliana), is required for positional signaling in the root epidermis and for tissue/organ development in the shoot. To further understand SCM action, we generated a series of kinase domain variants and analyzed their ability to complement scm mutant defects. We found that the SCM kinase domain, but not kinase activity, is required for its role in root epidermal patterning, supporting the view that SCM is an atypical receptor kinase. We also describe a previously uncharacterized role for SCM in fruit dehiscence, because mature siliques from scm mutants fail to open properly. Interestingly, the kinase domain of SCM appears to be dispensable for this developmental process. Furthermore, we found that most of the SCM kinase domain mutations dramatically inhibit inflorescence development. Because this process is not affected in scm null mutants, it is likely that SCM acts redundantly to regulate inflorescence size. The importance of distinct kinase residues for these three developmental processes provides an explanation for the maintenance of the conserved kinase domain in the SCM protein, and it may generally explain its conservation in other atypical kinases. Furthermore, these results indicate that individual leucine-rich repeat receptor-like kinases may participate in multiple pathways using distinct signaling mechanisms to mediate diverse cellular communication events.

Abstract Upstream open reading frames (uORFs) are important tissue-specific cis -regulators of protein translation. Although isolated case reports have shown that variants that create or disrupt uORFs can cause disease, genetic sequencing approaches typically focus on protein-coding regions and ignore these variants. Here, we describe a systematic genome-wide study of variants that create and disrupt human uORFs, and explore their role in human disease using 15,708 whole genome sequences collected by the Genome Aggregation Database (gnomAD) project. We show that 14,897 variants that create new start codons upstream of the canonical coding sequence (CDS), and 2,406 variants disrupting the stop site of existing uORFs, are under strong negative selection. Furthermore, variants creating uORFs that overlap the CDS show signals of selection equivalent to coding loss-of-function variants, and uORF-perturbing variants are under strong selection when arising upstream of known disease genes and genes intolerant to loss-of-function variants. Finally, we identify specific genes where perturbation of uORFs is likely to represent an important disease mechanism, and report a novel uORF frameshift variant upstream of NF2 in families with neurofibromatosis. Our results highlight uORF-perturbing variants as an important and under-recognised functional class that can contribute to penetrant human disease, and demonstrate the power of large-scale population sequencing data to study the deleteriousness of specific classes of non-coding variants.

Abstract Protein-coding genetic variants that strongly affect disease risk can provide important clues into disease pathogenesis. Here we report an exome sequence analysis of 20,791 type 2 diabetes (T2D) cases and 24,440 controls from five ancestries. We identify rare (minor allele frequency<0.5%) variant gene-level associations in (a) three genes at exome-wide significance, including a T2D-protective series of >30 SLC30A8 alleles, and (b) within 12 gene sets, including those corresponding to T2D drug targets ( p =6.1×10 −3 ) and candidate genes from knockout mice ( p =5.2×10 −3 ). Within our study, the strongest T2D rare variant gene-level signals explain at most 25% of the heritability of the strongest common single-variant signals, and the rare variant gene-level effect sizes we observe in established T2D drug targets will require 110K-180K sequenced cases to exceed exome-wide significance. To help prioritize genes using associations from current smaller sample sizes, we present a Bayesian framework to recalibrate association p -values as posterior probabilities of association, estimating that reaching p <0.05 ( p <0.005) in our study increases the odds of causal T2D association for a nonsynonymous variant by a factor of 1.8 (5.3). To help guide target or gene prioritization efforts, our data are freely available for analysis at www.type2diabetesgenetics.org .

Abstract Large-scale gene sequencing studies for complex traits have the potential to identify causal genes with therapeutic implications. We performed gene-based association testing of blood lipid levels with rare (minor allele frequency<1%) predicted damaging coding variation using sequence data from >170,000 individuals from multiple ancestries: 97,493 European, 30,025 South Asian, 16,507 African, 16,440 Hispanic/Latino, 10,420 East Asian, and 1,182 Samoan. We identified 35 genes associated with circulating lipid levels. Ten of these: ALB , SRSF2 , JAK2, CREB3L3 , TMEM136 , VARS , NR1H3 , PLA2G12A , PPARG and STAB1 have not been implicated for lipid levels using rare coding variation in population-based samples. We prioritize 32 genes identified in array-based genome-wide association study (GWAS) loci based on gene-based associations, of which three: EVI5, SH2B3 , and PLIN1 , had no prior evidence of rare coding variant associations. Most of the associated genes showed evidence of association in multiple ancestries. Also, we observed an enrichment of gene-based associations for low-density lipoprotein cholesterol drug target genes, and for genes closest to GWAS index single nucleotide polymorphisms (SNP). Our results demonstrate that gene-based associations can be beneficial for drug target development and provide evidence that the gene closest to the array-based GWAS index SNP is often the functional gene for blood lipid levels.

The purpose of this study was to determine the efficacy and safety profile of pioglitazone compared with placebo (PBO) in patients with type 2 diabetes (T2D) inadequately controlled with metformin and dapagliflozin.

Abstract Aim To evaluate the efficacy and tolerability of an initial triple combination therapy (TCT) compared with conventional stepwise add‐on therapy (SAT) in patients with newly diagnosed type 2 diabetes (T2D). Materials and Methods This multicentre, randomized, 104‐week, open‐label trial randomized 105 patients with drug‐naïve T2D (with HbA1c level ≥ 8.0%, < 11.0%) to the TCT (1000 mg of metformin, 10 mg of dapagliflozin and 5 mg of saxagliptin once daily) or SAT (initiated with metformin, followed by glimepiride and sitagliptin) groups. The primary outcome was the proportion of patients who achieved an HbA1c level of less than 6.5% without hypoglycaemia, weight gain of 5% or higher, or discontinuation of drugs because of adverse events at week 104. Results HbA1c reduction from baseline at week 104 was similar between the groups (the least squares mean change was −2.56% in the TCT group vs. –2.75% in the SAT group). The primary outcome was achieved in 39.0% and 17.1% of the TCT and SAT groups, respectively, with a risk difference of 22.0 (95% confidence interval 3.0, 40.8; P = .027). HbA1c level less than 6.5% at week 104 was 46.3% in both the TCT and SAT groups, whereas the incidence of hypoglycaemia, weight gain, or discontinuation of drugs was 16.7% and 62.0% in the TCT and SAT groups, respectively ( P < .001). TCT was well‐tolerated and had fewer adverse events than SAT. Conclusions Among newly diagnosed patients with T2D, initial TCT effectively lowered HbA1c levels with higher tolerability and safety than SAT for 104 weeks, suggesting a novel strategy for initial combination therapy in T2D patients.

Despite many successes of genome-wide association (GWA) studies, known susceptibility variants identified by GWAS have the modest effect sizes and we met noticeable skepticism about the risk prediction model building with large-scale genetic data. However, in contrast with genetic variants, family history of diseases has been largely accepted as an important risk factor in clinical diagnosis and risk prediction though; complicated structures of family history of diseases have limited their application to clinical use. Here, we develop a new method which enables the incorporation of general family history of diseases with the liability threshold model and a new analysis strategy for risk prediction with penalized regression incorporating large-scale genetic variants and clinical risk factors. An application of our model to type 2 diabetes (T2D) patients in Korean population (1846 cases out of 3692 subjects) demonstrates that SNPs accounts for 28.6% of T2D’s variability and incorporation of family history leads to additional improvement of 5.9%. Our result illustrates that family history of diseases can have an invaluable information for disease prediction and may bridge the gap originated from missing heritability.

While most genetic variants of type 2 diabetes (T2D) are suggested to be associated with β-cell dysfunction cross sectionally, their association with the longitudinal change of β-cell function remains largely unknown.