The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike (S) protein binds angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) at the cell surface, which constitutes the primary mechanism driving SARS-CoV-2 infection. Molecular interactions between the transduced S and endogenous proteins likely occur post-infection, but such interactions are not well understood. We used an unbiased primary screen to profile the binding of full-length S against >9,000 human proteins and found significant S-host protein interactions, including one between S and human estrogen receptor alpha (ERα). After confirming this interaction in a secondary assay, we used bioinformatics, supercomputing, and experimental assays to identify a highly conserved and functional nuclear receptor coregulator (NRC) LXD-like motif on the S2 subunit and an S-ERα binding mode. In cultured cells, S DNA transfection increased ERα cytoplasmic accumulation, and S treatment induced ER-dependent biological effects and ACE2 expression. Noninvasive multimodal PET/CT imaging in SARS-CoV-2-infected hamsters using [

Abstract Compound repurposing is an important strategy for the identification of effective treatment options against SARS-CoV-2 infection and COVID-19 disease. In this regard, SARS-CoV-2 main protease (3CL-Pro), also termed M-Pro, is an attractive drug target as it plays a central role in viral replication by processing the viral polyproteins pp1a and pp1ab at multiple distinct cleavage sites. We here report the results of a repurposing program involving 8.7 K compounds containing marketed drugs, clinical and preclinical candidates, and small molecules regarded as safe in humans. We confirmed previously reported inhibitors of 3CL-Pro, and have identified 62 additional compounds with IC 50 values below 1 μM and profiled their selectivity towards Chymotrypsin and 3CL-Pro from the MERS virus. A subset of 8 inhibitors showed anti-cytopathic effect in a Vero-E6 cell line and the compounds thioguanosine and MG-132 were analysed for their predicted binding characteristics to SARS-CoV-2 3CL-Pro. The X-ray crystal structure of the complex of myricetin and SARS-Cov-2 3CL-Pro was solved at a resolution of 1.77 Å, showing that myricetin is covalently bound to the catalytic Cys145 and therefore inhibiting its enzymatic activity. Graphical abstract Abstract Figure. Workflow for identification and profiling of inhibitors of SARS-CoV-2 3CL-Pro using a large scale repurposing and bioactive compound collection (rhs). Primary assay principle based on quenched FRET peptide substrate of SARS-CoV-2 3CL-Pro (lhs). Inhibiting compounds reduce fluorescence signal relative to DMSO controls. Hit profiling using X-ray.

The new coronavirus that emerged, called SARS-CoV-2, is the causative agent of the COVID-19 pandemic. The identification of potential drug candidates that can rapidly enter clinical trials for the prevention and treatment of COVID-19 is an urgent need, despite the recent introduction of several new vaccines for the prevention and protection of this infectious disease, which in many cases becomes severe. Drug repurposing (DR), a process for studying existing pharmaceutical products for new therapeutic indications, represents one of the most effective potential strategies employed to increase the success rate in the development of new drug therapies. We identified raloxifene, a known Selective Estrogen Receptor Modulator (SERM), as a potential pharmacological agent for the treatment of COVID-19 patients. Following a virtual screening campaign on the most relevant viral protein targets, in this work we report the results of the first pharmacological characterization of raloxifene in relevant cellular models of COVID-19 infection. The results obtained on all the most common viral variants originating in Europe, United Kingdom, Brazil, South Africa and India, currently in circulation, are also reported, confirming the efficacy of raloxifene and, consequently, the relevance of the proposed approach. Taken together, all the information gathered supports the clinical development of raloxifene and confirms that the drug can be proposed as a viable new option to fight the pandemic in at least some patient populations. The results obtained so far have paved the way for a first clinical study to test the safety and efficacy of raloxifene, just concluded in patients with mild to moderate COVID-19.

Abstract Severe coagulopathy has been observed at the level of the microcirculation in several organs including lungs, heart and kidneys in patients with COVID-19, and in a minority of subjects receiving the SARS-CoV-2 vaccine. Various mechanisms have been implicated in these effects, including increases in circulating neutrophil extracellular traps, excessive inflammation, and endothelial dysfunction. Even if a correlation between infection by SARS-CoV-2 and upregulation of coagulation cascade components has been established in the lung, no direct proofs have been yet provided about the transcriptional machinery controlling the expression of these factors. Recent results obtained by us reported a novel transcriptional function of the SARS-CoV-2 Spike (S) viral protein involving a direct protein-protein interaction with the human Estrogen Receptor-α (ERα). Given the implications of ERα in the control of key effectors in the coagulation cascade, we hypothesized that S-protein might increase the pro-coagulation activity of endothelial cells via the transcriptional activity of the ERα, thus justifying the enhanced risk of thrombosis. To assess this, we tested the effects of S-protein on the expression of Tissue Factor (TF) and the overall procoagulation activity in a human endothelial cell line and confirmed this finding by overexpressing S-protein by gene transfer in mice. We then designed and tested two-point mutations in the S2 S-protein sequence that abolished the pro-coagulation function of S-protein in vitro and in vivo , without compromising its immunogenicity. In addition to reveal a new potential transcriptional function of S-protein, these results inspire the design of new vaccines with lower risk of thrombogenesis. Indeed, while the benefit/risk ratio remains overwhelming in favor of COVID-19 vaccination, our results shed light on the causal mechanisms of some rare anti-SARS-CoV-2 vaccine adverse events, and are thus essential for current and future vaccination and booster campaigns.

The SARS CoV-2 Papain-Like protease has multiple roles in the viral replication cycle, related to both its polypeptide cleavage function and its capacity to antagonize host immune response. Targeting PLpro function is recognized as a promising mechanism to modulate viral replication whilst supporting host immune responses. However, development of PLpro specific inhibitors remains challenging. Upcoming studies revealed the limitation of reported inhibitors by profiling them through a pipeline of enzymatic, binding and cellular activity assays showing unspecific activity. GRL-0617 remained the only validated molecule with demonstrated anti-viral activity in cells. In this study we refer to the pitfalls of redox-sensitivity of PLpro. Using a screening-based approach to identify inhibitors of PLpro proteolytic activity, we made extensive efforts to validate the active compounds over a range of conditions and readouts, emphasising the need for comprehensive orthogonal data when profiling putative PLpro inhibitors. The remaining active compound CPI-169, showed to compete with GRL-0617 in NMR-based experiments, suggesting to share a similar binding mode, opening novel design opportunities for further developments as antiviral agents.