We present a comprehensive phylogeny derived from 5 genes, nucSSU, nucLSU rDNA, TEF1, RPB1 and RPB2, for 356 isolates and 41 families (six newly described in this volume) in Dothideomycetes.All currently accepted orders in the class are represented for the first time in addition to numerous previously unplaced lineages.Subclass Pleosporomycetidae is expanded to include the aquatic order Jahnulales.An ancestral reconstruction of basic nutritional modes supports numerous transitions from saprobic life histories to plant associated and lichenised modes and a transition from terrestrial to aquatic habitats are confirmed.Finally, a genomic comparison of 6 dothideomycete genomes with other fungi finds a high level of unique protein associated with the class, supporting its delineation as a separate taxon.

Abstract Snake fungal disease (SFD) (Ophidiomycosis) is an emerging infectious disease caused by the fungus Ophidiomyces ophiodiicola which has been affecting wild and captive snakes in North America, Europe, and Australia. We report the cases of 12 imported captive colubrid snakes in Japan suspected of having SFD. Pathological and microbiological examinations were performed, and the results confirmed the diagnosis of SFD in two snakes, which indicated that the remaining sympatrically raised snakes also had SFD since they exhibited similar lesions. The oral administration of ciprofloxacin in addition to itraconazole had a significant treatment effect. This is the first report of SFD in Asia caused by O. ophiodiicola . To prevent the expansion of SFD in the natural environment in Japan, there is a need to evaluate the SFD carrier status of imported snakes, the pathogenicity of the infection in native snakes, and the prevalence and distribution of SFD in wild and captive snakes. Measures also must be taken to prevent endemicity globally.

Ash dieback is a fungal disease of ash trees caused by Hymenoscyphus pseudoalbidus that has swept across Europe in the last two decades and is a significant threat to the ash population. This emergent pathogen has been relatively poorly studied and little is known about its genetic make-up. In response to the arrival of this dangerous pathogen in the UK we took the unusual step of providing an open access database and initial sequence datasets to the scientific community for analysis prior to performing an analysis of our own. Our goal was to crowdsource genomic and other analyses and create a community analysing this pathogen. In this report on the evolution of the community and data and analysis obtained in the first year of this activity, we describe the nature and the volume of the contributions and reveal some preliminary insights into the genome and biology of H. pseudoalbidus that emerged. In particular our nascent community generated a first-pass genome assembly containing abundant collapsed AT-rich repeats indicating a typically complex genome structure. Our open science and crowdsourcing effort has brought a wealth of new knowledge about this emergent pathogen within a short time-frame. Our community endeavour highlights the positive impact that open, collaborative approaches can have on fast, responsive modern science.

Abstract Schizophyllum commune , a common wood-decay mushroom known for its extremely high genetic diversity and as a rare cause of human respiratory diseases, could be a promising model fungus contributing to both biology and medicine. To better understand its phenotypic diversity, we developed an image analysis system that quantifies whole morphological traits of mycelia in Petri dishes. This study evaluated growth of six wild and one clinical isolates of Japanese S. commune , subjected to different temperatures and glucose concentrations, including a condition mimicking the human respiratory environment. Our analysis revealed that combinations of two growth indices, area and whiteness, highlighted strain-specific responses, with profiling growth patterns using clustering algorithms. Notably, the clinical isolate exhibited the strongest whiteness under the respiratory-like condition. We also found that the growth rate was strongly determined by glucose concentration, while the effects of temperature on growth varied among the strains, suggesting that while glucose preference is common in this species, responses to temperature differ between strains. Our results suggest that the system possesses sufficient sensitivity to detect growth traits of mycelia. This study provides a key to unravelling unknown traits behind the high polymorphisms in S. commune , including the ability to colonize the human respiratory tract.

Accelerating international trade and climate change make pathogen spread an increasing concern. Hymenoscyphus fraxineus, the causal agent of ash dieback is one such pathogen, moving across continents and hosts from Asian to European ash. Most European common ash (Fraxinus excelsior) trees are highly susceptible to H. fraxineus although a small minority (~5%) evidently have partial resistance to dieback. We have assembled and annotated a draft of the H. fraxineus genome which approaches chromosome scale. Pathogen genetic diversity across Europe, and in Japan, reveals a tight bottleneck into Europe, though a signal of adaptive diversity remains in key host interaction genes (effectors). We find that the European population was founded by two divergent haploid individuals. Divergence between these haplotypes represents the shadow of a large source population and subsequent introduction would greatly increase adaptive potential and the pathogens threat. Thus, EU wide biological security measures remain an important part of the strategy to manage this disease.