Abstract The genus Chlorocebus is widely distributed throughout sub-Saharan Africa, and in the last 300 thousand years expanded from equatorial Africa into the southernmost latitudes of the continent. In these new environments, colder climate was a likely driver of natural selection. We investigated population-level genetic variation in the mitochondrial uncoupling protein 1 ( UCP1 ) gene region – implicated in non-shivering thermogenesis within brown/beige adipocytes – in 73 wild savanna monkeys from three taxa representing this southern expansion ( C. pygerythrus hilgerti, C. cynosuros, C. p. pygerythrus ) ranging from Kenya to South Africa. We found 17 SNPs with extended haplotype homozygosity consistent with positive selective sweeps, 10 of which show no significant LD with each other. Phylogenetic generalized least squares modeling with ecological covariates suggest that most derived allele frequencies are significantly associated with solar irradiance and winter precipitation, rather than overall low temperatures. This selection and association with irradiance appears to be driven by a population isolate in the southern coastal belt of South Africa. We suggest that sunbathing behaviors common to savanna monkeys, in combination with strength of solar irradiance, may mediate adaptations to thermal stress via non-shivering thermogenesis among savanna monkeys. The variants we discovered all lie in non-coding regions, some with previously documented regulatory functions, calling for further validation and research.

Increasing contact between humans and non-human primates provides an opportunity for the transfer of potential pathogens or antimicrobial resistance between host species. We have investigated genomic diversity, and antimicrobial resistance in Escherichia coli isolates from four species of non-human primate in the Gambia: Papio papio (n=22), Chlorocebus sabaeus (n=14), Piliocolobus badius (n=6) and Erythrocebus patas (n=1). We performed Illumina whole-genome sequencing on 101 isolates from 43 stools, followed by nanopore long-read sequencing on eleven isolates. We identified 43 sequence types (STs) by the Achtman scheme (ten of which are novel), spanning five of the eight known phylogroups of E. coli . The majority of simian isolates belong to phylogroup B2—characterised by strains that cause human extraintestinal infections—and encode factors associated with extraintestinal disease. A subset of the B2 strains (ST73, ST681 and ST127) carry the pks genomic island, which encodes colibactin, a genotoxin associated with colorectal cancer. We found little antimicrobial resistance and only one example of multi-drug resistance among the simian isolates. Hierarchical clustering showed that simian isolates from ST442 and ST349 are closely related to isolates recovered from human clinical cases (differences in 50 and seven alleles respectively), suggesting recent exchange between the two host species. Conversely, simian isolates from ST73, ST681 and ST127 were distinct from human isolates, while five simian isolates belong to unique core-genome ST complexes—indicating novel diversity specific to the primate niche. Our results are of public health importance, considering the increasing contact between humans and wild non-human primates.Impact statement Little is known about the population structure, virulence potential and the burden of antimicrobial resistance among Escherichia coli from wild non-human primates, despite increased exposure to humans through the fragmentation of natural habitats. Previous studies, primarily involving captive animals, have highlighted the potential for bacterial exchange between non-human primates and humans living nearby, including strains associated with intestinal pathology. Using multiple-colony sampling and whole-genome sequencing, we investigated the strain distribution and population structure of E. coli from wild non-human primates from the Gambia. Our results indicate that these monkeys harbour strains that can cause extraintestinal infections in humans. We document the transmission of virulent E. coli strains between monkeys of the same species sharing a common habitat and evidence of recent interaction between strains from humans and wild non-human primates. Also, we present complete genome assemblies for five novel sequence types of E. coli .Author notes All supporting data, code and protocols have been provided within the article or through supplementary data files. Nine supplementary figures and six supplementary files are available with the online version of this article.Abbreviations ExPEC, Extraintestinal pathogenic Escherichia coli ; ST, Sequence type; AMR, Antimicrobial resistance; MLST, Multi-locus sequence typing; VFDB, Virulence factors database; SNP, single nucleotide polymorphism; SPRI, Solid phase reversible immobilisation.Data summary The raw sequences and polished assemblies from this study are available in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) Short Read Archive, under the BioProject accession number PRJNA604701. The full list and characteristics of these strains and other reference strains used in the analyses are presented in Table 1 and Supplementary Files 1-4 (available with the online version of this article).

Anthropogenic landscapes are rapidly replacing natural nonhuman primate habitats. Yet, the access to anthropogenic resources on primate biology, health, and fitness remain poorly studied. Given their ubiquity across a range of human impacted landscapes, from cities to national parks, savanna monkeys ( Chlorocebus spp.) provide an excellent study system in which to test these effects. We compared body condition and reproductive maturation in vervets ( Chlorocebus pygerythrus ) inhabiting a private farm in !Gariep Dam, with ample access to anthropogenic foods, and wild-foraging vervets in Soetdoring Nature Reserve, South Africa. Overall, vervets in !Gariep show significantly thicker skin folds, and higher BMI and body mass, than those in Soetdoring, suggesting increased fat deposition. Males in !Gariep have larger relative testis volumes at peri-pubescent ages compared to those in Soetdoring, suggesting early reproductive maturation associated with age-specific increases in body mass. Females from !Gariep showed evidence of an earlier onset of reproduction than those in Soetdoring, based on parity status as assessed by nipple length and evidence of lactation. Parity status at sub-adult dental ages was also strongly associated with body mass. These results are consistent with a positive effect of anthropogenic food-enhancement on body fat deposition, potentially linked to an earlier onset of reproductive maturation. Further investigation into primate responses to cultivated resources will inform our understanding of the broader effects of food enhancement on developmental plasticity.### Competing Interest StatementThe authors have declared no competing interest.