JH
Jason Hall
Author with expertise in Innate Lymphoid Cells in Immunity
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(43% Open Access)
Cited by:
375
h-index:
20
/
i10-index:
32
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Leveraging chromatin accessibility for transcriptional regulatory network inference in T Helper 17 Cells

Emily Miraldi et al.Apr 1, 2018
Transcriptional regulatory networks (TRNs) provide insight into cellular behavior by describing interactions between transcription factors (TFs) and their gene targets. The Assay for Transposase Accessible Chromatin (ATAC)-seq, coupled with transcription-factor motif analysis, provides indirect evidence of chromatin binding for hundreds of TFs genome-wide. Here, we propose methods for TRN inference in a mammalian setting, using ATAC-seq data to influence gene expression modeling. We rigorously test our methods in the context of T Helper Cell Type 17 (Th17) differentiation, generating new ATAC-seq data to complement existing Th17 genomic resources (plentiful gene expression data, TF knock-outs and ChIP-seq experiments). In this resource-rich mammalian setting, our extensive benchmarking provides quantitative, genome-scale evaluation of TRN inference combining ATAC-seq and RNA-seq data. We refine and extend our previous Th17 TRN, using our new TRN inference methods to integrate all Th17 data (gene expression, ATAC-seq, TF KO, ChIP-seq). We highlight new roles for individual TFs and groups of TFs ("TF-TF modules") in Th17 gene regulation. Given the popularity of ATAC-seq, which provides high-resolution with low sample input requirements, we anticipate that application of our methods will improve TRN inference in new mammalian systems, especially in vivo, for cells directly from humans and animal models.
1

Intestinal helminth infection impairs oral and parenteral vaccine efficacy

LaKeya Hardy et al.Sep 23, 2022
ABSTRACT The impact of endemic parasitic infection on vaccine efficacy is an important consideration for vaccine development and deployment. We have examined whether intestinal infection with the natural murine helminth Heligmosomoides polygyrus bakeri alters antigen-specific antibody and cellular immune responses to oral and parenteral vaccination in mice. We found that oral vaccination of mice with a clinically relevant, live, attenuated, recombinant Salmonella vaccine that expresses chicken egg ovalbumin ( Salmonella -OVA) disrupts ovalbumin-specific regulatory T cell networks in the gut associated lymphoid tissue and promotes T-effector responses to OVA. Chronic intestinal helminth infection significantly reduced Th1-skewed antibody responses to oral vaccination with Salmonella- OVA. Activated, adoptively-transferred, OVA-specific CD4 + T cells accumulated in draining mesenteric lymph nodes (MLN) of vaccinated mice, irrespective of their helminth-infection status. However, helminth infection increased the frequencies of adoptively-transferred OVA-specific CD4 + T cells producing IL-4 and IL-10 in the MLN. Chronic intestinal helminth infection also significantly reduced Th2-skewed antibody responses to parenteral vaccination with OVA adsorbed to alum. These findings suggest helminth-induced impairment of vaccine antibody responses may be driven by the development of IL-10-secreting CD4 + T regulatory cells. They also underscore the potential need to treat parasitic infection before mass vaccination campaigns in helminth-endemic areas.
0

Transcriptional regulatory networks that promote and restrict identities and functions of intestinal innate lymphoid cells

Maria Pokrovskii et al.Nov 8, 2018
Innate lymphoid cells (ILCs) can be subdivided into several distinct cytokine-secreting lineages that promote tissue homeostasis and immune defense but also contribute to inflammatory diseases. Accumulating evidence suggests that ILCs, similarly to other immune populations, are capable of phenotypic and functional plasticity in response to infectious or environmental stimuli. Yet the transcriptional circuits that control ILC identity and function are largely unknown. Here we integrate gene expression and chromatin accessibility data to infer transcriptional regulatory networks within intestinal type 1, 2, and 3 ILCs. We predict the "core" sets of transcription-factor (TF) regulators driving each ILC subset identity, among which only a few TFs were previously known. To assist in the interpretation of these networks, TFs were organized into cooperative clusters, or modules that control gene programs with distinct functions. The ILC network reveals extensive alternative-lineage-gene repression, whose regulation may explain reported plasticity between ILC subsets. We validate new roles for c-MAF and BCL6 as regulators affecting the type 1 and type 3 ILC lineages. Manipulation of TF pathways identified here might provide a novel means to selectively regulate ILC effector functions to alleviate inflammatory disease or enhance host tolerance to pathogenic microbes or noxious stimuli. Our results will enable further exploration of ILC biology, while our network approach will be broadly applicable to identifying key cell state regulators in other in vivo cell populations.