Stratification of women according to their risk of breast cancer based on polygenic risk scores (PRSs) could improve screening and prevention strategies. Our aim was to develop PRSs, optimized for prediction of estrogen receptor (ER)-specific disease, from the largest available genome-wide association dataset and to empirically validate the PRSs in prospective studies. The development dataset comprised 94,075 case subjects and 75,017 control subjects of European ancestry from 69 studies, divided into training and validation sets. Samples were genotyped using genome-wide arrays, and single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were selected by stepwise regression or lasso penalized regression. The best performing PRSs were validated in an independent test set comprising 11,428 case subjects and 18,323 control subjects from 10 prospective studies and 190,040 women from UK Biobank (3,215 incident breast cancers). For the best PRSs (313 SNPs), the odds ratio for overall disease per 1 standard deviation in ten prospective studies was 1.61 (95%CI: 1.57–1.65) with area under receiver-operator curve (AUC) = 0.630 (95%CI: 0.628–0.651). The lifetime risk of overall breast cancer in the top centile of the PRSs was 32.6%. Compared with women in the middle quintile, those in the highest 1% of risk had 4.37- and 2.78-fold risks, and those in the lowest 1% of risk had 0.16- and 0.27-fold risks, of developing ER-positive and ER-negative disease, respectively. Goodness-of-fit tests indicated that this PRS was well calibrated and predicts disease risk accurately in the tails of the distribution. This PRS is a powerful and reliable predictor of breast cancer risk that may improve breast cancer prevention programs. Stratification of women according to their risk of breast cancer based on polygenic risk scores (PRSs) could improve screening and prevention strategies. Our aim was to develop PRSs, optimized for prediction of estrogen receptor (ER)-specific disease, from the largest available genome-wide association dataset and to empirically validate the PRSs in prospective studies. The development dataset comprised 94,075 case subjects and 75,017 control subjects of European ancestry from 69 studies, divided into training and validation sets. Samples were genotyped using genome-wide arrays, and single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were selected by stepwise regression or lasso penalized regression. The best performing PRSs were validated in an independent test set comprising 11,428 case subjects and 18,323 control subjects from 10 prospective studies and 190,040 women from UK Biobank (3,215 incident breast cancers). For the best PRSs (313 SNPs), the odds ratio for overall disease per 1 standard deviation in ten prospective studies was 1.61 (95%CI: 1.57–1.65) with area under receiver-operator curve (AUC) = 0.630 (95%CI: 0.628–0.651). The lifetime risk of overall breast cancer in the top centile of the PRSs was 32.6%. Compared with women in the middle quintile, those in the highest 1% of risk had 4.37- and 2.78-fold risks, and those in the lowest 1% of risk had 0.16- and 0.27-fold risks, of developing ER-positive and ER-negative disease, respectively. Goodness-of-fit tests indicated that this PRS was well calibrated and predicts disease risk accurately in the tails of the distribution. This PRS is a powerful and reliable predictor of breast cancer risk that may improve breast cancer prevention programs.

Based on the idea that electric light at night might account for a portion of the high and rising risk of breast cancer worldwide, it was predicted long ago that women working a non-day shift would be at higher risk compared with day-working women. This hypothesis has been extended more recently to prostate cancer. On the basis of limited human evidence and sufficient evidence in experimental animals, in 2007 the International Agency for Research on Cancer (IARC) classified 'shift work that involves circadian disruption' as a probable human carcinogen, group 2A. A limitation of the epidemiological studies carried out to date is in the definition of 'shift work.' IARC convened a workshop in April 2009 to consider how 'shift work' should be assessed and what domains of occupational history need to be quantified for more valid studies of shift work and cancer in the future. The working group identified several major domains of non-day shifts and shift schedules that should be captured in future studies: (1) shift system (start time of shift, number of hours per day, rotating or permanent, speed and direction of a rotating system, regular or irregular); (2) years on a particular non-day shift schedule (and cumulative exposure to the shift system over the subject's working life); and (3) shift intensity (time off between successive work days on the shift schedule). The group also recognised that for further domains to be identified, more research needs to be conducted on the impact of various shift schedules and routines on physiological and circadian rhythms of workers in real-world environments.

ABSTRACT Genome-wide association studies have identified breast cancer risk variants in over 150 genomic regions, but the mechanisms underlying risk remain largely unknown. These regions were explored by combining association analysis with in silico genomic feature annotations. We defined 205 independent risk-associated signals with the set of credible causal variants (CCVs) in each one. In parallel, we used a Bayesian approach (PAINTOR) that combines genetic association, linkage disequilibrium, and enriched genomic features to determine variants with high posterior probabilities (HPPs) of being causal. Potentially causal variants were significantly over-represented in active gene regulatory regions and transcription factor binding sites. We applied our INQUSIT pipeline for prioritizing genes as targets of potentially causal variants, using gene expression (eQTL), chromatin interaction and functional annotations. Known cancer drivers, transcription factors and genes in the developmental, apoptosis, immune system and DNA integrity checkpoint gene ontology pathways, were over-represented among the 178 highest confidence target genes.

This survey aimed to investigate exposure to welding fume in Australian workplaces and the use of protective and control measures among workers. Data were collected via a cross-sectional online survey of workers and employers involved in welding in Australia. Survey questions focused on the determinants of exposure to welding fume, welding experience and qualifications, and use of control measures. There were 634 respondents to the survey across Australia of whom 577 (91%) were assessed as being exposed to welding fume, most at high levels. Welders undertook a wide range of types of welding, and higher-risk welding such as in confined and restricted spaces was common. Most workplaces did not have any form of mechanical ventilation, and use of air-supplied respiratory protection was poor even when ventilation was not used. Welders in Australia are exposed to several carcinogens, particularly welding fume, hexavalent chromium (CrVI) and nickel, and the use of control measures is sub-optimal. Higher-order controls are the best way to reduce exposure to carcinogens in the workplace. The lack of use of these controls by Australian welders is concerning and needs to be a focus of attention by regulators and companies.

Abstract Background Copy number variants (CNVs) are pervasive in the human genome but potential disease associations with rare CNVs have not been comprehensively assessed in large datasets. We analysed rare CNVs in genes and non-coding regions for 86,788 breast cancer cases and 76,122 controls of European ancestry with genome-wide array data. Results Gene burden tests detected the strongest association for deletions in BRCA1 (P= 3.7E-18). Nine other genes were associated with a p-value < 0.01 including known susceptibility genes CHEK2 (P= 0.0008), ATM (P= 0.002) and BRCA2 (P= 0.008). Outside the known genes we detected associations with p-values < 0.001 for either overall or subtype-specific breast cancer at nine deletion regions and four duplication regions. Three of the deletion regions were in established common susceptibility loci. Conclusions This is the first genome-wide analysis of rare CNVs in a large breast cancer case-control dataset. We detected associations with exonic deletions in established breast cancer susceptibility genes. We also detected suggestive associations with non-coding CNVs in known and novel loci with large effects sizes. Larger sample sizes will be required to reach robust levels of statistical significance.

Workplace noise regulations and guidance follow the hierarchy of control model that prioritizes eliminating or reducing noise at its source.

Objectives To summarise the rationale, workflow and recommendations for the conduct of exposure assessment critiques in key human studies evaluated for International Agency for Research on Cancer (IARC) Monographs on the Identification of Carcinogenic Hazards. Methods Approaches to evaluating exposure assessment quality in human cancer and mechanistic studies were reviewed according to the precepts outlined in the IARC Monographs Preamble, using two agents as case studies. Exposure assessment ‘domains’, that is, salient aspects of exposure assessment for the agent under evaluation, were selected for review across the key human studies. Results The case studies of night shift work (volume 124) and 1,1,1-trichloroethane (volume 130) used a common approach, tailored to the agents’ specific exposure scenarios, to evaluate exposure assessment quality. Based on the experiences of IARC Working Groups to date, the implementation of exposure assessment critique requires the need for agent-specific knowledge, consideration of the validity of time-varying exposure metrics related to duration and intensity, and transparent, concise reviews that prioritise the most important strengths and limitations of exposure assessment methods used in human studies. Conclusions Exposure assessment has not historically been a fully appreciated component for evaluating the quality of epidemiological studies in cancer hazard identification. Exposure assessment critique in key human cancer and mechanistic studies is now an integral part of IARC Monographs evaluations and its conduct will continue to evolve as new agents are evaluated. The approaches identified here should be considered as a potential framework by others when evaluating the exposure assessment component of epidemiological studies for systematic reviews.

Background Veterinarians, veterinary nurses and veterinary students work and train in a variety of environments and are exposed to a wide range of hazards. Objectives (1) To compare the rate of health and safety incidents and injuries between veterinarians, veterinary nurses and veterinary students. (2) To investigate the health and safety hazard controls present in Australian veterinary workplaces. Study Design A cross‐sectional study, using an online questionnaire. Methods Anonymous links to the questionnaire were disseminated to Australian veterinarians, veterinary nurses and veterinary students. Results A total of 494 veterinarians, 484 veterinary nurses and 212 veterinary students completed the survey. Incidents and injuries were common, particularly sharps‐related injuries and animal bites. Australian veterinary nurses and veterinarians experienced the studied incidents at similar rates to each other. Veterinary students experienced some incidents and injuries at rates higher than both veterinarians and veterinary nurses, including heatstroke, hypothermia, sunburn, electric shock, loss of consciousness, being rammed or pushed over by an animal and farm equipment injuries. Of the workplace hazard controls reported, first aid boxes were most commonly present, and safety meetings occurred least commonly. Veterinary nurses received Q fever and rabies vaccines much less frequently than veterinarians and veterinary students. Conclusion This study demonstrated that improvements need to be made to the occupational health and safety standards in the Australian veterinary sector. Veterinarians and veterinary nurses had suboptimal rates of access to many of the required and critical workplace health and safety controls. Improvements to the standard of health and safety training of veterinary students are indicated, given their higher rates of certain incidents and injury.