Rosalind Eeles and colleagues present a genome-wide association study for prostate cancer. They report seven loci newly associated with prostate cancer susceptibility. Prostate cancer (PrCa) is the most frequently diagnosed cancer in males in developed countries. To identify common PrCa susceptibility alleles, we previously conducted a genome-wide association study in which 541,129 SNPs were genotyped in 1,854 PrCa cases with clinically detected disease and in 1,894 controls. We have now extended the study to evaluate promising associations in a second stage in which we genotyped 43,671 SNPs in 3,650 PrCa cases and 3,940 controls and in a third stage involving an additional 16,229 cases and 14,821 controls from 21 studies. In addition to replicating previous associations, we identified seven new prostate cancer susceptibility loci on chromosomes 2, 4, 8, 11 and 22 (with P = 1.6 × 10−8 to P = 2.7 × 10−33).

Abstract Physical activity has been associated with lower risks of breast and colorectal cancer in epidemiological studies; however, it is unknown if these associations are causal or confounded. In two-sample Mendelian randomisation analyses, using summary genetic data from the UK Biobank and GWA consortia, we found that a one standard deviation increment in average acceleration was associated with lower risks of breast cancer (odds ratio [OR]: 0.51, 95% confidence interval [CI]: 0.27 to 0.98, P-value = 0.04) and colorectal cancer (OR: 0.66, 95% CI: 0.48 to 0.90, P-value = 0.01). We found similar magnitude inverse associations for estrogen positive (ER +ve ) breast cancer and for colon cancer. Our results support a potentially causal relationship between higher physical activity levels and lower risks of breast cancer and colorectal cancer. Based on these data, the promotion of physical activity is probably an effective strategy in the primary prevention of these commonly diagnosed cancers.

Abstract There is increasing evidence that genetic risk variants for non-syndromic cleft lip/palate (nsCL/P) are also associated with normal-range variation in facial morphology. However, previous analyses are mostly limited to candidate SNPs and findings have not been consistently replicated. Here, we used polygenic risk scores (PRS) to test for genetic overlap between nsCL/P and seven biologically relevant facial phenotypes. Where evidence was found of genetic overlap, we used bidirectional Mendelian randomization (MR) to test the hypothesis that genetic liability to nsCL/P is causally related to implicated facial phenotypes. Across 5,804 individuals of European ancestry from two studies, we found strong evidence, using PRS, of genetic overlap between nsCL/P and philtrum width; a 1 S.D. increase in nsCL/P PRS was associated with a 0.10 mm decrease in philtrum width (95% C.I. 0.054, 0.146; P = 0.00002). Follow-up MR analyses supported a causal relationship; genetic variants for nsCL/P homogeneously cause decreased philtrum width. In addition to the primary analysis, we also identified two novel risk loci for philtrum width at 5q22.2 and 7p15.2 in our Genome-wide Association Study (GWAS) of 6,136 individuals. Our results support a liability threshold model of inheritance for nsCL/P, related to abnormalities in development of the philtrum.

Abstract Background The inflammatory markers C-reactive protein (CRP), interleukin-1 receptor antagonist (IL1-Ra), and interleukin-6 (IL-6) have been associated with depression risk in observational studies. The causal nature of these associations is unclear as conventional observational designs are susceptible to reverse causation and residual confounding. Bidirectional Mendelian randomization (MR) analysis uses genetic variants to proxy for risk factors to help elucidate the presence, magnitude, and direction of causal relationships between traits. Methods We performed bidirectional two-sample MR to examine causal associations between circulating CRP, IL1-Ra, and IL-6 and major depressive disorder (MDD) in 135,458 cases and 344,901 controls in the Psychiatric Genetics Consortium. Genetic instruments to proxy inflammatory markers and liability to MDD were constructed by obtaining single-nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with these phenotypes in genome-wide association study meta-analyses. Wald ratios and inverse-variance weighted random-effects models were employed to generate causal effect estimates and various sensitivity analyses were performed to examine violations of MR assumptions. Results There was evidence supporting a causal effect of circulating IL-6 on risk of MDD (per natural-log increase: OR 0.85, 95% CI: 0.75-0.96, P =0.007). Higher circulating levels of IL-6 as influenced by variants in the IL6R gene region represent lower cellular binding of IL-6 to its receptor and therefore the present results suggest that IL-6 increases the risk of MDD. We found limited evidence supporting a causal effect of CRP (1.06, 95% CI 0.93-1.22; P=0.36) or IL1-Ra (OR 0.95, 95% CI: 0.87-1.03, P=0.20) on risk of MDD. Reverse direction MR analyses suggested limited evidence for a causal effect of genetic liability to MDD on any of the inflammatory markers examined. Conclusions These findings support a causal role of IL-6-related pathways in development of major depressive disorder and suggest the possible efficacy of interleukin-6 inhibition as a therapeutic target for depression.

Abstract Background Epidemiological studies report evidence for an association between folate and the risk of several common cancers. However, both protective and harmful effects have been reported, and effects may differ by cancer site. Using Mendelian randomisation (MR), we investigated the causal relationships of genetically predicted serum folate with pan-cancer risk (all cancers excluding non-melanoma skin cancers); breast, prostate, ovarian, lung, and colorectal cancers; and malignant melanoma. Methods We conducted a two-sample MR analysis, using genetic instruments for serum folate to appraise the possible causal role on risk of pan-cancer and six site-specific cancers using summary statistics available from large consortia and the population-based cohort study UK Biobank (UKBB). Results There was little evidence that genetically elevated serum folate was causally associated with risk of pan-cancer or six site-specific cancers. Meta-analysis showed odds ratios (OR) per SD increase in log serum folate of 0.93 (95% CI 0.78-1.11) for breast cancer, 0.87 (95% CI 0.71-1.06) for prostate cancer, 0.84 (95% CI 0.59-1.20) for ovarian cancer, and 0.87 (95% CI 0.57-1.32) for lung cancer. The OR for colorectal cancer was 1.18 (95% CI 0.64-2.18) in large consortia analysis, while ORs for pan-cancers and malignant melanoma in UKBB were 0.88 (95% CI 0.73-1.06) and 0.56 (95% CI 0.29-1.08) respectively. The results were powered to detect modest effect sizes (>90% power (α 0.05) to detect ORs 1.2 (0.8) for the GWAS consortia) and were consistent between the two statistical approaches used (inverse variance weighted (IVW) and likelihood-based). Conclusions There is little evidence that genetically elevated serum folate may affect the risk of pan-cancer and six site-specific cancers. However, we may still be underpowered to detect clinically relevant but smaller magnitude effects. Our results provide some evidence that increasing levels of circulating folate through widespread supplementation or deregulation of fortification of foods with folic acid is unlikely to lead to moderate unintended population-wide increase in cancer risk. Key Messages Observational studies have identified associations between folate (both intake and circulating levels) and risk of developing site-specific cancers. However, these studies are liable to biases such as confounding, measurement error, and reverse causation. Using Mendelian randomisation, we appraised the causal relationships between genetically influenced serum folate levels and pan-cancer risk (all cancers excluding non-melanoma skin cancers); breast, prostate, ovarian, lung, and colorectal cancers; and malignant melanoma. Overall findings suggest that there is little evidence for the causal associations between genetically influenced serum folate and risk of pan-cancer and six site-specific cancers. We provide some evidence that increasing levels of circulating folate through widespread supplementation or deregulation of fortification of foods with folic acid is unlikely to lead to moderate unintended population-wide increase in cancer risk.

Cleft lip and/or palate (CL/P) affects 1 in 700 live births globally. Children born with CL/P and their families face various challenges throughout the child's development. Extant research is often limited by small numbers and single-centre data. The Cleft Collective, a national cohort study in the UK, aims to build a resource, available to collaborators across the globe, to understand causes, best treatments and long-term outcomes for those born with CL/P, ultimately seeking to enhance their quality of life through improved understanding and care.

Abstract Background Observational studies have reported either null or weak protective associations for coffee consumption and risk of breast cancer. Methods We conducted a two-sample Mendelian randomization randomization (MR) analysis to evaluate the relationship between coffee consumption and breast cancer risk using 33 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with coffee consumption from a genome-wide association (GWA) study on 212,119 female UK Biobank participants of White British ancestry. Risk estimates for breast cancer were retrieved from publicly available GWA summary statistics from the Breast Cancer Association Consortium (BCAC) on 122,977 cases (of which 69,501 were estrogen receptor (ER)-positive, 21,468 ER-negative) and 105,974 controls of European ancestry. Random-effects inverse variance weighted (IVW) MR analyses were performed along with several sensitivity analyses to assess the impact of potential MR assumption violations. Results One cup per day increase in genetically predicted coffee consumption in women was not associated with risk of total (IVW random-effects; odds ratio (OR): 0.91, 95% confidence intervals (CI): 0.80-1.02, P: 0.12, P for instrument heterogeneity: 7.17e-13), ER-positive (OR=0.90, 95% CI: 0.79-1.02, P: 0.09) and ER-negative breast cancer (OR: 0.88, 95% CI: 0.75-1.03, P: 0.12). Null associations were also found in the sensitivity analyses using MR-Egger (total breast cancer; OR: 1.00, 95% CI: 0.80-1.25), weighted median (OR: 0.97, 95% CI: 0.89-1.05) and weighted mode (OR: 1.00, CI: 0.93-1.07). Conclusions The results of this large MR study do not support an association of genetically predicted coffee consumption on breast cancer risk, but we cannot rule out existence of a weak inverse association.

In the Selenium and Vitamin E Cancer Prevention Trial (SELECT), selenium supplementation (causing a median 114 μg/L increase in circulating selenium) did not lower overall prostate cancer risk, but increased risk of high-grade prostate cancer and type 2 diabetes. Mendelian randomization analysis uses genetic variants to proxy modifiable risk factors and can strengthen causal inference in observational studies. We constructed a genetic risk score comprising eleven single-nucleotide polymorphisms robustly (P < 5x10-8) associated with circulating selenium in genome-wide association studies. In a Mendelian randomization analysis of 72,729 men in the PRACTICAL Consortium (44,825 cases, 27,904 controls), 114 μg/L higher genetically-elevated circulating selenium was not associated with prostate cancer (OR: 1.01; 95% CI: 0.89-1.13). Concordant with findings from SELECT, selenium was weakly associated with advanced (including high-grade) prostate cancer (OR: 1.21; 95% CI: 0.98-1.49) and type 2 diabetes (OR: 1.18; 95% CI: 0.97-1.43; in a type 2 diabetes GWAS meta-analysis with up to 49,266 cases, 249,906 controls). Mendelian randomization mirrored the outcome of selenium supplementation in SELECT and may offer an approach for the prioritization of interventions for follow-up in large-scale randomized controlled trials.

Importance: Previous studies have found that children born with a non-syndromic form of cleft lip and/or palate have lower-than-average educational attainment. These differences could be due to a genetic predisposition to low intelligence and academic performance, factors arising due to the cleft phenotype (such as school absence, social stigmatization and impaired speech and language development), or confounding by the prenatal environment. A clearer understanding of this mechanism will inform development of interventions to improve educational attainment in individuals born with a cleft, which could have wide-ranging knock-on effects on their quality of life. Objective: To assess evidence for the hypothesis that common variant genetic liability to non-syndromic cleft lip with or without cleft palate (nsCL/P) influences educational attainment. Methods: Using summary data from genome-wide association studies (GWAS), we performed Linkage Disequilibrium (LD)-score regression and two-sample Mendelian randomization to evaluate the relationship between genetic liability to nsCL/P (GWAS n=3,987) and educational attainment (GWAS n=766,345), and intelligence (GWAS n=257,828). Results: There was little evidence for shared genetic aetiology between nsCL/P and educational attainment (rg -0.03, 95% CI -0.14 to 0.08, P 0.58; βMR 0.002, 95% CI -0.001 to 0.005, P 0.417) or intelligence (rg -0.01, 95% CI -0.12 to 0.10, P 0.85; βMR 0.002, 95% CI -0.010 to 0.014, P 0.669). Conclusions and relevance: Common genetic variants are unlikely to predispose individuals born with nsCL/P to low educational attainment or intelligence. This information will help tailor clinical-, school-, social- and family-level interventions to improve educational attainment in this group.